import java.io.InputStreamReader;
import java.sql.*;
import java.util.LinkedList;
import java.io.BufferedReader;
import java.io.FileReader;
import java.util.Scanner;

public class Diagnostico {

	private final String DATAFILE = "data/disease_data.data";
	private Connection conn = null;
	private String nombreBD = "diagnostico";

	private class Codigo {
		private String vocabulario;
		private String codigo;
		public Codigo(String codigo,String vocabulario) {
			this.vocabulario = vocabulario;
			this.codigo = codigo;
		}
		public String getVocabulario() {
			return vocabulario;
		}
		public String getCodigo() {
			return codigo;
		}
	}//class codigo

	private class Sintoma {
		private String codigoSintoma;
		private String semanticaTipo;
		private String sintoma;
		public Sintoma(String sintoma,String codigoSintoma,String semanticaTipo) {
			this.codigoSintoma = codigoSintoma;
			this.semanticaTipo = semanticaTipo;
			this.sintoma = sintoma;
		}
		public String getCodigoSintoma() {
			return codigoSintoma;
		}
		public String getSemanticaTipo() {
			return semanticaTipo;
		}
		public String getSintoma() {
			return sintoma;
		}
	}//class sintoma

	private class Enfermedad {
		private LinkedList<Codigo> codigo;
		private LinkedList<Sintoma> sintoma;
		private String nombre;

		public Enfermedad (String nombre,LinkedList<Codigo> codigo,LinkedList<Sintoma>sintoma) {
			this.nombre= nombre;
			this.codigo = codigo;
			this.sintoma = sintoma;
		}
		public String getNombre() {
			return nombre;
		}
		public LinkedList<Codigo> getCodigo() {
			return codigo ;
		}
		public LinkedList<Sintoma> getSintoma() {
			return sintoma;
		}
	}
	private void showMenu() {

		int option = -1;
		do {
			System.out.println("Bienvenido a sistema de diagnóstico\n");
			System.out.println("Selecciona una opción:\n");
			System.out.println("\t1. Creación de base de datos y carga de datos.");
			System.out.println("\t2. Realizar diagnóstico.");
			System.out.println("\t3. Listar síntomas de una enfermedad.");
			System.out.println("\t4. Listar enfermedades y sus códigos asociados.");
			System.out.println("\t5. Listar síntomas existentes en la BD y su tipo semántico.");
			System.out.println("\t6. Mostrar estadísticas de la base de datos.");
			System.out.println("\t7. Salir.");
			try {
				option = readInt();
				switch (option) {
				case 1:
					crearBD();
					break;
				case 2:
					realizarDiagnostico();
					break;
				case 3:
					listarSintomasEnfermedad();
					break;
				case 4:
					listarEnfermedadesYCodigosAsociados();
					break;
				case 5:
					listarSintomasYTiposSemanticos();
					break;
				case 6:
					mostrarEstadisticasBD();
					break;
				case 7:
					exit();
					break;
				}
			} catch (Exception e) {
				System.err.println("Opción introducida no válida!");
			}
		} while (option != 7);
		exit();
	}

	private void exit() {
		if (conn != null){
			try{
				if(!conn.isClosed())
					conn.close();
			}
			catch (Exception e){
				System.out.println("No se pudo desconectar de la base de datos");
			}
		}
		System.out.println("Saliendo.. ¡hasta otra!");
		System.exit(0);
	}

	private boolean existeDB() {
		boolean exist = false;
		try{
			Statement st = conn.createStatement();
			String sql = "SELECT SCHEMA_NAME FROM INFORMATION_SCHEMA.SCHEMATA WHERE SCHEMA_NAME = '" + this.nombreBD + "'";
			ResultSet rs = st.executeQuery(sql);
			if (rs.next()) {
				exist = true;
			}
		}catch (SQLException ex) {
			exist = false;
		} return exist;
	}

	private void  conectar() throws Exception {
		String drv ="com.mysql.jdbc.Driver";
		Class.forName(drv).newInstance();

