/**
 * @entity
**/
class EntitaJedna{

... ID sloupec ...

        /**
         * @ManyToMany(targetEntity="EntitaDve")
         * @JoinTable(name="tabulka_pro_spojeni_entit",
         *      joinColumns={@JoinColumn(name="jedna_id", referencedColumnName="id")},
         *      inverseJoinColumns={@JoinColumn(name="dve_id", referencedColumnName="id")}
         *      )
         */
        private $entityDve;
}

/**
 * @entity
**/
class EntitaDve{

... ID sloupec ...

        /**
         * @ManyToMany(targetEntity="EntitaJedna")
         * @JoinTable(name="tabulka_pro_spojeni_entit",
         *      joinColumns={@JoinColumn(name="dve_id", referencedColumnName="id")},
         *      inverseJoinColumns={@JoinColumn(name="jedna_id", referencedColumnName="id")}
         *      )
         */
        private $entityJedna;
}

Při updatu schemat pokud mam obě asociace, u jedné to nedělá: The table with name 'tabulka_pro_spojeni_entit' already exists.
// Tohle je pouze příklad ;)