Not a member of Pastebin yet?
Sign Up,
it unlocks many cool features!
- /nix/store/2vy3pl44jrzj45kx10nndyk7zbpd6cy6-python3.6-ase-3.17.0
- ├── bin
- │ ├── ase
- │ ├── ase-build
- │ ├── ase-db
- │ ├── ase-gui
- │ ├── ase-info
- │ └── ase-run
- ├── lib
- │ └── python3.6
- │ └── site-packages
- │ ├── ase
- │ │ ├── atom.py
- │ │ ├── atoms.py
- │ │ ├── autoneb.py
- │ │ ├── build
- │ │ │ ├── adsorb.py
- │ │ │ ├── bulk.py
- │ │ │ ├── general_surface.py
- │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ ├── __main__.py
- │ │ │ ├── molecule.py
- │ │ │ ├── __pycache__
- │ │ │ │ ├── adsorb.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── bulk.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── general_surface.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── __main__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── molecule.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── ribbon.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── root.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── rotate.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── supercells.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── surface.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── tools.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── tube.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ └── voids.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── ribbon.py
- │ │ │ ├── root.py
- │ │ │ ├── rotate.py
- │ │ │ ├── supercells.py
- │ │ │ ├── surface.py
- │ │ │ ├── tools.py
- │ │ │ ├── tube.py
- │ │ │ └── voids.py
- │ │ ├── calculators
- │ │ │ ├── abinit.py
- │ │ │ ├── aims.py
- │ │ │ ├── amber.py
- │ │ │ ├── ase_qmmm_manyqm.py
- │ │ │ ├── calculator.py
- │ │ │ ├── castep.py
- │ │ │ ├── checkpoint.py
- │ │ │ ├── cp2k.py
- │ │ │ ├── crystal.py
- │ │ │ ├── dacapo.py
- │ │ │ ├── demon
- │ │ │ │ ├── demon_io.py
- │ │ │ │ ├── demon.py
- │ │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ │ └── __pycache__
- │ │ │ │ ├── demon.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── demon_io.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ └── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── dftb.py
- │ │ │ ├── dftd3.py
- │ │ │ ├── dmol.py
- │ │ │ ├── eam.py
- │ │ │ ├── elk.py
- │ │ │ ├── emt.py
- │ │ │ ├── espresso.py
- │ │ │ ├── exciting.py
- │ │ │ ├── ff.py
- │ │ │ ├── fleur.py
- │ │ │ ├── gaussian.py
- │ │ │ ├── general.py
- │ │ │ ├── gromacs.py
- │ │ │ ├── gulp.py
- │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ ├── interfacechecker.py
- │ │ │ ├── interface.py
- │ │ │ ├── jacapo
- │ │ │ │ ├── changed.py
- │ │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ │ ├── jacapo.py
- │ │ │ │ ├── lda_psp.py
- │ │ │ │ ├── mayavis.py
- │ │ │ │ ├── pbe_psp.py
- │ │ │ │ ├── pw91_psp.py
- │ │ │ │ ├── __pycache__
- │ │ │ │ │ ├── changed.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── jacapo.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── lda_psp.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── mayavis.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── pbe_psp.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── pw91_psp.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── setup.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── validate.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ └── version.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── setup.py
- │ │ │ │ ├── utils
- │ │ │ │ │ ├── bader.py
- │ │ │ │ │ ├── bandstructure.py
- │ │ │ │ │ ├── bee.py
- │ │ │ │ │ ├── findsym.py
- │ │ │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ │ │ ├── jmath.py
- │ │ │ │ │ ├── __pycache__
- │ │ │ │ │ │ ├── bader.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ │ ├── bandstructure.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ │ ├── bee.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ │ ├── findsym.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ │ ├── jmath.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ │ ├── sgroup.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ │ ├── symmol.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ │ └── wannier.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── sgroup.py
- │ │ │ │ │ ├── symmol.py
- │ │ │ │ │ └── wannier.py
- │ │ │ │ ├── validate.py
- │ │ │ │ └── version.py
- │ │ │ ├── lammpslib.py
- │ │ │ ├── lammpsrun.py
- │ │ │ ├── lj.py
- │ │ │ ├── loggingcalc.py
- │ │ │ ├── mopac.py
- │ │ │ ├── morse.py
- │ │ │ ├── neighborlist.py
- │ │ │ ├── nwchem.py
- │ │ │ ├── octopus.py
- │ │ │ ├── onetep.py
- │ │ │ ├── openmx
- │ │ │ │ ├── default_settings.py
- │ │ │ │ ├── dos.py
- │ │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ │ ├── openmx.py
- │ │ │ │ ├── parameters.py
- │ │ │ │ ├── __pycache__
- │ │ │ │ │ ├── default_settings.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── dos.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── openmx.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── parameters.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── reader.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ └── writer.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── reader.py
- │ │ │ │ └── writer.py
- │ │ │ ├── __pycache__
- │ │ │ │ ├── abinit.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── aims.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── amber.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── ase_qmmm_manyqm.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── calculator.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── castep.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── checkpoint.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── cp2k.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── crystal.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── dacapo.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── dftb.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── dftd3.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── dmol.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── eam.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── elk.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── emt.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── espresso.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── exciting.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── ff.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── fleur.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── gaussian.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── general.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── gromacs.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── gulp.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── interfacechecker.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── interface.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── lammpslib.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── lammpsrun.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── lj.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── loggingcalc.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── mopac.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── morse.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── neighborlist.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── nwchem.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── octopus.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── onetep.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── qmmm.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── singlepoint.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── socketio.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── test.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── tip3p.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── tip4p.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── turbomole.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ └── vdwcorrection.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── qmmm.py
- │ │ │ ├── siesta
- │ │ │ │ ├── base_siesta.py
- │ │ │ │ ├── import_functions.py
- │ │ │ │ ├── import_ion_xml.py
- │ │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ │ ├── mbpt_lcao_io.py
- │ │ │ │ ├── mbpt_lcao.py
- │ │ │ │ ├── mbpt_lcao_utils.py
- │ │ │ │ ├── parameters.py
- │ │ │ │ ├── __pycache__
- │ │ │ │ │ ├── base_siesta.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── import_functions.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── import_ion_xml.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── mbpt_lcao.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── mbpt_lcao_io.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── mbpt_lcao_utils.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── parameters.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── siesta.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ └── siesta_raman.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── siesta.py
