SHARE
TWEET

Untitled

a guest Apr 26th, 2019 74 Never
Not a member of Pastebin yet? Sign Up, it unlocks many cool features!
  1. [mijukuis@taito-login4 scipy_wo_scalapack]$ diff -y Cu111_scipy.txt ../dense_scalapack/Cu111_None.txt
  2.  
  3.   ___ ___ ___ _ _ _                           ___ ___ ___ _ _ _  
  4.  |   |   |_  | | | |                         |   |   |_  | | | |
  5.  | | | | | . | | | |                         | | | | | . | | | |
  6.  |__ |  _|___|_____|  1.5.2b1                    |__ |  _|___|_____|  1.5.2b1
  7.  |___|_|                                     |___|_|            
  8.  
  9. User:   mijukuis@c579                       User:   mijukuis@c579
  10. Date:   Fri Apr 26 16:07:47 2019                  | Date:   Fri Apr 26 13:29:45 2019
  11. Arch:   x86_64                          Arch:   x86_64
  12. Pid:    19638                             | Pid:    23223
  13. Python: 3.5.3                           Python: 3.5.3
  14. gpaw:   /homeappl/home/mijukuis/appl_taito/gpaw_dev4/gpaw (d6   gpaw:   /homeappl/home/mijukuis/appl_taito/gpaw_dev4/gpaw (d6
  15. _gpaw:  /homeappl/home/mijukuis/appl_taito/gpaw_dev4/build/bi   _gpaw:  /homeappl/home/mijukuis/appl_taito/gpaw_dev4/build/bi
  16.         gpaw-python (d61cc94ced)                        gpaw-python (d61cc94ced)
  17. ase:    /homeappl/home/mijukuis/appl_taito/ase_dev/ase (versi   ase:    /homeappl/home/mijukuis/appl_taito/ase_dev/ase (versi
  18. numpy:  /appl/opt/python/3.5.3-gnu540/lib/python3.5/site-pack   numpy:  /appl/opt/python/3.5.3-gnu540/lib/python3.5/site-pack
  19. scipy:  /appl/opt/python/3.5.3-gnu540/lib/python3.5/site-pack   scipy:  /appl/opt/python/3.5.3-gnu540/lib/python3.5/site-pack
  20. libxc:  4.0.3                           libxc:  4.0.3
  21. units:  Angstrom and eV                     units:  Angstrom and eV
  22. cores:  4                           cores:  4
  23. DEBUG MODE                          DEBUG MODE
  24.  
  25. Input parameters:                       Input parameters:
  26.   basis: dzp                              basis: dzp
  27.   gpts: [ 32  32 192]                         gpts: [ 32  32 192]
  28.   kpts: {gamma: True,                         kpts: {gamma: True,
  29.          size: (3, 3, 1)}                            size: (3, 3, 1)}
  30.   mode: {atomic_correction: scipy,                |   mode: {atomic_correction: None,
  31.          name: lcao}                                 name: lcao}
  32.   symmetry: {point_group: False}                  symmetry: {point_group: False}
  33.   xc: PBE                             xc: PBE
  34.  
  35. System changes: positions, numbers, cell, pbc, initial_charge   System changes: positions, numbers, cell, pbc, initial_charge
  36.  
  37. Initialize ...                          Initialize ...
  38.  
  39. Cu-setup:                           Cu-setup:
  40.   name: Copper                            name: Copper
  41.   id: f1c4d45d90492f1bbfdcb091e8418fdf                id: f1c4d45d90492f1bbfdcb091e8418fdf
  42.   Z: 29                               Z: 29
  43.   valence: 11                             valence: 11
  44.   core: 18                            core: 18
  45.   charge: 0.0                             charge: 0.0
  46.   file: /homeappl/home/mijukuis/appl_taito/gpaw-setups-0.9.20     file: /homeappl/home/mijukuis/appl_taito/gpaw-setups-0.9.20
  47.   cutoffs: 1.06(comp), 2.06(filt), 2.43(core), lmax=2         cutoffs: 1.06(comp), 2.06(filt), 2.43(core), lmax=2
  48.   valence states:                         valence states:
  49.                 energy  radius                                  energy  radius
  50.     4s(1.00)    -4.609   1.164                      4s(1.00)    -4.609   1.164
  51.     4p(0.00)    -0.698   1.164                      4p(0.00)    -0.698   1.164
  52.     3d(10.00)    -5.039   1.058                     3d(10.00)    -5.039   1.058
  53.     *s          22.603   1.164                      *s          22.603   1.164
  54.     *p          26.513   1.164                      *p          26.513   1.164
  55.     *d          22.172   1.058                      *d          22.172   1.058
  56.  
