SIR-Model-Euler.py

# SIR-Model-Euler.py
# katso https://www.maa.org/press/periodicals/loci/joma/the-sir-model-for-spread-of-disease-the-differential-equation-model
# Juhani Kaukoranta 08.03.2020

import numpy as np  # nopeat vektorit, matriisit
import matplotlib.pyplot as plt #plottaus
def SIR(x,s,i,r,delta_t,n):
    b = 1.0/3 # parametri, infektoituneella keskim 3 kontaktia päivässä
    k = 1.0/7 # parametri, infektion kesto keskim 7 päivää
    for j in range (0, n):
        s[j+1] = s[j] - b* s[j]*i[j]*delta_t
        i[j+1] = i[j] + (b*s[j]*i[j] - k*i[j])*delta_t
        r[j+1] = r[j] + k*i[j]*delta_t
    return s,i,r  # palauttaa käyrien s,i,r arvot

def Plottaukset(x,s,i,r):
    plt.title('Epidemian kulku')
    plt.plot(x, s, 'b', label = 's=susceptible')
    plt.plot(x, i, 'g' ,label = 'i=infected')
    plt.plot(x, r, 'r' ,label = 'r=recovered')
    plt.legend(loc='best')