var miArray= [
    { nivel:"Cluster", cantidad:4 },
    { nivel:"Sección", cantidad:3 },
    { nivel:"Manzanas", cantidad:2 },
];

Manzanas 1

   Manzanas 2

Manzanas 1

   Manzanas 2

Manzanas 1

   Manzanas 2

Manzanas 1

   Manzanas 2

Manzanas 1

   Manzanas 2

Manzanas 1

   Manzanas 2

$('#using_json_2').jstree({ 'core' : {
    'data' : [
       { "id" : "ajson1", "parent" : "#", "text" : "Simple root node" },
       { "id" : "ajson2", "parent" : "#", "text" : "Root node 2" },
       { "id" : "ajson3", "parent" : "ajson2", "text" : "Child 1" },
       { "id" : "ajson4", "parent" : "ajson2", "text" : "Child 2" },
    ]
} });

var miArray= [
    { nivel:"Cluster", cantidad:4 },
    { nivel:"Sección", cantidad:3 },
    { nivel:"Manzanas", cantidad:2 },
];
var data = [];

recorreNiveles(miArray);
console.log(data);

function recorreNiveles(niveles){

    var copy = niveles;

    if (niveles !== undefined && niveles.length){
        for (var f =0; f < niveles.length; f++){
        var item = niveles[f];
        console.log("nivel:"+item.nivel+"_"+f)
        for (var g =0; g < item.cantidad; g++) {
            console.log("nivel:"+item.nivel+"_"+g)


            console.log('length:'+copy.length);
            recorreNiveles(copy.shift());
            /*
            for (var h=g+1; h < niveles.length; h++ ){
                var nivel = niveles[h];
                console.log(nivel);
                for (var i = 0; i < nivel.cantidad; i++){
                    console.log("     nivel:"+nivel.nivel+"_"+i)
                }
            }
            */
        }
    }

    }
}