Le nouveau coronavirus (2019 n-CoV, SARS-CoV-2, COVID-19)
Pr H Fleury
Professeur émérite, Virologie Tropicale et Rétrovirologie
Université de Bordeaux et CNRS UMR 5234
Les faits
En décembre 2019, les autorités Chinoises déclarent l’émergence d’une pathologie respiratoire liée à
un nouveau coronavirus dans la population humaine de Wuhan.
Les premiers patients auraient été infectés dans un marché aux poissons de la ville. L’infection
s’étend rapidement localement amenant les autorités Chinoises à construire deux hôpitaux
supplémentaires à Wuhan en quelques jours. Puis elle s’étend au reste de la Chine et à d’autres
parties du monde conduisant l’OMS à évoquer le terme de pandémie.
Le virus est séquencé et les séquences sont rapidement accessibles sur le site OMS ainsi que dans des
publications spécialisées (Zhang et al. NEJM 2020) ; il appartient aux Bétacoronavirus et est proche
du virus du SARS ; son appellation va varier : 2019 n-CoV, SARS-CoV-2 enfin COVID-19 (OMS)
Contamination et pathologie
La contamination entre humains se fait par voie aérienne et par les mains ; elle peut très
probablement se faire aussi, indirectement, par des surfaces souillées (poignées de porte, boutons
d’ascenseur) comme cela a été décrit à Hong Kong pendant l’épidémie de SARS en 2003.
Si l’on considère le coefficient de transmission Ro, c’est à dire le nombre de personnes contaminées à
partir d‘un patient source infecté, celui-ci varie de 1,5 à 3,5.
Officiellement l’incubation est en moyenne de 2 à 14 jours (d’où la période de quarantaine de 14
jours). Puis le patient va présenter asthénie, myalgies, fièvre et toux ; sur le plan biologique, on note
une lymphocytopénie ; 100 % des patients ont des signes radiologiques de pneumonie ; celle-ci peut
évoluer à partir du 8ème jour vers un syndrome de détresse respiratoire aigüe (SDRA) nécessitant un
transfert en réanimation voire (quand les équipements le permettent) une mise en circulation
extracorporelle (Huang et al Lancet 2020).
La mortalité est de 1 à 3% ; celle du SARS était de 10% et celle du MERS coronavirus est plus élevée,
de l’ordre de 35%.
Le virus est détectable par PCR dans les sécrétions nasales, oropharyngées, bronchiques et dans les
selles (Holshue et al NEJM 2020). Selon Zou et al.(NEJM 2020) la PCR est positive dans les sécrétions
nasales chez des patients malades et le signal décroit jusqu’au 9eme jour voire 18eme jour ; dans la
série publiée par cette même équipe un patient asymptomatique présentait une charge virale aussi
élevée que celles observées chez les malades. D ‘autre part,  Il semble que des patients en incubation
de la maladie puissent transmettre le virus (Rothe et al  NEJM 2020).
Le tandem Duke University (USA) et NUS (National University of Singapore) vient de publier un test
de détection des anticorps qui va permettre d’apprécier la diffusion virale dans la population et nous
donner les vrais éléments de calcul de la mortalité. Grace au test sérologique, les autorités de santé
de Singapour ont pu démontrer une chaine de contamination débutant au moment des fêtes du
nouvel an chinois et passant par une réunion dans une église.
Le seul traitement est symptomatique ; aucun traitement antiviral n’est actuellement officiellement
recommandé ; il existe des initiatives d’utilisation de molécules antivirales  (avec constitutions de
cohortes structurées)  comme le Favilavir (molécule antigrippale synthétisée par l’industrie
Japonaise), le Danoprevir (anti hépatite C)  le Kaletra (inhibiteur de protéase du HIV) (associé ou pas
à la Ribavirine) et le Remdesivir (analogue nucléotidique anti HIV). L’équipe Chinoise qui a
expérimenté le Remdesivir a également noté l’efficacité in vitro de la chloroquine (Wang et al.
Nature 2020). Dans une récente recommandation publiée par Jin et al ( Military Medical Research
2020) , le groupe clinico-biologique de Wuhan indique que le Kaletra doit être utilisé précocement
devant la dégradation clinique, biologique et radiologique du patient et que si cette « fenêtre »est
manquée, le kaletra devient inutile.  D’autres initiatives se proposent d’utiliser des anticorps
monoclonaux anti-« Spike » (la partie de la protéine de surface qui se fixe sur le récepteur cellulaire)
cependant que les Chinois organisent la préparation d’immunoglobulines à partir de dons du sang de
patients convalescents.
La course au vaccin est lancée en Chine et sur d’autres continents ; Le Wistar institute de
Philadelphie est associé à l’université Laval pour construire des cassettes ADN codant certaines
protéines du COVID (en particulier la protéine du spicule (le Spike, ou spicule, est la partie de la
protéine de surface qui se fixe sur le récepteur cellulaire). Sanofi Pasteur vient de passer un contrat
avec le US Department of Health pour un vaccin recombinant exprimant des protéines du COVID ;
Sanofi utiliserait un Baculovirus pour produire la protéine de surface du COVID en grande quantité.