  57.   LCAO basis set for Cu:                      LCAO basis set for Cu:
  58.     Name: dzp                               Name: dzp
  59.     File: /homeappl/home/mijukuis/appl_taito/gpaw-setups-0.9.       File: /homeappl/home/mijukuis/appl_taito/gpaw-setups-0.9.
  60.     Number of radial functions: 5                   Number of radial functions: 5
  61.     Number of spherical harmonics: 15                   Number of spherical harmonics: 15
  62.       l=0, rc=8.9688 Bohr: 4s-sz confined orbital             l=0, rc=8.9688 Bohr: 4s-sz confined orbital
  63.       l=2, rc=5.1719 Bohr: 3d-sz confined orbital             l=2, rc=5.1719 Bohr: 3d-sz confined orbital
  64.       l=0, rc=5.3281 Bohr: 4s-dz split-valence wave           l=0, rc=5.3281 Bohr: 4s-dz split-valence wave
  65.       l=2, rc=3.1406 Bohr: 3d-dz split-valence wave           l=2, rc=3.1406 Bohr: 3d-dz split-valence wave
  66.       l=1, rc=8.9688 Bohr: p-type Gaussian polarization           l=1, rc=8.9688 Bohr: p-type Gaussian polarization
  67.  
  68. Reference energy: -2025965.332850               Reference energy: -2025965.332850
  69.  
  70. Spin-paired calculation                     Spin-paired calculation
  71.  
  72. Occupation numbers:                     Occupation numbers:
  73.   Fermi-Dirac: width=0.1000 eV                    Fermi-Dirac: width=0.1000 eV
  74.  
  75. Convergence criteria:                       Convergence criteria:
  76.   Maximum total energy change: 0.0005 eV / electron       Maximum total energy change: 0.0005 eV / electron
  77.   Maximum integral of absolute density change: 0.0001 electro     Maximum integral of absolute density change: 0.0001 electro
  78.   Maximum integral of absolute eigenstate change: 4e-08 eV^2      Maximum integral of absolute eigenstate change: 4e-08 eV^2
  79.   Maximum number of iterations: 333               Maximum number of iterations: 333
  80.  
  81. Symmetries present (total): 1                   Symmetries present (total): 1
  82.  
  83.   ( 1  0  0)                              ( 1  0  0)
  84.   ( 0  1  0)                              ( 0  1  0)
  85.   ( 0  0  1)                              ( 0  0  1)
  86.  
  87. 9 k-points: 3 x 3 x 1 Monkhorst-Pack grid           9 k-points: 3 x 3 x 1 Monkhorst-Pack grid
  88. 5 k-points in the irreducible part of the Brillouin zone    5 k-points in the irreducible part of the Brillouin zone
  89.        k-points in crystal coordinates                weights          k-points in crystal coordinates                weights
  90.    0:     0.00000000    0.00000000    0.00000000          1/9      0:     0.00000000    0.00000000    0.00000000          1/9
  91.    1:     0.00000000    0.33333333    0.00000000          2/9      1:     0.00000000    0.33333333    0.00000000          2/9
  92.    2:     0.33333333   -0.33333333    0.00000000          2/9      2:     0.33333333   -0.33333333    0.00000000          2/9
  93.    3:     0.33333333    0.00000000    0.00000000          2/9      3:     0.33333333    0.00000000    0.00000000          2/9
  94.    4:     0.33333333    0.33333333    0.00000000          2/9      4:     0.33333333    0.33333333    0.00000000          2/9
  95.  