		String serverAddress = "localhost:3306";
		String user = "bddx";
		String pwd = "bddx_pwd";
		String url = "jdbc:mysql://" + serverAddress + "/";
		conn = DriverManager.getConnection(url, user, pwd);
		if (!conn.isClosed()){
			System.out.println("¡Conectado a la base de datos!");
		}
	}

	private void crearBD() {
		try{
			if(conn == null){
				this.conectar();
			}
		}
		catch(Exception e) {
			System.out.println(e);
		}
		try{
			if(!existeDB()){
				Statement stmt = conn.createStatement();
				System.out.println("Creando diagnostico...");
				String qs= "CREATE DATABASE diagnostico";
				stmt.executeUpdate(qs);
				conn.setCatalog(nombreBD);
				System.out.println("La base de datos diagnostico ha sido creada.");
				Statement stmt1= conn.createStatement();
				stmt1.executeUpdate("CREATE TABLE source (source_id INT UNIQUE AUTO_INCREMENT, name VARCHAR(255))");
				Statement stmt2= conn.createStatement();
				stmt2.executeUpdate("CREATE TABLE code (source_id INT, code VARCHAR(255), PRIMARY KEY (code), FOREIGN KEY (source_id)"
						+ " REFERENCES source (source_id))");
				Statement stmt3= conn.createStatement();
				stmt3.executeUpdate("CREATE TABLE disease (disease_id INT UNIQUE AUTO_INCREMENT, name VARCHAR(255))");
				Statement stmt4= conn.createStatement();
				stmt4.executeUpdate("CREATE TABLE  disease_has_code (source_id INT, code VARCHAR(255),disease_id INT, FOREIGN KEY (disease_id)"
						+ " REFERENCES disease (disease_id), FOREIGN KEY (code) REFERENCES code (code), FOREIGN KEY (source_id) "
						+ "REFERENCES code (source_id))");
				Statement stmt6= conn.createStatement();
				stmt6.executeUpdate("CREATE TABLE semantic_type (semantic_type_id INT UNIQUE AUTO_INCREMENT, cui VARCHAR(45))");
				Statement stmt5= conn.createStatement();
				stmt5.executeUpdate("CREATE TABLE symptom (cui VARCHAR(25), name VARCHAR(255), semantic_type_id INT, PRIMARY KEY (cui),"
						+ " FOREIGN KEY (semantic_type_id) REFERENCES semantic_type (semantic_type_id))");
				Statement stmt7= conn.createStatement();
				stmt7.executeUpdate("CREATE TABLE  disease_symptom (disease_id INT, cui VARCHAR(25), FOREIGN KEY (disease_id) REFERENCES disease (disease_id),"
						+ " FOREIGN KEY (cui) REFERENCES symptom (cui))");
				LinkedList<String> lista = readData();
				for(String enfermedades: lista){
					String arreglado = enfermedades.replaceAll("'", "''"); //cambiamos los apostrofes por doble apostrofe para que no haya problemas al insertar
					String [] cadena= arreglado.split("="); 	// separamos enfermedad[0] y sintomas[1]
					String [] cadEnf = cadena[0].split(":"); 	// separamos enfermedad[0] de codigo y vocabulario[1]
					String nomEnf= cadEnf[0];
					String [] cadCodigos= cadEnf[1].split(";"); //separamos los codigos
					LinkedList<Codigo> lisCod = new LinkedList<>();
					for(int i=0;i<cadCodigos.length; i++){
						String [] codigo= cadCodigos[i].split("@"); // separamos codigo[0] y vocabulario[1]
						String cod= codigo[0];       //di si a los comentarios!
						String voc= codigo[1];
						Codigo cd= new Codigo (cod,voc);	//creamos un nuevo codigo ( codigo, vocabulario)
						lisCod.add(cd);
					}
					String [] cadSint= cadena[1].split(";"); 	//separamos los sintomas
					LinkedList<Sintoma> lisSint = new LinkedList<>();
					for(int i=0; i<cadSint.length; i++){
						String [] sintomas= cadSint[i].split(":"); //separamos sintoma, codigoSintoma y vocabularioSint
						String sint=sintomas[0];
						String codSint= sintomas[1];
						String vocSint= sintomas[2];
						Sintoma st= new Sintoma (sint, codSint, vocSint);     // creamos nuevo Sintoma(sintoma, codigoSintoma, vocabulario)
						lisSint.add(st);
					}
					Enfermedad enfermito = new Enfermedad(nomEnf,lisCod,lisSint);
					conn.setAutoCommit(false);
					//insercion datos Tabla SOURCE
					String sqlSou= "INSERT INTO source (name) VALUES ('"+enfermito.getCodigo().element().getVocabulario()+"')";
					stmt1.executeUpdate(sqlSou,Statement.RETURN_GENERATED_KEYS);
					ResultSet souKey = stmt1.getGeneratedKeys();
					souKey.next();
					//insercion datos Tabla CODE
					stmt2.executeUpdate("INSERT INTO code (source_id, code) VALUES ('"+souKey.getInt(1)+"','"+enfermito.getCodigo().element().getCodigo()+"')");
