SHARE
TWEET

Untitled

a guest Aug 19th, 2019 68 Never
Not a member of Pastebin yet? Sign Up, it unlocks many cool features!
  1. ./qpAdm: parameter file: par2.ns
  2. ### THE INPUT PARAMETERS
  3. ##PARAMETER NAME: VALUE
  4. genotypename: test.geno
  5. snpname: test.snp
  6. indivname: test.ind
  7. popright: rightpops
  8. popleft: leftpops
  9. ## qpAdm version: 810
  10. seed: 1798560915
  11. packed geno read OK
  12. end of inpack
  13.  
  14. left pops:
  15. Iran_Seh_Gabi_C
  16. Ganj_Dareh_N
  17. Levant_N
  18. Anatolia_N.SG
  19.  
  20. right pops:
  21. Ju_hoan_North.DG
  22. ESN.SG
  23. Kenya_Pastoral_Neolithic
  24. Morocco_Iberomaurusian
  25. AHG
  26. Anatolia_N
  27. WHG
  28. Russia_EHG
  29. Yana_UP
  30. Iran_N
  31. CHB.SG
  32. ONG.SG
  33. Papuan
  34. Russia_ANE
  35. Kazakhstan_Botai
  36.  
  37.   0      Iran_Seh_Gabi_C    5
  38.   1         Ganj_Dareh_N    5
  39.   2             Levant_N    8
  40.   3        Anatolia_N.SG    2
  41.   4     Ju_hoan_North.DG    5
  42.   5               ESN.SG   10
  43.   6 Kenya_Pastoral_Neolithic   11
  44.   7 Morocco_Iberomaurusian    6
  45.   8                  AHG    1
  46.   9           Anatolia_N   23
  47.  10                  WHG    8
  48.  11           Russia_EHG    5
  49.  12              Yana_UP    2
  50.  13               Iran_N    4
  51.  14               CHB.SG   10
  52.  15               ONG.SG    6
  53.  16               Papuan   29
  54.  17           Russia_ANE    3
  55.  18     Kazakhstan_Botai    3
  56. jackknife block size:     0.050
  57. snps: 1144722  indivs: 146
  58. number of blocks for block jackknife: 713
  59. ## ncols: 1144722
  60. coverage:      Iran_Seh_Gabi_C 1013946
  61. coverage:         Ganj_Dareh_N 1014793
  62. coverage:             Levant_N 852557
  63. coverage:        Anatolia_N.SG 1132566
  64. coverage:     Ju_hoan_North.DG 1135379
  65. coverage:               ESN.SG 1135336
  66. coverage: Kenya_Pastoral_Neolithic 1074590
  67. coverage: Morocco_Iberomaurusian 1087735
  68. coverage:                  AHG 802393
  69. coverage:           Anatolia_N 1122108
  70. coverage:                  WHG 1141804
  71. coverage:           Russia_EHG 1119481
  72. coverage:              Yana_UP 1135018
  73. coverage:               Iran_N 1134606
  74. coverage:               CHB.SG 1135305
  75. coverage:               ONG.SG 1128498
  76. coverage:               Papuan 1115093
  77. coverage:           Russia_ANE 882725
  78. coverage:     Kazakhstan_Botai 1134873
  79. dof (jackknife):   631.645
  80. numsnps used: 623663
  81. codimension 1
  82. f4info:
  83. f4rank: 2 dof:     12 chisq:    14.521 tail:           0.26866397 dofdiff:     14 chisqdiff:   -14.521 taildiff:                    1
  84. B:
  85.           scale     1.000     1.000
  86.          ESN.SG    -0.008     0.011
  87. Kenya_Pastoral_Neolithic     0.626    -0.306
  88. Morocco_Iberomaurusian     1.144    -0.942
  89.             AHG     1.497     0.333
  90.      Anatolia_N     1.911     1.899
  91.             WHG     1.086     1.003
  92.      Russia_EHG     0.187     1.177
  93.         Yana_UP     0.284     0.961
  94.          Iran_N    -2.131     1.170
  95.          CHB.SG    -0.274     0.631
  96.          ONG.SG    -0.282     1.203
  97.          Papuan    -0.331     0.601
  98.      Russia_ANE    -0.438     1.078
  99. Kazakhstan_Botai    -0.337     1.118
  100. A:
  101.           scale   538.839  1552.990
  102.    Ganj_Dareh_N    -0.821    -0.246
  103.        Levant_N     1.026    -1.342
  104.   Anatolia_N.SG     1.129     1.068
  105.  