- │ │ │ │ └── siesta_raman.py
- │ │ │ ├── singlepoint.py
- │ │ │ ├── socketio.py
- │ │ │ ├── test.py
- │ │ │ ├── tip3p.py
- │ │ │ ├── tip4p.py
- │ │ │ ├── turbomole.py
- │ │ │ ├── vasp
- │ │ │ │ ├── create_input.py
- │ │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ │ ├── interactive.py
- │ │ │ │ ├── __pycache__
- │ │ │ │ │ ├── create_input.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── interactive.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── setups.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── vasp2.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ └── vasp.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── setups.py
- │ │ │ │ ├── vasp2.py
- │ │ │ │ └── vasp.py
- │ │ │ └── vdwcorrection.py
- │ │ ├── cli
- │ │ │ ├── band_structure.py
- │ │ │ ├── build.py
- │ │ │ ├── complete.py
- │ │ │ ├── completion.py
- │ │ │ ├── convert.py
- │ │ │ ├── find.py
- │ │ │ ├── info.py
- │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ ├── main.py
- │ │ │ ├── nomadget.py
- │ │ │ ├── nomad.py
- │ │ │ ├── __pycache__
- │ │ │ │ ├── band_structure.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── build.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── complete.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── completion.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── convert.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── find.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── info.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── main.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── nomad.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── nomadget.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── reciprocal.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ └── run.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── reciprocal.py
- │ │ │ └── run.py
- │ │ ├── cluster
- │ │ │ ├── base.py
- │ │ │ ├── cluster.py
- │ │ │ ├── compounds.py
- │ │ │ ├── cubic.py
- │ │ │ ├── data
- │ │ │ │ ├── au.py
- │ │ │ │ ├── fcc.py
- │ │ │ │ ├── hcp.py
- │ │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ │ ├── __pycache__
- │ │ │ │ │ ├── au.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── fcc.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── hcp.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ └── symmetry.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ └── symmetry.py
- │ │ │ ├── decahedron.py
- │ │ │ ├── factory.py
- │ │ │ ├── hexagonal.py
- │ │ │ ├── icosahedron.py
- │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ ├── octahedron.py
- │ │ │ ├── __pycache__
- │ │ │ │ ├── base.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── cluster.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── compounds.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── cubic.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── decahedron.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── factory.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── hexagonal.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── icosahedron.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── octahedron.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ └── wulff.cpython-36.pyc
- │ │ │ └── wulff.py
- │ │ ├── collections
- │ │ │ ├── collection.py
- │ │ │ ├── create.py
- │ │ │ ├── dcdft.json
- │ │ │ ├── g2.json
- │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ ├── __pycache__
- │ │ │ │ ├── collection.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── create.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ └── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ └── s22.json
- │ │ ├── constraints.py
- │ │ ├── data
- │ │ │ ├── alternatives.py
- │ │ │ ├── cccbdb_ip.py
- │ │ │ ├── colors.py
- │ │ │ ├── dbh24.py
- │ │ │ ├── extra_molecules.py
- │ │ │ ├── g2_1.py
- │ │ │ ├── g2_1_ref_g03.py
- │ │ │ ├── g2_1_ref.py
- │ │ │ ├── g2_1_ref_vasp.py
- │ │ │ ├── g2_1_ref_wien97.py
- │ │ │ ├── g2_2.py
- │ │ │ ├── g2.py
- │ │ │ ├── gmtkn30.py
- │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ ├── isotopes.py
- │ │ │ ├── molecules.py
- │ │ │ ├── __pycache__
- │ │ │ │ ├── alternatives.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── cccbdb_ip.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── colors.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── dbh24.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── extra_molecules.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── g2_1.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── g2_1_ref.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── g2_1_ref_g03.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── g2_1_ref_vasp.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── g2_1_ref_wien97.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── g2_2.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── g2.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── gmtkn30.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── isotopes.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── molecules.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── s22.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── tmfp06d.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── tmgmjbp04n.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── tmxr200x.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── tmxr200x_tm1r2006.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── tmxr200x_tm2r2007.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── tmxr200x_tm3r2008.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── vdw_alvarez.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ └── vdw.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── s22.py
- │ │ │ ├── tmfp06d.py
- │ │ │ ├── tmgmjbp04n.py
- │ │ │ ├── tmxr200x.py
- │ │ │ ├── tmxr200x_tm1r2006.py
- │ │ │ ├── tmxr200x_tm2r2007.py
- │ │ │ ├── tmxr200x_tm3r2008.py
- │ │ │ ├── vdw_alvarez.py
- │ │ │ └── vdw.py
- │ │ ├── db
- │ │ │ ├── app.py
- │ │ │ ├── cli.py
- │ │ │ ├── convert.py
- │ │ │ ├── core.py
- │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ ├── jsondb.py
- │ │ │ ├── __main__.py
- │ │ │ ├── plot.py
- │ │ │ ├── postgresql.py
- │ │ │ ├── __pycache__
- │ │ │ │ ├── app.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── cli.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── convert.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── core.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── jsondb.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── __main__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── plot.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── postgresql.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── row.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── sqlite.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── summary.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── table.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ └── web.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── row.py
- │ │ │ ├── sqlite.py
- │ │ │ ├── static
- │ │ │ │ ├── style.css
- │ │ │ │ └── summary.js
- │ │ │ ├── summary.py
- │ │ │ ├── table.py
- │ │ │ ├── templates
- │ │ │ │ ├── js.html
- │ │ │ │ ├── layout.html
- │ │ │ │ ├── projects.html
- │ │ │ │ ├── style.html
- │ │ │ │ ├── summary.html
- │ │ │ │ └── table.html
- │ │ │ └── web.py
- │ │ ├── dft
- │ │ │ ├── bandgap.py
- │ │ │ ├── band_structure.py
- │ │ │ ├── bee.py
- │ │ │ ├── bz.py
- │ │ │ ├── dos.py
- │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ ├── kpoints.py
- │ │ │ ├── pars_beefvdw.py
- │ │ │ ├── pars_mbeef.py
- │ │ │ ├── pars_mbeefvdw.py
- │ │ │ ├── pdos.py
- │ │ │ ├── __pycache__
- │ │ │ │ ├── bandgap.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── band_structure.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── bee.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── bz.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── dos.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── kpoints.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── pars_beefvdw.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── pars_mbeef.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── pars_mbeefvdw.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── pdos.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── stm.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ └── wannier.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── stm.py
- │ │ │ └── wannier.py
- │ │ ├── dimer.py
- │ │ ├── eos.py
- │ │ ├── ga
- │ │ │ ├── adsorbate_comparators.py
- │ │ │ ├── adsorbate_operators.py
- │ │ │ ├── convergence.py
- │ │ │ ├── cutandsplicepairing.py
- │ │ │ ├── data.py
- │ │ │ ├── element_crossovers.py
- │ │ │ ├── element_mutations.py
- │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ ├── multiprocessingrun.py
- │ │ │ ├── offspring_creator.py
