API tools faq
paste
Advertisement
Guest User

Untitled

a guest
Jan 4th, 2019
128
0
Never
Add comment
Not a member of Pastebin yet? Sign Up, it unlocks many cool features!
Bash 35.75 KB | None | 0 0
raw download clone embed print report
  1. [sajid@xrm free_space]$ make ex_modify                                                                                                                                        
  2. /raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0/mpich-3.3-z5uiwmx24jylnivuhlnqjjmm674ozj6x/bin/mpicc -o ex_modify.o -c -fPIC    -g -I/raid/home/sajid/p
  3. ackages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0/petsc-develop-2u6vuwagkoczyvnpsubzrubmtmpfhhkj/include -I/raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc
  4. -7.3.0/superlu-dist-develop-cpspq4ca2hnyvhx4mz7zsupbj3do6md3/include -I/raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0/hdf5-1.10.4-ltstvsxvyjue2gxfegi4
  5. nvr6c5xg3zww/include -I/raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0/parmetis-4.0.3-hw3j2ss7mjsc5x5f2gaflirnuufzptil/include -I/raid/home/sajid/packa
  6. ges/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0/metis-5.1.0-nhgzn4kjskctzmzv35mstvd34nj2ugek/include -I/raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0
  7. /zlib-1.2.11-ldu43taplg2nbkxtem346zq4ibhad64i/include    `pwd`/ex_modify.c                                                                                                    
  8. /raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0/mpich-3.3-z5uiwmx24jylnivuhlnqjjmm674ozj6x/bin/mpicc -fPIC   -g -o ex_modify ex_modify.o  -Wl,-rpath,/r
  9. aid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0/petsc-develop-2u6vuwagkoczyvnpsubzrubmtmpfhhkj/lib -L/raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel
  10. 7-x86_64/gcc-7.3.0/petsc-develop-2u6vuwagkoczyvnpsubzrubmtmpfhhkj/lib -Wl,-rpath,/raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0/superlu-dist-develop-c
  11. pspq4ca2hnyvhx4mz7zsupbj3do6md3/lib -L/raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0/superlu-dist-develop-cpspq4ca2hnyvhx4mz7zsupbj3do6md3/lib -Wl,-rp
  12. ath,/raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0/intel-mkl-2019.0.117-wzqlcijwx7odz2x5chembudo5leqpfh2/compilers_and_libraries_2019.0.117/linux/mkl/
  13. lib/intel64 -L/raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0/intel-mkl-2019.0.117-wzqlcijwx7odz2x5chembudo5leqpfh2/compilers_and_libraries_2019.0.117/
  14. linux/mkl/lib/intel64 /lib64/libpthread.so /lib64/libm.so /lib64/libdl.so -Wl,-rpath,/raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0/hdf5-1.10.4-ltstvs
  15. xvyjue2gxfegi4nvr6c5xg3zww/lib -L/raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0/hdf5-1.10.4-ltstvsxvyjue2gxfegi4nvr6c5xg3zww/lib -Wl,-rpath,/raid/home
  16. /sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0/parmetis-4.0.3-hw3j2ss7mjsc5x5f2gaflirnuufzptil/lib -L/raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_6
  17. 4/gcc-7.3.0/parmetis-4.0.3-hw3j2ss7mjsc5x5f2gaflirnuufzptil/lib -Wl,-rpath,/raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0/metis-5.1.0-nhgzn4kjskctzmzv
  18. 35mstvd34nj2ugek/lib -L/raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0/metis-5.1.0-nhgzn4kjskctzmzv35mstvd34nj2ugek/lib -L/raid/home/sajid/packages/spa
  19. ck/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0/zlib-1.2.11-ldu43taplg2nbkxtem346zq4ibhad64i/lib -Wl,-rpath,/raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0/m
  20. pich-3.3-z5uiwmx24jylnivuhlnqjjmm674ozj6x/lib -L/raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0/mpich-3.3-z5uiwmx24jylnivuhlnqjjmm674ozj6x/lib -Wl,-rpa
  21. th,/raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-4.8.5/gcc-7.3.0-qrjpi76aeo4bysagruwwfii6oneh56lj/lib:/raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7
  22. -x86_64/gcc-4.8.5/gcc-7.3.0-qrjpi76aeo4bysagruwwfii6oneh56lj/lib64 -Wl,-rpath,/raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-4.8.5/gcc-7.3.0-qrjpi76aeo4bysa
  23. gruwwfii6oneh56lj/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/7.3.0 -L/raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-4.8.5/gcc-7.3.0-qrjpi76aeo4bysagruwwfii6oneh56lj/lib/gc
  24. c/x86_64-pc-linux-gnu/7.3.0 -Wl,-rpath,/raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-4.8.5/gcc-7.3.0-qrjpi76aeo4bysagruwwfii6oneh56lj/lib64 -L/raid/home/sa
  25. jid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-4.8.5/gcc-7.3.0-qrjpi76aeo4bysagruwwfii6oneh56lj/lib64 -Wl,-rpath,/raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x8
  26. 6_64/gcc-4.8.5/gcc-7.3.0-qrjpi76aeo4bysagruwwfii6oneh56lj/lib -L/raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-4.8.5/gcc-7.3.0-qrjpi76aeo4bysagruwwfii6oneh5
  27. 6lj/lib -lpetsc -lsuperlu_dist -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -lhdf5hl_fortran -lhdf5_fortran -lhdf5_hl -lhdf5 -lparmetis -lmetis -lm -lz -lX11 -lpthread -lstdc
