[AutoHotkey.ahk]
; Includeするファイルリスト
#Include %A_ScriptDir%
includeFiles := "InputA,InputB"     ;この部分だけ書き換えたらInitもIncludeも自動的にされるようにしたい

; 各ファイルのInitセクションへGoSub
Loop, PARSE, includeFiles, `,
{
    If (isLabel("initLabel_" . A_LoopField))
        GoSub, initLabel_%A_LoopField%
}

; Autoexecuteここまで
Return

; LoopでIncludeしたい(#Includeは変数で指定できない 困った)
;Loop, PARSE, includeFiles, `,
;   #Include %A_LoopField%.ahk

; (これなら正常動作するけど、結局全部手打ちだから避けたい)
#Include InputA.ahk
#Include InputB.ahk

;============================================================
[InputA.ahk]
initLabel_InputA:
    textA := "A"
Return
a::MsgBox, % textA
d::MsgBox, % (textA . "D")

;============================================================
[InputB.ahk]
initLabel_InputB:
    textB := "B"
Return

b::MsgBox, % textB
c::MsgBox, % (textB . "C")