from string import *
import numpy as np

str1=input("Votre fichier 1: ")
str2=input("Votre fichier 2: ")


def list_fasta (str): #Cela décompose un fichier fasta dans un dictionnaire, mais nous n'utiliserons que la clé "sNuc" du dictionnaire
    f= open(str, 'r')
    index = f.readline()
    dicosequence={}
    while index !="":
        if index[0] == '>':
            dicosequence["nom"]=index
        else:
            dicosequence["sNuc"]=index
        index= f.readline()
    return dicosequence

seq1=list_fasta(str1)
seq1=seq1["sNuc"]
seq2=list_fasta(str2)
seq2=seq1["sNuc"]

def faites_votre_score_Nucleo():
    scoreperso={}
    scoreperso["match"] = input("Score match : \n")
    scoreperso["transition"] = input("Score mismatch Purine/Purine ou Pyrimidine/pyrimidine :\n")
    scoreperso["transversion"] = input("Score mismatch différents : \n")
    scoreperso["ouverture_gap"] = input("Score ouverture de gap : \n")
    scoreperso["ext_gap"] = input("Score extension gap : \n")
    return scoreperso

#scoredefaut = {"match" : 2, "transversion" : -1, "transition" : 1, "ouverture_gap" : -10 , "ext_gap" : -1}

def choix_nucleo():
    choix = input("voulez vous faire votre propre matrice? tapez y pour oui  et n pour non\n")
    while choix !="y" and choix !="n":
        choix = input("voulez vous faire votre propre matrice? tapez y pour oui  et n pour non:\n")
    if choix == "y":
        dicoscore = faites_votre_score_Nucleo()
    else:
        dicoscore = {"match" : 2, "transversion" : -1, "transition" : 1, "ouverture_gap" : -10 , "ext_gap" : -1}
    return dicoscore


def choix_prot() :
    matrixFile=open("blosum62.txt","r")
    lines = matrixFile.readlines()
    matrixFile.close()
    dictaa = {}
    aminoacidstring = lines[0]
    aminoacidstring = aminoacidstring.split()
    i = 1
    while i <= (len(lines) - 1) :
        row = lines[i]
        row = row.split()

        j = 1
        for character in row[1 :25] :
            dictaa[aminoacidstring[i - 1], aminoacidstring[
                j - 1]] = character
            j += 1
        i += 1
    choix=input("Voulez vous choisir vos score de gap ? y : OUI, n : NON\n")
    while choix!="y" and choix!="n":
        choix = input("Voulez vous choisir vos score de gap ? y : OUI, n : NON\n")
    if choix=="y":
        dictaa["Ouverture_gap"]=input("Score ouverture de gap:\n")
        dictaa["ext_gap"]=input("Score d'extension de gap:\n")
    else:
        dictaa["Ouverture_gap"]=-10
        dictaa["ext_gap"]=-1

    return (dictaa)


def interface_user():
    choix=input("1: Utiliser une matrice pour nucléotide\n2:Utiliser une matrice pour protéine\n")
    while choix !=1 and choix !="2":
        choix = input("1: Utiliser une matrice pour nucléotide\n2:Utiliser une matrice pour protéine\n")
    if choix=="1":
        choix_nucleo()
    else:
        choix_prot()