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a guest Apr 24th, 2019 85 Never
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CO2\r\nLEFT_COMPARTMENT MITOCHONDRIAL_MATRIX\r\nRIGHT_COMPARTMENT MITOCHONDRIAL_MATRIX\r\nCOMMENT\tPH = 7.0, IONIC STRENGTH = 0.15 M\r\n//\r\nREACTION AKGDm\r\nLEFT\t2-OXOGLUTARATE + COA + NAD+\r\nRIGHT\tSUCCINYL-COA + CO2 + NADH\r\nLEFT_COMPARTMENT MITOCHONDRIAL_MATRIX\r\nRIGHT_COMPARTMENT MITOCHONDRIAL_MATRIX\r\nCOMMENT PH = 7.0, IONIC STRENGTH = 0.15 M\r\n//\r\nREACTION SUCOASm\r\nLEFT \tSUCCINYL-COA + ADP + Orthophosphate\r\nRIGHT\tSUCCINATE + ATP + COA\r\nLEFT_COMPARTMENT MITOCHONDRIAL_MATRIX\r\nRIGHT_COMPARTMENT MITOCHONDRIAL_MATRIX\r\nCOMMENT\tPH = 7.0, IONIC STRENGTH = 0.15 M\r\n//\r\nREACTION SUCD1m\r\nLEFT\tSUCCINATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX + oxygen + NADH\r\nRIGHT\tFUMARATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX + 2 H2O + NAD+\r\nLEFT_COMPARTMENT MITOCHONDRIAL_MATRIX\r\nRIGHT_COMPARTMENT MITOCHONDRIAL_MATRIX\r\nCOMMENT\tPH = 7.0, IONIC STRENGTH = 0.15 M\r\n//\r\nREACTION FUMm\r\nLEFT\tFUMARATE + H2O\r\nRIGHT\t(S)-MALATE \r\nLEFT_COMPARTMENT MITOCHONDRIAL_MATRIX\r\nRIGHT_COMPARTMENT MITOCHONDRIAL_MATRIX\r\nCOMMENT\tPH = 7.0, IONIC STRENGTH = 0.15 M\r\n//\r\nREACTION  MDHm\r\nLEFT\t(S)-MALATE + NAD+\r\nRIGHT\tOXALOACETATE + NADH\r\nLEFT_COMPARTMENT MITOCHONDRIAL_MATRIX\r\nRIGHT_COMPARTMENT MITOCHONDRIAL_MATRIX\r\nCOMMENT\tPH = 7.0, IONIC STRENGTH = 0.15 M\r\n//       \r\nREACTION GAPD  \r\nLEFT\tD-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE + ORTHOPHOSPHATE + NAD+\r\nRIGHT\t3-Phospho-D-glyceroyl_phosphate + NADH\r\nENZYME_LEVEL\t1.0\r\nLEFT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nRIGHT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nPATHWAY GLUCONEOGENESIS, GLYCOLYSIS\r\nCOMMENTS  From Dennis\r\n//\r\nREACTION PGK\r\nLEFT\t3-Phospho-D-glyceroyl_phosphate + ADP\r\nRIGHT\t3-PHOSPHO-D-GLYCERATE + ATP\r\nLEFT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nRIGHT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nENZYME_LEVEL\t1.0\r\nPATHWAY\tGLUCONEOGENESIS, GLYCOLYSIS, CALVIN CYCLE\r\nCOMMENTS  From Dennis\r\n//\r\nREACTION TPI\r\nLEFT\tGlycerone_phosphate\r\nRIGHT\tD-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE\r\nLEFT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nRIGHT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nENZYME_LEVEL\t1.0\r\nCOMMENT From Equilibrator\r\nPATHWAY CALVIN CYCLE, GLYCOLYSIS\r\n//\r\nREACTION  MDH\r\nLEFT\t(S)-MALATE + NAD+\r\nRIGHT\tOXALOACETATE + NADH\r\nLEFT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nRIGHT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nENZYME_LEVEL\t0.0\r\nCOMMENT\tPH = 7.0, IONIC STRENGTH = 0.15 M\r\nCOMMENT\tCytosolic\r\n//\r\nREACTION PEP_Carboxylase\r\nLEFT    oxaloacetate + orthophosphate\r\nRIGHT   phosphoenolpyruvate + CO2 + H2O\r\nLEFT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nRIGHT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nENZYME_LEVEL    0.0\r\nPATHWAY GLUCONEOGENSESIS\r\nCOMMENTS\r\n//\r\nREACTION PPCK\r\nLEFT\toxaloacetate + ATP \r\nRIGHT\tphosphoenolpyruvate + ADP + CO2\r\nLEFT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nRIGHT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nENZYME_LEVEL\t0.0\r\nPATHWAY\tGLUCONEOGENSESIS\r\nCOMMENTS  \r\n//\r\nREACTION FBA\r\nLEFT\tD-FRUCTOSE_1,6-BISPHOSPHATE\r\nRIGHT\tGlycerone_phosphate + D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE\r\nLEFT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nRIGHT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nENZYME_LEVEL\t1.0\r\nPATHWAY\tGLUCONEOGENSESIS, GLYCOLYSIS, CALVIN CYCLE\r\nCOMMENTS  From Dennis\r\n//\r\nREACTION FBP\r\nLEFT\tD-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE + Orthophosphate\r\nRIGHT\tH2O + D-FRUCTOSE_1,6-BISPHOSPHATE\r\nLEFT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nRIGHT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nENZYME_LEVEL\t0.0\r\nPATHWAY\tGLUCONEOGENESIS, CALVIN CYCLE\r\nCOMMENTS  From Dennis\r\n//\r\nREACTION TKT2\r\nLEFT\tD-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE + D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE\r\nRIGHT\tD-ERYTHROSE-4-PHOSPHATE + D-XYLULOSE-5-PHOSPHATE\r\nLEFT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nRIGHT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nENZYME_LEVEL\t0.0\r\nPATHWAY\tCALVIN CYCLE, PENTOSE PHOSPHATE PATHWAY, RUBISCO SHUNT\r\nCOMMENT   From Equilibrator pH 7.5, IS 0.15\r\n//\r\nREACTION RPE\r\nLEFT\tD-XYLULOSE-5-PHOSPHATE\r\nRIGHT\tD-RIBULOSE-5-PHOSPHATE\r\nLEFT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nRIGHT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nENZYME_LEVEL\t0.0\r\nPATHWAY\tCALVIN CYCLE, PENTOSE PHOSPHATE PATHWAY, RUBISCO SHUNT\r\nCOMMENT  From Dennis\r\n//\r\nREACTION Xylulokinase\r\nLEFT\tD-XYLULOSE + ATP\r\nRIGHT\tD-XYLULOSE-5-PHOSPHATE + ADP \r\nLEFT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nRIGHT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nENZYME_LEVEL\t0.0\r\nPATHWAY\tCALVIN CYCLE, PENTOSE PHOSPHATE PATHWAY, RUBISCO SHUNT\r\nCOMMENT  \r\n//\r\nREACTION PYK_org\r\nLEFT\tADP + PHOSPHOENOLPYRUVATE\r\nRIGHT\tPYRUVATE + ATP\r\nLEFT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nRIGHT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nENZYME_LEVEL\t0.0\r\nPATHWAY GLYCOLYSIS, PYRUVATE METABOLISM, RUBISCO SHUNT\r\nCOMMENT  From Dennis\r\n//\r\nREACTION PYK\r\nLEFT\tADP + PHOSPHOENOLPYRUVATE\r\nRIGHT\tPYRUVATE + ATP\r\nLEFT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nRIGHT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nENZYME_LEVEL\t1.0\r\nPATHWAY GLYCOLYSIS, PYRUVATE METABOLISM, RUBISCO SHUNT\r\nCOMMENT  From Dennis\r\n//\r\nREACTION RPI\r\nLEFT\tD-RIBOSE-5-PHOSPHATE\r\nRIGHT\tD-RIBULOSE-5-PHOSPHATE\r\nLEFT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nRIGHT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nENZYME_LEVEL\t0.0\r\nPATHWAY\tCALVIN CYCLE, PENTOSE PHOSPHATE PATHWAY, RUBISCO SHUNT\r\nCOMMENT  From Dennis\r\n//\r\nREACTION TKT1\r\nLEFT\tSEDOHEPTULOSE_7-PHOSPHATE + D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE\r\nRIGHT\tD-RIBOSE-5-PHOSPHATE + D-XYLULOSE-5-PHOSPHATE\r\nLEFT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nRIGHT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nENZYME_LEVEL\t0.0\r\nPATHWAY\tCALVIN CYCLE, PENTOSE PHOSPHATE PATHWAY, RUBISCO SHUNT\r\nCOMMENT  From Equilibrator pH 7.5, IS 0.15\r\n//\r\nREACTION TALA\r\nLEFT\tD-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE + SEDOHEPTULOSE_7-PHOSPHATE\r\nRIGHT\tD-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE + D-ERYTHROSE-4-PHOSPHATE\r\nLEFT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nRIGHT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nENZYME_LEVEL\t0.0\r\nPATHWAY  RUBISCO SHUNT, PENTOSE PHOSPHATE PATHWAY\r\nCOMMENT  From Equilibrator pH 7.5 IS 0.15\r\n//\r\nREACTION PGM\r\nLEFT\t3-PHOSPHO-D-GLYCERATE\r\nRIGHT\t2-PHOSPHO-D-GLYCERATE\r\nLEFT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nRIGHT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nENZYME_LEVEL\t1.0\r\nPATHWAY  GLUCONEOGENESIS, RUBISCO SHUNT, GLYCOLYSIS I\r\nCOMMENTS  From Dennis\r\n//\r\nREACTION  ENO\r\nLEFT\t2-PHOSPHO-D-GLYCERATE\r\nRIGHT\tPHOSPHOENOLPYRUVATE + H2O\r\nLEFT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nRIGHT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nENZYME_LEVEL\t1.0\r\nPATHWAY  GLUCONEOGENESIS, RUBISCO SHUNT, GLYCOLYSIS I\r\nCOMMENTS  From Dennis\r\n//\r\n# Pentose Phosphate reactions (oxidative branch):\r\nREACTION GND\r\nLEFT  NADPH + D-RIBULOSE-5-PHOSPHATE + CO2\r\nRIGHT NADP+ + 6-PHOSPHO-D-GLUCONATE\r\nLEFT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nRIGHT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nPATHWAY PENTOSE PHOSPHATE PATHWAY\r\nENZYME_LEVEL\t0.0\r\n//\r\nREACTION  PGL\r\nLEFT  6-PHOSPHO-D-GLUCONATE\r\nRIGHT D-Glucono-1,5-lactone_6-phosphate + H2O\r\nLEFT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nRIGHT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nCOMMENT From Dennis\r\nPATHWAY PENTOSE PHOSPHATE PATHWAY\r\nENZYME_LEVEL\t0.0\r\n//\r\nREACTION HEX1\r\nLEFT\tBETA-D-GLUCOSE + ATP\r\nRIGHT\tBETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE + ADP\r\nLEFT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nRIGHT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nNREGULATION ATP 2.80e-03 10\r\nENZYME_LEVEL\t1.0\r\nPATHWAY\tGLUCONEOGENESIS, (GLYCOLYSIS-YEAST), GLYCOLYSIS\r\nCOMMENTS  From Dennis\r\n//\r\nREACTION PGI\r\nLEFT\tBETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE\r\nRIGHT\tD-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE\r\nLEFT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nRIGHT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nENZYME_LEVEL\t1.0\r\nPATHWAY\tGLUCONEOGENESIS, (GLYCOLYSIS-YEAST), GLYCOLYSIS\r\nCOMMENTS  From Dennis\r\n//\r\n# Gluconeogenesis reactions :\r\nREACTION  G6PDH2r\r\nLEFT\tBETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE + NADP+\r\nRIGHT\tD-Glucono-1,5-lactone_6-phosphate + NADPH\r\nLEFT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nRIGHT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nENZYME_LEVEL\t0.0\r\nCOMMENT  From Dennis\r\nPATHWAY GLUCONEOGENESIS\r\n//\r\n# Glycolysis reactions :\r\nREACTION  PFK\r\nLEFT \tD-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE + ATP\r\nRIGHT\tADP + D-FRUCTOSE_1,6-BISPHOSPHATE\r\nLEFT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nRIGHT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nNREGULATION ATP 2.80e-03 10\r\nENZYME_LEVEL\t1.0\r\nPATHWAY GLYCOLYSIS\r\nCOMMENT From Equilibrator\r\n//\r\nREACTION PYRt2m\r\nLEFT\tPYRUVATE\r\nRIGHT\tPYRUVATE\r\nDGZERO\t-5.94\r\nCOMMENT -5.94\r\nDGZERO-UNITS\tKJ/MOL\r\nLEFT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nRIGHT_COMPARTMENT MITOCHONDRIAL_MATRIX\r\nENZYME_LEVEL\t1.0\r\nCOMMENT PYRUVATE TRANSPORT INTO MITOCHONDRIA - Assuming free energy difference = \\Delta -RT \\Delta pH = -RT log 10\r\n//\r\n# Acetyl CoA synthesis\r\nREACTION PDHm\r\nLEFT\tCOA + NAD+ + PYRUVATE\r\nRIGHT\tACETYL-COA + CO2 + NADH\r\nLEFT_COMPARTMENT  MITOCHONDRIAL_MATRIX\r\nRIGHT_COMPARTMENT MITOCHONDRIAL_MATRIX\r\nENZYME_LEVEL\t1.0\r\nNREGULATION ACETYL-COA 1.00e-03 20\r\nPATHWAY ACETYL COA BIOSYNTHESIS\r\nCOMMENT PYRUVATE DEHYDROGENASE SUMMARY REACTION\r\n//\r\nREACTION ICL\r\nLEFT isocitrate\r\nRIGHT\tglyoxylate + succinate\r\nLEFT_COMPARTMENT GLYOXYSOME\r\nRIGHT_COMPARTMENT GLYOXYSOME\r\nENZYME_LEVEL\t0.0\r\nPATHWAY glyoxylate shunt\r\nCOMMENT \r\n//\r\nREACTION MAS\r\nLEFT acetyl-CoA + glyoxylate + H2O  \r\nRIGHT\t(S)-MALATE + COA\r\nLEFT_COMPARTMENT GLYOXYSOME\r\nRIGHT_COMPARTMENT GLYOXYSOME\r\nENZYME_LEVEL\t0.0\r\nPATHWAY glyoxylate shunt\r\nCOMMENT \r\n//\r\nREACTION PYRDC\r\nLEFT pyruvate \r\nRIGHT acetaldehyde + CO2\r\nLEFT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nRIGHT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nENZYME_LEVEL\t0.0\r\nPATHWAY fermentation\r\nCOMMENT \r\n//\r\nREACTION ALDD2y\r\nLEFT acetaldehyde + NADP+ + H2O\r\nRIGHT acetate + NADPH\r\nLEFT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nRIGHT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nENZYME_LEVEL\t0.0\r\nPATHWAY fermentation\r\nCOMMENT \r\n//\r\nREACTION ALCD2X_copy1\r\nLEFT acetaldehyde + NADH \r\nRIGHT ethanol + NAD+\r\nLEFT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nRIGHT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nENZYME_LEVEL\t0.0\r\nPATHWAY fermentation\r\nCOMMENT \r\n//\r\nREACTION LactateDehydrogenase\r\nLEFT pyruvate + NADH\r\nRIGHT lactate + NAD+\r\nLEFT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nRIGHT_COMPARTMENT CYTOSOL\r\nENZYME_LEVEL\t0.0\r\nPATHWAY fermentation\r\nCOMMENT \r\n//\r\nREACTION Mitochondrial complex I/NADH ubiquinone oxidoredectase\r\nLEFT NADH:MITOCHONDRIAL_MATRIX + ubiquinone-6:MITOCHONDRIAL_MEMBRANE \r\nRIGHT NAD+:MITOCHONDRIAL_MATRIX + ubiquinol-6:MITOCHONDRIAL_MEMBRANE \r\nENZYME_LEVEL\t0.0\r\nPATHWAY \r\nCOMMENT transfers protons and electron to ubiqunone\r\n//\r\nREACTION Mitochondrial complex III\r\nLEFT ubiquinol-6 + 2 ferricytochrome_c\r\nRIGHT ubiQUINONE-6 + 2 ferrocytochrome_c\r\nLEFT_COMPARTMENT Mitochondrial_Membrane\r\nRIGHT_COMPARTMENT Mitochondrial_Membrane\r\nENZYME_LEVEL\t0.0\r\nPATHWAY \r\n//\r\nREACTION Mitochondrial complex IV\r\nLEFT 4 ferrocytochrome_c:mitochondrial_membrane + oxygen:mitochondrial_matrix\r\nRIGHT 4 ferricytochrome_c:mitochondrial_membrane + 2 H2O:mitochondrial_matrix\r\nENZYME_LEVEL\t0.0\r\nPATHWAY \r\nCOMMENT transfers protons and electron to ubiqunone\r\n//\r\n",
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  65.       "source": "fdat = open('neurospora_aerobic_respiration3.dat', 'r')\nleft ='LEFT'\nright = 'RIGHT'\nleft_compartment = 'LEFT_COMPARTMENT'\nright_compartment = 'RIGHT_COMPARTMENT'\nenzyme_level = 'ENZYME_LEVEL'\ndeltag0 = 'DGZERO'\ndeltag0_sigma = 'DGZERO StdDev'\nsame_compartment = 'Same Compartment?'\nfull_rxn = 'Full Rxn'\n\nreactions = pd.DataFrame(index=[],columns=[left, right, left_compartment, right_compartment, enzyme_level, deltag0, deltag0_sigma, same_compartment,full_rxn])\nreactions.index.name='REACTION'\nS_matrix = pd.DataFrame(index=[],columns=[enzyme_level])\nS_matrix.index.name='REACTION'\n\nfor line in fdat:\n    if (line.startswith('REACTION ')):\n        rxn_name = line[9:-1].lstrip()\n        S_matrix.loc[rxn_name,enzyme_level] = 1.0\n        reactions.loc[rxn_name,enzyme_level] = 1.0\n\n    if (re.match(\"^LEFT\\s\",line)):\n        line = line.upper()\n        left_rxn = line[4:-1].lstrip()\n        left_rxn = re.sub(r'\\s+$', '', left_rxn) #Remove trailing white space\n        reactions.loc[rxn_name,left] = left_rxn\n\n    elif (re.match('^RIGHT\\s',line)):\n        line = line.upper()\n        right_rxn = line[5:-1].lstrip()\n        right_rxn = re.sub(r'\\s+$', '', right_rxn) #Remove trailing white space\n        reactions.loc[rxn_name,right] = right_rxn\n        \n    elif (line.startswith(left_compartment)):\n        cpt_name = line[16:-1].lstrip()\n        reactions.loc[rxn_name,left_compartment] = cpt_name\n        reactants = re.split(' \\+ ',left_rxn)\n        for idx in reactants:\n            values = re.split(' ', idx);\n            if len(values) == 2:\n                stoichiometry = np.float64(values[0]);\n                molecule = values[1];\n                if not re.search(':',molecule):\n                    molecule = molecule + ':' + cpt_name\n            else:\n                stoichiometry = np.float64(-1.0);\n                molecule = values[0]; \n                if not re.search(':',molecule):\n                    molecule = molecule + ':' + cpt_name\n            S_matrix.loc[rxn_name,molecule] = stoichiometry;\n\n\n    elif (line.startswith(right_compartment)):\n        cpt_name = line[17:-1].lstrip()\n        reactions.loc[rxn_name,right_compartment] = cpt_name\n        products = re.split(' \\+ ',right_rxn)\n        for idx in products:\n            values = re.split(' ', idx);\n            if len(values) == 2:\n                stoichiometry = np.float64(values[0]);\n                molecule = values[1];\n                if not re.search(':',molecule):\n                    molecule = molecule + ':' + cpt_name\n            else:\n                stoichiometry = np.float64(1.0);\n                molecule = values[0];\n                if not re.search(':',molecule):\n                    molecule = molecule + ':' + cpt_name\n            S_matrix.loc[rxn_name,molecule] = stoichiometry;\n\n    elif (re.match(\"^ENZYME_LEVEL\\s\", line)):\n        level = line[12:-1].lstrip()\n        reactions.loc[rxn_name,enzyme_level] = float(level)\n        S_matrix.loc[rxn_name,enzyme_level] = float(level)\n                \n    elif re.match('^COMMENT',line):\n        continue\n    elif re.match(r'//',line):\n        continue\n    elif re.match('^#',line):\n        continue\n        \n#    elif (re.match(\"^[N,P]REGULATION\\s\", line)):\n#        reg = line\n#        reactions.loc[rxn_name,regulation] = reg\nfdat.close()\nS_matrix.fillna(0,inplace=True)\nS_active = S_matrix[S_matrix[enzyme_level] > 0.0]\nactive_reactions = reactions[reactions[enzyme_level] > 0.0]\ndel S_active[enzyme_level]\n# Delete any columns/metabolites that have all zeros in the S matrix:\nS_active = S_active.loc[:, (S_active != 0).any(axis=0)]\nnp.shape(S_active.values)\ndisplay(S_active.shape)\ndisplay(S_active)\nreactions[full_rxn] = reactions[left] + ' = ' + reactions[right]",
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 2-OXOGLUTARATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX  \\\nREACTION                                        \nCSm                                       0.0   \nACONTm                                    0.0   \nICDHxm                                    1.0   \nAKGDm                                    -1.0   \nSUCOASm                                   0.0   \nSUCD1m                                    0.0   \nFUMm                                      0.0   \nMDHm                                      0.0   \nGAPD                                      0.0   \nPGK                                       0.0   \nTPI                                       0.0   \nFBA                                       0.0   \nPYK                                       0.0   \nPGM                                       0.0   \nENO                                       0.0   \nHEX1                                      0.0   \nPGI                                       0.0   \nPFK                                       0.0   \nPYRt2m   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                      0.0                       0.0   \nFBA                                     0.0                       0.0   \nPYK                                     0.0                       0.0   \nPGM                                     0.0                       0.0   \nENO                                     0.0                       0.0   \nHEX1                                    0.0                       0.0   \nPGI                                     0.0                       0.0   \nPFK                                     0.0                       0.0   \nPYRt2m                                  0.0                       0.0   \nPDHm                                    0.0                       0.0   \n\n          ORTHOPHOSPHATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX  SUCCINATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX  \\\nREACTION                                                                        \nCSm                                       0.0                             0.0   \nACONTm                                    0.0                             0.0   \nICDHxm                                    0.0                             0.0   \nAKGDm                                     0.0                             0.0   \nSUCOASm                                  -1.0                             1.0   \nSUCD1m                                    0.0                            -1.0   \nFUMm                                      0.0                             0.0   \nMDHm                                      0.0                             0.0   \nGAPD                                      0.0                             0.0   \nPGK                                       0.0                             0.0   \nTPI                                       0.0                             0.0   \nFBA                                       0.0                             0.0   \nPYK                                       0.0                             0.0   \nPGM                                       0.0                             0.0   \nENO                                       0.0                             