#!/usr/bin/perl

START:
$Mutationsanzahl=0;
print  "Geben Sie die DNA ein:\n";
chomp($dna = <STDIN>);
$dna=lc($dna);
$dnakopie = $dna;
$dna =~ tr/atgc/xxxx/c;
if ($dna=~ m/x/) {
     print "\a\nFalscher Buchstabe (Kein A,T,G oder C) im Code enthalten.\n\n";
     goto START1;
}
print "\nHier ist die DNA:\n$dna\n\n";
print "Hier ist die 1. Mutation der DNA:\n";
print &mutate;

FRAGE:
print "\n\nSollen noch weitere Mutationen simuliert werden?\n[1]\tJa\n[2]\tNein\n\nIhre Wahl: ";
chomp($Antwort=<STDIN>);
if ($Antwort eq 1) {goto WEITEREMUTATIONEN;
} elsif ($Antwort eq 2) {goto MENU;
} else { print "\nFalsche Antwort.";
               goto FRAGE; }


WEITEREMUTATIONEN:
print "\n\nWie viele weitere Mutationen sollen simuliert werden?\n";

chomp($Mutationsanzahl = <STDIN>);

$Mutationsanzahl =~ tr/[1234567890]/x/c;
if ($Mutationsanzahl=~ m/x/) {
     print "\aFalsche Eingabe.\n\n";
     goto WEITEREMUTATIONEN;}

print "\nHier sind $Mutationsanzahl weitere Mutationen:\n";

for ($i; $i<$Mutationsanzahl;) {
      ++$i;

    print "0" x (length($Mutationsanzahl)-length($i));
    print "$i. Mutation: ";
    print &mutate;
    print "\n";
    }

print "\n\n\n";

MENU:
print "Menue\n\n[1]\tStatistiken anzeigen\n[2]\tProgramm neu starten\n[3]\tProgramm beenden\n\nIhre Wahl: ";
chomp($Antwort = <STDIN>);
if ($Antwort eq 1) { goto STATISTIK;
} elsif ($Antwort eq 2) {goto START;
                         print "\n\n";
} elsif ($Antwort eq 3) { print "Vielen Dank!\n\n";
                          exit;
} else {print "Falsche Antwort!\n\n";
        goto MENU;
}

sub randomposition {
    $randomposition = int(rand(length($dna)));
    return $randomposition;
}

sub randomnucleotide {
    @nucleotide = ('a', 'c', 'g', 't');
    $randomnucleotide = $nucleotide[rand @nucleotide];
    return $randomnucleotide;
}
sub mutate {

    $position = &randomposition;
    $randomnucleotide = &randomnucleotide;
    @array = split('',$dna);
    $dna=lc($dna);
    if ($array[$randomposition-1] ne $randomnucleotide) {
         substr($dna,$position,1,uc($randomnucleotide));
         return $dna;

    } else {$c = "$dna   keine Mutation";
            return $c;
    }
}
  STATISTIK:
  $Mutationsanzahl = $Mutationsanzahl+1;
  print "\n\nStatistik nach $Mutationsanzahl";
  if ($Mutationsanzahl==1) {print " Mutation:\n\n";
  } else {print " Mutationen:\n\n";
  }
  print "Uebersicht: Urspruengliche Dna zu mutierter Dna\n";
  for ($a=0; $a<length($dnakopie);) {

        $b=substr($dnakopie,$a,1);
        $c=substr($dna,$a,1);
        print "$b ";
        if ($b eq $c) {
             print "=" x (length($Mutationsanzahl));
        } else {
             ++$mutierteBasen;
             print "0" x (length($Mutationsanzahl)-length($mutierteBasen));
             print "$mutierteBasen";
        }
        print " $c\n";
        ++$a;
  }


  $Laenge=length($dna);
  $nichtmutierteBasen=$Laenge-$d;
  $Prozent=sprintf("%.2f",($mutierteBasen/$Laenge*100));
  print "\n\nAnzahl aller Basen: $Laenge\nAnzahl nicht mutierter Basen: $nichtmutierteBasen\nAnzahl mutierter Basen: $mutierteBasen\nProzentuale Veraenderung durch Mutation: $Prozent%\n";
  goto MENU;