Begin
CheckBox1.Checked:=False; // Запретить CheckBox1 -  в начале.
.........................
//////////////////////////////////цикл
while not Eof(f1) do begin
Application.ProcessMessages;
Readln(f1,s);
// если в CheckBox1 отмечен значит цикл останавливается
        if CheckBox1.Checked=True then
         begin
         exit;
         end;
.........................

procedure TForm1.Button2Click(Sender: TObject);
begin
  CheckBox1.Checked:=True; // Разрешить чекбокс и тем самым остановить программу
end;