  96. Wave functions: LCAO                        Wave functions: LCAO
  97.   Diagonalizer: Serial LAPACK                     |   Diagonalizer: BLACS / ScaLAPACK, 2 x 2 grid with 16 x 16 bl
  98.   Atomic Correction: distributed and sparse using scipy       Atomic Correction: distributed and sparse using scipy
  99.   Datatype: complex                       Datatype: complex
  100.                                  
  101.  
  102. Eigensolver                         Eigensolver
  103.    LCAO using direct dense diagonalizer                LCAO using direct dense diagonalizer
  104.  
  105. Densities:                          Densities:
  106.   Coarse grid: 32*32*192 grid                     Coarse grid: 32*32*192 grid
  107.   Fine grid: 64*64*384 grid                   Fine grid: 64*64*384 grid
  108.   Total Charge: 0.000000                      Total Charge: 0.000000
  109.  
  110. Density mixing:                         Density mixing:
  111.   Method: separate                        Method: separate
  112.   Backend: pulay                          Backend: pulay
  113.   Linear mixing parameter: 0.05                   Linear mixing parameter: 0.05
  114.   Mixing with 5 old densities                     Mixing with 5 old densities
  115.   Damping of long wave oscillations: 50               Damping of long wave oscillations: 50
  116.  
  117. Hamiltonian:                            Hamiltonian:
  118.   XC and Coulomb potentials evaluated on a 64*64*384 grid     XC and Coulomb potentials evaluated on a 64*64*384 grid
  119.   Using the PBE Exchange-Correlation functional           Using the PBE Exchange-Correlation functional
  120.   Interpolation: tri-quintic (5. degree polynomial)       Interpolation: tri-quintic (5. degree polynomial)
  121.   Poisson solver: FastPoissonSolver using             Poisson solver: FastPoissonSolver using
  122.     8*3+1=25 point O(h^6) finite-difference Laplacian stencil       8*3+1=25 point O(h^6) finite-difference Laplacian stencil
  123.     FFT axes: [0, 1];                           FFT axes: [0, 1];
  124.     FST axes: [2].                          FST axes: [2].
  125.                                  
  126.  
  127. XC parameters: PBE with 2 nearest neighbor stencil      XC parameters: PBE with 2 nearest neighbor stencil
  128.  
  129. Memory estimate:                        Memory estimate:
  130.   Process memory now: 250.18 MiB                  |   Process memory now: 122.38 MiB
  131.   Calculator: 334.94 MiB                      |   Calculator: 109.24 MiB
  132.     Density: 185.53 MiB                       |     Density: 46.24 MiB
  133.       Arrays: 38.89 MiB                       |       Arrays: 9.64 MiB
  134.       Localized functions: 131.72 MiB                 |       Localized functions: 32.93 MiB
  135.       Mixer: 14.92 MiB                        |       Mixer: 3.67 MiB
  136.     Hamiltonian: 35.35 MiB                    |     Hamiltonian: 8.79 MiB
  137.       Arrays: 25.43 MiB                       |       Arrays: 6.30 MiB
  138.       XC: 0.00 MiB                            XC: 0.00 MiB
  139.       Poisson: 0.00 MiB                           Poisson: 0.00 MiB
  140.       vbar: 9.92 MiB                          |       vbar: 2.48 MiB
  141.     Wavefunctions: 114.06 MiB                     |     Wavefunctions: 54.21 MiB
  142.       C [qnM]: 3.11 MiB                       |       C [qnM]: 15.50 MiB
  143.       S, T [2 x qmm]: 27.81 MiB                   |       S, T [2 x qmm]: 17.54 MiB
  144.       P [aqMi]: 1.04 MiB                      |       P [aqMi]: 0.65 MiB
  145.       BasisFunctions: 82.10 MiB                   |       BasisFunctions: 20.53 MiB
  146.       Eigensolver: 0.00 MiB                       Eigensolver: 0.00 MiB
  147.  
