#buf wird benutzt um die Ausgaben zu verketten
buf=[]
print " \n"
print "           		 CLUSIFI Beta\n"
print "                 coded by Silvana Gromoeller "
print " \n"
#einlesen des Files
fileName =raw_input("Enter filename or path to filename: ")
f = open (fileName,"r")
o = open ("out.txt","w")
s = f.read()
f.close()

#Erstellung einer Liste für die Namen aus dem Consensus_outfiles.Gesplittet an zwei Textstellen.Ausgabe erst ab der 2ten Position.
names = s.split("Sets included in the consensus tree")[0].split("Species in order:")[1].split("\n")[2:]

#Erstellung einer Liste für die im consensus baum includeten Sets.
inc = s.split("Sets NOT included in consensus tree:")[0].split("How many times out ")[1].split("\n")
incl = [x for x in inc if x.replace(' ', '') != '']
incl = [x for x in incl if x != ''][1:]

#Erstellung einer Liste für die Häufigkeitswerte.
rates = [x.split(" ") for x in incl]
rates = [x[-1] for x in rates]

#Erstellung einer Liste für die nicht includeten im Konsensusbaum.Schleife so aufgebaut dass,das programm noch läuft auch wenn es keine not includeten gibt.
has_ninclu = False
if s.find("Sets NOT included in consensus tree:") != -1:
   nincl= s.split("CONSENSUS TREE:")[0].split("Sets NOT included in consensus tree:")[1].split("\n")
   nincl=[x for x in nincl if x.replace(' ',"")][1:-1]
#Erstellung der Häufigkeiten für die nicht includeten
   rate = [x.split(" ") for x in nincl]
   rate = [x[-1] for x in rate]
   has_ninclu = True


#schleifendurchlauf über die länge der Liste der includeten.Suche nach dem Sternchen.Ausgabe der Namen an der Position wo die Sternchen liegen.
#sowie Ausgabe der jeweiligen Häufigkeiten.
buf.append( "Sets included in the consensus tree:\n")
for j in range (0,len(incl)):
   buf.append (rates[j])
   for i in range (0,len(incl[j])):
      if incl [j][i]  == "*":
         buf.append (names[i])
   buf.append ("\n")

#schleife fuer NOT included(selbe Prinzip)
if has_ninclu:
   buf.append ("Sets NOT included in consensus tree:\n")
   for j in range (0,len(nincl)):
      buf.append( rate[j])
      for i in range (0,len(nincl[j])):
         if nincl [j][i]  == "*":
            buf.append (names[i])
      buf.append ("\n")
else:
   buf.append("No sets were reported which were NOT included in consensus tree")

#in outtext werden die einzelnen Zeilen durch Leerzeilen getrennt ausgegeben.
outtext = "\n".join(buf)
sys.stdout.write(outtext)
o.write(outtext)
o.close()