print(command)
os.system(command)

"C:Program Files (x86)SimInTechbinmmain.exe" "Aux Systems.prt" /saveas "Aux Systems.xprt" /exit
"C:Program" не является внутренней или внешней
командой, исполняемой программой или пакетным файлом.

"C:Program Files (x86)SimInTechbinmmain.exe" "Aux Systems.prt" /saveas "Aux Systems.xprt" /exit

import sys
import os
import codecs
simintech = '"C:\Program Files (x86)\SimInTech\bin\mmain.exe"'
argfile = sys.argv[1:len(sys.argv)]
file = ' '.join(argfile)
file = file.strip()
filepath, filename = os.path.split(file)
if filepath !='':
    filepath = filepath+"\"
oldname = filename
newname = filename.replace('.prt','.xprt')
command = simintech + ' "' + filepath +oldname+'" /saveas "'+filepath+newname+'" /exit'