## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader
# EstimateLibraryComplexity --INPUT before.bam --OUTPUT markduplicates_bqsr/before.EstimateLibraryComplexity.txt --MIN_IDENTICAL_BASES 5 --MAX_DIFF_RATE 0.03 --MIN_MEAN_QUALITY 20 --MAX_GROUP_RATIO 500 --MAX_READ_LENGTH 0 --MIN_GROUP_COUNT 2 --READ_NAME_REGEX <optimized capture of last three ':' separated fields as numeric values> --OPTICAL_DUPLICATE_PIXEL_DISTANCE 100 --MAX_OPTICAL_DUPLICATE_SET_SIZE 300000 --VERBOSITY INFO --QUIET false --VALIDATION_STRINGENCY STRICT --COMPRESSION_LEVEL 5 --MAX_RECORDS_IN_RAM 18237653 --CREATE_INDEX false --CREATE_MD5_FILE false --GA4GH_CLIENT_SECRETS client_secrets.json --help false --version false --showHidden false --USE_JDK_DEFLATER false --USE_JDK_INFLATER false
## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader
# Started on: Fri Aug 19 12:27:43 MSK 2022

## METRICS CLASS    picard.sam.DuplicationMetrics
LIBRARY UNPAIRED_READS_EXAMINED READ_PAIRS_EXAMINED SECONDARY_OR_SUPPLEMENTARY_RDS  UNMAPPED_READS  UNPAIRED_READ_DUPLICATES    READ_PAIR_DUPLICATES    READ_PAIR_OPTICAL_DUPLICATES    PERCENT_DUPLICATION ESTIMATED_LIBRARY_SIZE
before  0   6022228 0   0   0   4439776 325 0,737231    1622056

## HISTOGRAM    java.lang.Integer
duplication_group_count before
1   746736
2   297231
3   207971
4   127388
5   71260
6   36984
7   19282
8   10217
9   6187
10  3960
11  3142
12  2478
13  2073
14  1849
15  1524
16  1454
17  1313
18  1209
19  1188
20  1127
21  1113
22  990
23  927
24  930
25  842
26  838
27  819
28  773
29  763
30  685
31  711
32  670
33  615
34  607
35  597
36  585
37  548
38  572
39  528
40  555
41  536
42  488
43  468
44  444
45  462
46  458
47  442
48  413
49  420
50  364
51  415
52  387
53  401
54  359
55  378
56  344
57  345
58  348
59  323
60  314
61  325
62  307
63  263
64  337
65  274
66  314
67  266
68  269
69  276
70  240
71  250
72  262
73  252
74  220
75  226
76  232
77  244
78  221
79  224
80  210
81  173
82  207
83  180
84  197
85  176
86  181
87  181
88  206
89  168
90  157
91  178
92  187
93  174
94  156
95  174
96  160
97  156
98  155
99  151
100 142
101 141
102 165
103 147
104 146
105 136
106 122
107 126
108 114
109 133
110 127
111 137
112 119
113 99
114 99
115 108
116 99
117 95
118 98
119 82
120 83
121 100
122 83
123 84
124 73
125 99
126 91
127 90
128 89
129 83
130 75
131 83
132 82
133 89
134 63
135 82
136 78
137 74
138 72
139 73
140 59
141 57
142 54
143 77
144 74
145 41
146 58
147 51
148 46
149 31
150 58
151 49
152 44
153 47
154 41
155 40
156 47
157 36
158 45
159 29
160 48
161 35
162 46
163 37
164 44
165 31
166 43
167 37
168 30
169 35
170 35
171 47
172 36
173 34
174 31
175 29
176 27
177 26
178 25
179 14
180 24
181 20
182 24
183 17
184 20
185 26
186 24
187 15
188 19
189 25
190 13
191 17
192 13
193 18
194 21
195 14
196 18
197 18
198 19
199 17
200 7
201 14
202 18
203 13
204 10
205 17
206 11
207 10
208 12
209 17
210 14
211 8
212 8
213 10
214 9
215 10
216 7
217 10
218 11
219 7
220 6
221 8
222 6
223 7
224 9
225 5
226 6
227 8
228 3
229 4
230 8
231 6
232 6
233 6
234 3
235 2
236 2
237 5
238 4
239 3
240 4
241 2
242 1
243 1
244 2
245 2
246 2
247 4
248 2
249 2
250 5
251 1
252 2
253 2
254 6
255 2
257 1
258 3
259 2
260 3
261 2
262 3
263 4
264 1
265 5
266 2
269 3
270 3
271 1
273 2
274 1
275 1
276 4
277 1
278 4
279 1
280 1
281 1
282 2
283 1
285 2
286 1
288 2
289 2
290 1
291 3
293 1
296 2
302 1
303 2
306 3
308 1
311 1
314 3
318 2
321 1
322 1
329 1
331 1
338 2
340 1
343 1
346 2
356 1
358 1
360 1
361 1
364 2
373 1
375 1
379 1
384 1
386 1
387 1
396 1
403 1
420 1
439 1
464 1
491 1
494 1
549 1
773 1