API tools faq
paste
Advertisement
Guest User

draft productivity SEM

a guest
Apr 23rd, 2016
575
0
Never
Add comment
Not a member of Pastebin yet? Sign Up, it unlocks many cool features!
R 19.73 KB | None | 0 0
raw download clone embed print report
  1. R> combined <- read.csv("~/selfexperiment/combined.csv", header=TRUE, colClasses=c("Date", rep(NA, 103)))
  2. R> library(blavaan)
  3. Loading required package: runjags
  4. Loading required package: lavaan
  5. This is lavaan 0.5-20
  6. lavaan is BETA software! Please report any bugs.
  7. This is blavaan 0.1-3
  8. blavaan is more BETA than lavaan!
  9. R> modelS <- '
  10. +     # Environment latent variables
  11. +     ## Sleep quality
  12. +     Sleep        =~ ZQ + Total.Z + Time.to.Z + Time.in.Wake + Time.in.REM + Time.in.Light + Time.in.Deep + Awakenings + Morning.Feel
  13. +     ## Room brightness
  14. +     Light        =~ Webcam.Brightness + Webcam.Color.L + Webcam.Color.A + Webcam.Color.B + CloudCover + DayLength
  15. +     ## heat/rain/pressure
  16. +     Weather      =~ Max.TemperatureF + Mean.TemperatureF + Min.TemperatureF + Mean.Humidity + Mean.Sea.Level.PressureIn + Mean.Wind.SpeedMPH + PrecipitationIn
  17. +
  18. +     # unproductive latent variables
  19. +     Music        =~ Music.new + Time.Rec_Music_New + Time.Rec_Music_Old
  20. +     IRC          =~ IRC.line.count + Time.Rec_IRC
  21. +     # master:
  22. +     Rec          =~ Music + Time.Rec_Video + Time.Rec_Fiction + Time.Rec + Time.Rec_Game + Media.consumption
  23. +
  24. +     # productive latent variables
  25. +     Mnemosyne    =~ Time.SRS + Mnemosyne.cards.log + Thinking.time.log + Mnemosyne.score
  26. +     Gwern.net    =~ Gwernnet.pageviews + Gwernnet.sessions + Gwernnet.visitors + Gwernnet.sessionDuration + Gwernnet.avgSessionDuration + Gwernnet.bounceRate
  27. +     Writing      =~ Patch.count.log + Gwern.net + Time.Statistics + Time.Rec_Nonfiction + Time.Writing + Time.Programming
  28. +     Email        =~ Time.Mail + Emails.sent + Emails.received
  29. +     Bitcoin      =~ Time.Bitcoin + Bitcoin.price.log + Bitcoin.30DayVolatility
  30. +     Fitness      =~ Workout.previous + Weight + Weight.BMI + Weight.body.fat + Weight.muscle + Weight.resting.metabolism + Weight.visceral.fat
  31. +
  32. +     # master: is Productivity a latent variable or must we consider it a composite variable?
  33. +     # Productivity.latent =~ MP + Creativity + Personal.log + Workout + Time.Wiki + Time.DNB + Time.Blackmarkets + CLI.commands + Mnemosyne + Gwern.net + Email + Writing + Bitcoin + Ledger.txs + Meditate
  34. +
  35. +     # regression on composite variable: do the unproductive latent variables compete with productive ones? what are the effects of various randomized experiments or the environment?
