Можно так:
Допустим сайты находятся в папке /var/www/
заходим в нее (www), создаем файл files.txt со списком заменяемых файлов в каждой строке, например содержимое может быть таким:

1.txt
2.txt

кладем рядом файлы на которые будет происходить замена, в нашем случае 1.txt и 2.txt
далее запускаем команду:

cat files.txt | xargs -L1 -I [] find -mindepth 2 -name [] -exec cp [] {} \;


после ее выполнения все файлы в подпапках с именами из файла files.txt будут заменены на те, которые мы положили рядом.