pdb ziurejimas

Kaip nurodomos failų grupės:
[] - 1 simbolio alternatyvos išvardintos
* - bet kas bet kokio ilgio
? - bet koks 1 simbolis

1A08
1A08_ligand* failuose kelios sulietos liekanos, netgi yra lyg ir baltymo GLU102 tas aprašymas ateina is originalaus pdb.
Aiškiausia palyginus ligand.png su tuo kas yra pdb puslapio paveiksluose. pdb net nenurodytas "ligand chemical component" lygtai ligandų nėra yra tik baltymo cheminė modifikacija.

1A1[BCE]
Tas pats nesutapimas. Originaliam faile įrašyti 3 kovalentiškai sujungti ligandai išimti kartu, bet kaip 3 a.r. liekanos/molekulės. O pdb puslapyje nurodo 0 ligandų 2 baltymo chemines modifikacijas kaip ligando dalis, o 3 ligando dalį - a.r. ignoruoja, supainioja su peptidu.
Pačiuose failuose gal ir gerai, čia gal pdb reiktų taisyti.

1A30
Tripeptidinis ligandas įmaišytas į baltymo struktūrą kaip grandinė C. pdb puslapyje dėl to beveik nieko apie jį nėra. Kol kas buvo neišimtas, bet tiesiog kaip ligandą reikia išimti grandinę C. Taip peptidiniai ligandai visur įmaišyti.

1ADL
Gal ir gerai viskas, tik, kad čia labai įdomus ligando prisijungimas tarp fenolinio -OH ir r.r. -COOH grupių 2.7-3.6 angstremų atstumas.

1AJ6
ligand.png be stereochemijos likęs.
Tai ir apskritai visi(?) ligand.png pametę stereochemiją.

1ANF
Iš straipsnio pavadinimo matosi, kad ligandas yra maltozė. pdb faile originaliam ligandas yra 2xGLC sujungta kovalentiškai, o tai kaip ir gerai, bet pdb puslapyje apačioj ligandas jau yra gliukozė. Tai manau to 2xGLC reiktų vengti, bet gal ir gerai.
ligand.png vel be stereochemijos, na čia kitur net to neminėsiu, nes visur.

1B05
Tik, kad pdb puslapyje "ligand chemical component" yra uranas. Apskritai tas kartojasi masiškai, kad pdb puslapyje pametami ligandai kurie struktūroje yra įtraukti kaip baltymo grandinė. Straipsnio pavadinime: LYS-CYS-LYS. Bet tai failuose sutvarkyta.

1B32


1B3F
Čia vėl ligandas yra įdėtas kaip baltymo grandinė b. Be to dalis jo įdėta du kartus. Matomai nenustatė kaip tiksliai jungiasi. *ligand*.pdb failuose taip ir likę, kad dalis struktūros pakartota 2x, reiktų dalį nutrinti ar išvis šito neimti.

1B3G
Blogas ligand.png

1B3L


1B40
Blogas ligand.png

1B46
Prastas ligand.png

1B4Z
Blogas ligand.png

1B51


1B58
Blogas ligand.png

1B5I
Blogas ligand.png

1B5J
Blogas ligand.png
Čia vis kartojasi tas pats baltymas OPPA su koku nors tripeptidu per visus pdb...

1BEF
Straipsnis atmestas struktūra pašalinta. Tokios nėra.

1BGQ


1BVI
Čia toks įdomus variantas kai prie tetramerinio baltymo prisijungia 5 ligandai.
Failuose paimtas 1 atvejis.

1CE5
Sulfatas nuo pagrindinio ligando tik 3.5-3.9 A.

1DIH


1DRU


1DRV


1DRW


1E4W
Cl- 3.2-3.7 A nuo ligando.

1E7A
Čia prie 1 baltymo jungiasi 2 ligandai. O taip ir išimta vienam faile du ligandai.

1E7B
Čia vėl originaliam pdb 2 struktūros prie vienos 2 ligandai prie kitos 3. Taip ir nieko nedaryta, tik aplankas yra.

1E7C
Čia vėl nieko nedaryta. Ligandų yra 2 ir jie prisijungę 11 kartų. Gal dėl to.

1ELJ
Ligand.png nelabai išvaizdus, bet pdb puslapyje išvis teigia, kad ligandas yra gliukozė. Nėra ligando pdb su vandeniliais. Nors failų folderiuose visados labai įvairiai.

1FDQ
Blogas ligand.png

1FE3


1GZ9
Ligandas nuo kalcio jono ~6 A. Dar reiktų patikrinti straipsnyje iš kur tas kalcis.

1GZC
Tas pats kalcis.

1HIY


1HSG
Blogas ligand.png.