  36. +     # Productivity.latent ~ Sleep + Rise.Time + Start.of.Night + Glucose.mg.dl + Fitness + Light + Music + IRC + Rec + Meditate.previous + Lithium.r + LSD.r + Noopept.r + LLLT.r # + Magtein + Magnesium.citrate.r + Potassium.evening.r + Potassium.morning.r + HRV + Y2009+Y2010+Y2011+Y2012
  37. +     # Productivity.latent ~ Sleep + Rise.Time + Start.of.Night + Glucose.mg.dl + Light + Weather + Music + IRC + Rec + Meditate.previous + Lithium.r + LSD.r + Noopept.r + LLLT.r + Magtein + Magnesium.citrate.r + Potassium.evening.r + Potassium.morning.r + HRV
  38. +
  39. +     # out of curiosity: regression effects on just sleep & MP:
  40. +     ## Sleep ~ Lithium.r + LSD.r + Noopept.r + LLLT.r + Magtein + Magnesium.citrate.r + Potassium.evening.r + Potassium.morning.r + Meditate
  41. +     ## MP ~ Y2009+Y2010+Y2011+Y2012+Y2013+Y2014+Y2015+Y2016 + Sleep + Rise.Time + Start.of.Night + Glucose.mg.dl + Light + Weather + Music + IRC + Rec + Workout.previous + Meditate.previous + Lithium.r + LSD.r + Noopept.r + LLLT.r + Magtein + Magnesium.citrate.r + Potassium.evening.r + Potassium.morning.r + HRV
  42. +     '
  43. R> s4 <- sem(model = modelS, se="bootstrap", bootstrap=50, missing="FIML", data = scale(combined[-1])); summary(s4) # logged Time.Rec_Music_New, Time.Rec_Music_Old, Time.Rec_Video, Time.Rec_Fiction, Time.Rec, Time.Rec_Game to see if that improves the Music and Rec latent variables
  44. lavaan (0.5-20) converged normally after 1889 iterations
  45.  
  46.   Number of observations                          2954
  47.  
  48.   Number of missing patterns                        65
  49.  
  50.   Estimator                                         ML
  51.   Minimum Function Test Statistic            46633.382
  52.   Degrees of freedom                              1663
  53.   P-value (Chi-square)                           0.000
  54.  
  55. Parameter Estimates:
  56.  
  57.   Information                                 Observed
  58.   Standard Errors                            Bootstrap
  59.   Number of requested bootstrap draws               50
  60.   Number of successful bootstrap draws              50
  61.  
  62. Latent Variables:
  63.                    Estimate  Std.Err   Z-value  P(>|z|)
  64.   Sleep =~                                            
  65.     ZQ                1.000                            
  66.     Total.Z           1.742     0.114   15.308    0.000
  67.     Time.to.Z         0.001     0.001    1.300    0.194
  68.     Time.in.Wake      0.161     0.012   13.144    0.000
  69.     Time.in.REM       1.168     0.068   17.088    0.000
  70.     Time.in.Light     1.285     0.058   22.201    0.000
  71.     Time.in.Deep      0.666     0.036   18.431    0.000
  72.     Awakenings        0.186     0.008   22.023    0.000
  73.     Morning.Feel     -0.000     0.001   -0.105    0.916
  74.   Light =~                                            
  75.     Webcm.Brghtnss    1.000                            
  76.     Webcam.Color.L    1.616     0.104   15.541    0.000
  77.     Webcam.Color.A    0.158     0.019    8.171    0.000
  78.     Webcam.Color.B    0.272     0.030    8.948    0.000
  79.     CloudCover       -0.082     0.017   -4.800    0.000
  80.     DayLength         0.005     0.020    0.254    0.799
  81.   Weather =~                                          
  82.     Max.TemperatrF    1.000                            
  83.     Mean.TempertrF    1.046     0.004  284.300    0.000
  84.     Min.TemperatrF    0.999     0.006  153.911    0.000
  85.     Mean.Humidity     0.146     0.014   10.348    0.000
  86.     Mn.S.Lvl.PrssI   -0.196     0.012  -16.479    0.000
  87.     Men.Wnd.SpdMPH   -0.117     0.018   -6.528    0.000
  88.     PrecipitatinIn    0.003     0.011    0.265    0.791
  89.   Music =~                                            
  90.     Music.new         1.000                            
  91.     Time.Rc_Msc_Nw    1.086     0.165    6.586    0.000
