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HCA TEST

a guest
Aug 29th, 2019
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SAS 8.52 KB | None | 0 0
  1. dm log 'clear';
  2. data work.visit;
  3.     length
  4.         visit_key        $ 9
  5.         pat_key          $ 8
  6.         dept_key         $ 5
  7.         contact_dt_key     8
  8.         hsp_acct_key     $ 2
  9.         dict_enc_type_key $ 6
  10.         age                8
  11.         appt_dt            8
  12.         appt_checkin_dt    8
  13.         appt_checkout_dt   8
  14.         hosp_admit_dt      8
  15.         hosp_dischrg_dt    8
  16.         appt_made_dt       8
  17.         appt_cancel_dt     8
  18.         create_dt          8
  19.         create_by        $ 7
  20.         upd_dt             8
  21.         upd_by           $ 7
  22.         dob                8 ;
  23.     format
  24.         visit_key        $char9.
  25.         pat_key          $char8.
  26.         dept_key         $char5.
  27.         contact_dt_key   yymmdd10.
  28.         hsp_acct_key     $char2.
  29.         dict_enc_type_key $char6.
  30.         age              best7.
  31.         appt_dt          datetime21.2
  32.         appt_checkin_dt  datetime21.2
  33.         appt_checkout_dt datetime21.2
  34.         hosp_admit_dt    datetime21.2
  35.         hosp_dischrg_dt  datetime21.2
  36.         appt_made_dt     datetime21.2
  37.         appt_cancel_dt   datetime21.2
  38.         create_dt        datetime18.
  39.         create_by        $char7.
  40.         upd_dt           datetime18.
  41.         upd_by           $char7.
  42.         dob              datetime18. ;
  43.     informat
  44.         visit_key        $char9.
  45.         pat_key          $char8.
  46.         dept_key         $char5.
  47.         contact_dt_key   yymmdd10.
  48.         hsp_acct_key     $char2.
  49.         dict_enc_type_key $char6.
  50.         age              best7.
  51.         appt_dt          datetime21.
  52.         appt_checkin_dt  datetime21.
  53.         appt_checkout_dt datetime21.
  54.         hosp_admit_dt    datetime21.
  55.         hosp_dischrg_dt  datetime21.
  56.         appt_made_dt     datetime21.
  57.         appt_cancel_dt   datetime21.
  58.         create_dt        datetime18.
  59.         create_by        $char7.
  60.         upd_dt           datetime18.
  61.         upd_by           $char7.
  62.         dob              datetime18. ;
  63.     infile 'c:\users\dogoee\downloads\new folder\hca\visit.csv'
  64.         lrecl=32767
  65.         firstobs=2
  66.         encoding="wlatin1"
  67.         dlm='2c'x
  68.         missover
  69.         truncover
  70.         dsd ;
  71.     input
  72.         visit_key        : $char9.
  73.         pat_key          : $char8.
  74.         dept_key         : $char5.
  75.         contact_dt_key   : ?? yymmdd8.
  76.         hsp_acct_key     : $char2.
  77.         dict_enc_type_key : $char6.
  78.         age              : ?? comma7.
  79.         appt_dt          : ?? anydtdtm16.
  80.         appt_checkin_dt  : ?? anydtdtm16.
  81.         appt_checkout_dt : ?? anydtdtm16.
  82.         hosp_admit_dt    : ?? anydtdtm16.
  83.         hosp_dischrg_dt  : ?? anydtdtm16.
  84.         appt_made_dt     : ?? anydtdtm15.
  85.         appt_cancel_dt   : ?? anydtdtm15.
  86.         create_dt        : ?? anydtdtm16.
  87.         create_by        : $char7.
  88.         upd_dt           : ?? anydtdtm16.
  89.         upd_by           : $char7.
  90.         dob              : ?? anydtdtm15. ;
  91.     array summa[*] _character_;
  92.       do i = 1 to dim(summa);
  93.       if summa[i] = 'na' then summa[i] =. ;
  94.    end;
  95.    drop i;
  96. run;
  97. data work.visit_diagnosis;
  98.     length
  99.         visit_key        $ 8
  100.         dx_key           $ 7
  101.         dict_dx_sts_key  $ 3 ;
  102.     keep
  103.         visit_key
  104.         dx_key
  105.         dict_dx_sts_key ;
  106.     format
  107.         visit_key        $char8.
  108.         dx_key           $char7.
  109.         dict_dx_sts_key  $char3. ;
  110.     informat
  111.         visit_key        $char8.
  112.         dx_key           $char7.
  113.         dict_dx_sts_key  $char3. ;
  114.     infile 'c:\users\dogoee\downloads\new folder\hca\visit_diagnosis.csv'
  115.         lrecl=32767
  116.         firstobs=2
  117.         encoding="wlatin1"
  118.         dlm='2c'x
  119.         missover
  120.         dsd ;
  121.     input
  122.         visit_key        : $char8.
  123.         pat_key          : $1.
  124.         hsp_acct_key     : $1.
  125.         dx_key           : $char7.
  126.         dict_dx_type_key : $1.
  127.         dict_dx_sts_key  : $char3.
  128.         dict_dx_poa_key  : $1.
  129.         seq_num          : $1.
  130.         dx_cmt           : $1.
  131.         create_dt        : $1.
  132.         create_by        : $1.
  133.         upd_dt           : $1.
  134.         upd_by           : $1. ;
  135.        
  136. run;
  137. data work.diagnosis;
  138.     length
  139.         dx_nm            $ 160
  140.         dx_key           $ 7 ;
  141.     keep
  142.         dx_nm
  143.         dx_key ;
  144.     format
  145.         dx_nm            $char160.
  146.         dx_key           $char7. ;
  147.     informat
  148.         dx_nm            $char160.
