Twoje usuwanie:

  remove(cartProduct) {
    const thisCart = this;
    const index = thisCart.products.indexOf(cartProduct);
    thisCart.products.splice(index);
    var elem = document.querySelector(cartProduct.dom.wrapper);
    elem.parentNode.removeChild(elem);
    thisCart.update();
  }

Moja poprawka:


  remove(cartProduct) {
    const thisCart = this;
    const index = thisCart.products.indexOf(cartProduct);
    thisCart.products.splice(index);
    var elem = cartProduct.dom.wrapper;
    elem.parentNode.removeChild(elem);
    thisCart.update();
  }

to pewnie możan i tak zapisać:

 remove(cartProduct) {
    const thisCart = this;
    const index = thisCart.products.indexOf(cartProduct);
    thisCart.products.splice(index);
    cartProduct.dom.wrapper.parentNode.removeChild(cartProduct.dom.wrapper);
    thisCart.update();
  }

ale wydaje mi się mało czytelne. Problem był w tym, że przekazywałaś do funkcji querySelector nie string typu ".klasa li" tylko cały dom HTMLowy - dlatego funkcja się wysypywała.