Чтобы участвовать в тендере на приоритетной основе, GosLinux нужно включить в Реестр отечественного ПО, но здесь возникли проблемы. Мнение членов Экспертного совета по Российскому ПО разделилось. Некоторые из них высказались, что эту ОС нельзя считать российским софтом, потому что «уровень переработки CentOS в ней составляет менее 5%». Вдобавок, некоторые эксперты высказали мнение, что «в принципе непонятно, зачем продукт госоргана, который бесплатно можно взять из Фонда алгоритмов и программ, включать в Реестр, который определяет ориентиры других госорганов при проведении ими госзакупок — то есть указывает, на что предпочтительнее тратить деньги».

ФССП в ответ на критику о малом количестве собственного кода предоставила справку «о различиях пакетной базы ОС CentOS и ОС GosLinux».