foreach( $order->get_items() as $item_id => $item){
    $product = $item->get_product();

    $sku[] = $product->get_sku();
    $product_mod[] = NULL;

    $as = $item->get_meta('Мета ключ');
    if( strpos( $as, 'Значение ключа' ) !== false ) {
        $sku[] = '20001';
        $product_mod[] = '';
    }
}

&sku[0]=10001 // Первый продукт в цикле
&sku[1]=30001 // Второй продукт в цикле с необходимой переменной
&product_mod[1]=1 // Индекс свой, а нужно с первого продукта

&sku[0]=10001 // Первый продукт в цикле
&sku[1]=30001 // Второй продукт в цикле с необходимой переменной
&product_mod[1]=0 // Продукт с индексом 1 имеет значение 0 (индекс первого продукта)

$sku[] = $product->get_sku();
$product_mod[] = NULL;

foreach( $order->get_items() as $item_id => $item){
    $product = $item->get_product();

    $sku[] = $product->get_sku();
    $product_mod[] = NULL;

    $as = $item->get_meta('Мета ключ');
    if( strpos( $as, 'Значение ключа' ) !== false ) {
        end($sku);
        $product_mod[] = key($sku);
        $sku[] = '20001';
    }
}