  106.  
  107. full rank
  108. f4info:
  109. f4rank: 3 dof:      0 chisq:     0.000 tail:                    1 dofdiff:     12 chisqdiff:    14.521 taildiff:           0.26866397
  110. B:
  111.           scale     1.000     1.000     1.000
  112.          ESN.SG    -0.013     0.018    -0.408
  113. Kenya_Pastoral_Neolithic     0.625    -0.238     2.351
  114. Morocco_Iberomaurusian     1.158    -0.826     0.878
  115.             AHG     1.484     0.431    -1.215
  116.      Anatolia_N     1.860     2.016    -1.074
  117.             WHG     1.053     1.060    -0.745
  118.      Russia_EHG     0.157     1.196    -0.007
  119.         Yana_UP     0.252     0.979     0.165
  120.          Iran_N    -2.177     1.022    -0.528
  121.          CHB.SG    -0.299     0.635     1.627
  122.          ONG.SG    -0.323     1.176    -0.122
  123.          Papuan    -0.358     0.586    -0.099
  124.      Russia_ANE    -0.461     1.059     0.948
  125. Kazakhstan_Botai    -0.364     1.097    -0.692
  126. A:
  127.           scale   541.270  1476.881  9957.288
  128.    Ganj_Dareh_N    -0.821    -0.507    -1.292
  129.        Levant_N     1.059    -1.355    -0.713
  130.   Anatolia_N.SG     1.098     0.952    -0.906
  131.  
  132.  
  133. best coefficients:     0.572     0.131     0.297
  134. Jackknife mean:      0.571968785     0.131214915     0.296816300
  135.       std. errors:     0.013     0.036     0.032
  136.  
  137. error covariance (* 1000000)
  138.        173       -213         39
  139.       -213       1268      -1055
  140.         39      -1055       1016
  141.  
  142.  
  143. summ: Iran_Seh_Gabi_C    3      0.268664     0.572     0.131     0.297   173  -213    39  1268 -1055  1016
  144.  
  145.     fixed pat  wt  dof     chisq       tail prob
  146.           000  0    12    14.521        0.268664     0.572     0.131     0.297
  147.           001  1    13   104.426     2.29134e-16     0.564     0.436     0.000
  148.           010  1    13    25.980       0.0171086     0.594     0.000     0.406
  149.           100  1    13   445.139               0     0.000     5.821    -4.821  infeasible
  150.           011  2    14   750.884               0     1.000    -0.000     0.000
  151.           101  2    14  1479.166               0     0.000     1.000     0.000
  152.           110  2    14  1441.442               0     0.000     0.000     1.000
  153. best pat:          000         0.268664              -  -
  154. best pat:          010        0.0171086  chi(nested):    11.458 p-value for nested model:      0.00071177
  155. best pat:          011     3.50305e-151  chi(nested):   724.905 p-value for nested model:    1.15009e-159
  156.  
  157. coeffs:     0.572     0.131     0.297
  158.  
  159. ## dscore:: f_4(Base, Fit, Rbase, right2)
  160. ## genstat:: f_4(Base, Fit, right1, right2)
  161.  
  162. details:    Ganj_Dareh_N          ESN.SG     0.000011    0.078050
  163. details:        Levant_N          ESN.SG    -0.000082   -0.601765
  164. details:   Anatolia_N.SG          ESN.SG     0.000000    0.001435
  165. dscore:          ESN.SG f4:    -0.000004 Z:    -0.039571
  166.  
  167. details:    Ganj_Dareh_N Kenya_Pastoral_Neolithic    -0.001181   -7.080669
  168. details:        Levant_N Kenya_Pastoral_Neolithic     0.001209    6.956403
  169. details:   Anatolia_N.SG Kenya_Pastoral_Neolithic     0.000936    5.194713
  170. dscore: Kenya_Pastoral_Neolithic f4:    -0.000239 Z:    -1.763855
  171.  
