if (item == 1) {
   alert("<?php $minhavar = 1200; echo $minhavar; ?>");
    }
 if (item == 2){
    alert("<?php $minhavar = 2200; echo $minhavar; ?>") ;
    }
 if (item == 3){
    alert("<?php $minhavar = 3200; echo $minhavar; ?>") ;
    }

<script>

 function myFunction() {

        var item = form1.varhtml.value;

        if (item == 1) {
            alert("<?php $minhavar = 1200; echo $minhavar; ?>");
        }
        else if (item == 2){
            alert("<?php $minhavar = 2200; echo $minhavar; ?>") ;
        }
        else if (item == 3){
            alert("<?php $minhavar = 3200; echo $minhavar; ?>") ;
        }

    }

</script>

<?php echo $minhavar; ?> // saída é sempre R$ 3.200