  28. ++ -ldl -lmpifort -lmpi -lgfortran -lm -lgfortran -lm -lgcc_s -lquadmath -lstdc++ -ldl                                                                                        
  29. /bin/ld: warning: libgfortran.so.3, needed by /usr/lib64/liblapack.so.3, may conflict with libgfortran.so.4                                                                  
  30. /bin/ld: warning: libgfortran.so.3, needed by /usr/lib64/liblapack.so.3, may conflict with libgfortran.so.4                                                                  
  31. true ex_modify                                                                                                                                                                
  32. rm ex_modify.o                                                                                                                                                                
  33. [sajid@xrm free_space]$ ./ex_modify -ts_type cn -start_in_debugger noxterm -fp_trap                                                                                          
  34. PETSC: Attaching gdb to ./ex_modify of pid 26566 on xrm                                                                                                                      
  35. GNU gdb (GDB) Red Hat Enterprise Linux 7.6.1-100.el7                                                                                                                          
  36. Copyright (C) 2013 Free Software Foundation, Inc.                                                                                                                            
  37. License GPLv3+: GNU GPL version 3 or later <http://gnu.org/licenses/gpl.html>                                                                                                
  38. This is free software: you are free to change and redistribute it.                                                                                                            
  39. There is NO WARRANTY, to the extent permitted by law.  Type "show copying"                                                                                                    
  40. and "show warranty" for details.                                                                                                                                              
  41. This GDB was configured as "x86_64-redhat-linux-gnu".                                                                                                                        
  42. For bug reporting instructions, please see:                                                                                                                                  
  43. <http://www.gnu.org/software/gdb/bugs/>...                                                                                                                                    
  44. Reading symbols from /raid/home/sajid/packages/xwp_petsc/2d/free_space/ex_modify...done.                                                                                      
  45. Attaching to program: /raid/home/sajid/packages/xwp_petsc/2d/free_space/./ex_modify, process 26566                                                                            
  46. Reading symbols from /lib64/libpthread.so.0...(no debugging symbols found)...done.                                                                                            
  47. [Thread debugging using libthread_db enabled]                                                                                                                                
  48. Using host libthread_db library "/lib64/libthread_db.so.1".                                                                                                                  
  49. Loaded symbols for /lib64/libpthread.so.0                                                                                                                                    
  50. Reading symbols from /lib64/libm.so.6...(no debugging symbols found)...done.                                                                                                  
  51. Loaded symbols for /lib64/libm.so.6                                                                                                                                          
  52. Reading symbols from /lib64/libdl.so.2...(no debugging symbols found)...done.                                                                                                
  53. Loaded symbols for /lib64/libdl.so.2                                                                                                                                          
  54. Reading symbols from /raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0/petsc-develop-2u6vuwagkoczyvnpsubzrubmtmpfhhkj/lib/libpetsc.so.3.010...(no debuggi
  55. ng symbols found)...done.                                                                                                                                                    
