<h4>Стоимость</h4>
<p class="price">
  <span id="final_price_yslug">0</span> Руб.
</p>
<label for="yslygi">Верхняя торцевая перегородка</label>
<input type="checkbox" class="a1" id="yslygi" name="peregorodka"/>???<br/>
<label for="yslygi2">Борта у стены</label>
<input type="checkbox" class="a1" id="yslygi2" name="bort" />???

        <script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/2.1.1/jquery.min.js"></script>

$('input.a1').on("click",function(){

  var sum2 = 0;

  if ($("#yslygi").is(':checked')) {
   sum2 += 500;
  }
   if ($("#yslygi2").is(':checked')) {
   sum2 += 500;
  }
  $('#final_price_yslug').html(sum2);
});
$('input.a1').eq(0).click();
$('input.a1').eq(1).click();

$('input.a1').on("click",function(){
  ...
});
$('input.a1').eq(0).click();
// или через id
$("#yslygi").click();