  149.         dx_key           $char7. ;
  150.     infile 'c:\users\dogoee\downloads\new folder\hca\diagnosis.csv'
  151.         lrecl=32767
  152.         firstobs=2
  153.         encoding="wlatin1"
  154.         dlm='2c'x
  155.         missover
  156.         dsd ;
  157.     input
  158.         icd9_cd          : $1.
  159.         dx_nm            : $char160.
  160.         dx_key           : $char7.
  161.         dx_stat          : $1.
  162.         dx_id            : $1. ;
  163. run;
  164. data work.medication_order;
  165.     length
  166.         pat_key          $ 8
  167.         visit_key        $ 8
  168.         med_ord_nm       $ 163 ;
  169.     keep
  170.         pat_key
  171.         visit_key
  172.         med_ord_nm ;
  173.     format
  174.         pat_key          $char8.
  175.         visit_key        $char8.
  176.         med_ord_nm       $char163. ;
  177.     informat
  178.         pat_key          $char8.
  179.         visit_key        $char8.
  180.         med_ord_nm       $char163. ;
  181.     infile 'c:\users\dogoee\downloads\new folder\hca\medication_order.csv'
  182.         lrecl=32767
  183.         firstobs=2
  184.         encoding="wlatin1"
  185.         dlm='2c'x
  186.         missover
  187.         dsd ;
  188.     input
  189.         pat_key          : $char8.
  190.         med_key          : $1.
  191.         med_ord_key      : $1.
  192.         dict_ord_stat_key : $1.
  193.         med_ord_create_dt : $1.
  194.         med_ord_desc     : $1.
  195.         visit_key        : $char8.
  196.         pat_loc_dept_key : $1.
  197.         discont_emp_key  : $1.
  198.         med_ord_id       : $1.
  199.         med_ord_nm       : $char163. ;
  200. run;
  201. data work.department;
  202.     length
  203.         dept_key         $ 5
  204.         dept_nm          $ 39
  205.         specialty        $ 34
  206.         dept_abbr        $ 15
  207.         dept_grp         $ 2
  208.         dept_cntr        $ 46
  209.         rev_loc_key      $ 4 ;
  210.     format
  211.         dept_key         $char5.
  212.         dept_nm          $char39.
  213.         specialty        $char34.
  214.         dept_abbr        $char15.
  215.         dept_grp         $char2.
  216.         dept_cntr        $char46.
  217.         rev_loc_key      $char4. ;
  218.     informat
  219.         dept_key         $char5.
  220.         dept_nm          $char39.
  221.         specialty        $char34.
  222.         dept_abbr        $char15.
  223.         dept_grp         $char2.
  224.         dept_cntr        $char46.
  225.         rev_loc_key      $char4. ;
  226.     infile 'c:\users\dogoee\downloads\new folder\hca\department.csv'
  227.         lrecl=32767
  228.         firstobs=2
  229.         encoding="wlatin1"
  230.         dlm='2c'x
  231.         missover
  232.         dsd ;
  233.     input
  234.         dept_key         : $char5.
  235.         dept_nm          : $char39.
  236.         specialty        : $char34.
  237.         dept_abbr        : $char15.
  238.         dept_grp         : $char2.
  239.         dept_cntr        : $char46.
  240.         rev_loc_key      : $char4. ;
  241. run;
  242. proc sql;
  243.     create table sumv as
  244.     select distinct a1.pat_key,a1.visit_key,a1.hosp_admit_dt,a1.age,a1.hosp_dischrg_dt,a2.appt_dt,
  245.         case when upcase(d.dx_nm) contains 'anaphylaxis'
  246.                 then '1'
  247.                 else '0'
  248.             end
  249.         as anaph_dx_ind,
  250.         case when upcase(c.med_ord_nm) contains 'epinephrine'
  251.                 then '1'
  252.                 else '0'
  253.             end
  254.         as epi_order_ind,
  255.         case when 0 lt intck('hour', (a1.hosp_dischrg_dt), (a2.appt_dt)) lt 192
  256.                 then '1'
  257.                 else '0'
  258.             end
  259.         as follow_up_ind ,
  260.         case when 0 lt intck('hour', (a1.hosp_dischrg_dt), (a2.appt_dt)) lt 192
  261.                 then a2.appt_dt
  262.                 else .
  263.             end
  264.         as follow_up_date format=datetime21.2,
  265.         case when 0 lt intck('hour', (a1.hosp_dischrg_dt), (a2.appt_dt)) lt 192
  266.                 then ((intck('hour', (a1.hosp_dischrg_dt), (a2.appt_dt)))/24)
  267.                 else .
  268.             end
  269.         as days_to_follow_up format=best1.0
  270.     from work.visit as a1 left join work.visit as a2
  271.             on a1.pat_key=a2.pat_key
  272.         left join work.visit_diagnosis as b
  273.             on a1.visit_key=b.visit_key
  274.         left join work.medication_order as c
  275.             on b.visit_key=c.visit_key
  276.         left join work.diagnosis as d
  277.             on b.dx_key=d.dx_key
  278.         left join work.department as e
  279.             on a1.dept_key=e.dept_key
  280.     where datepart(a1.hosp_admit_dt) ge "01aug2014"d
  281.         and 1 le a1.age le 18
  282.         and b.dict_dx_sts_key in ('313' '314')
  283.         and a1.dict_enc_type_key='83'
  284.         and a2.dict_enc_type_key='108'
  285.     order by a1.pat_key;
  286. quit;
  287. proc sort data=sumv nodupkey out=porj;
  288.     by visit_key;
  289. run;
  290. proc export data=porj
  291.     outfile="h:\hom1.xlsx"
  292.     dbms=excel replace;
  293. run;
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