					ResultSet codeKey = stmt2.executeQuery("SELECT code FROM code");
					codeKey.next();
					//insercion datos Tabla DISEASE
					System.out.println(enfermito.getNombre().toString());
					//					String prueba = enfermito.getNombre().replaceAll("'","''");
					String sqlDis= "INSERT INTO disease (name) VALUES ('"+enfermito.getNombre()+"')"; //esta es la que provoca el error y ni idea de porque
					stmt3.executeUpdate(sqlDis, Statement.RETURN_GENERATED_KEYS);
					ResultSet disKey = stmt3.getGeneratedKeys();
					disKey.next();
					//insercion datos Tabla DISEASE_HAS_CODE
					stmt4.executeUpdate("INSERT INTO disease_has_code (source_id, code,disease_id) VALUES ('"+souKey.getInt(1)+"','"+codeKey.getString(1)+""
							+ "','"+disKey.getInt(1)+"')");
					//insercion datos Tabla semantic_type
					String sqlSem= "INSERT INTO semantic_type(cui) VALUES ('"+enfermito.getSintoma().element().getSemanticaTipo()+"')";
					stmt6.executeUpdate(sqlSem, Statement.RETURN_GENERATED_KEYS);
					ResultSet semKey = stmt6.getGeneratedKeys();
					semKey.next();
					//insercion datos Tabla symptom
					stmt5.executeUpdate("INSERT INTO symptom (cui,name,semantic_type_id) VALUES ('"+enfermito.getSintoma().element().getCodigoSintoma()+"',"
							+ "'"+enfermito.getSintoma().element().getSintoma()+"','"+semKey.getInt(1)+"')");
					ResultSet sympKey = stmt2.executeQuery("SELECT cui FROM symptom");
					sympKey.next();
					//insercion datos Tabla disease_symptom
					stmt7.executeUpdate("INSERT INTO disease_symptom (disease_id, cui) VALUES ('"+disKey.getInt(1)+"','"+sympKey.getString(1)+"')");
					souKey.close();
					codeKey.close();
					disKey.close();
					semKey.close();
					sympKey.close();
				}//fin insertar
				//Ahora procedemos a cerrar los Statement
				stmt1.close();
				stmt2.close();
				stmt3.close();
				stmt4.close();
				stmt5.close();
				stmt6.close();
				stmt7.close();
			}
			else{
				Scanner scanner = new Scanner(System.in);
				System.out.println("Le informamos de la existencia de diagnostico, ¿desea borrarla?");
				String condicion = scanner.nextLine();
				if(condicion.equals("Si")|| condicion.equals("si")){
					Statement stmt = conn.createStatement();
					System.out.println("Borrando diagnostico...");
					String qs= "DROP DATABASE diagnostico";
					stmt.executeUpdate(qs);
					System.out.println("Borrado completado.");
					System.out.println("Creando la base de datos de nuevo.");
					stmt.close();
					this.crearBD();
				}
			}//fin existeBD
			conn.commit();
		}//fin try
		catch (Exception e) {
			try {
				conn.rollback();
			} catch (SQLException e1) {
				System.out.println(e);
			}
			System.out.println(e);
		}//fin catch
		finally{
			try {
				conn.setAutoCommit(true);
			} catch (SQLException e) {
				System.out.println(e);
			}
		}//fin finally
		//
		//			String base = "CREATE SCHEMA if not exists diagnostico;";
		//			String source = "CREATE TABLE diagnostico."
		//					+ "source (source_id INT NULL,"
		//					+ " name VARCHAR(255) NULL,PRIMARY KEY (source_id));";
		//			String code  = "CREATE TABLE diagnostico."
		//					+ "code (code VARCHAR(255) NOT NULL, "
		//					+ "source_id INT NULL,PRIMARY KEY (code));";
		//			String disease_has_code = "";
		//			String disease = "";
		//			String disease_symptom = "";
		//			String symptom = "";
		//			String symptom_semantic_type = "";
		//			String semantic_type = "";
		//			try{
		//				if (conn == null || conn.isClosed())
		//				this.conectar();
		//			}
		//			catch(Exception e){
		//
		//			}
		//			Statement st = conn.createStatement();
		//			// Comprobamos si existe la base de datos
		//			ResultSet rs = st.executeQuery("SELECT SCHEMA_NAME FROM INFORMATION_SCHEMA.SCHEMATA WHERE SCHEMA_NAME = 'diagnostico' ");
		//			// Si no existe la creamos
		//			if(rs == null || !rs.next()){
		//				st.executeUpdate(base);
		//			}
		//			else {
		//				//Preguntamos si se quiere borrar la base
		//				Scanner sc = new Scanner(System.in);
		//				System.out.println("¿Quieres borrar la base de datos? S/N");
		//				String respuesta = sc.next();
		//				sc.close();
		//				// Se crea de nuevo
		//				if (respuesta.equals("S")){
		//					st.executeUpdate("DROP DATABASE diagnostico;");
		//					this.crearBD();
		//				}
		//			}
	}