  148. Total number of cores used: 4                   Total number of cores used: 4
  149. Parallelization over k-points: 2                  | Domain decomposition: 1 x 1 x 4
  150. Parallelization over states: 2                    <
  151.  
  152. Number of atoms: 45                     Number of atoms: 45
  153. Number of atomic orbitals: 675                  Number of atomic orbitals: 675
  154. Number of bands in calculation: 301             Number of bands in calculation: 301
  155. Bands to converge: occupied states only             Bands to converge: occupied states only
  156. Number of valence electrons: 495                Number of valence electrons: 495
  157.  
  158. ... initialized                         ... initialized
  159.  
  160. Initializing position-dependent things.             Initializing position-dependent things.
  161.  
  162. Density initialized from atomic densities           Density initialized from atomic densities
  163.                                                                                              
  164.                                                                                              
  165.                                                                                              
  166.                                                                                              
  167.                                                                                              
  168.                 Cu    Cu     Cu                                     Cu    Cu     Cu          
  169.             Cu   CCu   CCu    Cu                                Cu   CCu   CCu    Cu          
  170.        Cu    Cu     Cu                                     Cu    Cu     Cu                    
  171.              Cu    Cu    Cu                                      Cu    Cu    Cu              
  172.         Cu    Cu    CCu   Cu    Cu                          Cu    Cu    CCu   Cu    Cu        
  173.                Cu     Cu    Cu                                     Cu     Cu    Cu            
  174.                                                                                              
  175.            Cu   CCu   CCu    Cu                                Cu   CCu   CCu    Cu          
  176.             Cu    Cu    Cu                                      Cu    Cu    Cu                
  177.                  Cu    Cu     Cu                                     Cu    Cu     Cu          
  178.        Cu    Cu    CCu   Cu                                Cu    Cu    CCu   Cu              
  179.         Cu    Cu     Cu                                     Cu    Cu     Cu                  
  180.                                                                                              
  181.                                                                                              
  182.                                                                                              
  183.                                                                                              
  184.                                                                                              
  185.  
  186. Positions:                          Positions:
  187.    0 Cu     0.000000    1.485616   15.000000    ( 0.0000,  0.      0 Cu     0.000000    1.485616   15.000000    ( 0.0000,  0.
  188.    1 Cu     2.573162    1.485616   15.000000    ( 0.0000,  0.      1 Cu     2.573162    1.485616   15.000000    ( 0.0000,  0.
  189.    2 Cu     5.146323    1.485616   15.000000    ( 0.0000,  0.      2 Cu     5.146323    1.485616   15.000000    ( 0.0000,  0.
  190.    3 Cu     1.286581    3.714039   15.000000    ( 0.0000,  0.      3 Cu     1.286581    3.714039   15.000000    ( 0.0000,  0.
  191.    4 Cu     3.859742    3.714039   15.000000    ( 0.0000,  0.      4 Cu     3.859742    3.714039   15.000000    ( 0.0000,  0.
  192.    5 Cu     6.432904    3.714039   15.000000    ( 0.0000,  0.      5 Cu     6.432904    3.714039   15.000000    ( 0.0000,  0.
  193.    6 Cu     2.573162    5.942462   15.000000    ( 0.0000,  0.      6 Cu     2.573162    5.942462   15.000000    ( 0.0000,  0.
  194.    7 Cu     5.146323    5.942462   15.000000    ( 0.0000,  0.      7 Cu     5.146323    5.942462   15.000000    ( 0.0000,  0.
  195.    8 Cu     7.719485    5.942462   15.000000    ( 0.0000,  0.      8 Cu     7.719485    5.942462   15.000000    ( 0.0000,  0.
  196.    9 Cu     0.000000    0.000000   17.100978    ( 0.0000,  0.      9 Cu     0.000000    0.000000   17.100978    ( 0.0000,  0.
  197.   10 Cu     2.573162    0.000000   17.100978    ( 0.0000,  0.     10 Cu     2.573162    0.000000   17.100978    ( 0.0000,  0.