- │ │ │ ├── parallellocalrun.py
- │ │ │ ├── particle_comparator.py
- │ │ │ ├── particle_crossovers.py
- │ │ │ ├── particle_mutations.py
- │ │ │ ├── pbs_queue_run.py
- │ │ │ ├── population.py
- │ │ │ ├── __pycache__
- │ │ │ │ ├── adsorbate_comparators.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── adsorbate_operators.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── convergence.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── cutandsplicepairing.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── data.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── element_crossovers.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── element_mutations.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── multiprocessingrun.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── offspring_creator.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── parallellocalrun.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── particle_comparator.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── particle_crossovers.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── particle_mutations.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── pbs_queue_run.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── population.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── relax_attaches.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── slab_operators.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── standard_comparators.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── standardmutations.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── startgenerator.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ └── utilities.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── relax_attaches.py
- │ │ │ ├── slab_operators.py
- │ │ │ ├── standard_comparators.py
- │ │ │ ├── standardmutations.py
- │ │ │ ├── startgenerator.py
- │ │ │ └── utilities.py
- │ │ ├── geometry
- │ │ │ ├── cell.py
- │ │ │ ├── distance.py
- │ │ │ ├── geometry.py
- │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ └── __pycache__
- │ │ │ ├── cell.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── distance.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── geometry.cpython-36.pyc
- │ │ │ └── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ ├── gui
- │ │ │ ├── add.py
- │ │ │ ├── ag.py
- │ │ │ ├── calculator.py
- │ │ │ ├── celleditor.py
- │ │ │ ├── colors.py
- │ │ │ ├── constraints.py
- │ │ │ ├── crystal.py
- │ │ │ ├── defaults.py
- │ │ │ ├── energyforces.py
- │ │ │ ├── execute.py
- │ │ │ ├── graphene.py
- │ │ │ ├── graphs.py
- │ │ │ ├── gui.py
- │ │ │ ├── i18n.py
- │ │ │ ├── images.py
- │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ ├── __main__.py
- │ │ │ ├── minimize.py
- │ │ │ ├── modify.py
- │ │ │ ├── movie.py
- │ │ │ ├── nanoparticle.py
- │ │ │ ├── nanotube.py
- │ │ │ ├── pipe.py
- │ │ │ ├── progress.py
- │ │ │ ├── __pycache__
- │ │ │ │ ├── add.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── ag.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── calculator.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── celleditor.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── colors.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── constraints.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── crystal.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── defaults.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── energyforces.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── execute.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── graphene.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── graphs.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── gui.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── i18n.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── images.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── __main__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── minimize.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── modify.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── movie.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── nanoparticle.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── nanotube.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── pipe.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── progress.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── quickinfo.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── render.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── repeat.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── rotate.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── rot_tools.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── save.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── settings.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── simulation.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── status.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── surfaceslab.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── ui.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── utils.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── view.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ └── widgets.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── quickinfo.py
- │ │ │ ├── render.py
- │ │ │ ├── repeat.py
- │ │ │ ├── rotate.py
- │ │ │ ├── rot_tools.py
- │ │ │ ├── save.py
- │ │ │ ├── settings.py
- │ │ │ ├── simulation.py
- │ │ │ ├── status.py
- │ │ │ ├── surfaceslab.py
- │ │ │ ├── ui.py
- │ │ │ ├── utils.py
- │ │ │ ├── view.py
- │ │ │ └── widgets.py
- │ │ ├── infrared.py
- │ │ ├── __init__.py
- │ │ ├── io
- │ │ │ ├── abinit.py
- │ │ │ ├── aff.py
- │ │ │ ├── aims.py
- │ │ │ ├── animation.py
- │ │ │ ├── bader.py
- │ │ │ ├── bundlemanipulate.py
- │ │ │ ├── bundletrajectory.py
- │ │ │ ├── castep.py
- │ │ │ ├── cfg.py
- │ │ │ ├── cif.py
- │ │ │ ├── cmdft.py
- │ │ │ ├── crystal.py
- │ │ │ ├── cube.py
- │ │ │ ├── dacapo.py
- │ │ │ ├── db.py
- │ │ │ ├── dftb.py
- │ │ │ ├── dlp4.py
- │ │ │ ├── dmol.py
- │ │ │ ├── elk.py
- │ │ │ ├── eon.py
- │ │ │ ├── eps.py
- │ │ │ ├── espresso.py
- │ │ │ ├── etsf.py
- │ │ │ ├── exciting.py
- │ │ │ ├── extxyz.py
- │ │ │ ├── findsym.py
- │ │ │ ├── foldtrajectory.py
- │ │ │ ├── formats.py
- │ │ │ ├── fortranfile.py
- │ │ │ ├── gaussian.py
- │ │ │ ├── gaussian_reader.py
- │ │ │ ├── gen.py
- │ │ │ ├── gpaw_out.py
- │ │ │ ├── gpw.py
- │ │ │ ├── gromacs.py
- │ │ │ ├── gromos.py
- │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ ├── iwm.py
- │ │ │ ├── jsonio.py
- │ │ │ ├── jsv.py
- │ │ │ ├── lammpsdata.py
- │ │ │ ├── lammpsrun.py
- │ │ │ ├── magres.py
- │ │ │ ├── mol.py
- │ │ │ ├── mustem.py
- │ │ │ ├── netcdftrajectory.py
- │ │ │ ├── nomad_json.py
- │ │ │ ├── nwchem.py
- │ │ │ ├── octopus.py
- │ │ │ ├── opls.py
- │ │ │ ├── pickletrajectory.py
- │ │ │ ├── plt.py
- │ │ │ ├── png.py
- │ │ │ ├── pov.py
- │ │ │ ├── proteindatabank.py
- │ │ │ ├── __pycache__
- │ │ │ │ ├── abinit.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── aff.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── aims.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── animation.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── bader.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── bundlemanipulate.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── bundletrajectory.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── castep.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── cfg.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── cif.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── cmdft.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── crystal.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── cube.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── dacapo.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── db.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── dftb.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── dlp4.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── dmol.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── elk.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── eon.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── eps.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── espresso.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── etsf.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── exciting.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── extxyz.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── findsym.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── foldtrajectory.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── formats.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── fortranfile.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── gaussian.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── gaussian_reader.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── gen.