/* Création des bibliothèques source et decode */
libname decode  "/folders/myfolders/Miniprojet/source/format";    /* endroit où se trouvent le catalogue de formats */
libname source  "/folders/myfolders/Miniprojet/source ";    /* endroit où se trouvent tous les datasets sources */
options fmtsearch=( decode   SOURCE  WORK);
options ls=256;

/* 2.5 Evènements indésirables */
DATA SOURCE.ADVERSE_EVENT;
SET SOURCE.ADVERSE_EVENT;

/* 2.5.1 Création variables ae_start_date - ae_stop_date et restriction */
ATTRIB ae_start_date FORMAT=DATE9.;
ATTRIB ae_stop_date FORMAT=DATE9.;
ATTRIB restriction length=3;

/* Création de la date de début en donnant comme jour 01 si il n'existe pas, et janvier si le mois n'existe pas */
ATTRIB _aestdtmo FORMAT=$3.;
IF(AESTDTYY^='') THEN
DO;
    IF (AESTDTDD='') THEN _aestdtdd = '01';
        ELSE _aestdtdd = AESTDTDD;
    IF (AESTDTMO='') THEN _aestdtmo = 'JAN';
        ELSE _aestdtmo = AESTDTMO;
    ae_start_date = input(catt(_aestdtdd, catt(_aestdtmo, AESTDTYY)), DATE9.);
END;

/* Création de la date de fin en donnant le dernier jours du mois si il n'existe pas, et décembre si le mois n'existe pas */
ATTRIB _aeeddtmo FORMAT=$3.;
IF(AEENDTYY^='') THEN
DO;
    IF (AEENDTMO='') THEN _aeendtmo = 'DEC';
        ELSE _aeendtmo = AEENDTMO;
    IF (AEENDTDD='') THEN _aeendtdd = intnx('month',catt("01", catt(_aeendtmo, AEENDTYY)),1)-1;
        ELSE _aeendtdd = AEENDTDD;

    ae_stop_date = input(catt(_aeendtdd, catt(_aeendtmo, AEENDTYY)), DATE9.);
END;

RUN;

/* Ne prendre que les évènements où la date de début est supérieure à la première visite du patient*/
    /* On fait une table des premières visites */
    DATA FIRST_VISIT;
    SET SOURCE.DATE_OF_VISIT (KEEP=USUBJID VISDT);
    RUN;

    /* Dans cette table comme son nom l'indique on ne garde que la première visite par patient*/
    PROC SORT DATA=FIRST_VISIT;
    BY USUBJID VISDT;
    RUN;
    PROC SORT DATA=FIRST_VISIT NODUPKEY OUT=FIRST_VISIT_2;
    BY USUBJID;
    RUN;

    /* On rajoute une colonne avec la première visite */
    PROC SORT DATA=SOURCE.ADVERSE_EVENT;
    BY USUBJID;
    RUN;

    PROC SORT DATA=FIRST_VISIT;
    BY USUBJID;
    RUN;

    DATA SOURCE.ADVERSE_EVENT;
    MERGE SOURCE.ADVERSE_EVENT (IN=mark1) WORK.FIRST_VISIT_2;
    by USUBJID ;
    if mark1 then output;
    RUN;

    DATA SOURCE.ADVERSE_EVENT;
    SET SOURCE.ADVERSE_EVENT;
    if(ae_start_date^='') THEN
    DO;
        if(ae_start_date>=VISDT) THEN restriction =1;
    END;
    RUN;

/* Restriction pour exclure les lignes non voulues*/
/*DATA SOURCE.ADVERSE_EVENT;
SET SOURCE.ADVERSE_EVENT(WHERE=(restriction=1));
RUN;*/

/* 2° Fusion AE */

DATA AE ;
MERGE  SOURCE.ADVERSE_EVENT ( IN=mark1 ) SOURCE.TREATMENT_ASSIGNMENT ( IN=mark2 KEEP= USUBJID TRTCD ASGNDTTM) ;
by USUBJID ;
if mark1 THEN output;

RUN;