Наиболее мрачным периодом правления Ивана IV, ужаснувшим потомков и современников, было время Опричнины (1565–1572гг.). Ученые пытались дать разные объяснения эпохе тирании и безудержного террора, наступившей после периода реформ. Историки XVIII – XIX вв. связывали его, в основном, с личными качествами Ивана IV: маниакальная подозрительность, недоверие к знати, якобы пытавшейся «извести царя», наконец, психическое расстройство, вызванное смертью любимой жены Анастасии (1560г.). По мнению многих ученых XX в., опричнина – это жестокая система террора, которая была сознательно направлена на укрепление личной власти царя и борьбу с остатками феодальной раздробленности.
В 1560г. произошло падение Избранной Рады. Причиной этому послужили разногласия, возникшие между царем и его ближайшими сподвижниками. Так, Адашев категорически возражал против ведения Ливонской войны и предлагал воевать с Крымским ханством за выход к Чёрному морю. В1560г. Адашев был арестован и вскоре умер в тюрьме, в 1562 был казнен и его брат, Даниил. Сильвестр был сослан на север, в Соловецкий монастырь. Опасаясь за свою жизнь, князь Курбский бежал в Польшу. Постепенно масштабы репрессий расширялись.
В конце 1564г. Иван IV с ближайшими сподвижниками удалился в Александрову слободу возле Москвы. В январе 1565г. он направил в столицу 2 послания. В первом царь обвинял бояр, духовенство, приказных людей в измене и злоупотреблениях и сообщал, что вынужден оставить свое государство. Во втором, обращенном к простым людям, царь лживо заявлял, что не держит на них гнева. Перепуганные москвичи отправили делегацию, молившую Ивана IV вернуться на престол. Царь выдвинул условия, суть которых сводилась к тому, что отныне он должен иметь право наказывать «изменников» без суда, как ему угодно. Заключив этот своеобразный договор, Иван IV вернулся в Москву.
Слово опричнина происходит от опричь – кроме (т.е. кроме иных земель). Государство было разделено на две части – земщину, где формально действовала земская Боярская дума, и опричнину, личное владение царя. Зачисленным в опричнину боярам и дворянам выдавались новые земли взамен утерянных в земщине, а земских – выселяли, давая владения вне опричнины. Ивана IV взял в личные владения наиболее выгодные в экономическом и военно-стратегическом отношении районы (Суздальский, Ростовский, Можайский, Вяземский, Костромской и др. уезды). В опричных владениях Иван IV набрал особое войско (до 6 тыс. человек). Опричники отличались личной преданностью царю и крайней жестокостью по отношению к земским людям. Одетые в черные монашеские одежды, с притороченными к седлу метлой и отрубленной собачьей головой («грызём измену и выметаем ее вон»), они безнаказанно творили жесточайший произвол. Иван IV приказывал судьям: «Судите так, дабы мои виновны не были». Для содержания опричнины царь обложил земщину значительным налогом. Террор начался сразу после введения опричнины, уже в феврале 1565 г. было казнено 5 человек из высшей знати. Причем казнь обвиненного в измене князя и боярина зачастую сопровождалась разгромом его вотчины, массовыми убийствами родственников и слуг. Подозреваемых в измене подвергали жесточайшим пыткам, простой донос (даже холопа) служил основавшим для ареста и истязаний. Не пощадил царь и собственного двоюродного брата – князя Старицкого Владимира Андреевича: он был отравлен вместе с женой и детьми. Кульминацией террора стал кровавый поход на Новгород (1569–1570гг.). Царь воспользовался ложным доносом о том, что новгородцы решили подчиниться Речи Посполитой. По дороге к Новгороду войско опричников вело себя как в захваченной стране, разоряя все на своем пути. В самом городе казни продолжались больше месяца и, по подсчетам современных ученых, число убитых достигло 10-15 тыс. человек.
Немногие осмеливались выразить протест открыто. Так, митрополит Филипп, публично осудивший Ивана IV, был низложен, сослан в монастырь и в 1569г. по приказу царя задушен в келье любимцем Ивана IV, опричным палачом Малютой Скуратовым. Лишь Курбский, находившийся в Речи Посполитой, был недосягаем для царя и мог обличать опричный террор в своих знаменитых посланиях к Ивану IV.
Как войско, опричники оказались совершенно небоеспособной силой: во время нашествия Девлет-Гирея (1571г.) они попросту разбежались. Воспользовавшись этим, в 1572г. Иван IV отменил опричнину и даже казнил некоторых ее руководителей. Однако расправы продолжались и после этого, хотя и в меньших масштабах.
Разорение и террор, сопровождавшие опричнину, последствия неудачной Ливонской войны подорвали экономическую мощь Российского государства. Половина пашенных земель была в запустении. Пользуясь Юрьевым днем, бояре переманивали зависимых от дворян крестьян с помощью различных льгот и обещани. Желая защитить от разорения служилых дворян, Иван IV ввел заповедные лета, запрещавшие переход крестьян даже в Юрьев день. Впоследствии этот срок неоднократно продлевался. Так начался процесс полного закрепощения крестьянства.
Иван IV много болел в последние годы правления. У него часто случались вспышки безудержного гнева. Во время одной из них царь убил собственного сына Ивана (1581г.). В 1584г. Иван Грозный скончался.
На престол вступил последний из Рюриковичей – Федор Иванович (1584–1598г.), средний сын Ивана IV. Болезненный, недалекого ума, он был практически не способен управлять государством. Реальная власть сосредоточилась в руках брата жены царя, любимца Ивана IV Бориса Годунова. Борис был талантливым государственным деятелем, незаурядным дипломатом и в то же время безмерно честолюбивым, двуличным и мстительным человеком.
И все же, при его участии было сделано немало: Борис Годунов добился введения в России высшего церковного сана – патриарха (первым патриархом стал в 1589г. Иов – сторонник Бориса). По указанию Годунова, в Смоленске была построена мощная крепость. В результате успешной войны со Швецией (1590–1593гг.) Россия вернула утерянные в 1583г. Ям, Орешек и Ивангород.
Однако положение крестьян продолжало ухудшаться: в 1597г. были изданы указы о пятилетнем сроке сыска беглых крестьян и о кабальных холопах (им запрещали выкупаться на слободе).
В 1591г. в Угличе при невыясненных обстоятельствах погиб наследник престола царевич Дмитрий, младший сын Ивана IV. В гибели царевича многие не без оснований обвиняли Бориса Годунова: Федор Иванович был бездетным, а с его смертью престол не мог бы перейти к царице. В 1598г. Федор Иванович умер, династия Рюриковичей пресеклась. Российское государство ждали тяжелые испытания.