PARTE 1: Devi avere una funzione che fa qualcosa ogni millisecondo che arriva sto valore.
var startTime;

 ws.onmessage = function (event) {
     //cose varie in cui setti fio2

      if (fio2>= 90){
        //startTime va resettato
        startTime = null;
      }

      if (fio2<90 && !startTime) {//se ho un valore <90 e startTime era null
        //setto a startTime l'istante temporale attuale, che tradotto
        //vuol dire "da ora in poi inizio a contare
        startiTime = Date.now() (non so come si fa in js vedi)
        }
        //l'altro caso è che fio2 è minore di 90 e hai già startTime, in quel caso non fai niente


        if ((Date.now() - startTime) > 30 secondi) //aggiusta, non so gestire le date {
        console.log("errore");
        startTime = null;
}
    };
  }

Risultato di tutto sto coso: Hai un contatore che parte appena ricevi un valore <90 ed indica quell'istante temporale. ogni valore <90, non se lo caga, mentre appena riceve un valore >=90 viene azzerato, settato a null. Appena ricevi il primo valore successivo <90 viene di nuovo settato. Esempio:
91...93..(startTime è null)...92...41 -> startTime diventa 16:16 e 25 secondi etc....-> 42...9...(startTime resta invariato)...21...92->startTime diventa null...93..(ancora null)...21-> startTime diventa 16:16 e 26 secondi (insomma l'ora attuale)