  172. details:    Ganj_Dareh_N Morocco_Iberomaurusian    -0.001687   -7.229753
  173. details:        Levant_N Morocco_Iberomaurusian     0.002849   11.538572
  174. details:   Anatolia_N.SG Morocco_Iberomaurusian     0.001725    6.560158
  175. dscore: Morocco_Iberomaurusian f4:    -0.000079 Z:    -0.413781
  176.  
  177. details:    Ganj_Dareh_N             AHG    -0.002167   -7.369528
  178. details:        Levant_N             AHG     0.002560    8.552271
  179. details:   Anatolia_N.SG             AHG     0.003569   11.806591
  180. dscore:             AHG f4:     0.000156 Z:     0.674009
  181.  
  182. details:    Ganj_Dareh_N      Anatolia_N    -0.003396  -15.412480
  183. details:        Levant_N      Anatolia_N     0.001785    8.073866
  184. details:   Anatolia_N.SG      Anatolia_N     0.005211   21.752781
  185. dscore:      Anatolia_N f4:    -0.000162 Z:    -0.928785
  186.  
  187. details:    Ganj_Dareh_N             WHG    -0.001843   -6.501873
  188. details:        Levant_N             WHG     0.001055    3.743233
  189. details:   Anatolia_N.SG             WHG     0.003030    9.666006
  190. dscore:             WHG f4:    -0.000017 Z:    -0.072465
  191.  
  192. details:    Ganj_Dareh_N      Russia_EHG    -0.000677   -2.542811
  193. details:        Levant_N      Russia_EHG    -0.000880   -3.342668
  194. details:   Anatolia_N.SG      Russia_EHG     0.001200    4.159491
  195. dscore:      Russia_EHG f4:    -0.000147 Z:    -0.688688
  196.  
  197. details:    Ganj_Dareh_N         Yana_UP    -0.000829   -2.881278
  198. details:        Levant_N         Yana_UP    -0.000526   -1.924519
  199. details:   Anatolia_N.SG         Yana_UP     0.001166    3.948542
  200. dscore:         Yana_UP f4:    -0.000198 Z:    -0.848259
  201.  
  202. details:    Ganj_Dareh_N          Iran_N     0.003029   11.901218
  203. details:        Levant_N          Iran_N    -0.005235  -21.114190
  204. details:   Anatolia_N.SG          Iran_N    -0.003654  -13.913553
  205. dscore:          Iran_N f4:    -0.000039 Z:    -0.191659
  206.  
  207. details:    Ganj_Dareh_N          CHB.SG    -0.000045   -0.191518
  208. details:        Levant_N          CHB.SG    -0.001382   -6.004673
  209. details:   Anatolia_N.SG          CHB.SG    -0.000311   -1.228086
  210. dscore:          CHB.SG f4:    -0.000300 Z:    -1.573388
  211.  
  212. details:    Ganj_Dareh_N          ONG.SG     0.000019    0.071499
  213. details:        Levant_N          ONG.SG    -0.001792   -7.021705
  214. details:   Anatolia_N.SG          ONG.SG     0.000117    0.421977
  215. dscore:          ONG.SG f4:    -0.000190 Z:    -0.888894
  216.  
  217. details:    Ganj_Dareh_N          Papuan     0.000282    1.146298
  218. details:        Levant_N          Papuan    -0.001349   -5.695920
  219. details:   Anatolia_N.SG          Papuan    -0.000336   -1.220892
  220. dscore:          Papuan f4:    -0.000115 Z:    -0.578458
  221.  
  222. details:    Ganj_Dareh_N      Russia_ANE     0.000075    0.231961
  223. details:        Levant_N      Russia_ANE    -0.002087   -7.076216
  224. details:   Anatolia_N.SG      Russia_ANE    -0.000353   -1.058762
  225. dscore:      Russia_ANE f4:    -0.000336 Z:    -1.337437
  226.  
  227. details:    Ganj_Dareh_N Kazakhstan_Botai     0.000189    0.696489
  228. details:        Levant_N Kazakhstan_Botai    -0.001790   -6.935739
  229. details:   Anatolia_N.SG Kazakhstan_Botai     0.000118    0.414861
  230. dscore: Kazakhstan_Botai f4:    -0.000092 Z:    -0.428349
  231.  