  198.   11 Cu     5.146323    0.000000   17.100978    ( 0.0000,  0.     11 Cu     5.146323    0.000000   17.100978    ( 0.0000,  0.
  199.   12 Cu     1.286581    2.228423   17.100978    ( 0.0000,  0.     12 Cu     1.286581    2.228423   17.100978    ( 0.0000,  0.
  200.   13 Cu     3.859742    2.228423   17.100978    ( 0.0000,  0.     13 Cu     3.859742    2.228423   17.100978    ( 0.0000,  0.
  201.   14 Cu     6.432904    2.228423   17.100978    ( 0.0000,  0.     14 Cu     6.432904    2.228423   17.100978    ( 0.0000,  0.
  202.   15 Cu     2.573162    4.456847   17.100978    ( 0.0000,  0.     15 Cu     2.573162    4.456847   17.100978    ( 0.0000,  0.
  203.   16 Cu     5.146323    4.456847   17.100978    ( 0.0000,  0.     16 Cu     5.146323    4.456847   17.100978    ( 0.0000,  0.
  204.   17 Cu     7.719485    4.456847   17.100978    ( 0.0000,  0.     17 Cu     7.719485    4.456847   17.100978    ( 0.0000,  0.
  205.   18 Cu     1.286581    0.742808   19.201955    ( 0.0000,  0.     18 Cu     1.286581    0.742808   19.201955    ( 0.0000,  0.
  206.   19 Cu     3.859742    0.742808   19.201955    ( 0.0000,  0.     19 Cu     3.859742    0.742808   19.201955    ( 0.0000,  0.
  207.   20 Cu     6.432904    0.742808   19.201955    ( 0.0000,  0.     20 Cu     6.432904    0.742808   19.201955    ( 0.0000,  0.
  208.   21 Cu     2.573162    2.971231   19.201955    ( 0.0000,  0.     21 Cu     2.573162    2.971231   19.201955    ( 0.0000,  0.
  209.   22 Cu     5.146323    2.971231   19.201955    ( 0.0000,  0.     22 Cu     5.146323    2.971231   19.201955    ( 0.0000,  0.
  210.   23 Cu     7.719485    2.971231   19.201955    ( 0.0000,  0.     23 Cu     7.719485    2.971231   19.201955    ( 0.0000,  0.
  211.   24 Cu     3.859742    5.199654   19.201955    ( 0.0000,  0.     24 Cu     3.859742    5.199654   19.201955    ( 0.0000,  0.
  212.   25 Cu     6.432904    5.199654   19.201955    ( 0.0000,  0.     25 Cu     6.432904    5.199654   19.201955    ( 0.0000,  0.
  213.   26 Cu     9.006066    5.199654   19.201955    ( 0.0000,  0.     26 Cu     9.006066    5.199654   19.201955    ( 0.0000,  0.
  214.   27 Cu     0.000000    1.485616   21.302933    ( 0.0000,  0.     27 Cu     0.000000    1.485616   21.302933    ( 0.0000,  0.
  215.   28 Cu     2.573162    1.485616   21.302933    ( 0.0000,  0.     28 Cu     2.573162    1.485616   21.302933    ( 0.0000,  0.
  216.   29 Cu     5.146323    1.485616   21.302933    ( 0.0000,  0.     29 Cu     5.146323    1.485616   21.302933    ( 0.0000,  0.
  217.   30 Cu     1.286581    3.714039   21.302933    ( 0.0000,  0.     30 Cu     1.286581    3.714039   21.302933    ( 0.0000,  0.
  218.   31 Cu     3.859742    3.714039   21.302933    ( 0.0000,  0.     31 Cu     3.859742    3.714039   21.302933    ( 0.0000,  0.
  219.   32 Cu     6.432904    3.714039   21.302933    ( 0.0000,  0.     32 Cu     6.432904    3.714039   21.302933    ( 0.0000,  0.
  220.   33 Cu     2.573162    5.942462   21.302933    ( 0.0000,  0.     33 Cu     2.573162    5.942462   21.302933    ( 0.0000,  0.
