Codice Allineamento FASTA

##Individuazione file da utilizzare per l'allineamento a Leccino
fastqPath_R1 <- list.files("//home/genomica/DATA/GENOLICS/Sonde_FARGA", pattern="fasta$", full=TRUE)

##Creazione dei .BAM di allineamento
align(index="index", maxMismatches=7, readfile=fastqPath_R1, input_format="FASTA", output_format="BAM")