  232. gendstat:     Ju_hoan_North.DG               ESN.SG    -0.040
  233. gendstat:     Ju_hoan_North.DG Kenya_Pastoral_Neolithic    -1.764
  234. gendstat:     Ju_hoan_North.DG Morocco_Iberomaurusian    -0.414
  235. gendstat:     Ju_hoan_North.DG                  AHG     0.674
  236. gendstat:     Ju_hoan_North.DG           Anatolia_N    -0.929
  237. gendstat:     Ju_hoan_North.DG                  WHG    -0.072
  238. gendstat:     Ju_hoan_North.DG           Russia_EHG    -0.689
  239. gendstat:     Ju_hoan_North.DG              Yana_UP    -0.848
  240. gendstat:     Ju_hoan_North.DG               Iran_N    -0.192
  241. gendstat:     Ju_hoan_North.DG               CHB.SG    -1.573
  242. gendstat:     Ju_hoan_North.DG               ONG.SG    -0.889
  243. gendstat:     Ju_hoan_North.DG               Papuan    -0.578
  244. gendstat:     Ju_hoan_North.DG           Russia_ANE    -1.337
  245. gendstat:     Ju_hoan_North.DG     Kazakhstan_Botai    -0.428
  246. gendstat:               ESN.SG Kenya_Pastoral_Neolithic    -2.027
  247. gendstat:               ESN.SG Morocco_Iberomaurusian    -0.425
  248. gendstat:               ESN.SG                  AHG     0.723
  249. gendstat:               ESN.SG           Anatolia_N    -0.965
  250. gendstat:               ESN.SG                  WHG    -0.056
  251. gendstat:               ESN.SG           Russia_EHG    -0.688
  252. gendstat:               ESN.SG              Yana_UP    -0.865
  253. gendstat:               ESN.SG               Iran_N    -0.179
  254. gendstat:               ESN.SG               CHB.SG    -1.630
  255. gendstat:               ESN.SG               ONG.SG    -0.936
  256. gendstat:               ESN.SG               Papuan    -0.585
  257. gendstat:               ESN.SG           Russia_ANE    -1.339
  258. gendstat:               ESN.SG     Kazakhstan_Botai    -0.419
  259. gendstat: Kenya_Pastoral_Neolithic Morocco_Iberomaurusian     0.973
  260. gendstat: Kenya_Pastoral_Neolithic                  AHG     1.942
  261. gendstat: Kenya_Pastoral_Neolithic           Anatolia_N     0.572
  262. gendstat: Kenya_Pastoral_Neolithic                  WHG     1.079
  263. gendstat: Kenya_Pastoral_Neolithic           Russia_EHG     0.466
  264. gendstat: Kenya_Pastoral_Neolithic              Yana_UP     0.193
  265. gendstat: Kenya_Pastoral_Neolithic               Iran_N     1.032
  266. gendstat: Kenya_Pastoral_Neolithic               CHB.SG    -0.349
  267. gendstat: Kenya_Pastoral_Neolithic               ONG.SG     0.248
  268. gendstat: Kenya_Pastoral_Neolithic               Papuan     0.667
  269. gendstat: Kenya_Pastoral_Neolithic           Russia_ANE    -0.406
  270. gendstat: Kenya_Pastoral_Neolithic     Kazakhstan_Botai     0.762
  271. gendstat: Morocco_Iberomaurusian                  AHG     1.024
  272. gendstat: Morocco_Iberomaurusian           Anatolia_N    -0.486
  273. gendstat: Morocco_Iberomaurusian                  WHG     0.277
  274. gendstat: Morocco_Iberomaurusian           Russia_EHG    -0.304
  275. gendstat: Morocco_Iberomaurusian              Yana_UP    -0.511
  276. gendstat: Morocco_Iberomaurusian               Iran_N     0.184
  277. gendstat: Morocco_Iberomaurusian               CHB.SG    -1.125
  278. gendstat: Morocco_Iberomaurusian               ONG.SG    -0.508
  279. gendstat: Morocco_Iberomaurusian               Papuan    -0.174
  280. gendstat: Morocco_Iberomaurusian           Russia_ANE    -0.986
  281. gendstat: Morocco_Iberomaurusian     Kazakhstan_Botai    -0.059
  282. gendstat:                  AHG           Anatolia_N    -1.705
  283. gendstat:                  AHG                  WHG    -0.719
  284. gendstat:                  AHG           Russia_EHG    -1.302
  285. gendstat:                  AHG              Yana_UP    -1.384
