#include <QThread>
class mthread : public QThread{ //dziedziczenie po qthread
    Q_OBJECT
public:
    explicit mthread(QObject *parent = 0);
    void run(); //funkcja run reimplementacja
signals:

public slots:
};

implementacja:

#include "mthread.h"
#include "wiringPi.h"
#include<QDebug>
mthread::mthread(QObject *parent) : QThread(parent)
{
    qDebug()<<"konstruktor "<<QThread::currentThreadId(); //wątek główny
}

void mthread::run(){
    qDebug()<<"funkcja run "<<QThread::currentThreadId();
    wiringPiSetup();
    pinMode(0,OUTPUT);
    bool state=false;
    while(1){
      digitalWrite(0,state);
      state=!state;
      QThread::sleep(4); //migacz co 4 s;
    }
}

i wywołanie z klasy okna głównego

#include "mainwindow.h"
#include "ui_mainwindow.h"

MainWindow::MainWindow(QWidget *parent) :
    QMainWindow(parent),
    ui(new Ui::MainWindow)
{
    ui->setupUi(this);
    thread =new mthread(this);
    thread->start(); //start nowego wątku
}

MainWindow::~MainWindow()
{
    delete ui;
}