#!/usr/bin/env python3
# -*- coding: utf-8 -*-
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Created on Fri May 25 11:34:54 2018

@author: Lucía
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# MAIN SCRIPT TO UPDATE BIOLOGICAL INFORMATION IN EDSSSDB
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#Creación del objeto para escribir los mensajes informativos y de error en un fichero.

from datetime import datetime
fecha = datetime.now()

file = open('/logs/refrescar_main.log','a+')

file.write('\n----------------------------------')
file.write('\nREFRESCAR\n\n'+ str())
file.write('Fecha: ' + str(fecha) + '\n\n')


#Antes de comenzar, hay que conectarse a la base de datos EDSSSDB en MySQL.
import conexion_edsssdb
cnx = conexion_edsssdb.conectar('edsss_usr', 'edsssNewPwd2017', 'sql', '3306', 'edsssdb', file)


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#1. Se vacían las tablas con la información de disgenet y se vuelven a cargar
#   de tal forma que la información esté actualizada.
import extr_disgenet

#extr_disgenet.borrar_tablas_disgenet(cnx, file)
#extr_disgenet.crear_tablas_disgenet(cnx, file)
#extr_disgenet.obtener_info_disgenet(cnx, file)

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#2. Se obtienen las nuevas enfermedades y las distintas características biológicas
#   que ya habían sido previamente insertadas. Para cada nueva enfermedad añadida
#   se irán consultando sus distintas características biológicas.
import query_edsssdb
import update_edsssdb

enfermedades_nuevas = query_edsssdb.consulta_nuevas_enfermedades(cnx, file)

genes_prev = query_edsssdb.genes(cnx)

prots_prev = query_edsssdb.proteinas(cnx)

rutas_prev = query_edsssdb.rutas(cnx)

inter_prev = query_edsssdb.interacciones_proteinas(cnx)




for enfermedad in enfermedades_nuevas:

    nuevos_genes = update_edsssdb.genes(genes_prev, enfermedad, cnx, file)

    nuevas_proteinas = update_edsssdb.proteinas(nuevos_genes, cnx, file)

    update_edsssdb.rutas(nuevos_genes, rutas_prev, cnx, file)

    update_edsssdb.interacciones(prots_prev, inter_prev, nuevas_proteinas, cnx, file)