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温める has more meanings than 熱する

１ 程よい温度に高める。あたたかくする。あっためる。「冷えた手を―・める」「ミルクを―・める」
To warm up to the moderate temperature. To make warm. To warm

２ （温める）To take care of
㋐卵がひなにかえるまで大事にかかえる。「卵を―・める」
㋑自分の手元にしまっておく。温存する。「―・めていた論文を発表する」
㋒絶えていた人との交際を以前に戻す。「旧交を―・める」
３ 登場する機会がなくて控えている。暇である。「席を―・める」「ベンチを―・める」To not to have a chance to enter on the stage. to be free.
４ 自分だけで利益を独占する。また、こっそり自分のものにする。「拾った金を―・める」To keep something to oneself. To secretely make belong to oneself.

Meanings of 熱する

１ 熱が生じる。熱くなる。「―・した砂浜」Temperature arises. It becomes hot.
２ 熱を加える。熱くする。「フラスコを―・する」To add heat. To make it hot.
３ 物事に熱中してのぼせあがる。「議論が―・する」「―・しやすく冷めやすい性格」To be obsessed with something and go mad about it.

Main differences:

温める means that you make it warm, but not too hot. (Warm the milk)
熱する does not have a limit of heat. (Heat the fry pan)

温める has more meanings too. (To care about, to be free/disoccupied)
熱する has only one additional meaning (To be enthusiastic about)

(Definitions taken from dictionary.goo.ne.jp)