  56. Loaded symbols for /raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0/petsc-develop-2u6vuwagkoczyvnpsubzrubmtmpfhhkj/lib/libpetsc.so.3.010                
  57. Reading symbols from /raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0/superlu-dist-develop-cpspq4ca2hnyvhx4mz7zsupbj3do6md3/lib/libsuperlu_dist.so.6...d
  58. one.                                                                                                                                                                          
  59. Loaded symbols for /raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0/superlu-dist-develop-cpspq4ca2hnyvhx4mz7zsupbj3do6md3/lib/libsuperlu_dist.so.6      
  60. Reading symbols from /raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0/intel-mkl-2019.0.117-wzqlcijwx7odz2x5chembudo5leqpfh2/compilers_and_libraries_2019
  61. .0.117/linux/mkl/lib/intel64/libmkl_intel_lp64.so...(no debugging symbols found)...done.                                                                                      
  62. Loaded symbols for /raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0/intel-mkl-2019.0.117-wzqlcijwx7odz2x5chembudo5leqpfh2/compilers_and_libraries_2019.0
  63. .117/linux/mkl/lib/intel64/libmkl_intel_lp64.so                                                                                                                              
  64. Reading symbols from /raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0/intel-mkl-2019.0.117-wzqlcijwx7odz2x5chembudo5leqpfh2/compilers_and_libraries_2019
  65. .0.117/linux/mkl/lib/intel64/libmkl_sequential.so...(no debugging symbols found)...done.                                                                                      
  66. Loaded symbols for /raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0/intel-mkl-2019.0.117-wzqlcijwx7odz2x5chembudo5leqpfh2/compilers_and_libraries_2019.0
  67. .117/linux/mkl/lib/intel64/libmkl_sequential.so                                                                                                                              
  68. Reading symbols from /raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0/intel-mkl-2019.0.117-wzqlcijwx7odz2x5chembudo5leqpfh2/compilers_and_libraries_2019
  69. .0.117/linux/mkl/lib/intel64/libmkl_core.so...done.                                                                                                                          
  70. Loaded symbols for /raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0/intel-mkl-2019.0.117-wzqlcijwx7odz2x5chembudo5leqpfh2/compilers_and_libraries_2019.0
  71. .117/linux/mkl/lib/intel64/libmkl_core.so                                                                                                                                    
  72. Reading symbols from /raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0/hdf5-1.10.4-ltstvsxvyjue2gxfegi4nvr6c5xg3zww/lib/libhdf5hl_fortran.so.100...(no de
  73. bugging symbols found)...done.                                                                                                                                                
  74. Loaded symbols for /raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0/hdf5-1.10.4-ltstvsxvyjue2gxfegi4nvr6c5xg3zww/lib/libhdf5hl_fortran.so.100          
  75. Reading symbols from /raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0/hdf5-1.10.4-ltstvsxvyjue2gxfegi4nvr6c5xg3zww/lib/libhdf5_fortran.so.100...(no debu
  76. gging symbols found)...done.                                                                                                                                                  
  77. Loaded symbols for /raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0/hdf5-1.10.4-ltstvsxvyjue2gxfegi4nvr6c5xg3zww/lib/libhdf5_fortran.so.100            
  78. Reading symbols from /raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0/hdf5-1.10.4-ltstvsxvyjue2gxfegi4nvr6c5xg3zww/lib/libhdf5_hl.so.100...(no debugging
  79.  symbols found)...done.                                                                                                                                                      
  80. Loaded symbols for /raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0/hdf5-1.10.4-ltstvsxvyjue2gxfegi4nvr6c5xg3zww/lib/libhdf5_hl.so.100                  
  81. Reading symbols from /raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0/hdf5-1.10.4-ltstvsxvyjue2gxfegi4nvr6c5xg3zww/lib/libhdf5.so.103...(no debugging sy
  82. mbols found)...done.                                                                                                                                                          
  83. Loaded symbols for /raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0/hdf5-1.10.4-ltstvsxvyjue2gxfegi4nvr6c5xg3zww/lib/libhdf5.so.103                    
  84. Reading symbols from /raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0/parmetis-4.0.3-hw3j2ss7mjsc5x5f2gaflirnuufzptil/lib/libparmetis.so...done.        
