Beide Werkzeuge sind in ihrer Benutzung sehr ähnlich. Electron benutzt Chromium als Basis und JW das Webkit. Bei Electron wird zuerst ein JS Script ausgeführt und im Anschluss wird mithilfe des Renderer-Prozesses eine HTML Datei in das DOM geladen. Bei JW.js wird zuerst die HTML Datei geladen.

Alles in allem sind beide Umgebungen sehr ähnlich und haben auch in ihrer Benutzung und Handhabung keine auffallend negativen Aspekte. Electron macht allerdings aufgrund der Tatsache, dass es deutlich Ressourceneffizienter arbeitet, einen professionelleren Eindruck.
NWJS ist etwas einfacher in der Handhabung, da nicht so sehr auf das Eventhandling der Fenster geachtet werden muss.