  92.     Tim.Rc_Msc_Old    0.274     0.084    3.257    0.001
  93.   IRC =~                                              
  94.     IRC.line.count    1.000                            
  95.     Time.Rec_IRC      1.087     0.180    6.022    0.000
  96.   Rec =~                                              
  97.     Music             1.000                            
  98.     Time.Rec_Video    0.678     0.104    6.536    0.000
  99.     Time.Rec_Fictn    0.672     0.139    4.818    0.000
  100.     Time.Rec          1.654     0.366    4.522    0.000
  101.     Time.Rec_Game     0.115     0.062    1.854    0.064
  102.     Media.consmptn   -0.036     0.053   -0.678    0.498
  103.   Mnemosyne =~                                        
  104.     Time.SRS          1.000                            
  105.     Mnmsyn.crds.lg   85.850 13209.400    0.006    0.995
  106.     Thinking.tm.lg  136.386 19923.937    0.007    0.995
  107.     Mnemosyne.scor  -10.440  2532.374   -0.004    0.997
  108.   Gwern.net =~                                        
  109.     Gwernnet.pgvws    1.000                            
  110.     Gwernnet.sssns    1.007     0.013   75.320    0.000
  111.     Gwernnet.vstrs    1.005     0.016   64.691    0.000
  112.     Gwrnnt.sssnDrt    0.922     0.050   18.508    0.000
  113.     Gwrnnt.vgSssnD    0.162     0.034    4.817    0.000
  114.     Gwernnet.bncRt    0.221     0.030    7.418    0.000
  115.   Writing =~                                          
  116.     Patch.count.lg    1.000                            
  117.     Gwern.net         1.894     0.459    4.130    0.000
  118.     Time.Statistcs    2.729     0.868    3.145    0.002
  119.     Time.Rc_Nnfctn    2.949     0.983    2.999    0.003
  120.     Time.Writing      1.927     0.516    3.738    0.000
  121.     Time.Progrmmng    0.686     0.201    3.405    0.001
  122.   Email =~                                            
  123.     Time.Mail         1.000                            
  124.     Emails.sent       0.840     0.109    7.690    0.000
  125.     Emails.receivd    0.481     0.383    1.257    0.209
  126.   Bitcoin =~                                          
  127.     Time.Bitcoin      1.000                            
  128.     Bitcoin.prc.lg  140.309    77.210    1.817    0.069
  129.     Btcn.30DyVltlt    1.951     0.584    3.340    0.001
  130.   Fitness =~                                          
  131.     Workout.previs    1.000                            
  132.     Weight           -3.911     0.351  -11.142    0.000
  133.     Weight.BMI       -4.231     0.378  -11.190    0.000
  134.     Weight.body.ft   -2.508     0.227  -11.052    0.000
  135.     Weight.muscle     2.358     0.215   10.951    0.000
  136.     Wght.rstng.mtb   -4.213     0.378  -11.150    0.000
  137.     Weght.vscrl.ft   -3.793     0.324  -11.704    0.000
  138.  
  139. Covariances:
  140.                    Estimate  Std.Err   Z-value  P(>|z|)
  141.   Sleep ~~                                            
  142.     Light             0.000     0.000    0.556    0.578
  143.     Weather           0.000     0.000    1.013    0.311
  144.     IRC              -0.000     0.000   -0.452    0.651
  145.     Rec               0.000     0.001    0.402    0.688
  146.     Mnemosyne         0.000     0.000    0.081    0.936
  147.     Writing           0.000     0.000    0.602    0.547
  148.     Email             0.000     0.000    0.886    0.376
  149.     Bitcoin          -0.000     0.000   -0.194    0.846
  150.     Fitness           0.000     0.000    0.094    0.925
  151.   Light ~~                                            
  152.     Weather          -0.030     0.007   -4.192    0.000
  153.     IRC              -0.019     0.013   -1.452    0.147
  154.     Rec               0.127     0.032    3.959    0.000
  155.     Mnemosyne        -0.001     0.008   -0.161    0.872
  156.     Writing           0.019     0.004    5.224    0.000
