var sw = new Stopwatch(); // Секундомер
sw.Start();
// Переменная для хранения метки времени
var prevStamp = sw.ElapsedMilliseconds;
while (true)
{
    var c = Console.ReadLine();
    if (c == "test")
    {
        // Если прошло менее 6 с (6000 мс) - пропускаем
        if (sw.ElapsedMilliseconds - prevStamp < 6000) continue;
        // Иначе - выполняем метод
        Test();
        // И сохраняем новую отметку времени
        prevStamp = sw.ElapsedMilliseconds;
    }
}