  85. Loaded symbols for /raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0/parmetis-4.0.3-hw3j2ss7mjsc5x5f2gaflirnuufzptil/lib/libparmetis.so                  
  86. Reading symbols from /raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0/metis-5.1.0-nhgzn4kjskctzmzv35mstvd34nj2ugek/lib/libmetis.so...(no debugging symbo
  87. ls found)...done.                                                                                                                                                            
  88. Loaded symbols for /raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0/metis-5.1.0-nhgzn4kjskctzmzv35mstvd34nj2ugek/lib/libmetis.so                        
  89. Reading symbols from /lib64/libz.so.1...Reading symbols from /lib64/libz.so.1...(no debugging symbols found)...done.                                                          
  90. (no debugging symbols found)...done.                                                                                                                                          
  91. Loaded symbols for /lib64/libz.so.1                                                                                                                                          
  92. Reading symbols from /raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0/libx11-1.6.5-fq4iuwdxjyckf5eqsvnistset6p4hrzm/lib/libX11.so.6...done.            
  93. Loaded symbols for /raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0/libx11-1.6.5-fq4iuwdxjyckf5eqsvnistset6p4hrzm/lib/libX11.so.6                      
  94. Reading symbols from /raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-4.8.5/gcc-7.3.0-qrjpi76aeo4bysagruwwfii6oneh56lj/lib64/libstdc++.so.6...done.          
  95. Loaded symbols for /raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-4.8.5/gcc-7.3.0-qrjpi76aeo4bysagruwwfii6oneh56lj/lib64/libstdc++.so.6                    
  96. Reading symbols from /raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0/mpich-3.3-z5uiwmx24jylnivuhlnqjjmm674ozj6x/lib/libmpifort.so.12...(no debugging sy
  97. mbols found)...done.                                                                                                                                                          
  98. Loaded symbols for /raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0/mpich-3.3-z5uiwmx24jylnivuhlnqjjmm674ozj6x/lib/libmpifort.so.12                    
  99. Reading symbols from /raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0/mpich-3.3-z5uiwmx24jylnivuhlnqjjmm674ozj6x/lib/libmpi.so.12...(no debugging symbol
  100. s found)...done.                                                                                                                                                              
  101. Loaded symbols for /raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0/mpich-3.3-z5uiwmx24jylnivuhlnqjjmm674ozj6x/lib/libmpi.so.12                        
  102. Reading symbols from /raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-4.8.5/gcc-7.3.0-qrjpi76aeo4bysagruwwfii6oneh56lj/lib64/libgfortran.so.4...done.        
  103. Loaded symbols for /raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-4.8.5/gcc-7.3.0-qrjpi76aeo4bysagruwwfii6oneh56lj/lib64/libgfortran.so.4                  
  104. Reading symbols from /raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-4.8.5/gcc-7.3.0-qrjpi76aeo4bysagruwwfii6oneh56lj/lib64/libgcc_s.so.1...done.            
  105. Loaded symbols for /raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-4.8.5/gcc-7.3.0-qrjpi76aeo4bysagruwwfii6oneh56lj/lib64/libgcc_s.so.1                      
  106. Reading symbols from /raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-4.8.5/gcc-7.3.0-qrjpi76aeo4bysagruwwfii6oneh56lj/lib64/libquadmath.so.0...done.        
