SessionFactory sessionFactory = entityManagerFactory.unwrap(SessionFactory.class);
Session session = sessionFactory.openSession();
session.enableFilter("tsRemovido"); // se não habilitar, a condição será ignorada na consulta
Query query = session.createQuery("SELECT e FROM Entidade e");
//resto do código

@Filters( {
    @Filter(name="tsRemovido", condition="ts_removed is null")
} )
public class Entidade {

@Query(value = "SELECT e FROM Entidade e", nativeQuery = true)