import os
import sys
import glob

PYTHON_PATH = sys.executable # путь к питончику
files = glob.glob('xxx.yyy') # получаем список файлов, шаблон подбирай сам
for i, input_file in enumerate(files): # перебираем в цикле список файлов, добавляя порядковый номер
    result = os.system(f'{PYTHON_PATH} script.py {input_file}') # выполняем скрипт для каждого файла
    if result == 0: # если скрипт завершился без ошибок
        os.rename('out.zzz', f'out{i:03d}.zzz') # переименовываем файл
        os.remove(input_file) # удаляем исходный файл
    else:
        print('Программирование не моё')