0.0   \nHEX1                                      0.0                             0.0   \nPGI                                       0.0                             0.0   \nPFK                                       0.0                             0.0   \nPYRt2m                                    0.0                             0.0   \nPDHm                                      0.0                             0.0   \n\n          ATP:MITOCHONDRIAL_MATRIX  OXYGEN:MITOCHONDRIAL_MATRIX  \\\nREACTION                                                          \nCSm                            0.0                          0.0   \nACONTm                         0.0                          0.0   \nICDHxm                         0.0                          0.0   \nAKGDm                          0.0                          0.0   \nSUCOASm                        1.0                          0.0   \nSUCD1m                         0.0                         -1.0   \nFUMm                           0.0                          0.0   \nMDHm                           0.0                          0.0   \nGAPD                           0.0                          0.0   \nPGK                            0.0                          0.0   \nTPI                            0.0                          0.0   \nFBA                            0.0                          0.0   \nPYK                            0.0                          0.0   \nPGM                            0.0                          0.0   \nENO                            0.0                          0.0   \nHEX1                           0.0                          0.0   \nPGI                            0.0                          0.0   \nPFK                            0.0                          0.0   \nPYRt2m                         0.0                          0.0   \nPDHm                           0.0                          0.0   \n\n          FUMARATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX  D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE:CYTOSOL  \\\nREACTION                                                                        \nCSm                                 0.0                                   0.0   \nACONTm                              0.0                                   0.0   \nICDHxm                              0.0                                   0.0   \nAKGDm                               0.0                                   0.0   \nSUCOASm                             0.0                                   0.0   \nSUCD1m                              1.0                                   0.0   \nFUMm                               -1.0                                   0.0   \nMDHm                                0.0                                   0.0   \nGAPD                                0.0                                  -1.0   \nPGK                                 0.0                                   0.0   \nTPI                                 0.0                                   1.0   \nFBA                                 0.0                                   1.0   \nPYK                                 0.0                                   0.0   \nPGM                                 0.0                                   0.0   \nENO                                 0.0                                   0.0   \nHEX1                                0.0                                   0.0   \nPGI                                 0.0                                   0.0   \nPFK                                 0.0                                   0.0   \nPYRt2m                              0.0                                   0.0   \nPDHm                                0.0                                   0.0   \n\n          ORTHOPHOSPHATE:CYTOSOL  NAD+:CYTOSOL  \\\nREACTION                                         \nCSm                          0.0           0.0   \nACONTm   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 3-PHOSPHO-D-GLYCEROYL_PHOSPHATE:CYTOSOL  NADH:CYTOSOL  ADP:CYTOSOL  \\\nREACTION                                                                       \nCSm                                           0.0           0.0          0.0   \nACONTm                                        0.0           0.0          0.0   \nICDHxm                                        0.0           0.0          0.0   \nAKGDm                                         0.0           0.0          0.0   \nSUCOASm                                       0.0           0.0          0.0   \nSUCD1m                                        0.0           0.0          0.0   \nFUMm                                          0.0           0.0          0.0   \nMDHm                                          0.0           0.0          0.0   \nGAPD                                          1.0           1.0          0.0   \nPGK                                          -1.0           0.0         -1.0   \nTPI                                 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  \nICDHxm                              0.0          0.0   \nAKGDm                               0.0          0.0   \nSUCOASm                             0.0          0.0   \nSUCD1m                              0.0          0.0   \nFUMm                                0.0          0.0   \nMDHm                                0.0          0.0   \nGAPD                                0.0          0.0   \nPGK                                 1.0          1.0   \nTPI                                 0.0          0.0   \nFBA                                 0.0          0.0   \nPYK                                 0.0          1.0   \nPGM                                -1.0          0.0   \nENO                                 0.0          0.0   \nHEX1                                0.0         -1.0   \nPGI                                 0.0          0.0   \nPFK                                 0.0         -1.0   \nPYRt2m                              0.0          0.0   \nPDHm                                0.0          0.0   \n\n          GLYCERONE_PHOSPHATE:CYTOSOL  PHOSPHOENOLPYRUVATE:CYTOSOL  \\\nREACTION                                                             \nCSm                               0.0                          0.0   \nACONTm                            0.0                          0.0   \nICDHxm                            0.0                          0.0   \nAKGDm                             0.0                          0.0   \nSUCOASm                           0.0                          0.0   \nSUCD1m                            0.0                          0.0   \nFUMm                              0.0                          0.0   \nMDHm                              0.0                          0.0   \nGAPD                              0.0                          0.0   \nPGK                               0.0                          0.0   \nTPI                              -1.0                          0.0   \nFBA                               1.0                          0.0   \nPYK                               0.0                         -1.0   \nPGM                               0.0                          0.0   \nENO                               0.0                          1.0   \nHEX1                              0.0                          0.0   \nPGI                               0.0                          0.0   \nPFK                               0.0                          0.0   \nPYRt2m                            0.0                          0.0   \nPDHm                              0.0                          0.0   \n\n          H2O:CYTOSOL  D-FRUCTOSE_1,6-BISPHOSPHATE:CYTOSOL  \\\nREACTION                                                     \nCSm               0.0                                  0.0   \nACONTm            0.0                                  0.0   \nICDHxm            0.0                                  0.0   \nAKGDm             0.0                                  0.0   \nSUCOASm           0.0                                  0.0   \nSUCD1m            0.0                                  0.0   \nFUMm              0.0                                  0.0   \nMDHm              0.0                                  0.0   \nGAPD              0.0                                  0.0   \nPGK               0.0                                  0.0   \nTPI               0.0                                  0.0   \nFBA               0.0                                 -1.0   \nPYK               0.0                                  0.0   \nPGM               0.0                                  0.0   \nENO               1.0                                  0.0   \nHEX1              0.0                                  0.0   \nPGI               0.0                                  0.0   \nPFK               0.0                                  1.0   \nPYRt2m            0.0                                  0.0   \nPDHm              0.0                                  0.0   \n\n          D-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE:CYTOSOL  PYRUVATE:CYTOSOL  \\\nREACTION                                                     \nCSm                                  0.0               0.0   \nACONTm                               0.0               0.0   \nICDHxm                               0.0               0.0   \nAKGDm                                0.0               0.0   \nSUCOASm                              0.0               0.0   \nSUCD1m                               0.0               0.0   \nFUMm                                 0.0               0.0   \nMDHm                                 0.0               0.0   \nGAPD                                 0.0               0.0   \nPGK                                  0.0               0.0   \nTPI                                  0.0               0.0   \nFBA                                  0.0               0.0   \nPYK                                  0.0               1.0   \nPGM                                  0.0               0.0   \nENO                                  0.0               0.0   \nHEX1                                 0.0               0.0   \nPGI                                  1.0               0.0   \nPFK                                 -1.0               0.0   \nPYRt2m                               0.0              -1.0   \nPDHm                                 0.0               0.0   \n\n          2-PHOSPHO-D-GLYCERATE:CYTOSOL  BETA-D-GLUCOSE:CYTOSOL  \\\nREACTION                                                          \nCSm                                 0.0                     0.0   \nACONTm                              0.0                     0.0   \nICDHxm                              0.0                     0.0   \nAKGDm                               0.0                     0.0   \nSUCOASm                             0.0                     0.0   \nSUCD1m                              0.0                     0.0   \nFUMm                                0.0                     0.0   \nMDHm                                0.0                     0.0   \nGAPD                                0.0                     0.0   \nPGK                                 0.0                     0.0   \nTPI                                 0.0                     0.0   \nFBA                                 0.0                     0.0   \nPYK                                 0.0                     0.0   \nPGM                                 1.0                     0.0   \nENO                                -1.0                     0.0   \nHEX1                                0.0                    -1.0   \nPGI                                 0.0                     0.0   \nPFK                                 0.0                     0.0   \nPYRt2m                              0.0                     0.0   \nPDHm                                0.0                     0.0   \n\n          BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE:CYTOSOL  \nREACTION                                      \nCSm                                      0.0  \nACONTm                                   0.0  \nICDHxm                                   0.0  \nAKGDm                                    0.0  \nSUCOASm                                  0.0  \nSUCD1m                                   0.0  \nFUMm                                     0.0  \nMDHm                                     0.0  \nGAPD                                     0.0  \nPGK                                      0.0  \nTPI                                      0.0  \nFBA                                      0.0  \nPYK                                      0.0  \nPGM                                      0.0  \nENO                                      0.0  \nHEX1                                     1.0  \nPGI                                     -1.0  \nPFK                                      0.0  \nPYRt2m                                   0.0  \nPDHm                                     0.0  ",
  79.             "text/html": "<div>\n<style scoped>\n    .dataframe tbody tr th:only-of-type {\n        vertical-align: middle;\n    }\n\n    .dataframe tbody tr th {\n        vertical-align: top;\n    }\n\n    .dataframe thead th {\n        text-align: right;\n    }\n</style>\n<table border=\"1\" class=\"dataframe\">\n  <thead>\n    <tr style=\"text-align: right;\">\n      <th></th>\n      <th>(S)-MALATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX</th>\n      <th>NAD+:MITOCHONDRIAL_MATRIX</th>\n      <th>PYRUVATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX</th>\n      <th>NADH:MITOCHONDRIAL_MATRIX</th>\n      <th>CO2:MITOCHONDRIAL_MATRIX</th>\n      <th>OXALOACETATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX</th>\n      <th>ACETYL-COA:MITOCHONDRIAL_MATRIX</th>\n      <th>H2O:MITOCHONDRIAL_MATRIX</th>\n      <th>CITRATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX</th>\n      <th>COA:MITOCHONDRIAL_MATRIX</th>\n      <th>ISOCITRATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX</th>\n      <th>2-OXOGLUTARATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX</th>\n      <th>SUCCINYL-COA:MITOCHONDRIAL_MATRIX</th>\n      <th>ADP:MITOCHONDRIAL_MATRIX</th>\n      <th>ORTHOPHOSPHATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX</th>\n      <th>SUCCINATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX</th>\n      <th>ATP:MITOCHONDRIAL_MATRIX</th>\n      <th>OXYGEN:MITOCHONDRIAL_MATRIX</th>\n      <th>FUMARATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX</th>\n      <th>D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE:CYTOSOL</th>\n      <th>ORTHOPHOSPHATE:CYTOSOL</th>\n      <th>NAD+:CYTOSOL</th>\n      <th>3-PHOSPHO-D-GLYCEROYL_PHOSPHATE:CYTOSOL</th>\n      <th>NADH:CYTOSOL</th>\n      <th>ADP:CYTOSOL</th>\n      <th>3-PHOSPHO-D-GLYCERATE:CYTOSOL</th>\n      <th>ATP:CYTOSOL</th>\n      <th>GLYCERONE_PHOSPHATE:CYTOSOL</th>\n      <th>PHOSPHOENOLPYRUVATE:CYTOSOL</th>\n      <th>H2O:CYTOSOL</th>\n      <th>D-FRUCTOSE_1,6-BISPHOSPHATE:CYTOSOL</th>\n      <th>D-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE:CYTOSOL</th>\n      <th>PYRUVATE:CYTOSOL</th>\n      <th>2-PHOSPHO-D-GLYCERATE:CYTOSOL</th>\n      <th>BETA-D-GLUCOSE:CYTOSOL</th>\n      <th>BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE:CYTOSOL</th>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>REACTION</th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n    </tr>\n  </thead>\n  <tbody>\n    <tr>\n      <th>CSm</th>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>ACONTm</th>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>ICDHxm</th>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>AKGDm</th>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>SUCOASm</th>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>SUCD1m</th>\n      <td>0.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>2.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>FUMm</th>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>MDHm</th>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>GAPD</th>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>PGK</th>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>TPI</th>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>FBA</th>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>PYK</th>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>PGM</th>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>ENO</th>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>HEX1</th>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>1.0</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>PGI</th>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>PFK</th>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>PYRt2m</th>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>PDHm</th>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n     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  97.             "text/plain": "                                                                                                 LEFT  \\\nREACTION                                                                                                \nME1m                                                                                (S)-MALATE + NAD+   \nME2m                                                                               (S)-MALATE + NADP+   \nCSm                                                                   OXALOACETATE + ACETYL-COA + H2O   \nACONTm                                                                                        CITRATE   \nICDHxm                                                                              ISOCITRATE + NAD+   \nAKGDm                                                                     2-OXOGLUTARATE + COA + NAD+   \nSUCOASm                                                           SUCCINYL-COA + ADP + ORTHOPHOSPHATE   \nSUCD1m                                                 SUCCINATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX + OXYGEN + NADH   \nFUMm                                                                                   FUMARATE + H2O   \nMDHm                                                                                (S)-MALATE + NAD+   \nGAPD                                                D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE + ORTHOPHOSPHATE ...   \nPGK                                                             3-PHOSPHO-D-GLYCEROYL_PHOSPHATE + ADP   \nTPI                                                                               GLYCERONE_PHOSPHATE   \nMDH                                                                                 (S)-MALATE + NAD+   \nPEP_Carboxylase                                                         OXALOACETATE + ORTHOPHOSPHATE   \nPPCK                                                                               OXALOACETATE + ATP   \nFBA                                                                       D-FRUCTOSE_1,6-BISPHOSPHATE   \nFBP                                                           D-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE + ORTHOPHOSPHATE   \nTKT2                                                D-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE + D-GLYCERALDEHYDE-3-PH...   \nRPE                                                                            D-XYLULOSE-5-PHOSPHATE   \nXylulokinase                                                                         D-XYLULOSE + ATP   \nPYK_org                                                                     ADP + PHOSPHOENOLPYRUVATE   \nPYK                                                                         ADP + PHOSPHOENOLPYRUVATE   \nRPI                                                                              D-RIBOSE-5-PHOSPHATE   \nTKT1                                                SEDOHEPTULOSE_7-PHOSPHATE + D-GLYCERALDEHYDE-3...   \nTALA                                                D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE + SEDOHEPTULOSE_7...   \nPGM                                                                             3-PHOSPHO-D-GLYCERATE   \nENO                                                                             2-PHOSPHO-D-GLYCERATE   \nGND                                                              NADPH + D-RIBULOSE-5-PHOSPHATE + CO2   \nPGL                                                                             6-PHOSPHO-D-GLUCONATE   \nHEX1                                                                             BETA-D-GLUCOSE + ATP   \nPGI                                                                        BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE   \nG6PDH2r                                                            BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE + NADP+   \nPFK                                                                      D-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE + ATP   \nPYRt2m                                                                                       PYRUVATE   \nPDHm                                                                            COA + NAD+ + PYRUVATE   \nICL                                                                                        ISOCITRATE   \nMAS                                                                     ACETYL-COA + GLYOXYLATE + H2O   \nPYRDC                                                                                        PYRUVATE   \nALDD2y                                                                     ACETALDEHYDE + NADP+ + H2O   \nALCD2X_copy1                                                                      ACETALDEHYDE + NADH   \nLactateDehydrogenase                                                                  PYRUVATE + NADH   \nMitochondrial complex I/NADH ubiquinone oxidore...  NADH:MITOCHONDRIAL_MATRIX + UBIQUINONE-6:MITOC...   \nMitochondrial complex III                                           UBIQUINOL-6 + 2 FERRICYTOCHROME_C   \nMitochondrial complex IV                            4 FERROCYTOCHROME_C:MITOCHONDRIAL_MEMBRANE + O...   \n\n                                                                                                RIGHT  \\\nREACTION                                                                                                \nME1m                                                                            PYRUVATE + NADH + CO2   \nME2m                                                                           PYRUVATE + NADPH + CO2   \nCSm                                                                                     CITRATE + COA   \nACONTm                                                                                     ISOCITRATE   \nICDHxm                                                                    2-OXOGLUTARATE + NADH + CO2   \nAKGDm                                                                       SUCCINYL-COA + CO2 + NADH   \nSUCOASm                                                                         SUCCINATE + ATP + COA   \nSUCD1m                                                   FUMARATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX + 2 H2O + NAD+   \nFUMm                                                                                       (S)-MALATE   \nMDHm                                                                              OXALOACETATE + NADH   \nGAPD                                                           3-PHOSPHO-D-GLYCEROYL_PHOSPHATE + NADH   \nPGK                                                                       3-PHOSPHO-D-GLYCERATE + ATP   \nTPI                                                                      D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE   \nMDH                                                                               OXALOACETATE + NADH   \nPEP_Carboxylase                                                       PHOSPHOENOLPYRUVATE + CO2 + H2O   \nPPCK                                                                  PHOSPHOENOLPYRUVATE + ADP + CO2   \nFBA                                                 GLYCERONE_PHOSPHATE + D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSP...   \nFBP                                                                 H2O + D-FRUCTOSE_1,6-BISPHOSPHATE   \nTKT2                                                 D-ERYTHROSE-4-PHOSPHATE + D-XYLULOSE-5-PHOSPHATE   \nRPE                                                                            D-RIBULOSE-5-PHOSPHATE   \nXylulokinase                                                             D-XYLULOSE-5-PHOSPHATE + ADP   \nPYK_org                                                                                PYRUVATE + ATP   \nPYK                                                                                    PYRUVATE + ATP   \nRPI                                                                            D-RIBULOSE-5-PHOSPHATE   \nTKT1                                                    D-RIBOSE-5-PHOSPHATE + D-XYLULOSE-5-PHOSPHATE   \nTALA                                                 D-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE + D-ERYTHROSE-4-PHOSPHATE   \nPGM                                                                             2-PHOSPHO-D-GLYCERATE   \nENO                                                                         PHOSPHOENOLPYRUVATE + H2O   \nGND                                                                     NADP+ + 6-PHOSPHO-D-GLUCONATE   \nPGL                                                           D-GLUCONO-1,5-LACTONE_6-PHOSPHATE + H2O   \nHEX1                                                                 BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE + ADP   \nPGI                                                                            D-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE   \nG6PDH2r                                                     D-GLUCONO-1,5-LACTONE_6-PHOSPHATE + NADPH   \nPFK                                                                 ADP + D-FRUCTOSE_1,6-BISPHOSPHATE   \nPYRt2m                                                                                       PYRUVATE   \nPDHm                                                                          ACETYL-COA + CO2 + NADH   \nICL                                                                            GLYOXYLATE + SUCCINATE   \nMAS                                                                                  (S)-MALATE + COA   \nPYRDC                                                                              ACETALDEHYDE + CO2   \nALDD2y                                                                                ACETATE + NADPH   \nALCD2X_copy1                                                                           ETHANOL + NAD+   \nLactateDehydrogenase                                                                   LACTATE + NAD+   \nMitochondrial complex I/NADH ubiquinone oxidore...  NAD+:MITOCHONDRIAL_MATRIX + UBIQUINOL-6:MITOCH...   \nMitochondrial complex III                                          UBIQUINONE-6 + 2 FERROCYTOCHROME_C   \nMitochondrial complex IV                            4 FERRICYTOCHROME_C:MITOCHONDRIAL_MEMBRANE + 2...   \n\n                                                          LEFT_COMPARTMENT  \\\nREACTION                                                                     \nME1m                                                  MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nME2m                                                  MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nCSm                                                   MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nACONTm                                                MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nICDHxm                                                MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nAKGDm                                                 MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nSUCOASm                                               MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nSUCD1m                                               :MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nFUMm                                                  MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nMDHm                                                  MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nGAPD                                                               CYTOSOL   \nPGK                                                                CYTOSOL   \nTPI                                                                CYTOSOL   \nMDH                                                                CYTOSOL   \nPEP_Carboxylase                                                    CYTOSOL   \nPPCK                                                               CYTOSOL   \nFBA                                                                CYTOSOL   \nFBP                                                                CYTOSOL   \nTKT2                                                               CYTOSOL   \nRPE                                                                CYTOSOL   \nXylulokinase                                                       CYTOSOL   \nPYK_org                                                            CYTOSOL   \nPYK                                                                CYTOSOL   \nRPI                                                                CYTOSOL   \nTKT1                                                               CYTOSOL   \nTALA                                                               CYTOSOL   \nPGM                                                                CYTOSOL   \nENO                                                                CYTOSOL   \nGND                                                                CYTOSOL   \nPGL                                                                CYTOSOL   \nHEX1                                                               CYTOSOL   \nPGI                                                                CYTOSOL   \nG6PDH2r                                                            CYTOSOL   \nPFK                                                                CYTOSOL   \nPYRt2m                                                             CYTOSOL   \nPDHm                                                  MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nICL                                                             GLYOXYSOME   \nMAS                                                             GLYOXYSOME   \nPYRDC                                                              CYTOSOL   \nALDD2y                                                             CYTOSOL   \nALCD2X_copy1                                                       CYTOSOL   \nLactateDehydrogenase                                               CYTOSOL   \nMitochondrial complex I/NADH ubiquinone oxidore...                     NaN   \nMitochondrial complex III                           Mitochondrial_Membrane   \nMitochondrial complex IV                                               NaN   \n\n                                                         RIGHT_COMPARTMENT  \\\nREACTION                                                                     \nME1m                                                  MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nME2m                                                  MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nCSm                                                   MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nACONTm                                                MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nICDHxm                                                MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nAKGDm                                                 MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nSUCOASm                                               MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nSUCD1m                                               :MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nFUMm                                                  MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nMDHm                                                  MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nGAPD                                                               CYTOSOL   \nPGK                                                                CYTOSOL   \nTPI                                                                CYTOSOL   \nMDH                                                                CYTOSOL   \nPEP_Carboxylase                                                    CYTOSOL   \nPPCK                                                               CYTOSOL   \nFBA                                                                CYTOSOL   \nFBP                                                                CYTOSOL   \nTKT2                                                               CYTOSOL   \nRPE                                                                CYTOSOL   \nXylulokinase                                                       CYTOSOL   \nPYK_org                                                            CYTOSOL   \nPYK                                                                CYTOSOL   \nRPI                                                                CYTOSOL   \nTKT1                                                               CYTOSOL   \nTALA                                                               CYTOSOL   \nPGM                                                                CYTOSOL   \nENO                                                                CYTOSOL   \nGND                                                                CYTOSOL   \nPGL                                                                CYTOSOL   \nHEX1                                                               CYTOSOL   \nPGI                                                                CYTOSOL   \nG6PDH2r                                                            CYTOSOL   \nPFK                                                                CYTOSOL   \nPYRt2m                                                MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nPDHm                                                  MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nICL                                                             GLYOXYSOME   \nMAS                                                             GLYOXYSOME   \nPYRDC                                                              CYTOSOL   \nALDD2y                                                             CYTOSOL   \nALCD2X_copy1                                                       CYTOSOL   \nLactateDehydrogenase                                               CYTOSOL   \nMitochondrial complex I/NADH ubiquinone oxidore...                     NaN   \nMitochondrial complex III                           Mitochondrial_Membrane   \nMitochondrial complex IV                                               NaN   \n\n                                                   ENZYME_LEVEL DGZERO  \\\nREACTION                                                                 \nME1m                                                          0    NaN   \nME2m                                                          0    NaN   \nCSm                                                           1    NaN   \nACONTm                                                        1    NaN   \nICDHxm                                                        1    NaN   \nAKGDm                                                         1    NaN   \nSUCOASm                                                       1    NaN   \nSUCD1m                                                        1    NaN   \nFUMm                                                          1    NaN   \nMDHm                                                          1    NaN   \nGAPD                                                          1    NaN   \nPGK                                                           1    NaN   \nTPI                                                           1    NaN   \nMDH                                                           0    NaN   \nPEP_Carboxylase                                               0    NaN   \nPPCK                                                          0    NaN   \nFBA                                                           1    NaN   \nFBP                                                           0    NaN   \nTKT2                                                          0    NaN   \nRPE                                                           0    NaN   \nXylulokinase                                                  0    NaN   \nPYK_org                                                       0    NaN   \nPYK                                                           1    NaN   \nRPI                                                           0    NaN   \nTKT1                                                          0    NaN   \nTALA                                                          0    NaN   \nPGM                                                           1    NaN   \nENO                                                           1    NaN   \nGND                                                           0    NaN   \nPGL                                                           0    NaN   \nHEX1                                                          1    NaN   \nPGI                                                           1    NaN   \nG6PDH2r                                                       0    NaN   \nPFK                                                           1    NaN   \nPYRt2m                                                        1    NaN   \nPDHm                                                          1    NaN   \nICL                                                           0    NaN   \nMAS                                                           0    NaN   \nPYRDC                                                         0    NaN   \nALDD2y                                                        0    NaN   \nALCD2X_copy1                                                  0    NaN   \nLactateDehydrogenase                                          0    NaN   \nMitochondrial complex I/NADH ubiquinone oxidore...            