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── gpaw_out.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── gpw.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── gromacs.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── gromos.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── iwm.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── jsonio.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── jsv.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── lammpsdata.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── lammpsrun.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── magres.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── mol.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── mustem.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── netcdftrajectory.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── nomad_json.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── nwchem.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── octopus.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── opls.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── pickletrajectory.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── plt.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── png.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── pov.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── proteindatabank.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── py.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── qbox.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── res.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── sdf.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── siesta.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── trajectory.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── turbomole.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── ulm.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── utils.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── vasp.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── v_sim.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── vtkxml.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── wien2k.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── x3d.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── xsd.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── xsf.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ └── xyz.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── py.py
- │ │ │ ├── qbox.py
- │ │ │ ├── res.py
- │ │ │ ├── sdf.py
- │ │ │ ├── siesta.py
- │ │ │ ├── trajectory.py
- │ │ │ ├── turbomole.py
- │ │ │ ├── ulm.py
- │ │ │ ├── utils.py
- │ │ │ ├── vasp.py
- │ │ │ ├── v_sim.py
- │ │ │ ├── vtkxml.py
- │ │ │ ├── wien2k.py
- │ │ │ ├── x3d.py
- │ │ │ ├── xsd.py
- │ │ │ ├── xsf.py
- │ │ │ └── xyz.py
- │ │ ├── lattice
- │ │ │ ├── bravais.py
- │ │ │ ├── compounds.py
- │ │ │ ├── cubic.py
- │ │ │ ├── hexagonal.py
- │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ ├── monoclinic.py
- │ │ │ ├── orthorhombic.py
- │ │ │ ├── __pycache__
- │ │ │ │ ├── bravais.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── compounds.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── cubic.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── hexagonal.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── monoclinic.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── orthorhombic.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── spacegroup.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── surface.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── tetragonal.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ └── triclinic.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── spacegroup.py
- │ │ │ ├── surface.py
- │ │ │ ├── tetragonal.py
- │ │ │ └── triclinic.py
- │ │ ├── __main__.py
- │ │ ├── md
- │ │ │ ├── fix.py
- │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ ├── langevin.py
- │ │ │ ├── logger.py
- │ │ │ ├── md.py
- │ │ │ ├── nptberendsen.py
- │ │ │ ├── npt.py
- │ │ │ ├── nvtberendsen.py
- │ │ │ ├── __pycache__
- │ │ │ │ ├── fix.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── langevin.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── logger.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── md.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── nptberendsen.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── npt.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── nvtberendsen.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── velocitydistribution.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ └── verlet.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── velocitydistribution.py
- │ │ │ └── verlet.py
- │ │ ├── neb.py
- │ │ ├── neighborlist.py
- │ │ ├── nomad.py
- │ │ ├── optimize
- │ │ │ ├── basin.py
- │ │ │ ├── bfgslinesearch.py
- │ │ │ ├── bfgs.py
- │ │ │ ├── fire.py
- │ │ │ ├── fmin_bfgs.py
- │ │ │ ├── gpmin
- │ │ │ │ ├── gpmin.py
- │ │ │ │ ├── gp.py
- │ │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ │ ├── kernel.py
- │ │ │ │ ├── prior.py
- │ │ │ │ └── __pycache__
- │ │ │ │ ├── gp.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── gpmin.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── kernel.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ └── prior.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ ├── lbfgs.py
- │ │ │ ├── mdmin.py
- │ │ │ ├── minimahopping.py
- │ │ │ ├── oldqn.py
- │ │ │ ├── optimize.py
- │ │ │ ├── precon
- │ │ │ │ ├── fire.py
- │ │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ │ ├── lbfgs.py
- │ │ │ │ ├── neighbors.py
- │ │ │ │ ├── precon.py
- │ │ │ │ └── __pycache__
- │ │ │ │ ├── fire.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── lbfgs.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── neighbors.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ └── precon.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── __pycache__
- │ │ │ │ ├── basin.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── bfgs.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── bfgslinesearch.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── fire.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── fmin_bfgs.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── lbfgs.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── mdmin.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── minimahopping.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── oldqn.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── optimize.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ └── sciopt.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── sciopt.py
- │ │ │ └── test
- │ │ │ ├── analyze.py
- │ │ │ ├── generate_rst.py
- │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ ├── neb.py
- │ │ │ ├── __pycache__
- │ │ │ │ ├── analyze.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── generate_rst.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── neb.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── systems.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ └── test.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── systems.py
- │ │ │ └── test.py
- │ │ ├── parallel.py
- │ │ ├── phasediagram.py
- │ │ ├── phonons.py
- │ │ ├── __pycache__
- │ │ │ ├── atom.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── atoms.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── autoneb.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── constraints.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── dimer.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── eos.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── infrared.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── __main__.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── neb.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── neighborlist.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── nomad.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── parallel.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── phasediagram.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── phonons.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── quaternions.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── run.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── structure.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── symbols.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── thermochemistry.cpython-36.pyc
- │ │ │ └── units.cpython-36.pyc
- │ │ ├── quaternions.py
- │ │ ├── run.py
- │ │ ├── spacegroup
- │ │ │ ├── findsym.py
- │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ ├── __pycache__
- │ │ │ │ ├── findsym.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── spacegroup.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ └── xtal.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── spacegroup.dat