  107. Loaded symbols for /raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-4.8.5/gcc-7.3.0-qrjpi76aeo4bysagruwwfii6oneh56lj/lib64/libquadmath.so.0                  
  108. Reading symbols from /lib64/libc.so.6...(no debugging symbols found)...done.                                                                                                  
  109. Loaded symbols for /lib64/libc.so.6                                                                                                                                          
  110. Reading symbols from /lib64/ld-linux-x86-64.so.2...(no debugging symbols found)...done.                                                                                      
  111. Loaded symbols for /lib64/ld-linux-x86-64.so.2                                                                                                                                
  112. Reading symbols from /lib64/liblapack.so.3...Reading symbols from /lib64/liblapack.so.3...(no debugging symbols found)...done.                                                
  113. (no debugging symbols found)...done.                                                                                                                                          
  114. Loaded symbols for /lib64/liblapack.so.3                                                                                                                                      
  115. Reading symbols from /lib64/libblas.so.3...Reading symbols from /lib64/libblas.so.3...(no debugging symbols found)...done.                                                    
  116. (no debugging symbols found)...done.                                                                                                                                          
  117. Loaded symbols for /lib64/libblas.so.3                                                                                                                                        
  118. Reading symbols from /raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0/mpich-3.3-z5uiwmx24jylnivuhlnqjjmm674ozj6x/lib/libmpicxx.so.12...(no debugging sym
  119. bols found)...done.                                                                                                                                                          
  120. Loaded symbols for /raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0/mpich-3.3-z5uiwmx24jylnivuhlnqjjmm674ozj6x/lib/libmpicxx.so.12                      
  121. Reading symbols from /raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-4.8.5/gcc-7.3.0-qrjpi76aeo4bysagruwwfii6oneh56lj/lib64/libgomp.so.1...done.            
  122. Loaded symbols for /raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-4.8.5/gcc-7.3.0-qrjpi76aeo4bysagruwwfii6oneh56lj/lib64/libgomp.so.1                      
  123. Reading symbols from /raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0/libxcb-1.13-w3g6d3ulogwz3cxf5brw3ymiw22apkax/lib/libxcb.so.1...done.              
  124. Loaded symbols for /raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0/libxcb-1.13-w3g6d3ulogwz3cxf5brw3ymiw22apkax/lib/libxcb.so.1                        
  125. Reading symbols from /raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0/libxau-1.0.8-kv6fes6sr7z5mu6gkmpanmzx2tmbaroc/lib/libXau.so.6...done.            
  126. Loaded symbols for /raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0/libxau-1.0.8-kv6fes6sr7z5mu6gkmpanmzx2tmbaroc/lib/libXau.so.6                      
  127. Reading symbols from /raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0/libxdmcp-1.1.2-pogqqdhqufmv567ch6n4eipdw7wgpdui/lib/libXdmcp.so.6...done.        
  128. Loaded symbols for /raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-7.3.0/libxdmcp-1.1.2-pogqqdhqufmv567ch6n4eipdw7wgpdui/lib/libXdmcp.so.6                  
  129. Reading symbols from /lib64/libudev.so.1...Reading symbols from /lib64/libudev.so.1...(no debugging symbols found)...done.                                                    
  130. (no debugging symbols found)...done.                                                                                                                                          
  131. Loaded symbols for /lib64/libudev.so.1                                                                                                                                        
  132. Reading symbols from /lib64/libxml2.so.2...Reading symbols from /lib64/libxml2.so.2...(no debugging symbols found)...done.                                                    
  133. (no debugging symbols found)...done.                                                                                                                                          
  134. Loaded symbols for /lib64/libxml2.so.2                                                                                                                                        
  135. Reading symbols from /lib64/librt.so.1...(no debugging symbols found)...done.                                                                                                
  136. Loaded symbols for /lib64/librt.so.1                                                                                                                                          
  137. Reading symbols from /lib64/libgfortran.so.3...(no debugging symbols found)...done.                                                                                          
  138. Loaded symbols for /lib64/libgfortran.so.3                                                                                                                                    
  139. Reading symbols from /lib64/libcap.so.2...Reading symbols from /lib64/libcap.so.2...(no debugging symbols found)...done.                                                      
  140. (no debugging symbols found)...done.                                                                                                                                          
  141. Loaded symbols for /lib64/libcap.so.2                                                                                                                                        
