<script>
var ua = navigator.userAgent.toLowerCase();

// iPhone
var isiPhone = (ua.indexOf('iphone') > -1);
// iPad
var isiPad = (ua.indexOf('ipad') > -1);
//iPod
var isiPod = (ua.indexOf('ipod') > -1);


// Android
var isAndroid = (ua.indexOf('android') > -1) && (ua.indexOf('mobile') > -1);
// Android Tablet
var isAndroidTablet = (ua.indexOf('android') > -1) && (ua.indexOf('mobile') == -1);

if(isiPhone || isiPad || isiPod) {
    //Androidのダウンロードボタンをhide
    document.getElementById("[AndroidボタンのID]").style.display="none";
}

if(isAndroid || isAndroidTablet) {
    //iPhoneのダウンロードボタンをhide
    document.getElementById("[iOSボタンのID]").style.display="none";
}
</script>