int GetString(unsigned char* buffer, int maxLength) {
    if (!buffer)
        return -1;

    if (!fgets((char*)buffer, maxLength + 1, stdin))
        return -1;

    int length = 0;
    for (int i = 0; i < maxLength + 1; i++) {
        length = i;
        if (buffer[i] == '\n') {
            buffer[i] = '\0';
            break;
        }
    }

    if (fscanf(stdin, "\n") != 0)
        return -1;

    return length;
}

size_t GetInput(unsigned char* buffer, size_t count) {
    if (!buffer)
        return -1;

    int readCount = fread(buffer, sizeof(unsigned char), count, stdin);
    buffer[readCount] = '\0';
    return readCount;
}
// ------------------------------
/////
в main:
/////

// считывание needle
unsigned char needle[17];
size_t needleLength = GetString(needle, 16);
if (needleLength <= 0)
    return;

// ------------------------------

// считывание в буфер
это 1 раз считать (не в цикле)

unsigned char* buffer = (unsigned char*)malloc((BUFFER_SIZE + 1) * sizeof(uchar));
if (!buffer)
    return;

// ------------------------------
дальше после проверки текущего буфера
нужно сдвигать его с определенной позиции в начало
например:
//размер буфера - 10
//вход : needle - "example"; haystack - "this is simple example";
сначала буфер будет таким: "this is si" (10 чаров)
проверяем по алгоритму: e не равно s => сдвигаем на offset['s'] = 7
следующий индекс для проверки будет = 6 (индекс s) + 7 = 13 - вышли за границы буфера
поэтому
сдвигаем начиная с [новый индекс для проверки (=13 в этом случае)] - needleLength + 1
это выражение в этом примере имеет значение   7
то есть
берем все символы начиная с 7 индекса до конца буфера и ставим их в начало (здесь это " si")
потом дочитываем таким образом:
readCount = GetInput(buffer + [кол-во сдвинутых символов (=3 в нашем примере)], BUFFER_SIZE - [кол-во сдвинутых символов (то же самое)]);
получится буфер:
" si simple ex"
повторяем то же самое, пока размер текущего буфера >= BUFFER_SIZE (если он < то очевидно символов больше в stdin нет)

естественно нужно хранить кол-во уже считанных символов и прибавлять к выводящейся на экран позиции проверяемого символа