  142. Reading symbols from /lib64/libdw.so.1...Reading symbols from /lib64/libdw.so.1...(no debugging symbols found)...done.                                                        
  143. (no debugging symbols found)...done.                                                                                                                                          
  144. Loaded symbols for /lib64/libdw.so.1                                                                                                                                          
  145. Reading symbols from /lib64/liblzma.so.5...Reading symbols from /lib64/liblzma.so.5...(no debugging symbols found)...done.                                                    
  146. (no debugging symbols found)...done.                                                                                                                                          
  147. Loaded symbols for /lib64/liblzma.so.5                                                                                                                                        
  148. Reading symbols from /lib64/libattr.so.1...Reading symbols from /lib64/libattr.so.1...(no debugging symbols found)...done.                                                    
  149. (no debugging symbols found)...done.                                                                                                                                          
  150. Loaded symbols for /lib64/libattr.so.1                                                                                                                                        
  151. Reading symbols from /lib64/libelf.so.1...Reading symbols from /lib64/libelf.so.1...(no debugging symbols found)...done.                                                      
  152. (no debugging symbols found)...done.                                                                                                                                          
  153. Loaded symbols for /lib64/libelf.so.1                                                                                                                                        
  154. Reading symbols from /lib64/libbz2.so.1...Reading symbols from /lib64/libbz2.so.1...(no debugging symbols found)...done.                                                      
  155. (no debugging symbols found)...done.                                                                                                                                          
  156. Loaded symbols for /lib64/libbz2.so.1                                                                                                                                        
  157. 0x00007f4d00854190 in __nanosleep_nocancel () from /lib64/libc.so.6                                                                                                          
  158. warning: File "/raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-4.8.5/gcc-7.3.0-qrjpi76aeo4bysagruwwfii6oneh56lj/lib64/libstdc++.so.6.0.24-gdb.py" auto-loadin
  159. g has been declined by your `auto-load safe-path' set to "$debugdir:$datadir/auto-load:/usr/bin/mono-gdb.py".                                                                
  160. To enable execution of this file add                                                                                                                                          
  161.        add-auto-load-safe-path /raid/home/sajid/packages/spack/opt/spack/linux-rhel7-x86_64/gcc-4.8.5/gcc-7.3.0-qrjpi76aeo4bysagruwwfii6oneh56lj/lib64/libstdc++.so.6.0.24-gd
  162. b.py                                                                                                                                                                          
  163. line to your configuration file "/raid/home/sajid/.gdbinit".                                                                                                                  
  164. To completely disable this security protection add                                                                                                                            
  165.        set auto-load safe-path /                                                                                                                                            
  166. line to your configuration file "/raid/home/sajid/.gdbinit".                                                                                                                  
  167. For more information about this security protection see the                                                                                                                  
  168. "Auto-loading safe path" section in the GDB manual.  E.g., run from the shell:                                                                                                
  169.        info "(gdb)Auto-loading safe path"                                                                                                                                    
  170. Missing separate debuginfos, use: debuginfo-install blas-3.4.2-8.el7.x86_64 bzip2-libs-1.0.6-13.el7.x86_64 elfutils-libelf-0.168-8.el7.x86_64 elfutils-libs-0.168-8.el7.x86_64
  171. glibc-2.17-196.el7.x86_64 lapack-3.4.2-8.el7.x86_64 libattr-2.4.46-12.el7.x86_64 libcap-2.22-9.el7.x86_64 libgfortran-4.8.5-16.el7.x86_64 libxml2-2.9.1-6.el7_2.3.x86_64 syst
  172. emd-libs-219-42.el7_4.4.x86_64 xz-libs-5.2.2-1.el7.x86_64 zlib-1.2.7-17.el7.x86_64                                                                                            
  173. (gdb) quit                                                                                                                                                                    
  174. A debugging session is active.                                                                                                                                                
  175.                                                                                                                                                                              
