Correção LEDs

const int BTN = 2; // botao no pino digital 3 para podermos usar ISR
int redPin = 13;
int blueaPin = 12;

// Os pinos 9, 10, 11 são pinos de saída analógica e digital
int greenaPin = 11;
int whiteaPin = 10;
int whitebPin = 9;
// ##########################################################

int greenbPin = 8;
int bluebPin = 7;
int redbPin = 6;

int fade_step = 5;  // Este é o passo do sinal PWM, ou duty cycle. Quer dizer que ele aumenta o duty cycle de 5 em 5
int brightness = 0; // variavel para salvar o brilho do led

volatile int counter = 0; // variavel volatil para salvamento do contador do botao

void setup() {
  /*
     Assim não precisa dar high no pino para ativar a resistência de pull-up(interna)
  */
  pinMode(BTN, INPUT_PULLUP);
  pinMode(redPin, OUTPUT);
  pinMode(blueaPin, OUTPUT);
  pinMode(greenaPin, OUTPUT);
  pinMode(whiteaPin, OUTPUT);
  pinMode(whitebPin, OUTPUT);
  pinMode(greenbPin, OUTPUT);
  pinMode(bluebPin, OUTPUT);
  pinMode(redbPin, OUTPUT);
  attachInterrupt(0, inc, RISING); // conexao da interrupcao 0 com a funcao inc qunado o pino 2 estiver a passar para alta
}

/* Fiz uma pequena modificação, mas o seu jeito estava certo.
 * tente sempre fazer um if e else, por questôes de prática de programação não pr estar errado
 * Coloquei counter igual a três somente para você fazer o teste com as duas funções.
 */

void inc() { // funcao do ISR
  if (counter == 3){
    counter = 0;
  }
  else{
    counter++;
  }
}

void loop() {
  if (counter == 1)
  {
    digitalWrite(redPin, HIGH);
    delay(100);
    digitalWrite(redPin, LOW);
    delay(100);
    digitalWrite(blueaPin, HIGH);
    delay(100);
    digitalWrite(blueaPin, LOW);
    delay(100);
    digitalWrite(greenaPin, HIGH);
    delay(100);
    digitalWrite(greenaPin, LOW);
    delay(100);
    digitalWrite(whiteaPin, HIGH);
    delay(100);
    digitalWrite(whiteaPin, LOW);
    delay(100);
    digitalWrite(whitebPin, HIGH);
    delay(100);
    digitalWrite(whitebPin, LOW);
    delay(100);
    digitalWrite(greenbPin, HIGH);
    delay(100);
    digitalWrite(greenbPin, LOW);
    delay(100);
    digitalWrite(bluebPin, HIGH);
    delay(100);
    digitalWrite(bluebPin, LOW);
    delay(100);
    digitalWrite(redbPin, HIGH);
    delay(100);
    digitalWrite(redbPin, LOW);
    delay(100);
  }
  else if (counter == 2)
  {
    /*
     * O Problema está aqui
     * Funções analógicas não trabalham com high ou low(em teoria é um high/low muito rápido que muda o nível de
     * tensão das portas)
     *
     * Ele trabalha com cuty cycle, que é período que ele vai ficado em low ou high antes de mudar de estado
     * Portanto a função analogWrite é assim analogWrite(PIN, Estado) sendo estado de 0 -> 255 (8 bits)
     * Para não ficar em um loop infinito vamos fazer duas funções de loop FOR, nesse caso para o fade ficar
     * mais interessante
     *
     * Sugiro que use 30ms no lugar de 100ms
     */

    // Aumenta o brilho
    for (brightness = 0; brightness < 256; brightness += fade_step) {
      analogWrite(whitebPin, brightness);
      analogWrite(whiteaPin, brightness);
      delay(30);
    }

    // Diminui o brilho
    for (brightness = 255; brightness >= 0; brightness -= fade_step) {
      analogWrite(whitebPin, brightness);
      analogWrite(whiteaPin, brightness);
      delay(30);
    }

    digitalWrite(greenbPin, HIGH);
    digitalWrite(greenaPin, HIGH);
    delay(100);
    digitalWrite(greenbPin, LOW);
    digitalWrite(greenaPin, LOW);
    delay(100);
    digitalWrite(bluebPin, HIGH);
    digitalWrite(blueaPin, HIGH);
    delay(100);
    digitalWrite(bluebPin, LOW);
    digitalWrite(blueaPin, LOW);
    delay(100);
    digitalWrite(redbPin, HIGH);
    digitalWrite(redPin, HIGH);
    delay(100);
    digitalWrite(redbPin, LOW);
    digitalWrite(redPin, LOW);
    delay(100);
    digitalWrite(bluebPin, HIGH);
    digitalWrite(blueaPin, HIGH);
    delay(100);
    digitalWrite(bluebPin, LOW);
    digitalWrite(blueaPin, LOW);
    delay(100);
    digitalWrite(greenbPin, HIGH);
    digitalWrite(greenaPin, HIGH);
    delay(100);
    digitalWrite(greenbPin, LOW);
    digitalWrite(greenaPin, LOW);
    delay(100);
    digitalWrite(whitebPin, HIGH);
    digitalWrite(whiteaPin, HIGH);
    delay(200);
    digitalWrite(whitebPin, LOW);
    digitalWrite(whiteaPin, LOW);
    delay(100);
  }
}