  221.   34 Cu     5.146323    5.942462   21.302933    ( 0.0000,  0.     34 Cu     5.146323    5.942462   21.302933    ( 0.0000,  0.
  222.   35 Cu     7.719485    5.942462   21.302933    ( 0.0000,  0.     35 Cu     7.719485    5.942462   21.302933    ( 0.0000,  0.
  223.   36 Cu     0.000000    0.000000   23.403911    ( 0.0000,  0.     36 Cu     0.000000    0.000000   23.403911    ( 0.0000,  0.
  224.   37 Cu     2.573162    0.000000   23.403911    ( 0.0000,  0.     37 Cu     2.573162    0.000000   23.403911    ( 0.0000,  0.
  225.   38 Cu     5.146323    0.000000   23.403911    ( 0.0000,  0.     38 Cu     5.146323    0.000000   23.403911    ( 0.0000,  0.
  226.   39 Cu     1.286581    2.228423   23.403911    ( 0.0000,  0.     39 Cu     1.286581    2.228423   23.403911    ( 0.0000,  0.
  227.   40 Cu     3.859742    2.228423   23.403911    ( 0.0000,  0.     40 Cu     3.859742    2.228423   23.403911    ( 0.0000,  0.
  228.   41 Cu     6.432904    2.228423   23.403911    ( 0.0000,  0.     41 Cu     6.432904    2.228423   23.403911    ( 0.0000,  0.
  229.   42 Cu     2.573162    4.456847   23.403911    ( 0.0000,  0.     42 Cu     2.573162    4.456847   23.403911    ( 0.0000,  0.
  230.   43 Cu     5.146323    4.456847   23.403911    ( 0.0000,  0.     43 Cu     5.146323    4.456847   23.403911    ( 0.0000,  0.
  231.   44 Cu     7.719485    4.456847   23.403911    ( 0.0000,  0.     44 Cu     7.719485    4.456847   23.403911    ( 0.0000,  0.
  232.  
  233. Unit cell:                          Unit cell:
  234.            periodic     x           y           z      points              periodic     x           y           z      points
  235.   1. axis:    yes    7.719485    0.000000    0.000000    32       1. axis:    yes    7.719485    0.000000    0.000000    32  
  236.   2. axis:    yes    3.859742    6.685270    0.000000    32       2. axis:    yes    3.859742    6.685270    0.000000    32  
  237.   3. axis:    no     0.000000    0.000000   38.403911   192       3. axis:    no     0.000000    0.000000   38.403911   192  
  238.  
  239.   Lengths:   7.719485   7.719485  38.403911           Lengths:   7.719485   7.719485  38.403911
  240.   Angles:   90.000000  90.000000  60.000000           Angles:   90.000000  90.000000  60.000000
  241.  
  242. Effective grid spacing dv^(1/3) = 0.2160            Effective grid spacing dv^(1/3) = 0.2160
  243.  
  244.                      log10-error:    total        iterations:                        log10-error:    total        iterations:
  245.            time      wfs    density  energy       fermi  pois              time      wfs    density  energy       fermi  pois
  246. iter:   1  16:08:05          +inf  -199.488527    3      1    | iter:   1  13:29:55          +inf  -199.488527    3      1  
  247. iter:   2  16:08:29         -1.11  -179.338063    37     1    | iter:   2  13:30:12         -1.11  -179.338063    36     1  
  248. iter:   3  16:08:52         -1.21  -148.965882    36     1    | iter:   3  13:30:29         -1.21  -148.965882    36     1  
  249. iter:   4  16:09:16         -1.66  -146.961765    35     1    | iter:   4  13:30:45         -1.66  -146.961765    35     1  
  250. iter:   5  16:09:39         -1.84  -149.283047    3      1    | iter:   5  13:31:01         -1.84  -149.283047    3      1  
  251. iter:   6  16:10:02         -2.00  -147.964073    29     1    | iter:   6  13:31:18         -2.00  -147.964073    34     1
RAW Paste Data
We use cookies for various purposes including analytics. By continuing to use Pastebin, you agree to our use of cookies as described in the Cookies Policy. OK, I Understand
 
Top