  176.        Inferior 1 [process 26566] will be detached.                                                                                                                          
  177.                                                                                                                                                                              
  178. Quit anyway? (y or n) y                                                                                                                                                      
  179. Detaching from program: /raid/home/sajid/packages/xwp_petsc/2d/free_space/./ex_modify, process 26566                                                                          
  180. Solving a linear TS problem on 1 processor                                                                                                                                    
  181. mx : 512, my: 512 lambda : 1.239840e-10                                                                                                                                      
  182. [0]PETSC ERROR: *** unknown floating point error occurred ***                                                                                                                
  183. [0]PETSC ERROR: The specific exception can be determined by running in a debugger.  When the                                                                                  
  184. [0]PETSC ERROR: debugger traps the signal, the exception can be found with fetestexcept(0x3d)                                                                                
  185. [0]PETSC ERROR: where the result is a bitwise OR of the following flags:                                                                                                      
  186. [0]PETSC ERROR: FE_INVALID=0x1 FE_DIVBYZERO=0x4 FE_OVERFLOW=0x8 FE_UNDERFLOW=0x10 FE_INEXACT=0x20                                                                            
  187. [0]PETSC ERROR: Try option -start_in_debugger                                                                                                                                
  188. [0]PETSC ERROR: likely location of problem given in stack below                                                                                                              
  189. [0]PETSC ERROR: ---------------------  Stack Frames ------------------------------------                                                                                      
  190. [0]PETSC ERROR: Note: The EXACT line numbers in the stack are not available,                                                                                                  
  191. [0]PETSC ERROR:       INSTEAD the line number of the start of the function                                                                                                    
  192. [0]PETSC ERROR:       is given.                                                                                                                                              
  193. [0]PETSC ERROR: [0] PetscDefaultFPTrap line 357 /tmp/sajid/spack-stage/spack-stage-0boEG4/petsc/src/sys/error/fp.c                                                            
  194. [0]PETSC ERROR: [0] VecNorm_Seq line 221 /tmp/sajid/spack-stage/spack-stage-0boEG4/petsc/src/vec/vec/impls/seq/bvec2.c                                                        
  195. [0]PETSC ERROR: [0] VecNorm line 214 /tmp/sajid/spack-stage/spack-stage-0boEG4/petsc/src/vec/vec/interface/rvector.c                                                          
  196. [0]PETSC ERROR: [0] VecNormalize line 314 /tmp/sajid/spack-stage/spack-stage-0boEG4/petsc/src/vec/vec/interface/rvector.c                                                    
  197. [0]PETSC ERROR: [0] KSPGMRESCycle line 122 /tmp/sajid/spack-stage/spack-stage-0boEG4/petsc/src/ksp/ksp/impls/gmres/gmres.c                                                    
  198. [0]PETSC ERROR: [0] KSPSolve_GMRES line 225 /tmp/sajid/spack-stage/spack-stage-0boEG4/petsc/src/ksp/ksp/impls/gmres/gmres.c                                                  
  199. [0]PETSC ERROR: [0] KSPSolve line 678 /tmp/sajid/spack-stage/spack-stage-0boEG4/petsc/src/ksp/ksp/interface/itfunc.c                                                          
  200. [0]PETSC ERROR: [0] SNESSolve_KSPONLY line 14 /tmp/sajid/spack-stage/spack-stage-0boEG4/petsc/src/snes/impls/ksponly/ksponly.c                                                
  201. [0]PETSC ERROR: [0] SNESSolve line 4282 /tmp/sajid/spack-stage/spack-stage-0boEG4/petsc/src/snes/interface/snes.c                                                            
  202. [0]PETSC ERROR: [0] TSTheta_SNESSolve line 175 /tmp/sajid/spack-stage/spack-stage-0boEG4/petsc/src/ts/impls/implicit/theta/theta.c                                            
  203. [0]PETSC ERROR: [0] TSStep_Theta line 191 /tmp/sajid/spack-stage/spack-stage-0boEG4/petsc/src/ts/impls/implicit/theta/theta.c                                                
  204. [0]PETSC ERROR: [0] TSStep line 3642 /tmp/sajid/spack-stage/spack-stage-0boEG4/petsc/src/ts/interface/ts.c                                                                    
  205. [0]PETSC ERROR: [0] TSSolve line 3784 /tmp/sajid/spack-stage/spack-stage-0boEG4/petsc/src/ts/interface/ts.c                                                                  
  206. [0]PETSC ERROR: User provided function() line 0 in Unknown file trapped floating point error                                                                                  
  207. Aborted (core dumped)                                                                                                                                                        
  208. [sajid@xrm free_space]$
Advertisement
Add Comment
Please, Sign In to add comment
Advertisement
Public Pastes
Advertisement
We use cookies for various purposes including analytics. By continuing to use Pastebin, you agree to our use of cookies as described in the Cookies Policy.  OK, I Understand
Not a member of Pastebin yet?
Sign Up, it unlocks many cool features!