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To enter the factory, you need a key. We stole one, but the agent who had it is missing in the catacombs underneath the commons. There's something down there taking our men. Whatever it is, you have to find it and retrieve the key. When you've done it, the factory is next to the mines.

Para entrar a la fábrica, necesitas una llave. Hemos robado una, pero el agente que la tenía está desaparecido en las catacumbas bajo las áreas comunes. Hay algo ahí debajo llevándose a nuestros hombres. Sea lo que sea, tienes que encontrarlo y recuperar la llave. Cuando lo hayas hecho, la fábrica está junto a las minas.

Just when I think we've seen it all! They go in human and come out... I don't even want to think about it. Destroy this horror!

¡Justo cuando pensé que lo había visto todo! Entran humanos y salen... ni siquiera quiero pensar en ello. ¡Destruye este horror!

Macil's gone nuts. He just knowingly sent 200 men to their deaths. I want vengeance! For the dead and for the living dead! Let's get back and find out what's going on.

Macil se ha vuelto loco. Intencionalmente mandó a 200 hombres a sus muertes. ¡Quiero venganza! ¡Para los muertos y los muertos vivientes! Regresemos y veamos que está sucediendo.

The factory leads to a "lab", and they're getting a Sigil piece power signature from within. Back to the factory and our next step to freedom.

La fábrica lleva a un "laboratorio", y están recibiendo una firma de poder de una pieza de Sigil desde dentro / el interior. De vuelta a la fábrica y nuestro siguiente paso hacia la libertad.

Desde dentro o desde el interior. Also, I didn't translate "Sigil".

Find the power tap on the mains, and shut it off. Bring something back to the governor as proof. Find MacGuffin, and talk to him. He's up by the sewage treatment plant, in the "bum hole", down the stairs.

Encuentra la conexión en la toma principal y apágala. Trae algo de vuelta al gobernador como prueba. Encuentra a MacGuffin, y habla con él. Está cerca/alrededor de la planta de tratamiento de aguas residuales, en el "agujero de vagos/malvivientes", bajando las escaleras.

He's up buy - [Él] está cerca/alrededor de la planta... That's how I would translate "up by" when referring to being in a location. I don't know if that's correct. Same with "bum hole". It can be "hoyo" instead of "agujero".

Find the bishop and destroy him! Once he's dead, return to the oracle.

¡Encuentra al obispo y destrúyelo! Una vez que esté muerto, regresa al oráculo.

You idiot! You've shut off the power to the jamming circuits we use to conceal our base from the order. Head to the town hall and take out the scanning crew, now! Then, go back to the governor and give him the broken coupling.

¡Idiota! Haz apagado los circuitos de interferencia que usamos para ocultar nuestra base de la orden. Dirígete al ayuntamiento y elimina al equipo / grupo de escaneo, ¡Ahora! Luego, ve de vuelta con el gobernador y entrégale el acoplamiento roto.

OK, "jamming circuits" - "jamming" seems to be "interferencia", do you agree? Town hall - Ayuntamiento. Crew - "equipo" sounds better, I think. Also, maybe the initial exclamation mark (¡) goes before "Dirígete", rather than immediately before "Ahora".

OK, "Trust no one" is the name of the game! Let's get that prison pass from the governor. Take the broken coupling to him.

¡De acuerdo, "No confíes en nadie" es lo importante / principal! Obtengamos ese pase para la prisión del gobernador. Llévale el acoplamiento roto.

"The name of the game" - I'm not sure this one can be translated literally. Please tell me if you can think in alternatives.

Good move! The governor is a liar. That's our power coupling. We're using it to hide the base from the order. Take this broken coupling back to him and let's get that pass.

¡Bien hecho! El gobernador es un mentiroso. Ese es nuestro acoplamiento. Lo usamos para ocultar la base de la orden. Toma este acoplamiento roto de regreso al gobernador y obtengamos ese pase.

Use the warden's key to get into the prison cell blocks and find a way to free the prisoners.

Usa la llave del carcelero para entrar a los bloques de celdas de la prisión y encuentra una forma de liberar a los prisioneros.

Find a way to free the prisoners. Find a way to open the hand scanner switch.

Encuentra una forma de liberar a los prisioneros. Encuentra una forma de abrir el interruptor del escáner manual.

Not sure if "escáner manual", it sounds like "manual scanner" rather than "hand scanner".