  157.     Email            -0.094     0.023   -4.168    0.000
  158.     Bitcoin           0.001     0.003    0.415    0.678
  159.     Fitness           0.084     0.012    6.740    0.000
  160.   Weather ~~                                          
  161.     IRC              -0.009     0.012   -0.741    0.458
  162.     Rec              -0.065     0.016   -4.128    0.000
  163.     Mnemosyne         0.000     0.003    0.120    0.904
  164.     Writing          -0.019     0.007   -2.939    0.003
  165.     Email             0.020     0.019    1.063    0.288
  166.     Bitcoin          -0.000     0.001   -0.354    0.723
  167.     Fitness          -0.008     0.007   -1.050    0.294
  168.   IRC ~~                                              
  169.     Rec               0.137     0.059    2.326    0.020
  170.     Mnemosyne        -0.000     0.002   -0.155    0.877
  171.     Writing           0.087     0.028    3.122    0.002
  172.     Email             0.181     0.036    5.064    0.000
  173.     Bitcoin           0.000     0.001    0.088    0.930
  174.     Fitness           0.006     0.018    0.337    0.736
  175.   Rec ~~                                              
  176.     Mnemosyne        -0.005     0.013   -0.345    0.730
  177.     Writing           0.133     0.031    4.284    0.000
  178.     Email            -0.129     0.048   -2.703    0.007
  179.     Bitcoin           0.004     0.007    0.581    0.561
  180.     Fitness           0.152     0.037    4.158    0.000
  181.   Mnemosyne ~~                                        
  182.     Writing          -0.001     0.005   -0.188    0.851
  183.     Email             0.002     0.013    0.169    0.866
  184.     Bitcoin          -0.000     0.002   -0.022    0.982
  185.     Fitness          -0.001     0.010   -0.137    0.891
  186.   Writing ~~                                          
  187.     Email             0.038     0.025    1.530    0.126
  188.     Bitcoin           0.001     0.001    0.473    0.637
  189.     Fitness           0.011     0.003    3.546    0.000
  190.   Email ~~                                            
  191.     Bitcoin          -0.003     0.006   -0.474    0.636
  192.     Fitness          -0.120     0.018   -6.592    0.000
  193.   Bitcoin ~~                                          
  194.     Fitness           0.002     0.004    0.480    0.632
  195.  
  196. Intercepts:
  197.                    Estimate  Std.Err   Z-value  P(>|z|)
  198.     ZQ                0.000     0.022    0.004    0.996
  199.     Total.Z           0.000     0.022    0.008    0.993
  200.     Time.to.Z         0.000     0.023    0.000    1.000
  201.     Time.in.Wake      0.000     0.022    0.001    0.999
  202.     Time.in.REM       0.000     0.020    0.006    0.995
  203.     Time.in.Light     0.000     0.023    0.006    0.995
  204.     Time.in.Deep      0.000     0.026    0.003    0.998
  205.     Awakenings        0.000     0.025    0.001    0.999
  206.     Morning.Feel      0.000     0.024    0.000    1.000
  207.     Webcm.Brghtnss   -0.074     0.021   -3.474    0.001
  208.     Webcam.Color.L   -0.120     0.022   -5.471    0.000
  209.     Webcam.Color.A   -0.012     0.019   -0.605    0.545
  210.     Webcam.Color.B   -0.020     0.019   -1.091    0.275
  211.     CloudCover       -0.000     0.017   -0.001    0.999
  212.     DayLength         0.000     0.017    0.000    1.000
  213.     Max.TemperatrF   -0.000     0.017   -0.001    0.999
  214.     Mean.TempertrF   -0.000     0.017   -0.001    0.999
  215.     Min.TemperatrF   -0.000     0.018   -0.001    0.999
  216.     Mean.Humidity    -0.000     0.020   -0.000    1.000
  217.     Mn.S.Lvl.PrssI    0.000     0.016    0.000    1.000
  218.     Men.Wnd.SpdMPH    0.000     0.017    0.000    1.000
  219.     PrecipitatinIn   -0.000     0.021   -0.000    1.000
  220.     Music.new        -0.508     0.125   -4.076    0.000
  221.     Time.Rc_Msc_Nw   -0.518     0.098   -5.296    0.000