- │ │ │ ├── spacegroup.py
- │ │ │ └── xtal.py
- │ │ ├── structure.py
- │ │ ├── symbols.py
- │ │ ├── test
- │ │ │ ├── abinit
- │ │ │ │ ├── abinit_cmdline.py
- │ │ │ │ ├── abinit_Si.py
- │ │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ │ └── __pycache__
- │ │ │ │ ├── abinit_cmdline.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── abinit_Si.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ └── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── Ag-Cu100.py
- │ │ │ ├── ag.py
- │ │ │ ├── aims
- │ │ │ │ ├── aims_cmdline.py
- │ │ │ │ ├── aims_interface.py
- │ │ │ │ ├── H2O_aims.py
- │ │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ │ └── __pycache__
- │ │ │ │ ├── aims_cmdline.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── aims_interface.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── H2O_aims.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ └── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── amber
- │ │ │ │ ├── amber.py
- │ │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ │ └── __pycache__
- │ │ │ │ ├── amber.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ └── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── atom.py
- │ │ │ ├── atoms_angle.py
- │ │ │ ├── atoms_distance.py
- │ │ │ ├── atoms_formula.py
- │ │ │ ├── atoms_get_duplicates.py
- │ │ │ ├── atoms_info_copy.py
- │ │ │ ├── atoms.py
- │ │ │ ├── autoneb.py
- │ │ │ ├── bader.py
- │ │ │ ├── bandgap.py
- │ │ │ ├── bandstructure.py
- │ │ │ ├── basin.py
- │ │ │ ├── build.py
- │ │ │ ├── bulk.py
- │ │ │ ├── c60.py
- │ │ │ ├── calculator
- │ │ │ │ ├── al.py
- │ │ │ │ ├── bandgap.py
- │ │ │ │ ├── h2.py
- │ │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ │ ├── kd2mp.py
- │ │ │ │ ├── __pycache__
- │ │ │ │ │ ├── al.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── bandgap.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── h2.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── kd2mp.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ └── traj.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ └── traj.py
- │ │ │ ├── castep
- │ │ │ │ ├── castep_interface.py
- │ │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ │ └── __pycache__
- │ │ │ │ ├── castep_interface.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ └── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── cell_conv.py
- │ │ │ ├── center_nonperiodic.py
- │ │ │ ├── center.py
- │ │ │ ├── checkpoint.py
- │ │ │ ├── CO2_Au111.py
- │ │ │ ├── COCu111_2.py
- │ │ │ ├── COCu111.py
- │ │ │ ├── com.py
- │ │ │ ├── constraints
- │ │ │ │ ├── fixatoms.py
- │ │ │ │ ├── fixbonds.py
- │ │ │ │ ├── fixcom.py
- │ │ │ │ ├── getindices.py
- │ │ │ │ ├── hookean_pbc.py
- │ │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ │ ├── negativeindex.py
- │ │ │ │ ├── __pycache__
- │ │ │ │ │ ├── fixatoms.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── fixbonds.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── fixcom.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── getindices.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── hookean_pbc.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── negativeindex.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ └── setpos.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ └── setpos.py
- │ │ │ ├── cp2k
- │ │ │ │ ├── cp2k_GeoOpt.py
- │ │ │ │ ├── cp2k_H2_LDA.py
- │ │ │ │ ├── cp2k_H2_libxc.py
- │ │ │ │ ├── cp2k_H2_LS.py
- │ │ │ │ ├── cp2k_H2_None.py
- │ │ │ │ ├── cp2k_H2_PBE.py
- │ │ │ │ ├── cp2k_MD.py
- │ │ │ │ ├── cp2k_O2.py
- │ │ │ │ ├── cp2k_restart.py
- │ │ │ │ ├── cp2k_stress.py
- │ │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ │ └── __pycache__
- │ │ │ │ ├── cp2k_GeoOpt.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── cp2k_H2_LDA.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── cp2k_H2_libxc.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── cp2k_H2_LS.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── cp2k_H2_None.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── cp2k_H2_PBE.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── cp2k_MD.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── cp2k_O2.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── cp2k_restart.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── cp2k_stress.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ └── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── crystal
- │ │ │ │ ├── bulk.py
- │ │ │ │ ├── graphene.py
- │ │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ │ ├── molecule.py
- │ │ │ │ └── __pycache__
- │ │ │ │ ├── bulk.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── graphene.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ └── molecule.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── cutoffs_test.py
- │ │ │ ├── db
- │ │ │ │ ├── config.py
- │ │ │ │ ├── db2.py
- │ │ │ │ ├── db.py
- │ │ │ │ ├── db_web.py
- │ │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ │ ├── jsondb.py
- │ │ │ │ ├── metadata.py
- │ │ │ │ ├── __pycache__
- │ │ │ │ │ ├── config.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── db2.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── db.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── db_web.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── jsondb.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── metadata.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ └── update.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ └── update.py
- │ │ │ ├── demon
- │ │ │ │ ├── h2o.py
- │ │ │ │ ├── h2o_xas_xes.py
- │ │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ │ └── __pycache__
- │ │ │ │ ├── h2o.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── h2o_xas_xes.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ └── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── dependency_matplotlib.py
- │ │ │ ├── dft
- │ │ │ │ ├── bandgap.py
- │ │ │ │ ├── hex.py
- │ │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ │ ├── interpolate.py
- │ │ │ │ ├── monoclinic.py
- │ │ │ │ └── __pycache__
- │ │ │ │ ├── bandgap.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── hex.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── interpolate.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ └── monoclinic.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── dftb
- │ │ │ │ ├── h2o.py
- │ │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ │ ├── n2ni111.py
- │ │ │ │ └── __pycache__
- │ │ │ │ ├── h2o.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ └── n2ni111.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── dihedralconstraint.py
- │ │ │ ├── dimer_method.py
- │ │ │ ├── dimer.py
- │ │ │ ├── distance.py
- │ │ │ ├── distmom.py
- │ │ │ ├── dmol
- │ │ │ │ ├── Al_dmol.py
- │ │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ │ ├── __pycache__
- │ │ │ │ │ ├── Al_dmol.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ └── water_dmol.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ └── water_dmol.py
- │ │ │ ├── doctests.py
- │ │ │ ├── dos.py
- │ │ │ ├── dynamic_neb.py
- │ │ │ ├── eam_pot.py
- │ │ │ ├── eam_pot_test.py
- │ │ │ ├── eam_test.py
- │ │ │ ├── elk
- │ │ │ │ ├── Al_rmt.py
- │ │ │ │ ├── elk_cmdline.py
- │ │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ │ └── __pycache__
- │ │ │ │ ├── Al_rmt.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── elk_cmdline.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ └── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── emt1.py
- │ │ │ ├── emt2.py
- │ │ │ ├── emt_h3o2m.py
- │ │ │ ├── emt.py
- │ │ │ ├── eon
- │ │ │ │ ├── eon_masses.py
- │ │ │ │ ├── eon_readwrite.py
- │ │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ │ └── __pycache__
- │ │ │ │ ├── eon_masses.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── eon_readwrite.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ └── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── eos.py
- │ │ │ ├── espresso
- │ │ │ │ ├── espresso.py
- │ │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ │ └── __pycache__
- │ │ │ │ ├── espresso.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ └── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── example.py
- │ │ │ ├── exciting
- │ │ │ │ ├── exciting.py
- │ │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ │ └── __pycache__
- │ │ │ │ ├── exciting.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ └── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── external_force.py
- │ │ │ ├── filter.py
- │ │ │ ├── fio
- │ │ │ │ ├── abinit.py
- │ │ │ │ ├── animate.py
- │ │ │ │ ├── cfg.py
- │ │ │ │ ├── cif.py
- │ │ │ │ ├── compression.py
- │ │ │ │ ├── dftb.py
- │ │ │ │ ├── dmol.py
- │ │ │ │ ├── espresso.py
- │ │ │ │ ├── extxyz.py
- │ │ │ │ ├── info.py
- │ │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ │ ├── jsonio.py
- │ │ │ │ ├── magmom.py
- │ │ │ │ ├── mustem.py
- │ │ │ │ ├── netcdftrajectory.py
- │ │ │ │ ├── nomad.py