0    NaN   \nMitochondrial complex III                                     0    NaN   \nMitochondrial complex IV                                      0    NaN   \n\n                                                   DGZERO StdDev  \\\nREACTION                                                           \nME1m                                                         NaN   \nME2m                                                         NaN   \nCSm                                                          NaN   \nACONTm                                                       NaN   \nICDHxm                                                       NaN   \nAKGDm                                                        NaN   \nSUCOASm                                                      NaN   \nSUCD1m                                                       NaN   \nFUMm                                                         NaN   \nMDHm                                                         NaN   \nGAPD                                                         NaN   \nPGK                                                          NaN   \nTPI                                                          NaN   \nMDH                                                          NaN   \nPEP_Carboxylase                                              NaN   \nPPCK                                                         NaN   \nFBA                                                          NaN   \nFBP                                                          NaN   \nTKT2                                                         NaN   \nRPE                                                          NaN   \nXylulokinase                                                 NaN   \nPYK_org                                                      NaN   \nPYK                                                          NaN   \nRPI                                                          NaN   \nTKT1                                                         NaN   \nTALA                                                         NaN   \nPGM                                                          NaN   \nENO                                                          NaN   \nGND                                                          NaN   \nPGL                                                          NaN   \nHEX1                                                         NaN   \nPGI                                                          NaN   \nG6PDH2r                                                      NaN   \nPFK                                                          NaN   \nPYRt2m                                                       NaN   \nPDHm                                                         NaN   \nICL                                                          NaN   \nMAS                                                          NaN   \nPYRDC                                                        NaN   \nALDD2y                                                       NaN   \nALCD2X_copy1                                                 NaN   \nLactateDehydrogenase                                         NaN   \nMitochondrial complex I/NADH ubiquinone oxidore...           NaN   \nMitochondrial complex III                                    NaN   \nMitochondrial complex IV                                     NaN   \n\n                                                   Same Compartment?  \\\nREACTION                                                               \nME1m                                                            True   \nME2m                                                            True   \nCSm                                                             True   \nACONTm                                                          True   \nICDHxm                                                          True   \nAKGDm                                                           True   \nSUCOASm                                                         True   \nSUCD1m                                                          True   \nFUMm                                                            True   \nMDHm                                                            True   \nGAPD                                                            True   \nPGK                                                             True   \nTPI                                                             True   \nMDH                                                             True   \nPEP_Carboxylase                                                 True   \nPPCK                                                            True   \nFBA                                                             True   \nFBP                                                             True   \nTKT2                                                            True   \nRPE                                                             True   \nXylulokinase                                                    True   \nPYK_org                                                         True   \nPYK                                                             True   \nRPI                                                             True   \nTKT1                                                            True   \nTALA                                                            True   \nPGM                                                             True   \nENO                                                             True   \nGND                                                             True   \nPGL                                                             True   \nHEX1                                                            True   \nPGI                                                             True   \nG6PDH2r                                                         True   \nPFK                                                             True   \nPYRt2m                                                         False   \nPDHm                                                            True   \nICL                                                             True   \nMAS                                                             True   \nPYRDC                                                           True   \nALDD2y                                                          True   \nALCD2X_copy1                                                    True   \nLactateDehydrogenase                                            True   \nMitochondrial complex I/NADH ubiquinone oxidore...             False   \nMitochondrial complex III                                       True   \nMitochondrial complex IV                                       False   \n\n                                                                                             Full Rxn  \nREACTION                                                                                               \nME1m                                                        (S)-MALATE + NAD+ = PYRUVATE + NADH + CO2  \nME2m                                                      (S)-MALATE + NADP+ = PYRUVATE + NADPH + CO2  \nCSm                                                   OXALOACETATE + ACETYL-COA + H2O = CITRATE + COA  \nACONTm                                                                           CITRATE = ISOCITRATE  \nICDHxm                                                ISOCITRATE + NAD+ = 2-OXOGLUTARATE + NADH + CO2  \nAKGDm                                               2-OXOGLUTARATE + COA + NAD+ = SUCCINYL-COA + C...  \nSUCOASm                                             SUCCINYL-COA + ADP + ORTHOPHOSPHATE = SUCCINAT...  \nSUCD1m                                              SUCCINATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX + OXYGEN + NADH...  \nFUMm                                                                      FUMARATE + H2O = (S)-MALATE  \nMDHm                                                          (S)-MALATE + NAD+ = OXALOACETATE + NADH  \nGAPD                                                D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE + ORTHOPHOSPHATE ...  \nPGK                                                 3-PHOSPHO-D-GLYCEROYL_PHOSPHATE + ADP = 3-PHOS...  \nTPI                                                 GLYCERONE_PHOSPHATE = D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSP...  \nMDH                                                           (S)-MALATE + NAD+ = OXALOACETATE + NADH  \nPEP_Carboxylase                                     OXALOACETATE + ORTHOPHOSPHATE = PHOSPHOENOLPYR...  \nPPCK                                                OXALOACETATE + ATP = PHOSPHOENOLPYRUVATE + ADP...  \nFBA                                                 D-FRUCTOSE_1,6-BISPHOSPHATE = GLYCERONE_PHOSPH...  \nFBP                                                 D-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE + ORTHOPHOSPHATE = H2O ...  \nTKT2                                                D-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE + D-GLYCERALDEHYDE-3-PH...  \nRPE                                                   D-XYLULOSE-5-PHOSPHATE = D-RIBULOSE-5-PHOSPHATE  \nXylulokinase                                          D-XYLULOSE + ATP = D-XYLULOSE-5-PHOSPHATE + ADP  \nPYK_org                                                    ADP + PHOSPHOENOLPYRUVATE = PYRUVATE + ATP  \nPYK                                                        ADP + PHOSPHOENOLPYRUVATE = PYRUVATE + ATP  \nRPI                                                     D-RIBOSE-5-PHOSPHATE = D-RIBULOSE-5-PHOSPHATE  \nTKT1                                                SEDOHEPTULOSE_7-PHOSPHATE + D-GLYCERALDEHYDE-3...  \nTALA                                                D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE + SEDOHEPTULOSE_7...  \nPGM                                                     3-PHOSPHO-D-GLYCERATE = 2-PHOSPHO-D-GLYCERATE  \nENO                                                 2-PHOSPHO-D-GLYCERATE = PHOSPHOENOLPYRUVATE + H2O  \nGND                                                 NADPH + D-RIBULOSE-5-PHOSPHATE + CO2 = NADP+ +...  \nPGL                                                 6-PHOSPHO-D-GLUCONATE = D-GLUCONO-1,5-LACTONE_...  \nHEX1                                                BETA-D-GLUCOSE + ATP = BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPH...  \nPGI                                                 BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE = D-FRUCTOSE_6-PHOS...  \nG6PDH2r                                             BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE + NADP+ = D-GLUCONO...  \nPFK                                                 D-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE + ATP = ADP + D-FRUCTOS...  \nPYRt2m                                                                            PYRUVATE = PYRUVATE  \nPDHm                                                  COA + NAD+ + PYRUVATE = ACETYL-COA + CO2 + NADH  \nICL                                                               ISOCITRATE = GLYOXYLATE + SUCCINATE  \nMAS                                                  ACETYL-COA + GLYOXYLATE + H2O = (S)-MALATE + COA  \nPYRDC                                                                   PYRUVATE = ACETALDEHYDE + CO2  \nALDD2y                                                   ACETALDEHYDE + NADP+ + H2O = ACETATE + NADPH  \nALCD2X_copy1                                                     ACETALDEHYDE + NADH = ETHANOL + NAD+  \nLactateDehydrogenase                                                 PYRUVATE + NADH = LACTATE + NAD+  \nMitochondrial complex I/NADH ubiquinone oxidore...  NADH:MITOCHONDRIAL_MATRIX + UBIQUINONE-6:MITOC...  \nMitochondrial complex III                           UBIQUINOL-6 + 2 FERRICYTOCHROME_C = UBIQUINONE...  \nMitochondrial complex IV                            4 FERROCYTOCHROME_C:MITOCHONDRIAL_MEMBRANE + O...  ",
  98.             "text/html": "<div>\n<style scoped>\n    .dataframe tbody tr th:only-of-type {\n        vertical-align: middle;\n    }\n\n    .dataframe tbody tr th {\n        vertical-align: top;\n    }\n\n    .dataframe thead th {\n        text-align: right;\n    }\n</style>\n<table border=\"1\" class=\"dataframe\">\n  <thead>\n    <tr style=\"text-align: right;\">\n      <th></th>\n      <th>LEFT</th>\n      <th>RIGHT</th>\n      <th>LEFT_COMPARTMENT</th>\n      <th>RIGHT_COMPARTMENT</th>\n      <th>ENZYME_LEVEL</th>\n      <th>DGZERO</th>\n      <th>DGZERO StdDev</th>\n      <th>Same Compartment?</th>\n      <th>Full Rxn</th>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>REACTION</th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n    </tr>\n  </thead>\n  <tbody>\n    <tr>\n      <th>ME1m</th>\n      <td>(S)-MALATE + NAD+</td>\n      <td>PYRUVATE + NADH + CO2</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>0</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>True</td>\n      <td>(S)-MALATE + NAD+ = PYRUVATE + NADH + CO2</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>ME2m</th>\n      <td>(S)-MALATE + NADP+</td>\n      <td>PYRUVATE + NADPH + CO2</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>0</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>True</td>\n      <td>(S)-MALATE + NADP+ = PYRUVATE + NADPH + CO2</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>CSm</th>\n      <td>OXALOACETATE + ACETYL-COA + H2O</td>\n      <td>CITRATE + COA</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>1</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>True</td>\n      <td>OXALOACETATE + ACETYL-COA + H2O = CITRATE + COA</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>ACONTm</th>\n      <td>CITRATE</td>\n      <td>ISOCITRATE</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>1</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>True</td>\n      <td>CITRATE = ISOCITRATE</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>ICDHxm</th>\n      <td>ISOCITRATE + NAD+</td>\n      <td>2-OXOGLUTARATE + NADH + CO2</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>1</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>True</td>\n      <td>ISOCITRATE + NAD+ = 2-OXOGLUTARATE + NADH + CO2</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>AKGDm</th>\n      <td>2-OXOGLUTARATE + COA + NAD+</td>\n      <td>SUCCINYL-COA + CO2 + NADH</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>1</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>True</td>\n      <td>2-OXOGLUTARATE + COA + NAD+ = SUCCINYL-COA + C...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>SUCOASm</th>\n      <td>SUCCINYL-COA + ADP + ORTHOPHOSPHATE</td>\n      <td>SUCCINATE + ATP + COA</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>1</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>True</td>\n      <td>SUCCINYL-COA + ADP + ORTHOPHOSPHATE = SUCCINAT...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>SUCD1m</th>\n      <td>SUCCINATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX + OXYGEN + NADH</td>\n      <td>FUMARATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX + 2 H2O + NAD+</td>\n      <td>:MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>:MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>1</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>True</td>\n      <td>SUCCINATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX + OXYGEN + NADH...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>FUMm</th>\n      <td>FUMARATE + H2O</td>\n      <td>(S)-MALATE</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>1</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>True</td>\n      <td>FUMARATE + H2O = (S)-MALATE</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>MDHm</th>\n      <td>(S)-MALATE + NAD+</td>\n      <td>OXALOACETATE + NADH</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>1</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>True</td>\n      <td>(S)-MALATE + NAD+ = OXALOACETATE + NADH</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>GAPD</th>\n      <td>D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE + ORTHOPHOSPHATE ...</td>\n      <td>3-PHOSPHO-D-GLYCEROYL_PHOSPHATE + NADH</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>1</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>True</td>\n      <td>D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE + ORTHOPHOSPHATE ...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>PGK</th>\n      <td>3-PHOSPHO-D-GLYCEROYL_PHOSPHATE + ADP</td>\n      <td>3-PHOSPHO-D-GLYCERATE + ATP</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>1</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>True</td>\n      <td>3-PHOSPHO-D-GLYCEROYL_PHOSPHATE + ADP = 3-PHOS...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>TPI</th>\n      <td>GLYCERONE_PHOSPHATE</td>\n      <td>D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>1</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>True</td>\n      <td>GLYCERONE_PHOSPHATE = D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSP...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>MDH</th>\n      <td>(S)-MALATE + NAD+</td>\n      <td>OXALOACETATE + NADH</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>0</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>True</td>\n      <td>(S)-MALATE + NAD+ = OXALOACETATE + NADH</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>PEP_Carboxylase</th>\n      <td>OXALOACETATE + ORTHOPHOSPHATE</td>\n      <td>PHOSPHOENOLPYRUVATE + CO2 + H2O</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>0</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>True</td>\n      <td>OXALOACETATE + ORTHOPHOSPHATE = PHOSPHOENOLPYR...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>PPCK</th>\n      <td>OXALOACETATE + ATP</td>\n      <td>PHOSPHOENOLPYRUVATE + ADP + CO2</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>0</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>True</td>\n      <td>OXALOACETATE + ATP = PHOSPHOENOLPYRUVATE + ADP...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>FBA</th>\n      <td>D-FRUCTOSE_1,6-BISPHOSPHATE</td>\n      <td>GLYCERONE_PHOSPHATE + D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSP...</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>1</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>True</td>\n      <td>D-FRUCTOSE_1,6-BISPHOSPHATE = GLYCERONE_PHOSPH...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>FBP</th>\n      <td>D-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE + ORTHOPHOSPHATE</td>\n      <td>H2O + D-FRUCTOSE_1,6-BISPHOSPHATE</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>0</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>True</td>\n      <td>D-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE + ORTHOPHOSPHATE = H2O ...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>TKT2</th>\n      <td>D-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE + D-GLYCERALDEHYDE-3-PH...</td>\n      <td>D-ERYTHROSE-4-PHOSPHATE + D-XYLULOSE-5-PHOSPHATE</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>0</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>True</td>\n      <td>D-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE + D-GLYCERALDEHYDE-3-PH...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>RPE</th>\n      <td>D-XYLULOSE-5-PHOSPHATE</td>\n      <td>D-RIBULOSE-5-PHOSPHATE</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>0</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>True</td>\n      <td>D-XYLULOSE-5-PHOSPHATE = D-RIBULOSE-5-PHOSPHATE</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>Xylulokinase</th>\n      <td>D-XYLULOSE + ATP</td>\n      <td>D-XYLULOSE-5-PHOSPHATE + ADP</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>0</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>True</td>\n      <td>D-XYLULOSE + ATP = D-XYLULOSE-5-PHOSPHATE + ADP</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>PYK_org</th>\n      <td>ADP + PHOSPHOENOLPYRUVATE</td>\n      <td>PYRUVATE + ATP</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>0</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>True</td>\n      <td>ADP + PHOSPHOENOLPYRUVATE = PYRUVATE + ATP</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>PYK</th>\n      <td>ADP + PHOSPHOENOLPYRUVATE</td>\n      <td>PYRUVATE + ATP</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>1</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>True</td>\n      <td>ADP + PHOSPHOENOLPYRUVATE = PYRUVATE + ATP</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>RPI</th>\n      <td>D-RIBOSE-5-PHOSPHATE</td>\n      <td>D-RIBULOSE-5-PHOSPHATE</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>0</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>True</td>\n      <td>D-RIBOSE-5-PHOSPHATE = D-RIBULOSE-5-PHOSPHATE</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>TKT1</th>\n      <td>SEDOHEPTULOSE_7-PHOSPHATE + D-GLYCERALDEHYDE-3...