Sur le continent de Vainqueur, Alistel, la Sainte Nation de l’Est, est en guerre contre le royaume de Granorg, dirigé par la Reine Protea. Les terres d’Alistel se transforment lentement en déserts alors qu’une étrange maladie change son peuple en sable. Le dirigeant d’Alistel, le Prophète Noah, clame que cette maladie qui s’étend sur le continent est le résultat de la gouvernance de Protea qu'il juge maléfique. Le peuple d’Alistel est ainsi convaincu de mener une guerre sainte contre Granorg2.

Un jour, Stocke, un agent des services secrets d’Alistel, et ses subordonnés sont envoyés sur le territoire de Granorg afin de secourir un agent secret démasqué par le gouvernement de Granorg. Au cours du briefing de mission, Stocke reçoit le White Chronicle de son supérieur, mais celui-ci ne lui en explique pas l’utilité. Après avoir retrouvé l’agent, le groupe se retrouve encerclé par l’armée adverse. L’agent et les équipiers de Stocke sont tués et Stocke est gravement blessé. Il se réveille à Historia, un monde où le temps n’a pas cours. Là, deux mystérieux enfants lui expliquent le pouvoir et l'utilisation du White Chronicle ce qui lui confère la possibilité de voyager dans le temps et l’espace. Après avoir utilisé ce nouveau pouvoir pour voyager à travers le temps et éviter la défaite, Stocke doit faire face à un choix : continuer à travailler pour Heiss aux services secrets ou rejoindre la brigade militaire de son ami Rosch. Chaque choix crée une frise temporelle bien distincte, chacune ayant son histoire. Stocke est souvent amené à changer de frise pour acquérir de nouvelles compétences ou informations afin de modifier le cours de l’histoire (chaque frise pouvant influer sur l’autre).