- │ │ │ │ ├── nwchem.py
- │ │ │ │ ├── oi.py
- │ │ │ │ ├── oldtraj.py
- │ │ │ │ ├── parallel.py
- │ │ │ │ ├── pdb_cell_io.py
- │ │ │ │ ├── pdb_extra.py
- │ │ │ │ ├── __pycache__
- │ │ │ │ │ ├── abinit.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── animate.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── cfg.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── cif.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── compression.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── dftb.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── dmol.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── espresso.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── extxyz.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── info.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── jsonio.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── magmom.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── mustem.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── netcdftrajectory.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── nomad.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── nwchem.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── oi.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── oldtraj.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── parallel.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── pdb_cell_io.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── pdb_extra.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── res.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── traj_bytesio.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── trajectory.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── trajectory_heterogeneous.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── turbomole.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── ulm.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── vasp_out.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── v_sim.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── xsd_bond.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ └── xsf_spec.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── res.py
- │ │ │ │ ├── traj_bytesio.py
- │ │ │ │ ├── trajectory_heterogeneous.py
- │ │ │ │ ├── trajectory.py
- │ │ │ │ ├── turbomole.py
- │ │ │ │ ├── ulm.py
- │ │ │ │ ├── vasp_out.py
- │ │ │ │ ├── v_sim.py
- │ │ │ │ ├── xsd_bond.py
- │ │ │ │ └── xsf_spec.py
- │ │ │ ├── fire.py
- │ │ │ ├── fix_bond_length_mic.py
- │ │ │ ├── fleur
- │ │ │ │ ├── fleur_cmdline.py
- │ │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ │ └── __pycache__
- │ │ │ │ ├── fleur_cmdline.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ └── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── forceqmmm.py
- │ │ │ ├── formula.py
- │ │ │ ├── franck_condon.py
- │ │ │ ├── ga
- │ │ │ │ ├── add_candidates.py
- │ │ │ │ ├── basic_example_main_run.py
- │ │ │ │ ├── create_database.py
- │ │ │ │ ├── cutandsplicepairing.py
- │ │ │ │ ├── database_logic.py
- │ │ │ │ ├── element_operators.py
- │ │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ │ ├── mutations.py
- │ │ │ │ ├── particle_comparators.py
- │ │ │ │ ├── particle_operators.py
- │ │ │ │ ├── __pycache__
- │ │ │ │ │ ├── add_candidates.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── basic_example_main_run.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── create_database.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── cutandsplicepairing.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── database_logic.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── element_operators.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── mutations.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── particle_comparators.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── particle_operators.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── standardcomparator.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ └── utilities.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── standardcomparator.py
- │ │ │ │ └── utilities.py
- │ │ │ ├── gaussian
- │ │ │ │ ├── gaussian_cmdline.py
- │ │ │ │ ├── h2of.py
- │ │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ │ ├── __pycache__
- │ │ │ │ │ ├── gaussian_cmdline.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── h2of.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ └── water.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ └── water.py
- │ │ │ ├── geometry.py
- │ │ │ ├── get_angles.py
- │ │ │ ├── gpaw
- │ │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ │ ├── no_spin_and_spin.py
- │ │ │ │ └── __pycache__
- │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ └── no_spin_and_spin.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── gromacs
- │ │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ │ ├── __pycache__
- │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ └── test_gromacs.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ └── test_gromacs.py
- │ │ │ ├── gui
- │ │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ │ ├── __pycache__
- │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ └── run.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ └── run.py
- │ │ │ ├── h2.py
- │ │ │ ├── hcp.py
- │ │ │ ├── hookean.py
- │ │ │ ├── idpp.py
- │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ ├── ipi_protocol_bfgs.py
- │ │ │ ├── issue276.py
- │ │ │ ├── jacapo
- │ │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ │ ├── jacapo.py
- │ │ │ │ └── __pycache__
- │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ └── jacapo.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── kpts.py
- │ │ │ ├── lammpsdata
- │ │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ │ ├── lammpsdata.py
- │ │ │ │ └── __pycache__
- │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ └── lammpsdata.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── lammpslib
- │ │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ │ ├── lammpslib_interface.py
- │ │ │ │ ├── lammpslib_simple.py
- │ │ │ │ └── __pycache__
- │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── lammpslib_interface.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ └── lammpslib_simple.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── lammpsrun
- │ │ │ │ ├── Ar_minimize_multistep.py
- │ │ │ │ ├── Ar_minimize.py
- │ │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ │ ├── Pt_md_constraints_multistep.py
- │ │ │ │ └── __pycache__
- │ │ │ │ ├── Ar_minimize.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── Ar_minimize_multistep.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ └── Pt_md_constraints_multistep.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── langevin.py
- │ │ │ ├── lattice_lindep.py
- │ │ │ ├── linesearch_maxstep.py
- │ │ │ ├── __main__.py
- │ │ │ ├── matplotlib_plot.py
- │ │ │ ├── maxwellboltzmann.py
- │ │ │ ├── md.py
- │ │ │ ├── mic.py
- │ │ │ ├── minimahop.py
- │ │ │ ├── n2.py
- │ │ │ ├── neb.py
- │ │ │ ├── neb_tr.py
- │ │ │ ├── neighbor_kernel.py
- │ │ │ ├── neighbor.py
- │ │ │ ├── niggli.py
- │ │ │ ├── noncollinear.py
- │ │ │ ├── nwchem
- │ │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ │ ├── nwchem_broken_symmetry.py
- │ │ │ │ ├── nwchem_cmdline.py
- │ │ │ │ ├── nwchem_h3o2m.py
- │ │ │ │ ├── nwchem_spin_symmetry.py
- │ │ │ │ ├── nwchem_strong_levelshift.py
- │ │ │ │ └── __pycache__
- │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── nwchem_broken_symmetry.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── nwchem_cmdline.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── nwchem_h3o2m.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── nwchem_spin_symmetry.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ └── nwchem_strong_levelshift.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── octopus
- │ │ │ │ ├── big-test.py
- │ │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ │ ├── __pycache__
- │ │ │ │ │ ├── big-test.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ └── restart-octopus.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ └── restart-octopus.py
- │ │ │ ├── onetep
- │ │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ │ ├── onetep.py
- │ │ │ │ └── __pycache__
- │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ └── onetep.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── phonon_md_init.py
- │ │ │ ├── pourbaix.py
- │ │ │ ├── precon_amin.py
- │ │ │ ├── preconlbfgs.py
- │ │ │ ├── preconsmallcell.py
- │ │ │ ├── preconunitcellfilter.py
- │ │ │ ├── properties.py
- │ │ │ ├── pull.py
- │ │ │ ├── __pycache__
