Cuando es necesario un tratamiento farmacológico a largo plazo, o en el caso de que sean necesarias dosis muy altas de fármacos anti-secretores, se puede optar por un tratamiento quirúrgico, llamado funduplicatura, y que en la actualidad se puede realizar en la mayor parte de los casos por laparoscopia (cirugía mínimamente invasiva). Es importante un estudio detallado del RGE de cada caso particular antes de indicar el tratamiento quirúrgico.