1I82


1I8A


IJ84
ligand.png tiesiog klaidingas.

1JET


1JEU


1JEV
Su visais tais OPPA baltymais yra dar vienas įdomus dalykas, kad nėra jokios ertmės per kurią galėtų prisijungti ligandas. Ligandas yra pilnai baltymo viduje tartum kiaušinio trynys. Atvaizdavus baltymo paviršių ligando visiškai nesimato.

1K1I
Ir vėl ligand.png nesutampa su ligand.pdb.

1K1J
Ir vėl ligand.png nesutampa su ligand.pdb. Sulfatas 3.2-3.3 A prie ligando.

1K1L
Sulfatas 3.0-3.1 A prie ligando.

1K1M
Sulfatas 3.3 A prie ligando.

1K1N


1K7T


1K7U


1KDN
Čia AlF3 pridėta ir tas likęs ligandų pdb failuose. Ligandų pdb failuose dar yra magnio jonų. Tarp AlF3 ir ligando atstumas 2.4-2.9 A. Taip daryta, nes formuoja kompleksą pereinamosios būsenos analogą.

1KZN


1LID


1LZB
Blogas ligand.png

1NDC
Čia dar magnio jonas kartu jungiasi.

1NDP
Čia dar magnio jonas kartu jungiasi.

1NZL
Nieko nėra tik ligand.png ir tas visiškai blogas. Pažiūrėjus į pradinį pdb tai 2 ligando molekulės jungiasi viena šalia kitos.

1NZV
ligand.png visiškai blogas. Vėl 2 ligando molekulės jungiasi viena šalia kitos. Kaipo ligandas išimta pagalbinė medžiaga tetraetilenglikolis. Jis jungiasi kitoje baltymo pusėje.

1ODI
Tarp ligando ir sulfato 3.3-5.0 A.

1ODJ
Ligandas prie struktūros jungiasi 6x ir visad poroje su sulfatu.
Tarp ligando ir sulfato 3.3-3.3 A.

1OHR
ligand.png blogas.
Pradinis pdb su vandeniliais kurių neturėtų būti.

1OIM
Čia ir kai kur kitur tokie failų pavadinimai: PDB.pdb. Smulkmena, bet .pdb gan.
Nėra ligando be vandenilių.

1PTS
ligand.png blogas.
Daugiau failuose nieko nėra.
pdb puslapyje teigiama, kad ligandas yra batymo P grandinė, bet atsisiuntus pdb ligando nėra!!!???

1QKA
Vėl tas įdomus variantas, kad nėra tos vietos per kurią ligandas galėtų prisijungti. (vėl OPPA balt.)

1QKB
1 C atomas ligande pakartotas 2 kartus taip ir likę ligand.pdb reiktų pratrinti.

1QY1


1QY2


1RD4
ligand.png blogas.

1SRE
Ligande į azo grupę pridėta vandenilių reiktų ištrinti.

1SR[GI]
Čia originaliam pdb įdomi struktūra kai prie B grandinės besijungiantis ligandas priskiriamas A grandinei ir atv. Tas nėra atmaišyta failuose, ligandas to pasėkoj nesutapa su baltymu. (atidaryti kartu 1SRG/1SRG_ligandA_h_accelrys.pdb 1SRG/1SRG_proteinA_h_accelrys.pdb, norint pamatyti)

1SRI tas pats.

1SWG
Čia problematiška biotinas jungiasi tarpe tarp dviejų grandinių. 4 grandinės 4 biotinai. Manau galima organizuoti 1 biotino prisijungimo vietą, bet ne taip paprasta. Pridaryta *.dsv failų ne *.pdb.

1T7I
Ligand.png prastas.

1T7J
ligand.png blogas.

1TLG
Ligandas prie Ca2+ jungiasi, gal ir gerai.

1U87
Ligand.png prastas.
Čia tai man patinka originalus pdb. Nors peptidinis ligandas, bet kaip viena molekulė tarp HETATM įrašų. Ligandas tai ne baltymo grandinė.

1U88


2BEF
Nėra ligand.png.
Čia jungiasi ADP kartu, komplekse su berilio trifluorido jonu.

2OLB
ligand.png blogas.
Vėl ligandas baltymo grandinė B.

2VCI
Nėra ligand.png.
Nėra ligando su vandeniliais.

2YI0
Nėra ligand.png.
Nėra ligando su vandeniliais.

2YI5
Nėra ligand.png.
Nėra ligando su vandeniliais.

2YI7
Nėra ligand.png.
Nėra ligando su vandeniliais.

3MBP
Ligand.png blogas.
pdb puslapyje irgi neteisingai nurodytas ligandas.

3PTB


4RSK


6GSP