# The matrix to be modified
a = np.zeros((2,10))
# Indices array of size N
indices = np.array([1,4])
# Indexing, the result must be
a = a[at indices per row]
print a

[[0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0],
 [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0]]

>>> a[np.arange(2),indices] = 1
>>> a
array([[ 0.,  1.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.],
       [ 0.,  0.,  0.,  0.,  1.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.]])

>>> a[np.where(indices)+(indices,)] = 1
>>> a
array([[ 0.,  1.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.],
       [ 0.,  0.,  0.,  0.,  1.,  0.,  0.,  0.,  0.,  0.]])

>>> np.eye(a.shape[1])[indices]
array([[0., 1., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.],
       [0., 0., 0., 0., 1., 0., 0., 0., 0., 0.]])