</td>\n      <td>D-RIBOSE-5-PHOSPHATE + D-XYLULOSE-5-PHOSPHATE</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>0</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>True</td>\n      <td>SEDOHEPTULOSE_7-PHOSPHATE + D-GLYCERALDEHYDE-3...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>TALA</th>\n      <td>D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE + SEDOHEPTULOSE_7...</td>\n      <td>D-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE + D-ERYTHROSE-4-PHOSPHATE</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>0</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>True</td>\n      <td>D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE + SEDOHEPTULOSE_7...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>PGM</th>\n      <td>3-PHOSPHO-D-GLYCERATE</td>\n      <td>2-PHOSPHO-D-GLYCERATE</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>1</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>True</td>\n      <td>3-PHOSPHO-D-GLYCERATE = 2-PHOSPHO-D-GLYCERATE</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>ENO</th>\n      <td>2-PHOSPHO-D-GLYCERATE</td>\n      <td>PHOSPHOENOLPYRUVATE + H2O</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>1</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>True</td>\n      <td>2-PHOSPHO-D-GLYCERATE = PHOSPHOENOLPYRUVATE + H2O</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>GND</th>\n      <td>NADPH + D-RIBULOSE-5-PHOSPHATE + CO2</td>\n      <td>NADP+ + 6-PHOSPHO-D-GLUCONATE</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>0</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>True</td>\n      <td>NADPH + D-RIBULOSE-5-PHOSPHATE + CO2 = NADP+ +...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>PGL</th>\n      <td>6-PHOSPHO-D-GLUCONATE</td>\n      <td>D-GLUCONO-1,5-LACTONE_6-PHOSPHATE + H2O</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>0</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>True</td>\n      <td>6-PHOSPHO-D-GLUCONATE = D-GLUCONO-1,5-LACTONE_...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>HEX1</th>\n      <td>BETA-D-GLUCOSE + ATP</td>\n      <td>BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE + ADP</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>1</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>True</td>\n      <td>BETA-D-GLUCOSE + ATP = BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPH...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>PGI</th>\n      <td>BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE</td>\n      <td>D-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>1</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>True</td>\n      <td>BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE = D-FRUCTOSE_6-PHOS...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>G6PDH2r</th>\n      <td>BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE + NADP+</td>\n      <td>D-GLUCONO-1,5-LACTONE_6-PHOSPHATE + NADPH</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>0</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>True</td>\n      <td>BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE + NADP+ = D-GLUCONO...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>PFK</th>\n      <td>D-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE + ATP</td>\n      <td>ADP + D-FRUCTOSE_1,6-BISPHOSPHATE</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>1</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>True</td>\n      <td>D-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE + ATP = ADP + D-FRUCTOS...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>PYRt2m</th>\n      <td>PYRUVATE</td>\n      <td>PYRUVATE</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>1</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>False</td>\n      <td>PYRUVATE = PYRUVATE</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>PDHm</th>\n      <td>COA + NAD+ + PYRUVATE</td>\n      <td>ACETYL-COA + CO2 + NADH</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>1</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>True</td>\n      <td>COA + NAD+ + PYRUVATE = ACETYL-COA + CO2 + NADH</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>ICL</th>\n      <td>ISOCITRATE</td>\n      <td>GLYOXYLATE + SUCCINATE</td>\n      <td>GLYOXYSOME</td>\n      <td>GLYOXYSOME</td>\n      <td>0</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>True</td>\n      <td>ISOCITRATE = GLYOXYLATE + SUCCINATE</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>MAS</th>\n      <td>ACETYL-COA + GLYOXYLATE + H2O</td>\n      <td>(S)-MALATE + COA</td>\n      <td>GLYOXYSOME</td>\n      <td>GLYOXYSOME</td>\n      <td>0</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>True</td>\n      <td>ACETYL-COA + GLYOXYLATE + H2O = (S)-MALATE + COA</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>PYRDC</th>\n      <td>PYRUVATE</td>\n      <td>ACETALDEHYDE + CO2</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>0</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>True</td>\n      <td>PYRUVATE = ACETALDEHYDE + CO2</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>ALDD2y</th>\n      <td>ACETALDEHYDE + NADP+ + H2O</td>\n      <td>ACETATE + NADPH</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>0</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>True</td>\n      <td>ACETALDEHYDE + NADP+ + H2O = ACETATE + NADPH</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>ALCD2X_copy1</th>\n      <td>ACETALDEHYDE + NADH</td>\n      <td>ETHANOL + NAD+</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>0</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>True</td>\n      <td>ACETALDEHYDE + NADH = ETHANOL + NAD+</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>LactateDehydrogenase</th>\n      <td>PYRUVATE + NADH</td>\n      <td>LACTATE + NAD+</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>0</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>True</td>\n      <td>PYRUVATE + NADH = LACTATE + NAD+</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>Mitochondrial complex I/NADH ubiquinone oxidoredectase</th>\n      <td>NADH:MITOCHONDRIAL_MATRIX + UBIQUINONE-6:MITOC...</td>\n      <td>NAD+:MITOCHONDRIAL_MATRIX + UBIQUINOL-6:MITOCH...</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>0</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>False</td>\n      <td>NADH:MITOCHONDRIAL_MATRIX + UBIQUINONE-6:MITOC...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>Mitochondrial complex III</th>\n      <td>UBIQUINOL-6 + 2 FERRICYTOCHROME_C</td>\n      <td>UBIQUINONE-6 + 2 FERROCYTOCHROME_C</td>\n      <td>Mitochondrial_Membrane</td>\n      <td>Mitochondrial_Membrane</td>\n      <td>0</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>True</td>\n      <td>UBIQUINOL-6 + 2 FERRICYTOCHROME_C = UBIQUINONE...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>Mitochondrial complex IV</th>\n      <td>4 FERROCYTOCHROME_C:MITOCHONDRIAL_MEMBRANE + O...</td>\n      <td>4 FERRICYTOCHROME_C:MITOCHONDRIAL_MEMBRANE + 2...</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>0</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>False</td>\n      <td>4 FERROCYTOCHROME_C:MITOCHONDRIAL_MEMBRANE + O...</td>\n    </tr>\n  </tbody>\n</table>\n</div>"
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                                            SUCCINATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX + OXYGEN + NADH   \nFUMm                                                                                   FUMARATE + H2O   \nMDHm                                                                                (S)-MALATE + NAD+   \nGAPD                                                D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE + ORTHOPHOSPHATE ...   \nPGK                                                             3-PHOSPHO-D-GLYCEROYL_PHOSPHATE + ADP   \nTPI                                                                               GLYCERONE_PHOSPHATE   \nMDH                                                                                 (S)-MALATE + NAD+   \nPEP_Carboxylase                                                         OXALOACETATE + ORTHOPHOSPHATE   \nPPCK                                                                               OXALOACETATE + ATP   \nFBA                                                                       D-FRUCTOSE_1,6-BISPHOSPHATE   \nFBP                                                           D-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE + ORTHOPHOSPHATE   \nTKT2                                                D-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE + D-GLYCERALDEHYDE-3-PH...   \nRPE                                                                            D-XYLULOSE-5-PHOSPHATE   \nXylulokinase                                                                         D-XYLULOSE + ATP   \nPYK_org                                                                     ADP + PHOSPHOENOLPYRUVATE   \nPYK                                                                         ADP + PHOSPHOENOLPYRUVATE   \nRPI                                                                              D-RIBOSE-5-PHOSPHATE   \nTKT1                                                SEDOHEPTULOSE_7-PHOSPHATE + D-GLYCERALDEHYDE-3...   \nTALA                                                D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE + SEDOHEPTULOSE_7...   \nPGM                                                                             3-PHOSPHO-D-GLYCERATE   \nENO                                                                             2-PHOSPHO-D-GLYCERATE   \nGND                                                              NADPH + D-RIBULOSE-5-PHOSPHATE + CO2   \nPGL                                                                             6-PHOSPHO-D-GLUCONATE   \nHEX1                                                                             BETA-D-GLUCOSE + ATP   \nPGI                                                                        BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE   \nG6PDH2r                                                            BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE + NADP+   \nPFK                                                                      D-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE + ATP   \nPYRt2m                                                                                       PYRUVATE   \nPDHm                                                                            COA + NAD+ + PYRUVATE   \nICL                                                                                        ISOCITRATE   \nMAS                                                                     ACETYL-COA + GLYOXYLATE + H2O   \nPYRDC                                                                                        PYRUVATE   \nALDD2y                                                                     ACETALDEHYDE + NADP+ + H2O   \nALCD2X_copy1                                                                      ACETALDEHYDE + NADH   \nLactateDehydrogenase                                                                  PYRUVATE + NADH   \nMitochondrial complex I/NADH ubiquinone oxidore...  NADH:MITOCHONDRIAL_MATRIX + UBIQUINONE-6:MITOC...   \nMitochondrial complex III                                           UBIQUINOL-6 + 2 FERRICYTOCHROME_C   \nMitochondrial complex IV                            4 FERROCYTOCHROME_C:MITOCHONDRIAL_MEMBRANE + O...   \n\n                                                                                                RIGHT  \\\nREACTION                                                                                                \nME1m                                                                            PYRUVATE + NADH + CO2   \nME2m                                                                           PYRUVATE + NADPH + CO2   \nCSm                                                                                     CITRATE + COA   \nACONTm                                                                                     ISOCITRATE   \nICDHxm                                                                    2-OXOGLUTARATE + NADH + CO2   \nAKGDm                                                                       SUCCINYL-COA + CO2 + NADH   \nSUCOASm                                                                         SUCCINATE + ATP + COA   \nSUCD1m                                                   FUMARATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX + 2 H2O + NAD+   \nFUMm                                                                                       (S)-MALATE   \nMDHm                                                                              OXALOACETATE + NADH   \nGAPD                                                           3-PHOSPHO-D-GLYCEROYL_PHOSPHATE + NADH   \nPGK                                                                       3-PHOSPHO-D-GLYCERATE + ATP   \nTPI                                                                      D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE   \nMDH                                                                               OXALOACETATE + NADH   \nPEP_Carboxylase                                                       PHOSPHOENOLPYRUVATE + CO2 + H2O   \nPPCK                                                                  PHOSPHOENOLPYRUVATE + ADP + CO2   \nFBA                                                 GLYCERONE_PHOSPHATE + D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSP...   \nFBP                                                                 H2O + D-FRUCTOSE_1,6-BISPHOSPHATE   \nTKT2                                                 D-ERYTHROSE-4-PHOSPHATE + D-XYLULOSE-5-PHOSPHATE   \nRPE                                                                            D-RIBULOSE-5-PHOSPHATE   \nXylulokinase                                                             D-XYLULOSE-5-PHOSPHATE + ADP   \nPYK_org                                                                                PYRUVATE + ATP   \nPYK                                                                                    PYRUVATE + ATP   \nRPI                                                                            D-RIBULOSE-5-PHOSPHATE   \nTKT1                                                    D-RIBOSE-5-PHOSPHATE + D-XYLULOSE-5-PHOSPHATE   \nTALA                                                 D-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE + D-ERYTHROSE-4-PHOSPHATE   \nPGM                                                                             2-PHOSPHO-D-GLYCERATE   \nENO                                                                         PHOSPHOENOLPYRUVATE + H2O   \nGND                                                                     NADP+ + 6-PHOSPHO-D-GLUCONATE   \nPGL                                                           D-GLUCONO-1,5-LACTONE_6-PHOSPHATE + H2O   \nHEX1                                                                 BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE + ADP   \nPGI                                                                            D-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE   \nG6PDH2r                                                     D-GLUCONO-1,5-LACTONE_6-PHOSPHATE + NADPH   \nPFK                                                                 ADP + D-FRUCTOSE_1,6-BISPHOSPHATE   \nPYRt2m                                                                                       PYRUVATE   \nPDHm                                                                          ACETYL-COA + CO2 + NADH   \nICL                                                                            GLYOXYLATE + SUCCINATE   \nMAS                                                                                  (S)-MALATE + COA   \nPYRDC                                                                              ACETALDEHYDE + CO2   \nALDD2y                                                                                ACETATE + NADPH   \nALCD2X_copy1                                                                           ETHANOL + NAD+   \nLactateDehydrogenase                                                                   LACTATE + NAD+   \nMitochondrial complex I/NADH ubiquinone oxidore...  NAD+:MITOCHONDRIAL_MATRIX + UBIQUINOL-6:MITOCH...   \nMitochondrial complex III                                          UBIQUINONE-6 + 2 FERROCYTOCHROME_C   \nMitochondrial complex IV                            4 FERRICYTOCHROME_C:MITOCHONDRIAL_MEMBRANE + 2...   \n\n                                                          LEFT_COMPARTMENT  \\\nREACTION                                                                     \nME1m                                                  MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nME2m                                                  MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nCSm                                                   MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nACONTm                                                MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nICDHxm                                                MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nAKGDm                                                 MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nSUCOASm                                               MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nSUCD1m                                               :MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nFUMm                                                  MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nMDHm                                                  MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nGAPD                                                               CYTOSOL   \nPGK                                                                CYTOSOL   \nTPI                                                                CYTOSOL   \nMDH                                                                CYTOSOL   \nPEP_Carboxylase                                                    CYTOSOL   \nPPCK                                                               CYTOSOL   \nFBA                                                                CYTOSOL   \nFBP                                                                CYTOSOL   \nTKT2                                                               CYTOSOL   \nRPE                                                                CYTOSOL   \nXylulokinase                                                       CYTOSOL   \nPYK_org                                                            CYTOSOL   \nPYK                                                                CYTOSOL   \nRPI                                                                CYTOSOL   \nTKT1                                                               CYTOSOL   \nTALA                                                               CYTOSOL   \nPGM                                                                CYTOSOL   \nENO                                                                CYTOSOL   \nGND                                                                CYTOSOL   \nPGL                                                                CYTOSOL   \nHEX1                                                               CYTOSOL   \nPGI                                                                CYTOSOL   \nG6PDH2r                                                            CYTOSOL   \nPFK                                                                CYTOSOL   \nPYRt2m                                                             CYTOSOL   \nPDHm                                                  MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nICL                                                             GLYOXYSOME   \nMAS                                                             GLYOXYSOME   \nPYRDC                                                              CYTOSOL   \nALDD2y                                                             CYTOSOL   \nALCD2X_copy1                                                       CYTOSOL   \nLactateDehydrogenase                                               CYTOSOL   \nMitochondrial complex I/NADH ubiquinone oxidore...                     