  222.     Tim.Rc_Msc_Old   -0.131     0.061   -2.155    0.031
  223.     IRC.line.count   -0.042     0.037   -1.148    0.251
  224.     Time.Rec_IRC     -0.049     0.037   -1.341    0.180
  225.     Time.Rec_Video   -0.323     0.074   -4.341    0.000
  226.     Time.Rec_Fictn   -0.320     0.083   -3.853    0.000
  227.     Time.Rec         -0.789     0.212   -3.728    0.000
  228.     Time.Rec_Game    -0.055     0.037   -1.488    0.137
  229.     Media.consmptn    0.011     0.026    0.412    0.681
  230.     Time.SRS          0.004     0.036    0.109    0.913
  231.     Mnmsyn.crds.lg   -0.000     0.018   -0.015    0.988
  232.     Thinking.tm.lg   -0.031     0.021   -1.463    0.143
  233.     Mnemosyne.scor    0.002     0.021    0.114    0.910
  234.     Gwernnet.pgvws    0.000     0.016    0.003    0.998
  235.     Gwernnet.sssns    0.000     0.017    0.003    0.998
  236.     Gwernnet.vstrs    0.000     0.017    0.003    0.998
  237.     Gwrnnt.sssnDrt    0.000     0.018    0.003    0.998
  238.     Gwrnnt.vgSssnD    0.000     0.021    0.000    1.000
  239.     Gwernnet.bncRt   -0.039     0.018   -2.178    0.029
  240.     Patch.count.lg    0.000     0.019    0.001    0.999
  241.     Time.Statistcs   -0.247     0.062   -4.007    0.000
  242.     Time.Rc_Nnfctn   -0.266     0.060   -4.447    0.000
  243.     Time.Writing     -0.174     0.045   -3.839    0.000
  244.     Time.Progrmmng   -0.062     0.028   -2.235    0.025
  245.     Time.Mail         0.285     0.063    4.532    0.000
  246.     Emails.sent      -0.000     0.018   -0.013    0.990
  247.     Emails.receivd   -0.000     0.015   -0.009    0.993
  248.     Time.Bitcoin     -0.072     0.022   -3.311    0.001
  249.     Bitcoin.prc.lg    0.001     0.017    0.036    0.971
  250.     Btcn.30DyVltlt    0.000     0.018    0.000    1.000
  251.     Workout.previs    0.000     0.020    0.014    0.989
  252.     Weight            0.870     0.081   10.708    0.000
  253.     Weight.BMI        1.443     0.087   16.541    0.000
  254.     Weight.body.ft    0.856     0.064   13.323    0.000
  255.     Weight.muscle    -0.804     0.064  -12.633    0.000
  256.     Wght.rstng.mtb    1.437     0.087   16.613    0.000
  257.     Weght.vscrl.ft    1.294     0.085   15.255    0.000
  258.     Sleep             0.000                            
  259.     Light             0.000                            
  260.     Weather           0.000                            
  261.     Music             0.000                            
  262.     IRC               0.000                            
  263.     Rec               0.000                            
  264.     Mnemosyne         0.000                            
  265.     Gwern.net         0.000                            
  266.     Writing           0.000                            
  267.     Email             0.000                            
  268.     Bitcoin           0.000                            
  269.     Fitness           0.000                            
  270.  
  271. Variances:
  272.                    Estimate  Std.Err   Z-value  P(>|z|)
  273.     ZQ                0.596     0.023   26.409    0.000
  274.     Total.Z          -0.236     0.015  -15.685    0.000
  275.     Time.to.Z         0.999     0.065   15.452    0.000
  276.     Time.in.Wake      0.989     0.088   11.299    0.000
  277.     Time.in.REM       0.444     0.023   19.250    0.000
  278.     Time.in.Light     0.327     0.015   22.298    0.000
  279.     Time.in.Deep      0.819     0.039   21.213    0.000
  280.     Awakenings        0.985     0.025   39.432    0.000
  281.     Morning.Feel      0.999     0.040   24.972    0.000
  282.     Webcm.Brghtnss    0.407     0.039   10.479    0.000
  283.     Webcam.Color.L   -0.549     0.099   -5.542    0.000
  284.     Webcam.Color.A    0.985     0.033   29.504    0.000
  285.     Webcam.Color.B    0.956     0.045   21.369    0.000
  286.     CloudCover        0.996     0.022   45.820    0.000