	private void realizarDiagnostico() {
		try {
			if (conn == null || conn.isClosed())
				this.conectar();
		}
		catch (Exception e) {
			System.out.println(e);
		}
		/* Lo que tenga que hacer */

	}

	private void listarSintomasEnfermedad() {
		try {
			if (conn == null || conn.isClosed())
				this.conectar();
		}
		catch (Exception e) {
			System.out.println(e);
		}
		/* Lo que tenga que hacer */

	}

	private void listarEnfermedadesYCodigosAsociados() {
		try {
			if (conn == null || conn.isClosed())
				this.conectar();
		}
		catch (Exception e) {
			System.out.println(e);
		}
		/* Lo que tenga que hacer */

	}

	private void listarSintomasYTiposSemanticos() {
		try {
			if (conn == null || conn.isClosed())
				this.conectar();
		}
		catch (Exception e) {
			System.out.println(e);
		}
		/* Lo que tenga que hacer */

	}

	private void mostrarEstadisticasBD() {
		try {
			if (conn == null || conn.isClosed())
				this.conectar();
		}
		catch (Exception e) {
			System.out.println(e);
		}
		/* Lo que tenga que hacer */

	}

	/**
	 * Método para leer números enteros de teclado.
	 *
	 * @return Devuelve el número leído.
	 * @throws Exception
	 *             Puede lanzar excepción.
	 */
	private int readInt() throws Exception {
		try {
			System.out.print("> ");
			return Integer.parseInt(new BufferedReader(new InputStreamReader(System.in)).readLine());
		} catch (Exception e) {
			throw new Exception("Not number");
		}
	}

	/**
	 * Método para leer cadenas de teclado.
	 *
	 * @return Devuelve la cadena leída.
	 * @throws Exception
	 *             Puede lanzar excepción.
	 */
	private String readString() throws Exception {
		try {
			System.out.print("> ");
			return new BufferedReader(new InputStreamReader(System.in)).readLine();
		} catch (Exception e) {
			throw new Exception("Error reading line");
		}
	}

	/**
	 * Método para leer el fichero que contiene los datos.
	 *
	 * @return Devuelve una lista de String con el contenido.
	 * @throws Exception
	 *             Puede lanzar excepción.
	 */
	private LinkedList<String> readData() throws Exception {
		LinkedList<String> data = new LinkedList<String>();
		BufferedReader bL = new BufferedReader(new FileReader(DATAFILE));
		while (bL.ready()) {
			data.add(bL.readLine());
		}
		bL.close();
		return data;
	}

	public static void main(String args[]) throws Exception {

		new Diagnostico().showMenu();
	}
}