NaN   \nMitochondrial complex III                           Mitochondrial_Membrane   \nMitochondrial complex IV                                               NaN   \n\n                                                         RIGHT_COMPARTMENT  \\\nREACTION                                                                     \nME1m                                                  MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nME2m                                                  MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nCSm                                                   MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nACONTm                                                MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nICDHxm                                                MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nAKGDm                                                 MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nSUCOASm                                               MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nSUCD1m                                               :MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nFUMm                                                  MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nMDHm                                                  MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nGAPD                                                               CYTOSOL   \nPGK                                                                CYTOSOL   \nTPI                                                                CYTOSOL   \nMDH                                                                CYTOSOL   \nPEP_Carboxylase                                                    CYTOSOL   \nPPCK                                                               CYTOSOL   \nFBA                                                                CYTOSOL   \nFBP                                                                CYTOSOL   \nTKT2                                                               CYTOSOL   \nRPE                                                                CYTOSOL   \nXylulokinase                                                       CYTOSOL   \nPYK_org                                                            CYTOSOL   \nPYK                                                                CYTOSOL   \nRPI                                                                CYTOSOL   \nTKT1                                                               CYTOSOL   \nTALA                                                               CYTOSOL   \nPGM                                                                CYTOSOL   \nENO                                                                CYTOSOL   \nGND                                                                CYTOSOL   \nPGL                                                                CYTOSOL   \nHEX1                                                               CYTOSOL   \nPGI                                                                CYTOSOL   \nG6PDH2r                                                            CYTOSOL   \nPFK                                                                CYTOSOL   \nPYRt2m                                                MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nPDHm                                                  MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nICL                                                             GLYOXYSOME   \nMAS                                                             GLYOXYSOME   \nPYRDC                                                              CYTOSOL   \nALDD2y                                                             CYTOSOL   \nALCD2X_copy1                                                       CYTOSOL   \nLactateDehydrogenase                                               CYTOSOL   \nMitochondrial complex I/NADH ubiquinone oxidore...                     NaN   \nMitochondrial complex III                           Mitochondrial_Membrane   \nMitochondrial complex IV                                               NaN   \n\n                                                   ENZYME_LEVEL    DGZERO  \\\nREACTION                                                                    \nME1m                                                          0   4.56353   \nME2m                                                          0   5.21174   \nCSm                                                           1  -35.1166   \nACONTm                                                        1   7.62949   \nICDHxm                                                        1    -2.872   \nAKGDm                                                         1  -36.3549   \nSUCOASm                                                       1   1.92448   \nSUCD1m                                                        1  -380.023   \nFUMm                                                          1  -3.44873   \nMDHm                                                          1   29.9942   \nGAPD                                                          1   6.68673   \nPGK                                                           1  -18.4733   \nTPI                                                           1   5.48642   \nMDH                                                           0   29.9942   \nPEP_Carboxylase                                               0   28.2337   \nPPCK                                                          0   2.10596   \nFBA                                                           1   20.5096   \nFBP                                                           0   10.6728   \nTKT2                                                          0   10.0094   \nRPE                                                           0      3.37   \nXylulokinase                                                  0  -23.0181   \nPYK_org                                                       0  -27.5366   \nPYK                                                           1  -27.5366   \nRPI                                                           0   1.94759   \nTKT1                                                          0   3.79253   \nTALA                                                          0 -0.728767   \nPGM                                                           1   4.19953   \nENO                                                           1  -4.08222   \nGND                                                           0   -2.5528   \nPGL                                                           0   21.4202   \nHEX1                                                          1  -17.0578   \nPGI                                                           1   2.52401   \nG6PDH2r                                                       0   -2.9946   \nPFK                                                           1  -15.4549   \nPYRt2m                                                        1  -5.70769   \nPDHm                                                          1  -43.9219   \nICL                                                           0    8.9806   \nMAS                                                           0  -33.0524   \nPYRDC                                                         0  -26.5847   \nALDD2y                                                        0  -46.8416   \nALCD2X_copy1                                                  0  -21.3437   \nLactateDehydrogenase                                          0  -27.1344   \nMitochondrial complex I/NADH ubiquinone oxidore...            0  -118.696   \nMitochondrial complex III                                     0   54.7291   \nMitochondrial complex IV                                      0   -314.91   \n\n                                                   DGZERO StdDev  \\\nREACTION                                                           \nME1m                                                     7.60174   \nME2m                                                     7.61042   \nCSm                                                     0.930552   \nACONTm                                                  0.733847   \nICDHxm                                                   7.62095   \nAKGDm                                                    7.97121   \nSUCOASm                                                  1.48197   \nSUCD1m                                                    7.8098   \nFUMm                                                    0.607693   \nMDHm                                                    0.422376   \nGAPD                                                    0.895659   \nPGK                                                     0.889982   \nTPI                                                     0.753116   \nMDH                                                     0.422376   \nPEP_Carboxylase                                          7.64087   \nPPCK                                                     7.63913   \nFBA                                                      0.87227   \nFBP                                                     0.818386   \nTKT2                                                     2.08682   \nRPE                                                      1.16485   \nXylulokinase                                             2.29158   \nPYK_org                                                 0.939774   \nPYK                                                     0.939774   \nRPI                                                      1.16321   \nTKT1                                                     2.16133   \nTALA                                                     1.62106   \nPGM                                                      0.65542   \nENO                                                     0.734193   \nGND                                                      7.60864   \nPGL                                                      2.62825   \nHEX1                                                    0.715237   \nPGI                                                     0.596775   \nG6PDH2r                                                  2.11855   \nPFK                                                     0.886629   \nPYRt2m                                                         0   \nPDHm                                                     7.66459   \nICL                                                      1.66465   \nMAS                                                      2.32814   \nPYRDC                                                    7.65275   \nALDD2y                                                   1.53234   \nALCD2X_copy1                                            0.590246   \nLactateDehydrogenase                                    0.546575   \nMitochondrial complex I/NADH ubiquinone oxidore...       6.11392   \nMitochondrial complex III                                 565685   \nMitochondrial complex IV                             1.13137e+06   \n\n                                                   Same Compartment?  \\\nREACTION                                                               \nME1m                                                            True   \nME2m                                                            True   \nCSm                                                             True   \nACONTm                                                          True   \nICDHxm                                                          True   \nAKGDm                                                           True   \nSUCOASm                                                         True   \nSUCD1m                                                          True   \nFUMm                                                            True   \nMDHm                                                            True   \nGAPD                                                            True   \nPGK                                                             True   \nTPI                                                             True   \nMDH                                                             True   \nPEP_Carboxylase                                                 True   \nPPCK                                                            True   \nFBA                                                             True   \nFBP                                                             True   \nTKT2                                                            True   \nRPE                                                             True   \nXylulokinase                                                    True   \nPYK_org                                                         True   \nPYK                                                             True   \nRPI                                                             True   \nTKT1                                                            True   \nTALA                                                            True   \nPGM                                                             True   \nENO                                                             True   \nGND                                                             True   \nPGL                                                             True   \nHEX1                                                            True   \nPGI                                                             True   \nG6PDH2r                                                         True   \nPFK                                                             True   \nPYRt2m                                                         False   \nPDHm                                                            True   \nICL                                                             True   \nMAS                                                             True   \nPYRDC                                                           True   \nALDD2y                                                          True   \nALCD2X_copy1                                                    True   \nLactateDehydrogenase                                            True   \nMitochondrial complex I/NADH ubiquinone oxidore...             False   \nMitochondrial complex III                                       True   \nMitochondrial complex IV                                       False   \n\n                                                                                             Full Rxn  \nREACTION                                                                                               \nME1m                                                        (S)-MALATE + NAD+ = PYRUVATE + NADH + CO2  \nME2m                                                      (S)-MALATE + NADP+ = PYRUVATE + NADPH + CO2  \nCSm                                                   OXALOACETATE + ACETYL-COA + H2O = CITRATE + COA  \nACONTm                                                                           CITRATE = ISOCITRATE  \nICDHxm                                                ISOCITRATE + NAD+ = 2-OXOGLUTARATE + NADH + CO2  \nAKGDm                                               2-OXOGLUTARATE + COA + NAD+ = SUCCINYL-COA + C...  \nSUCOASm                                             SUCCINYL-COA + ADP + ORTHOPHOSPHATE = SUCCINAT...  \nSUCD1m                                              SUCCINATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX + OXYGEN + NADH...  \nFUMm                                                                      FUMARATE + H2O = (S)-MALATE  \nMDHm                                                          (S)-MALATE + NAD+ = OXALOACETATE + NADH  \nGAPD                                                D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE + ORTHOPHOSPHATE ...  \nPGK                                                 3-PHOSPHO-D-GLYCEROYL_PHOSPHATE + ADP = 3-PHOS...  \nTPI                                                 GLYCERONE_PHOSPHATE = D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSP...  \nMDH                                                           (S)-MALATE + NAD+ = OXALOACETATE + NADH  \nPEP_Carboxylase                                     OXALOACETATE + ORTHOPHOSPHATE = PHOSPHOENOLPYR...  \nPPCK                                                OXALOACETATE + ATP = PHOSPHOENOLPYRUVATE + ADP...  \nFBA                                                 D-FRUCTOSE_1,6-BISPHOSPHATE = GLYCERONE_PHOSPH...  \nFBP                                                 D-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE + ORTHOPHOSPHATE = H2O ...  \nTKT2                                                D-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE + D-GLYCERALDEHYDE-3-PH...  \nRPE                                                   D-XYLULOSE-5-PHOSPHATE = D-RIBULOSE-5-PHOSPHATE  \nXylulokinase                                          D-XYLULOSE + ATP = D-XYLULOSE-5-PHOSPHATE + ADP  \nPYK_org                                                    ADP + PHOSPHOENOLPYRUVATE = PYRUVATE + ATP  \nPYK                                                        ADP + PHOSPHOENOLPYRUVATE = PYRUVATE + ATP  \nRPI                                                     D-RIBOSE-5-PHOSPHATE = D-RIBULOSE-5-PHOSPHATE  \nTKT1                                                SEDOHEPTULOSE_7-PHOSPHATE + D-GLYCERALDEHYDE-3...  \nTALA                                                D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE + SEDOHEPTULOSE_7...  \nPGM                                                     3-PHOSPHO-D-GLYCERATE = 2-PHOSPHO-D-GLYCERATE  \nENO                                                 2-PHOSPHO-D-GLYCERATE = PHOSPHOENOLPYRUVATE + H2O  \nGND                                                 NADPH + D-RIBULOSE-5-PHOSPHATE + CO2 = NADP+ +...  \nPGL                                                 6-PHOSPHO-D-GLUCONATE = D-GLUCONO-1,5-LACTONE_...  \nHEX1                                                BETA-D-GLUCOSE + ATP = BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPH...  \nPGI                                                 BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE = D-FRUCTOSE_6-PHOS...  \nG6PDH2r                                             BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE + NADP+ = D-GLUCONO...  \nPFK                                                 D-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE + ATP = ADP + D-FRUCTOS...  \nPYRt2m                                                                            PYRUVATE = PYRUVATE  \nPDHm                                                  COA + NAD+ + PYRUVATE = ACETYL-COA + CO2 + NADH  \nICL                                                               ISOCITRATE = GLYOXYLATE + SUCCINATE  \nMAS                                                  ACETYL-COA + GLYOXYLATE + H2O = (S)-MALATE + COA  \nPYRDC                                                                   PYRUVATE = ACETALDEHYDE + CO2  \nALDD2y                                                   ACETALDEHYDE + NADP+ + H2O = ACETATE + NADPH  \nALCD2X_copy1                                                     ACETALDEHYDE + NADH = ETHANOL + NAD+  \nLactateDehydrogenase                                                 PYRUVATE + NADH = LACTATE + NAD+  \nMitochondrial complex I/NADH ubiquinone oxidore...  NADH:MITOCHONDRIAL_MATRIX + UBIQUINONE-6:MITOC...  \nMitochondrial complex III                           UBIQUINOL-6 + 2 FERRICYTOCHROME_C = UBIQUINONE...  \nMitochondrial complex IV                            4 FERROCYTOCHROME_C:MITOCHONDRIAL_MEMBRANE + O...  ",