- │ │ │ │ ├── ag.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── Ag-Cu100.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── atom.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── atoms_angle.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── atoms.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── atoms_distance.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── atoms_formula.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── atoms_get_duplicates.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── atoms_info_copy.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── autoneb.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── bader.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── bandgap.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── bandstructure.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── basin.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── build.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── bulk.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── c60.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── cell_conv.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── center.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── center_nonperiodic.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── checkpoint.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── CO2_Au111.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── COCu111_2.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── COCu111.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── com.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── cutoffs_test.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── dependency_matplotlib.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── dihedralconstraint.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── dimer.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── dimer_method.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── distance.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── distmom.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── doctests.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── dos.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── dynamic_neb.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── eam_pot.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── eam_pot_test.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── eam_test.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── emt1.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── emt2.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── emt.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── emt_h3o2m.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── eos.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── example.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── external_force.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── filter.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── fire.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── fix_bond_length_mic.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── forceqmmm.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── formula.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── franck_condon.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── geometry.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── get_angles.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── h2.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── hcp.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── hookean.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── idpp.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── ipi_protocol_bfgs.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── issue276.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── kpts.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── langevin.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── lattice_lindep.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── linesearch_maxstep.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── __main__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── matplotlib_plot.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── maxwellboltzmann.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── md.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── mic.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── minimahop.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── n2.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── neb.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── neb_tr.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── neighbor.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── neighbor_kernel.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── niggli.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── noncollinear.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── phonon_md_init.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── pourbaix.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── precon_amin.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── preconlbfgs.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── preconsmallcell.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── preconunitcellfilter.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── properties.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── pull.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── qmmm.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── qmmm_tip4p.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── quaternions.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── rattle.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── repeat_FixAtoms.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── replay.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── root_test.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── rotate.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── rotate_euler.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── s22.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── scaled_positions.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── scientificpython_bug.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── set_get_angle.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── set_momenta.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── singlepointcalc.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── spacegroup_crystal.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── stm.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── strain.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── strain_emt.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── stress.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── structure_comparator.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── surface.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── surface_stack.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── symbols.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── testsuite.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── thermochemistry.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── things.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── tip4p.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── tipnp.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── unitcellfilter2.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── unitcellfilter.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── unitcellfilterpressure.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── units.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── vacancy.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── verlet.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── vib.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── x3d.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ └── xrdebye.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── qbox
- │ │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ │ ├── __pycache__
- │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── qbox.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ └── qboxdata.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── qboxdata.py
- │ │ │ │ └── qbox.py
- │ │ │ ├── qmmm.py
- │ │ │ ├── qmmm_tip4p.py
- │ │ │ ├── quaternions.py
- │ │ │ ├── rattle.py
- │ │ │ ├── repeat_FixAtoms.py
- │ │ │ ├── replay.py
- │ │ │ ├── root_test.py
- │ │ │ ├── rotate_euler.py
- │ │ │ ├── rotate.py
- │ │ │ ├── s22.py
- │ │ │ ├── scaled_positions.py
- │ │ │ ├── scientificpython_bug.py
- │ │ │ ├── set_get_angle.py
- │ │ │ ├── set_momenta.py
- │ │ │ ├── siesta
- │ │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ │ ├── mbpt_lcao
- │ │ │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ │ │ ├── __pycache__
- │ │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ │ ├── script_mbpt_lcao.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ │ ├── script_pyscf.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ │ ├── script_pyscf_eels.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ │ ├── script_raman.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ │ └── script_raman_pyscf.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── script_mbpt_lcao.py