  287.     DayLength         1.000     0.013   74.378    0.000
  288.     Max.TemperatrF    0.058     0.002   31.793    0.000
  289.     Mean.TempertrF   -0.030     0.001  -28.550    0.000
  290.     Min.TemperatrF    0.061     0.002   32.249    0.000
  291.     Mean.Humidity     0.980     0.022   45.024    0.000
  292.     Mn.S.Lvl.PrssI    0.964     0.029   33.675    0.000
  293.     Men.Wnd.SpdMPH    0.987     0.033   29.909    0.000
  294.     PrecipitatinIn    1.000     0.178    5.625    0.000
  295.     Music.new         0.671     0.067   10.009    0.000
  296.     Time.Rc_Msc_Nw    0.543     0.072    7.553    0.000
  297.     Tim.Rc_Msc_Old    0.970     0.033   29.605    0.000
  298.     IRC.line.count    0.366     5.935    0.062    0.951
  299.     Time.Rec_IRC      0.333     0.298    1.119    0.263
  300.     Time.Rec_Video    0.890     0.037   24.055    0.000
  301.     Time.Rec_Fictn    0.892     0.040   22.572    0.000
  302.     Time.Rec          0.346     0.072    4.838    0.000
  303.     Time.Rec_Game     0.996     0.034   29.375    0.000
  304.     Media.consmptn    0.999     0.160    6.247    0.000
  305.     Time.SRS          1.000     0.162    6.176    0.000
  306.     Mnmsyn.crds.lg    0.836     0.046   18.122    0.000
  307.     Thinking.tm.lg    0.627     0.102    6.181    0.000
  308.     Mnemosyne.scor    0.997     0.047   21.418    0.000
  309.     Gwernnet.pgvws    0.013     0.002    6.760    0.000
  310.     Gwernnet.sssns   -0.002     0.000   -6.347    0.000
  311.     Gwernnet.vstrs    0.003     0.000    6.829    0.000
  312.     Gwrnnt.sssnDrt    0.160     0.027    6.016    0.000
  313.     Gwrnnt.vgSssnD    0.974     0.043   22.534    0.000
  314.     Gwernnet.bncRt    0.945     0.108    8.773    0.000
  315.     Patch.count.lg    0.950     0.031   30.775    0.000
  316.     Time.Statistcs    0.745     0.063   11.841    0.000
  317.     Time.Rc_Nnfctn    0.702     0.048   14.677    0.000
  318.     Time.Writing      0.872     0.045   19.568    0.000
  319.     Time.Progrmmng    0.983     0.124    7.944    0.000
  320.     Time.Mail         0.461     0.184    2.513    0.012
  321.     Emails.sent       0.505     0.155    3.249    0.001
  322.     Emails.receivd    0.837     0.143    5.842    0.000
  323.     Time.Bitcoin      1.012     0.168    6.015    0.000
  324.     Bitcoin.prc.lg  -15.300     8.362   -1.830    0.067
  325.     Btcn.30DyVltlt    0.997     0.030   32.676    0.000
  326.     Workout.previs    0.876     0.047   18.764    0.000
  327.     Weight            0.004     0.001    6.457    0.000
  328.     Weight.BMI        0.002     0.000    5.584    0.000
  329.     Weight.body.ft    0.648     0.075    8.600    0.000
  330.     Weight.muscle     0.689     0.029   23.748    0.000
  331.     Wght.rstng.mtb    0.010     0.001    7.164    0.000
  332.     Weght.vscrl.ft    0.198     0.015   13.387    0.000
  333.     Sleep             0.409     0.077    5.319    0.000
  334.     Light             0.606     0.051   11.867    0.000
  335.     Weather           0.941     0.021   44.287    0.000
  336.     Music             0.148     0.062    2.400    0.016
  337.     IRC               0.635     5.967    0.106    0.915
  338.     Rec               0.642     0.246    2.615    0.009
  339.     Mnemosyne         0.000     0.006    0.003    0.997
  340.     Gwern.net         0.808     0.159    5.077    0.000
  341.     Writing           0.050     0.024    2.083    0.037
  342.     Email             0.701     0.292    2.403    0.016
  343.     Bitcoin           0.001     0.003    0.268    0.789
  344.     Fitness           0.124     0.017    7.101    0.000
Advertisement
Add Comment
Please, Sign In to add comment
Advertisement
Public Pastes
Advertisement
We use cookies for various purposes including analytics. By continuing to use Pastebin, you agree to our use of cookies as described in the Cookies Policy.  OK, I Understand
Not a member of Pastebin yet?
Sign Up, it unlocks many cool features!