  997.             "text/html": "<div>\n<style scoped>\n    .dataframe tbody tr th:only-of-type {\n        vertical-align: middle;\n    }\n\n    .dataframe tbody tr th {\n        vertical-align: top;\n    }\n\n    .dataframe thead th {\n        text-align: right;\n    }\n</style>\n<table border=\"1\" class=\"dataframe\">\n  <thead>\n    <tr style=\"text-align: right;\">\n      <th></th>\n      <th>LEFT</th>\n      <th>RIGHT</th>\n      <th>LEFT_COMPARTMENT</th>\n      <th>RIGHT_COMPARTMENT</th>\n      <th>ENZYME_LEVEL</th>\n      <th>DGZERO</th>\n      <th>DGZERO StdDev</th>\n      <th>Same Compartment?</th>\n      <th>Full Rxn</th>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>REACTION</th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n    </tr>\n  </thead>\n  <tbody>\n    <tr>\n      <th>ME1m</th>\n      <td>(S)-MALATE + NAD+</td>\n      <td>PYRUVATE + NADH + CO2</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>0</td>\n      <td>4.56353</td>\n      <td>7.60174</td>\n      <td>True</td>\n      <td>(S)-MALATE + NAD+ = PYRUVATE + NADH + CO2</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>ME2m</th>\n      <td>(S)-MALATE + NADP+</td>\n      <td>PYRUVATE + NADPH + CO2</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>0</td>\n      <td>5.21174</td>\n      <td>7.61042</td>\n      <td>True</td>\n      <td>(S)-MALATE + NADP+ = PYRUVATE + NADPH + CO2</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>CSm</th>\n      <td>OXALOACETATE + ACETYL-COA + H2O</td>\n      <td>CITRATE + COA</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>1</td>\n      <td>-35.1166</td>\n      <td>0.930552</td>\n      <td>True</td>\n      <td>OXALOACETATE + ACETYL-COA + H2O = CITRATE + COA</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>ACONTm</th>\n      <td>CITRATE</td>\n      <td>ISOCITRATE</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>1</td>\n      <td>7.62949</td>\n      <td>0.733847</td>\n      <td>True</td>\n      <td>CITRATE = ISOCITRATE</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>ICDHxm</th>\n      <td>ISOCITRATE + NAD+</td>\n      <td>2-OXOGLUTARATE + NADH + CO2</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>1</td>\n      <td>-2.872</td>\n      <td>7.62095</td>\n      <td>True</td>\n      <td>ISOCITRATE + NAD+ = 2-OXOGLUTARATE + NADH + CO2</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>AKGDm</th>\n      <td>2-OXOGLUTARATE + COA + NAD+</td>\n      <td>SUCCINYL-COA + CO2 + NADH</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>1</td>\n      <td>-36.3549</td>\n      <td>7.97121</td>\n      <td>True</td>\n      <td>2-OXOGLUTARATE + COA + NAD+ = SUCCINYL-COA + C...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>SUCOASm</th>\n      <td>SUCCINYL-COA + ADP + ORTHOPHOSPHATE</td>\n      <td>SUCCINATE + ATP + COA</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>1</td>\n      <td>1.92448</td>\n      <td>1.48197</td>\n      <td>True</td>\n      <td>SUCCINYL-COA + ADP + ORTHOPHOSPHATE = SUCCINAT...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>SUCD1m</th>\n      <td>SUCCINATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX + OXYGEN + NADH</td>\n      <td>FUMARATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX + 2 H2O + NAD+</td>\n      <td>:MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>:MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>1</td>\n      <td>-380.023</td>\n      <td>7.8098</td>\n      <td>True</td>\n      <td>SUCCINATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX + OXYGEN + NADH...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>FUMm</th>\n      <td>FUMARATE + H2O</td>\n      <td>(S)-MALATE</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>1</td>\n      <td>-3.44873</td>\n      <td>0.607693</td>\n      <td>True</td>\n      <td>FUMARATE + H2O = (S)-MALATE</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>MDHm</th>\n      <td>(S)-MALATE + NAD+</td>\n      <td>OXALOACETATE + NADH</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>1</td>\n      <td>29.9942</td>\n      <td>0.422376</td>\n      <td>True</td>\n      <td>(S)-MALATE + NAD+ = OXALOACETATE + NADH</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>GAPD</th>\n      <td>D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE + ORTHOPHOSPHATE ...</td>\n      <td>3-PHOSPHO-D-GLYCEROYL_PHOSPHATE + NADH</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>1</td>\n      <td>6.68673</td>\n      <td>0.895659</td>\n      <td>True</td>\n      <td>D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE + ORTHOPHOSPHATE ...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>PGK</th>\n      <td>3-PHOSPHO-D-GLYCEROYL_PHOSPHATE + ADP</td>\n      <td>3-PHOSPHO-D-GLYCERATE + ATP</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>1</td>\n      <td>-18.4733</td>\n      <td>0.889982</td>\n      <td>True</td>\n      <td>3-PHOSPHO-D-GLYCEROYL_PHOSPHATE + ADP = 3-PHOS...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>TPI</th>\n      <td>GLYCERONE_PHOSPHATE</td>\n      <td>D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>1</td>\n      <td>5.48642</td>\n      <td>0.753116</td>\n      <td>True</td>\n      <td>GLYCERONE_PHOSPHATE = D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSP...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>MDH</th>\n      <td>(S)-MALATE + NAD+</td>\n      <td>OXALOACETATE + NADH</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>0</td>\n      <td>29.9942</td>\n      <td>0.422376</td>\n      <td>True</td>\n      <td>(S)-MALATE + NAD+ = OXALOACETATE + NADH</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>PEP_Carboxylase</th>\n      <td>OXALOACETATE + ORTHOPHOSPHATE</td>\n      <td>PHOSPHOENOLPYRUVATE + CO2 + H2O</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>0</td>\n      <td>28.2337</td>\n      <td>7.64087</td>\n      <td>True</td>\n      <td>OXALOACETATE + ORTHOPHOSPHATE = PHOSPHOENOLPYR...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>PPCK</th>\n      <td>OXALOACETATE + ATP</td>\n      <td>PHOSPHOENOLPYRUVATE + ADP + CO2</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>0</td>\n      <td>2.10596</td>\n      <td>7.63913</td>\n      <td>True</td>\n      <td>OXALOACETATE + ATP = PHOSPHOENOLPYRUVATE + ADP...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>FBA</th>\n      <td>D-FRUCTOSE_1,6-BISPHOSPHATE</td>\n      <td>GLYCERONE_PHOSPHATE + D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSP...</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>1</td>\n      <td>20.5096</td>\n      <td>0.87227</td>\n      <td>True</td>\n      <td>D-FRUCTOSE_1,6-BISPHOSPHATE = GLYCERONE_PHOSPH...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>FBP</th>\n      <td>D-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE + ORTHOPHOSPHATE</td>\n      <td>H2O + D-FRUCTOSE_1,6-BISPHOSPHATE</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>0</td>\n      <td>10.6728</td>\n      <td>0.818386</td>\n      <td>True</td>\n      <td>D-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE + ORTHOPHOSPHATE = H2O ...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>TKT2</th>\n      <td>D-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE + D-GLYCERALDEHYDE-3-PH...</td>\n      <td>D-ERYTHROSE-4-PHOSPHATE + D-XYLULOSE-5-PHOSPHATE</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>0</td>\n      <td>10.0094</td>\n      <td>2.08682</td>\n      <td>True</td>\n      <td>D-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE + D-GLYCERALDEHYDE-3-PH...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>RPE</th>\n      <td>D-XYLULOSE-5-PHOSPHATE</td>\n      <td>D-RIBULOSE-5-PHOSPHATE</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>0</td>\n      <td>3.37</td>\n      <td>1.16485</td>\n      <td>True</td>\n      <td>D-XYLULOSE-5-PHOSPHATE = D-RIBULOSE-5-PHOSPHATE</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>Xylulokinase</th>\n      <td>D-XYLULOSE + ATP</td>\n      <td>D-XYLULOSE-5-PHOSPHATE + ADP</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>0</td>\n      <td>-23.0181</td>\n      <td>2.29158</td>\n      <td>True</td>\n      <td>D-XYLULOSE + ATP = D-XYLULOSE-5-PHOSPHATE + ADP</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>PYK_org</th>\n      <td>ADP + PHOSPHOENOLPYRUVATE</td>\n      <td>PYRUVATE + ATP</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>0</td>\n      <td>-27.5366</td>\n      <td>0.939774</td>\n      <td>True</td>\n      <td>ADP + PHOSPHOENOLPYRUVATE = PYRUVATE + ATP</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>PYK</th>\n      <td>ADP + PHOSPHOENOLPYRUVATE</td>\n      <td>PYRUVATE + ATP</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>1</td>\n      <td>-27.5366</td>\n      <td>0.939774</td>\n      <td>True</td>\n      <td>ADP + PHOSPHOENOLPYRUVATE = PYRUVATE + ATP</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>RPI</th>\n      <td>D-RIBOSE-5-PHOSPHATE</td>\n      <td>D-RIBULOSE-5-PHOSPHATE</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>0</td>\n      <td>1.94759</td>\n      <td>1.16321</td>\n      <td>True</td>\n      <td>D-RIBOSE-5-PHOSPHATE = D-RIBULOSE-5-PHOSPHATE</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>TKT1</th>\n      <td>SEDOHEPTULOSE_7-PHOSPHATE + D-GLYCERALDEHYDE-3...</td>\n      <td>D-RIBOSE-5-PHOSPHATE + D-XYLULOSE-5-PHOSPHATE</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>0</td>\n      <td>3.79253</td>\n      <td>2.16133</td>\n      <td>True</td>\n      <td>SEDOHEPTULOSE_7-PHOSPHATE + D-GLYCERALDEHYDE-3...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>TALA</th>\n      <td>D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE + SEDOHEPTULOSE_7...</td>\n      <td>D-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE + D-ERYTHROSE-4-PHOSPHATE</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>0</td>\n      <td>-0.728767</td>\n      <td>1.62106</td>\n      <td>True</td>\n      <td>D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE + SEDOHEPTULOSE_7...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>PGM</th>\n      <td>3-PHOSPHO-D-GLYCERATE</td>\n      <td>2-PHOSPHO-D-GLYCERATE</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>1</td>\n      <td>4.19953</td>\n      <td>0.65542</td>\n      <td>True</td>\n      <td>3-PHOSPHO-D-GLYCERATE = 2-PHOSPHO-D-GLYCERATE</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>ENO</th>\n      <td>2-PHOSPHO-D-GLYCERATE</td>\n      <td>PHOSPHOENOLPYRUVATE + H2O</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>1</td>\n      <td>-4.08222</td>\n      <td>0.734193</td>\n      <td>True</td>\n      <td>2-PHOSPHO-D-GLYCERATE = PHOSPHOENOLPYRUVATE + H2O</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>GND</th>\n      <td>NADPH + D-RIBULOSE-5-PHOSPHATE + CO2</td>\n      <td>NADP+ + 6-PHOSPHO-D-GLUCONATE</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>0</td>\n      <td>-2.5528</td>\n      <td>7.60864</td>\n      <td>True</td>\n      <td>NADPH + D-RIBULOSE-5-PHOSPHATE + CO2 = NADP+ +...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>PGL</th>\n      <td>6-PHOSPHO-D-GLUCONATE</td>\n      <td>D-GLUCONO-1,5-LACTONE_6-PHOSPHATE + H2O</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>0</td>\n      <td>21.4202</td>\n      <td>2.62825</td>\n      <td>True</td>\n      <td>6-PHOSPHO-D-GLUCONATE = D-GLUCONO-1,5-LACTONE_...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>HEX1</th>\n      <td>BETA-D-GLUCOSE + ATP</td>\n      <td>BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE + ADP</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>1</td>\n      <td>-17.0578</td>\n      <td>0.715237</td>\n      <td>True</td>\n      <td>BETA-D-GLUCOSE + ATP = BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPH...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>PGI</th>\n      <td>BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE</td>\n      <td>D-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>1</td>\n      <td>2.52401</td>\n      <td>0.596775</td>\n      <td>True</td>\n      <td>BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE = D-FRUCTOSE_6-PHOS...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>G6PDH2r</th>\n      <td>BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE + NADP+</td>\n      <td>D-GLUCONO-1,5-LACTONE_6-PHOSPHATE + NADPH</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>0</td>\n      <td>-2.9946</td>\n      <td>2.11855</td>\n      <td>True</td>\n      <td>BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE + NADP+ = D-GLUCONO...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>PFK</th>\n      <td>D-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE + ATP</td>\n      <td>ADP + D-FRUCTOSE_1,6-BISPHOSPHATE</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>1</td>\n      <td>-15.4549</td>\n      <td>0.886629</td>\n      <td>True</td>\n      <td>D-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE + ATP = ADP + D-FRUCTOS...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>PYRt2m</th>\n      <td>PYRUVATE</td>\n      <td>PYRUVATE</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>1</td>\n      <td>-5.70769</td>\n      <td>0</td>\n      <td>False</td>\n      <td>PYRUVATE = PYRUVATE</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>PDHm</th>\n      <td>COA + NAD+ + PYRUVATE</td>\n      <td>ACETYL-COA + CO2 + NADH</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>1</td>\n      <td>-43.9219</td>\n      <td>7.66459</td>\n      <td>True</td>\n      <td>COA + NAD+ + PYRUVATE = ACETYL-COA + CO2 + NADH</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>ICL</th>\n      <td>ISOCITRATE</td>\n      <td>GLYOXYLATE + SUCCINATE</td>\n      <td>GLYOXYSOME</td>\n      <td>GLYOXYSOME</td>\n      <td>0</td>\n      <td>8.9806</td>\n      <td>1.66465</td>\n      <td>True</td>\n      <td>ISOCITRATE = GLYOXYLATE + SUCCINATE</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>MAS</th>\n      <td>ACETYL-COA + GLYOXYLATE + H2O</td>\n      <td>(S)-MALATE + COA</td>\n      <td>GLYOXYSOME</td>\n      <td>GLYOXYSOME</td>\n      <td>0</td>\n      <td>-33.0524</td>\n      <td>2.32814</td>\n      <td>True</td>\n      <td>ACETYL-COA + GLYOXYLATE + H2O = (S)-MALATE + COA</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>PYRDC</th>\n      <td>PYRUVATE</td>\n      <td>ACETALDEHYDE + CO2</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>0</td>\n      <td>-26.5847</td>\n      <td>7.65275</td>\n      <td>True</td>\n      <td>PYRUVATE = ACETALDEHYDE + CO2</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>ALDD2y</th>\n      <td>ACETALDEHYDE + NADP+ + H2O</td>\n      <td>ACETATE + NADPH</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>0</td>\n      <td>-46.8416</td>\n      <td>1.53234</td>\n      <td>True</td>\n      <td>ACETALDEHYDE + NADP+ + H2O = ACETATE + NADPH</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>ALCD2X_copy1</th>\n      <td>ACETALDEHYDE + NADH</td>\n      <td>ETHANOL + NAD+</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>0</td>\n      <td>-21.3437</td>\n      <td>0.590246</td>\n      <td>True</td>\n      <td>ACETALDEHYDE + NADH = ETHANOL + NAD+</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>LactateDehydrogenase</th>\n      <td>PYRUVATE + NADH</td>\n      <td>LACTATE + NAD+</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>0</td>\n      <td>-27.1344</td>\n      <td>0.546575</td>\n      <td>True</td>\n      <td>PYRUVATE + NADH = LACTATE + NAD+</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>Mitochondrial complex I/NADH ubiquinone oxidoredectase</th>\n      <td>NADH:MITOCHONDRIAL_MATRIX + UBIQUINONE-6:MITOC...</td>\n      <td>NAD+:MITOCHONDRIAL_MATRIX + UBIQUINOL-6:MITOCH...</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>0</td>\n      <td>-118.696</td>\n      <td>6.11392</td>\n      <td>False</td>\n      <td>NADH:MITOCHONDRIAL_MATRIX + UBIQUINONE-6:MITOC...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>Mitochondrial complex III</th>\n      <td>UBIQUINOL-6 + 2 FERRICYTOCHROME_C</td>\n      <td>UBIQUINONE-6 + 2 FERROCYTOCHROME_C</td>\n      <td>Mitochondrial_Membrane</td>\n      <td>Mitochondrial_Membrane</td>\n      <td>0</td>\n      <td>54.7291</td>\n      <td>565685</td>\n      <td>True</td>\n      <td>UBIQUINOL-6 + 2 FERRICYTOCHROME_C = UBIQUINONE...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>Mitochondrial complex IV</th>\n      <td>4 FERROCYTOCHROME_C:MITOCHONDRIAL_MEMBRANE + O...</td>\n      <td>4 FERRICYTOCHROME_C:MITOCHONDRIAL_MEMBRANE + 2...</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>0</td>\n      <td>-314.91</td>\n      <td>1.13137e+06</td>\n      <td>False</td>\n      <td>4 FERROCYTOCHROME_C:MITOCHONDRIAL_MEMBRANE + O...</td>\n    </tr>\n  </tbody>\n</table>\n</div>"
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  1043.       "source": "conc = 'Conc'\nvariable = 'Variable'\nmetabolites = pd.DataFrame(index = S_active.columns, columns=[conc,variable])\nmetabolites[conc] = 0.001\nmetabolites[variable] = True\n\n# Set the fixed metabolites:\nmetabolites.loc['ATP:MITOCHONDRIAL_MATRIX',conc] = 9.600000e-03\nmetabolites.loc['ATP:MITOCHONDRIAL_MATRIX',variable] = False\nmetabolites.loc['ADP:MITOCHONDRIAL_MATRIX',conc] = 5.600000e-04\nmetabolites.loc['ADP:MITOCHONDRIAL_MATRIX',variable] = False\nmetabolites.loc['ORTHOPHOSPHATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX',conc] = 2.000000e-02\nmetabolites.loc['ORTHOPHOSPHATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX',variable] = False\n\nmetabolites.loc['ATP:CYTOSOL',conc] = 9.600000e-03\nmetabolites.loc['ATP:CYTOSOL',variable] = False\nmetabolites.loc['ADP:CYTOSOL',conc] = 5.600000e-04\nmetabolites.loc['ADP:CYTOSOL',variable] = False\nmetabolites.loc['ORTHOPHOSPHATE:CYTOSOL',conc] = 2.000000e-02\nmetabolites.loc['ORTHOPHOSPHATE:CYTOSOL',variable] = False\n\nmetabolites.loc['NADH:MITOCHONDRIAL_MATRIX',conc] = 8.300000e-05\nmetabolites.loc['NADH:MITOCHONDRIAL_MATRIX',variable] = False\nmetabolites.loc['NAD+:MITOCHONDRIAL_MATRIX',conc] = 2.600000e-03\nmetabolites.loc['NAD+:MITOCHONDRIAL_MATRIX',variable] = False\n\nmetabolites.loc['NADH:CYTOSOL',conc] = 8.300000e-05\nmetabolites.loc['NADH:CYTOSOL',variable] = False\nmetabolites.loc['NAD+:CYTOSOL',conc] = 2.600000e-03\nmetabolites.loc['NAD+:CYTOSOL',variable] = False\n\n#metabolites.loc['NADPH:MITOCHONDRIAL_MATRIX',conc] = 0.1\n#metabolites.loc['NADPH:MITOCHONDRIAL_MATRIX',variable] = False\n#metabolites.loc['NAPD+:MITOCHONDRIAL_MATRIX',conc] = 0.1\n#metabolites.loc['NAPD+:MITOCHONDRIAL_MATRIX',variable] = False\n\n#metabolites.loc['NADPH:CYTOSOL',conc] = 0.1\n#metabolites.loc['NADPH:CYTOSOL',variable] = False\n#metabolites.loc['NADP+:CYTOSOL',conc] = 0.1\n#metabolites.loc['NADP+:CYTOSOL',variable] = False\n\nmetabolites.loc['ACETYL-COA:MITOCHONDRIAL_MATRIX',conc] = 0.1\nmetabolites.loc['ACETYL-COA:MITOCHONDRIAL_MATRIX',variable] = True\n#metabolites.loc['ACETYL-COA:CYTOSOL',conc] = 0.1\n#metabolites.loc['ACETYL-COA:CYTOSOL',variable] = False\n\nmetabolites.loc['COA:MITOCHONDRIAL_MATRIX',conc] = 1.400000e-03\nmetabolites.loc['COA:MITOCHONDRIAL_MATRIX',variable] = False\n#metabolites.loc['COA:CYTOSOL',conc] = 0.1\n#metabolites.loc['COA:CYTOSOL',variable] = False\n#metabolites.loc['COA:GLYOXYSOME',conc] = 0.1\n#metabolites.loc['COA:GLYOXYSOME',variable] = False\n\nmetabolites.loc['CO2:MITOCHONDRIAL_MATRIX',conc] = 1.000000e-04\nmetabolites.loc['CO2:MITOCHONDRIAL_MATRIX',variable] = False\n#metabolites.loc['CO2:CYTOSOL',conc] = 0.1\n#metabolites.loc['CO2:CYTOSOL',variable] = False \n\nmetabolites.loc['H2O:MITOCHONDRIAL_MATRIX',conc] = 55.5\nmetabolites.loc['H2O:MITOCHONDRIAL_MATRIX',variable] = False\nmetabolites.loc['H2O:CYTOSOL',conc] = 55.5\nmetabolites.loc['H2O:CYTOSOL',variable] = False \n\n# What should the concentration of oxygen in the mitochondrial be?\n#metabolites.loc['OXYGEN:MITOCHONDRIAL_MATRIX','Conc',] = 1.0e-28\nmetabolites.loc['OXYGEN:MITOCHONDRIAL_MATRIX',conc] = 1.0e-04\nmetabolites.loc['OXYGEN:MITOCHONDRIAL_MATRIX',variable] = False\n#metabolites.loc['OXYGEN:CYTOSOL',conc] = 55.5\n#metabolites.loc['OXYGEN:CYTOSOL',variable] = False \n\nmetabolites.loc['BETA-D-GLUCOSE:CYTOSOL',conc] = 2.0e-03\nmetabolites.loc['BETA-D-GLUCOSE:CYTOSOL',variable] = False \n\nnvariables = metabolites[metabolites[variable]].count()\nnvar = nvariables[variable]\n\nmetabolites.sort_values(by=variable, axis=0,ascending=False, inplace=True,)\ndisplay(metabolites)",