- │ │ │ │ │ ├── script_pyscf_eels.py
- │ │ │ │ │ ├── script_pyscf.py
- │ │ │ │ │ ├── script_raman.py
- │ │ │ │ │ └── script_raman_pyscf.py
- │ │ │ │ ├── __pycache__
- │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ └── siesta.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── siesta.py
- │ │ │ │ └── test_scripts
- │ │ │ │ ├── CH4
- │ │ │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ │ │ ├── __pycache__
- │ │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ │ └── script.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ └── script.py
- │ │ │ │ ├── H2
- │ │ │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ │ │ ├── __pycache__
- │ │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ │ └── script.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ └── script.py
- │ │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ │ ├── Na8
- │ │ │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ │ │ ├── __pycache__
- │ │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ │ └── script.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ └── script.py
- │ │ │ │ ├── __pycache__
- │ │ │ │ │ └── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ └── Si
- │ │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ │ ├── __pycache__
- │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ └── script.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ └── script.py
- │ │ │ ├── singlepointcalc.py
- │ │ │ ├── spacegroup_crystal.py
- │ │ │ ├── stm.py
- │ │ │ ├── strain_emt.py
- │ │ │ ├── strain.py
- │ │ │ ├── stress.py
- │ │ │ ├── structure_comparator.py
- │ │ │ ├── surface.py
- │ │ │ ├── surface_stack.py
- │ │ │ ├── symbols.py
- │ │ │ ├── testsuite.py
- │ │ │ ├── thermochemistry.py
- │ │ │ ├── things.py
- │ │ │ ├── tip4p.py
- │ │ │ ├── tipnp.py
- │ │ │ ├── turbomole
- │ │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ │ ├── __pycache__
- │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── turbomole_2h2o.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── turbomole_au13.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── turbomole_H2.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── turbomole_h2o.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── turbomole_h3o2m.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── turbomole_optimizer.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ └── turbomole_qmmm.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── turbomole_2h2o.py
- │ │ │ │ ├── turbomole_au13.py
- │ │ │ │ ├── turbomole_h2o.py
- │ │ │ │ ├── turbomole_H2.py
- │ │ │ │ ├── turbomole_h3o2m.py
- │ │ │ │ ├── turbomole_optimizer.py
- │ │ │ │ └── turbomole_qmmm.py
- │ │ │ ├── unitcellfilter2.py
- │ │ │ ├── unitcellfilterpressure.py
- │ │ │ ├── unitcellfilter.py
- │ │ │ ├── units.py
- │ │ │ ├── vacancy.py
- │ │ │ ├── vasp
- │ │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ │ ├── __pycache__
- │ │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── vasp2_Al_volrelax.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── vasp2_cell.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── vasp2_check_state.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── vasp2_co.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── vasp2_import.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── vasp2_kpoints.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── vasp2_wdir.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── vasp2_xc.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── vasp2_xml.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── vasp_Al_volrelax.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── vasp_cell.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── vasp_co.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── vasp_input.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── vasp_kpoints.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── vasp_setup.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ ├── vasp_xc.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ │ └── vasp_xml.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── vasp2_Al_volrelax.py
- │ │ │ │ ├── vasp2_cell.py
- │ │ │ │ ├── vasp2_check_state.py
- │ │ │ │ ├── vasp2_co.py
- │ │ │ │ ├── vasp2_import.py
- │ │ │ │ ├── vasp2_kpoints.py
- │ │ │ │ ├── vasp2_wdir.py
- │ │ │ │ ├── vasp2_xc.py
- │ │ │ │ ├── vasp2_xml.py
- │ │ │ │ ├── vasp_Al_volrelax.py
- │ │ │ │ ├── vasp_cell.py
- │ │ │ │ ├── vasp_co.py
- │ │ │ │ ├── vasp_input.py
- │ │ │ │ ├── vasp_kpoints.py
- │ │ │ │ ├── vasp_setup.py
- │ │ │ │ ├── vasp_xc.py
- │ │ │ │ └── vasp_xml.py
- │ │ │ ├── verlet.py
- │ │ │ ├── vib.py
- │ │ │ ├── x3d.py
- │ │ │ └── xrdebye.py
- │ │ ├── thermochemistry.py
- │ │ ├── transport
- │ │ │ ├── calculators.py
- │ │ │ ├── greenfunction.py
- │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ ├── __pycache__
- │ │ │ │ ├── calculators.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── greenfunction.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── selfenergy.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── stm.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── stm_test.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── test_transport_calulator.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ └── tools.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── selfenergy.py
- │ │ │ ├── stm.py
- │ │ │ ├── stm_test.py
- │ │ │ ├── test_transport_calulator.py
- │ │ │ └── tools.py
- │ │ ├── units.py
- │ │ ├── utils
- │ │ │ ├── bee.py
- │ │ │ ├── build_web_page.py
- │ │ │ ├── distance.py
- │ │ │ ├── eos.py
- │ │ │ ├── extrapolate.py
- │ │ │ ├── ff.py
- │ │ │ ├── formula.py
- │ │ │ ├── geometry.py
- │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ ├── linesearcharmijo.py
- │ │ │ ├── linesearch.py
- │ │ │ ├── _linprog.py
- │ │ │ ├── memory.py
- │ │ │ ├── newrelease.py
- │ │ │ ├── __pycache__
- │ │ │ │ ├── bee.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── build_web_page.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── distance.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── eos.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── extrapolate.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── ff.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── formula.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── geometry.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── linesearcharmijo.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── linesearch.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── _linprog.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── memory.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── newrelease.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── sphinx.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── structure_comparator.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── stylecheck.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── timing.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ └── xrdebye.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── sphinx.py
- │ │ │ ├── structure_comparator.py
- │ │ │ ├── stylecheck.py
- │ │ │ ├── timing.py
- │ │ │ └── xrdebye.py
- │ │ ├── vibrations
- │ │ │ ├── albrecht.py
- │ │ │ ├── franck_condon.py
- │ │ │ ├── infrared.py
- │ │ │ ├── __init__.py
- │ │ │ ├── placzek.py
- │ │ │ ├── __pycache__
- │ │ │ │ ├── albrecht.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── franck_condon.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── infrared.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── placzek.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ ├── resonant_raman.cpython-36.pyc
- │ │ │ │ └── vibrations.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── resonant_raman.py
- │ │ │ └── vibrations.py
- │ │ └── visualize
- │ │ ├── colortable.py
- │ │ ├── fieldplotter.py
- │ │ ├── __init__.py
- │ │ ├── mlab.py
- │ │ ├── ngl.py
- │ │ ├── plot.py
- │ │ ├── primiplotter.py
- │ │ ├── __pycache__
- │ │ │ ├── colortable.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── fieldplotter.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── __init__.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── mlab.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── ngl.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── plot.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── primiplotter.cpython-36.pyc
- │ │ │ ├── sage.cpython-36.pyc
- │ │ │ └── x3d.cpython-36.pyc
- │ │ ├── sage.py
- │ │ └── x3d.py
- │ └── ase-3.17.0.dist-info
- │ ├── COPYING
- │ ├── COPYING.LESSER
- │ ├── entry_points.txt
- │ ├── INSTALLER
- │ ├── LICENSE
- │ ├── METADATA
- │ ├── RECORD
- │ ├── top_level.txt
- │ └── WHEEL
- └── nix-support
- └── propagated-build-inputs
- 154 directories, 1548 files
Add Comment
Please, Sign In to add comment