  286. gendstat:                  AHG               Iran_N    -0.811
  287. gendstat:                  AHG               CHB.SG    -2.159
  288. gendstat:                  AHG               ONG.SG    -1.419
  289. gendstat:                  AHG               Papuan    -1.190
  290. gendstat:                  AHG           Russia_ANE    -1.838
  291. gendstat:                  AHG     Kazakhstan_Botai    -1.081
  292. gendstat:           Anatolia_N                  WHG     0.765
  293. gendstat:           Anatolia_N           Russia_EHG     0.084
  294. gendstat:           Anatolia_N              Yana_UP    -0.169
  295. gendstat:           Anatolia_N               Iran_N     0.632
  296. gendstat:           Anatolia_N               CHB.SG    -0.813
  297. gendstat:           Anatolia_N               ONG.SG    -0.140
  298. gendstat:           Anatolia_N               Papuan     0.242
  299. gendstat:           Anatolia_N           Russia_ANE    -0.755
  300. gendstat:           Anatolia_N     Kazakhstan_Botai     0.377
  301. gendstat:                  WHG           Russia_EHG    -0.652
  302. gendstat:                  WHG              Yana_UP    -0.770
  303. gendstat:                  WHG               Iran_N    -0.092
  304. gendstat:                  WHG               CHB.SG    -1.348
  305. gendstat:                  WHG               ONG.SG    -0.742
  306. gendstat:                  WHG               Papuan    -0.420
  307. gendstat:                  WHG           Russia_ANE    -1.285
  308. gendstat:                  WHG     Kazakhstan_Botai    -0.362
  309. gendstat:           Russia_EHG              Yana_UP    -0.228
  310. gendstat:           Russia_EHG               Iran_N     0.481
  311. gendstat:           Russia_EHG               CHB.SG    -0.798
  312. gendstat:           Russia_EHG               ONG.SG    -0.190
  313. gendstat:           Russia_EHG               Papuan     0.142
  314. gendstat:           Russia_EHG           Russia_ANE    -0.867
  315. gendstat:           Russia_EHG     Kazakhstan_Botai     0.317
  316. gendstat:              Yana_UP               Iran_N     0.649
  317. gendstat:              Yana_UP               CHB.SG    -0.492
  318. gendstat:              Yana_UP               ONG.SG     0.036
  319. gendstat:              Yana_UP               Papuan     0.368
  320. gendstat:              Yana_UP           Russia_ANE    -0.543
  321. gendstat:              Yana_UP     Kazakhstan_Botai     0.477
  322. gendstat:               Iran_N               CHB.SG    -1.343
  323. gendstat:               Iran_N               ONG.SG    -0.690
  324. gendstat:               Iran_N               Papuan    -0.368
  325. gendstat:               Iran_N           Russia_ANE    -1.145
  326. gendstat:               Iran_N     Kazakhstan_Botai    -0.251
  327. gendstat:               CHB.SG               ONG.SG     0.635
  328. gendstat:               CHB.SG               Papuan     1.104
  329. gendstat:               CHB.SG           Russia_ANE    -0.157
  330. gendstat:               CHB.SG     Kazakhstan_Botai     1.197
  331. gendstat:               ONG.SG               Papuan     0.390
  332. gendstat:               ONG.SG           Russia_ANE    -0.573
  333. gendstat:               ONG.SG     Kazakhstan_Botai     0.458
  334. gendstat:               Papuan           Russia_ANE    -0.882
  335. gendstat:               Papuan     Kazakhstan_Botai     0.111
  336. gendstat:           Russia_ANE     Kazakhstan_Botai     1.179
  337.  
  338. ## end of run
RAW Paste Data
We use cookies for various purposes including analytics. By continuing to use Pastebin, you agree to our use of cookies as described in the Cookies Policy. OK, I Understand
 
Top