D’autres stratégies sont envisagées, comme l’utilisation de nanoparticules lipidiques chargées en
ARNm viraux (CureVac).  Une équipe de l’Institut Pasteur utilise le virus rougeoleux vaccinal vivant
atténué pour cloner l’information génomique de la protéine de surface.  Une société Californienne a
synthétisé et cloné les gènes de protéine de surface dès la publication des séquences par la Chine ;
cette société laisse entendre qu’elle pourrait expérimenter un vaccin dans les prochains mois.
Raisonnablement, on peut estimer que l’initiation des premiers essais humains de vaccination
nécessitera de 6 mois à 1 an.
D’où vient le COVID-19 ?
C’est un monde nouveau qui s’ouvre lorsque l’on prend conscience de la grande importance des
Coronavirus dans le règne animal ; il existe des Coronavirus chez les porcs, les chats, les oiseaux, les
chiens, les souris et bien sur les chauves souris ; chez l’homme on connaissait des Coronavirus
entrainant des atteintes respiratoires minimes (HCoV-229E, NL-63,OC-43, HKU-1) ; les premiers
Coronavirus d’importance pathogène ont été ceux du SARS et du MERS.  Les chauves-souris sont le
réservoir le plus large de Coronavirus ; les Coronavirus de chauves-souris peuvent être transmis à
l’homme généralement par l’intermédiaire d’un mammifère (civette pour le SARS et chameau pour le
MERS) . Le cas du COVID-19 est complexe ; les autorités chinoises ont annoncé la transmission du
COVID-19 à partir d’un marché aux poissons de Wuhan ; des hypothèses ont été publiées sur un
animal intermédiaire ( pangolin , serpents qui hébergent des virus proches). Or, en 2013 (Ge et al.
Nature 2013) l’équipe de ZL Shi (qui travaille au sein du P4 de Wuhan) avait décrit des Coronavirus de
chauves-souris  qui présentent toutes les conditions d’une transmission directe à l’homme et
notamment qui utilisent comme  récepteur l’ACE2 (enzyme de conversion de l’angiotensine) sur les
cellules respiratoires humaines (ce qui les dispenseraient d’un hôte intermédiaire pour infecter
l’homme).  Une équipe des USA associant ZL Shi comme co-auteur avait signalé la dangerosité d’une
souche (CoV-W1V1) dès 2015 ( Manachery et al. Nature Medicine 2015). Cette même équipe
prévoyait  le passage direct potentiel à l’homme du CoV-W1V1 et lançait une alerte mondiale dans
une revue de grand renom (SARS-like WIV1-CoV poised for human emergence  Menachery et al.
PNAS 2016). Diverses souches du nouveau virus COVID-19  ont été séquencées (Lu et al. Lancet 2020)
et il est clairement établi qu’il s’agit d’un coronavirus de chauve-souris différent du SARS et du MERS
et équipé d’une protéine de surface lui permettant un passage direct chez l’homme.
Le virus peut il varier sur le plan génomique ? Une publication très récente ( Tang et al. On the origin
and continuing evolution of SARS-CoV-2) a identifié deux variants S et L ; S est le variant ancestral ; L
aurait été sélectionné au début de l’épidémie  de Wuhan par passage adaptatif chez l’homme et
serait plus pathogène. La surveillance engagée à Wuhan semble indiquer une diminution du variant L
mais ce point mérite une confirmation. Au total, si  l’on résume les données de la littérature, les
hypothèses de l’émergence du COVID-19 chez l’homme sont
1 Passage direct de la chauve souris à l’homme ce passage étant possible car le virus a d’emblée une
possibilité de fixation sur les cellules respiratoires humaines ; ce risque avait été signalé il y a
plusieurs années (voir ci-dessus)
2 Passage de la chauve souris à un hôte intermédiaire non encore  définitivement identifié mais qui
pourrait être le pangolin dont les souches sont proches de COVID-19 dans l’arbre phylogénétique
proposé par Tang et al.
L’hypothèse d’un accident de laboratoire a été évoquée au vu des données publiées sur le SARS en
Chine, à Taiwan et à Singapour (Siengsanan-Lamont et Blacksell Trop Med Infect Dis. 2018, Normile
Science 2004) et ne peut être écartée à priori et mérite de faire l’objet d’une réflexion dans le cadre
de la sécurité globale des laboratoires de haute sécurité dits P4.
Conclusion
L’homme vit dans un monde complexe sur le plan écologique ; le réservoir animal d’agents infectieux
(notamment de virus) est considérable et la recherche en amont a des retombées pour la santé
humaine. Parmi les animaux les plus intéressants pour cette recherche  figurent les chauves-souris ;
nombreux sont les exemples d’émergence ou réémergence virale à partir de ce mammifère volant :
Marburg et Ebola, Hendra, Nipah, rage, maladie de la foret de Kyasanur, SARS Coronavirus,  MERS
Coronavirus et maintenant COVID-19
Note : ce texte est adressé au bulletin du conseil de l’ordre des Médecins de la Gironde ainsi qu’à la
Newsletter de l UMR 5234 CNRS. Je remercie le docteur Franck Dugravier pour ses conseils pendant
la rédaction  du texte. Cette synthèse est une revue factuelle de la littérature dans des journaux
reconnus sur le plan international. Les données peuvent évoluer d’un moment à l’autre.
Coronavirus de souris (souche JHM)  dans le SNC de souris (cliché réalisé au Rose F Kennedy Center,
Einstein College of Medicine, Bronx, NY en 1978) (Fleury et al Neuropathology and Applied
Neurobiology 1980)