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  1049.             "text/plain": "                                              Conc  Variable\n(S)-MALATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX           0.001000      True\nSUCCINYL-COA:MITOCHONDRIAL_MATRIX         0.001000      True\n2-PHOSPHO-D-GLYCERATE:CYTOSOL             0.001000      True\nPYRUVATE:CYTOSOL                          0.001000      True\nD-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE:CYTOSOL            0.001000      True\nD-FRUCTOSE_1,6-BISPHOSPHATE:CYTOSOL       0.001000      True\nPHOSPHOENOLPYRUVATE:CYTOSOL               0.001000      True\nGLYCERONE_PHOSPHATE:CYTOSOL               0.001000      True\n3-PHOSPHO-D-GLYCERATE:CYTOSOL             0.001000      True\n3-PHOSPHO-D-GLYCEROYL_PHOSPHATE:CYTOSOL   0.001000      True\nD-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE:CYTOSOL      0.001000      True\nSUCCINATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX            0.001000      True\nFUMARATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX             0.001000      True\nBETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE:CYTOSOL        0.001000      True\n2-OXOGLUTARATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX       0.001000      True\nPYRUVATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX             0.001000      True\nISOCITRATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX           0.001000      True\nOXALOACETATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX         0.001000      True\nACETYL-COA:MITOCHONDRIAL_MATRIX           0.100000      True\nCITRATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX              0.001000      True\nATP:CYTOSOL                               0.009600     False\nBETA-D-GLUCOSE:CYTOSOL                    0.002000     False\nNADH:MITOCHONDRIAL_MATRIX                 0.000083     False\nCO2:MITOCHONDRIAL_MATRIX                  0.000100     False\nH2O:CYTOSOL                              55.500000     False\nH2O:MITOCHONDRIAL_MATRIX                 55.500000     False\nADP:MITOCHONDRIAL_MATRIX                  0.000560     False\nORTHOPHOSPHATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX       0.020000     False\nNADH:CYTOSOL                              0.000083     False\nCOA:MITOCHONDRIAL_MATRIX                  0.001400     False\nNAD+:CYTOSOL                              0.002600     False\nORTHOPHOSPHATE:CYTOSOL                    0.020000     False\nNAD+:MITOCHONDRIAL_MATRIX                 0.002600     False\nOXYGEN:MITOCHONDRIAL_MATRIX               0.000100     False\nATP:MITOCHONDRIAL_MATRIX                  0.009600     False\nADP:CYTOSOL                               0.000560     False",
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  1064.       "source": "- Adjust S Matrix to use only reactions with activity > 0, if necessary.\n- Water stoichiometry in the stiochiometric matrix needs to be set to zero since water is held constant.\n- The initial concentrations of the variable metabolites are random.\n- All concentrations are changed to log counts.\n- Equilibrium constants are calculated from standard free energies of reaction.\n- R (reactant) and P (product) matrices are derived from S."
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  1071.       "source": "# Make sure all the indices and columns are in the correct order:\nactive_reactions = reactions[reactions[enzyme_level] > 0.0]\ndisplay(reactions)\nSactive_index = S_active.index\n#Sactive_columns = S_active.columns\nactive_reactions.reindex(index = Sactive_index, copy = False)\nS_active = S_active.reindex(columns = metabolites.index, copy = False)\nS_active['H2O:MITOCHONDRIAL_MATRIX'] = 0\nS_active['H2O:CYTOSOL'] = 0\ndisplay(S_active)\nS = S_active.values\n\ndisplay(nvar)\n\n#variable_concs = np.array(metabolites['Conc'].iloc[0:nvar].values, dtype=np.float64)\nv_log_concs = -10 + 10*np.random.rand(nvar) #Vary between 1 M to 1.0e-10 M\nv_concs = np.exp(v_log_concs)\nv_log_counts = np.log(v_concs*Concentration2Count)\nv_log_counts0 = v_log_counts\ndisplay(v_log_counts)\n\nfixed_concs = np.array(metabolites['Conc'].iloc[nvar:].values, dtype=np.float64)\nfixed_counts = fixed_concs*Concentration2Count\nf_log_counts = np.log(fixed_counts)\ndisplay(f_log_counts)\n\nK = np.exp(-active_reactions[deltag0].astype('float')/RT)\ndisplay(K)\nK = K.values\n\nP = np.where(S>0,S,0)\nR = np.where(S<0, S, 0)\nE_regulation = np.ones(K.size) # THis is the vector of enzyme activities, Range: 0 to 1.\ndelta = np.zeros(metabolites['Conc'].values.size);\n\nmu0 = 1 #Dummy parameter for now; reserved for free energies of formation",
  1072.       "execution_count": 10,
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  1074.         {
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  1077.             "text/plain": "                                                                                                 LEFT  \\\nREACTION                                                                                                \nME1m                                                                                (S)-MALATE + NAD+   \nME2m                                                                               (S)-MALATE + NADP+   \nCSm                                                                   OXALOACETATE + ACETYL-COA + H2O   \nACONTm                                                                                        CITRATE   \nICDHxm                                                                              ISOCITRATE + NAD+   \nAKGDm                                                                     2-OXOGLUTARATE + COA + NAD+   \nSUCOASm                                                           SUCCINYL-COA + ADP + ORTHOPHOSPHATE   \nSUCD1m                                                 SUCCINATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX + OXYGEN + NADH   \nFUMm                                                                                   FUMARATE + H2O   \nMDHm                                                                                (S)-MALATE + NAD+   \nGAPD                                                D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE + ORTHOPHOSPHATE ...   \nPGK                                                             3-PHOSPHO-D-GLYCEROYL_PHOSPHATE + ADP   \nTPI                                                                               GLYCERONE_PHOSPHATE   \nMDH                                                                                 (S)-MALATE + NAD+   \nPEP_Carboxylase                                                         OXALOACETATE + ORTHOPHOSPHATE   \nPPCK                                                                               OXALOACETATE + ATP   \nFBA                                                                       D-FRUCTOSE_1,6-BISPHOSPHATE   \nFBP                                                           D-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE + ORTHOPHOSPHATE   \nTKT2                                                D-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE + D-GLYCERALDEHYDE-3-PH...   \nRPE                                                                            D-XYLULOSE-5-PHOSPHATE   \nXylulokinase                                                                         D-XYLULOSE + ATP   \nPYK_org                                                                     ADP + PHOSPHOENOLPYRUVATE   \nPYK                                                                         ADP + PHOSPHOENOLPYRUVATE   \nRPI                                                                              D-RIBOSE-5-PHOSPHATE   \nTKT1                                                SEDOHEPTULOSE_7-PHOSPHATE + D-GLYCERALDEHYDE-3...   \nTALA                                                D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE + SEDOHEPTULOSE_7...   \nPGM                                                                             3-PHOSPHO-D-GLYCERATE   \nENO                                                                             2-PHOSPHO-D-GLYCERATE   \nGND                                                              NADPH + D-RIBULOSE-5-PHOSPHATE + CO2   \nPGL                                                                             6-PHOSPHO-D-GLUCONATE   \nHEX1                                                                             BETA-D-GLUCOSE + ATP   \nPGI                                                                        BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE   \nG6PDH2r                                                            BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE + NADP+   \nPFK                                                                      D-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE + ATP   \nPYRt2m                                                                                       PYRUVATE   \nPDHm                                                                            COA + NAD+ + PYRUVATE   \nICL                                                                                        ISOCITRATE   \nMAS                                                                     ACETYL-COA + GLYOXYLATE + H2O   \nPYRDC                                                                                        PYRUVATE   \nALDD2y                                                                     ACETALDEHYDE + NADP+ + H2O   \nALCD2X_copy1                                                                      ACETALDEHYDE + NADH   \nLactateDehydrogenase                                                                  PYRUVATE + NADH   \nMitochondrial complex I/NADH ubiquinone oxidore...  NADH:MITOCHONDRIAL_MATRIX + UBIQUINONE-6:MITOC...   \nMitochondrial complex III                                           UBIQUINOL-6 + 2 FERRICYTOCHROME_C   \nMitochondrial complex IV                            4 FERROCYTOCHROME_C:MITOCHONDRIAL_MEMBRANE + O...   \n\n                                                                                                RIGHT  \\\nREACTION                                                                                                \nME1m                                                                            PYRUVATE + NADH + CO2   \nME2m                                                                           PYRUVATE + NADPH + CO2   \nCSm                                                                                     CITRATE + COA   \nACONTm                                                                                     ISOCITRATE   \nICDHxm                                                                    2-OXOGLUTARATE + NADH + CO2   \nAKGDm                                                                       SUCCINYL-COA + CO2 + NADH   \nSUCOASm                                                                         SUCCINATE + ATP + COA   \nSUCD1m                                                   FUMARATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX + 2 H2O + NAD+   \nFUMm                                                                                       (S)-MALATE   \nMDHm                                                                              OXALOACETATE + NADH   \nGAPD                                                           3-PHOSPHO-D-GLYCEROYL_PHOSPHATE + NADH   \nPGK                                                                       3-PHOSPHO-D-GLYCERATE + ATP   \nTPI                                                                      D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE   \nMDH                                                                               OXALOACETATE + NADH   \nPEP_Carboxylase                                                       PHOSPHOENOLPYRUVATE + CO2 + H2O   \nPPCK                                                                  PHOSPHOENOLPYRUVATE + ADP + CO2   \nFBA                                                 GLYCERONE_PHOSPHATE + D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSP...   \nFBP                                                                 H2O + D-FRUCTOSE_1,6-BISPHOSPHATE   \nTKT2                                                 D-ERYTHROSE-4-PHOSPHATE + D-XYLULOSE-5-PHOSPHATE   \nRPE                                                                            D-RIBULOSE-5-PHOSPHATE   \nXylulokinase                                                             D-XYLULOSE-5-PHOSPHATE + ADP   \nPYK_org                                                                                PYRUVATE + ATP   \nPYK                                                                                    PYRUVATE + ATP   \nRPI                                                                            D-RIBULOSE-5-PHOSPHATE   \nTKT1                                                    D-RIBOSE-5-PHOSPHATE + D-XYLULOSE-5-PHOSPHATE   \nTALA                                                 D-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE + D-ERYTHROSE-4-PHOSPHATE   \nPGM                                                                             2-PHOSPHO-D-GLYCERATE   \nENO                                                                         PHOSPHOENOLPYRUVATE + H2O   \nGND                                                                     NADP+ + 6-PHOSPHO-D-GLUCONATE   \nPGL                                                           D-GLUCONO-1,5-LACTONE_6-PHOSPHATE + H2O   \nHEX1                                                                 BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE + ADP   \nPGI                                                                            D-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE   \nG6PDH2r                                                     D-GLUCONO-1,5-LACTONE_6-PHOSPHATE + NADPH   \nPFK                                                                 ADP + D-FRUCTOSE_1,6-BISPHOSPHATE   \nPYRt2m                                                                                       PYRUVATE   \nPDHm                                                                          ACETYL-COA + CO2 + NADH   \nICL                                                                            GLYOXYLATE + SUCCINATE   \nMAS                                                                                  (S)-MALATE + COA   \nPYRDC                                                                              ACETALDEHYDE + CO2   \nALDD2y                                                                                ACETATE + NADPH   \nALCD2X_copy1                                                                           ETHANOL + NAD+   \nLactateDehydrogenase                                                                   LACTATE + NAD+   \nMitochondrial complex I/NADH ubiquinone oxidore...  NAD+:MITOCHONDRIAL_MATRIX + UBIQUINOL-6:MITOCH...   \nMitochondrial complex III                                          UBIQUINONE-6 + 2 FERROCYTOCHROME_C   \nMitochondrial complex IV                            4 FERRICYTOCHROME_C:MITOCHONDRIAL_MEMBRANE + 2...   \n\n                                                          LEFT_COMPARTMENT  \\\nREACTION                                                                     \nME1m                                                  MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nME2m                                                  MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nCSm                                                   MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nACONTm                                                MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nICDHxm                                                MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nAKGDm                                                 MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nSUCOASm                                               MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nSUCD1m                                               :MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nFUMm                                                  MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nMDHm                                                  MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nGAPD                                                               CYTOSOL   \nPGK                                                                CYTOSOL   \nTPI                                                                CYTOSOL   \nMDH                                                                CYTOSOL   \nPEP_Carboxylase                                                    CYTOSOL   \nPPCK                                                               CYTOSOL   \nFBA                                                                CYTOSOL   \nFBP                                                                CYTOSOL   \nTKT2                                                               CYTOSOL   \nRPE                                                                CYTOSOL   \nXylulokinase                                                       CYTOSOL   \nPYK_org                                                            CYTOSOL   \nPYK                                                                CYTOSOL   \nRPI                                                                CYTOSOL   \nTKT1                                                               CYTOSOL   \nTALA                                                               CYTOSOL   \nPGM                                                                CYTOSOL   \nENO                                                                CYTOSOL   \nGND                                                                CYTOSOL   \nPGL                                                                CYTOSOL   \nHEX1                                                               CYTOSOL   \nPGI                                                                CYTOSOL   \nG6PDH2r                                                            CYTOSOL   \nPFK                                                                CYTOSOL   \nPYRt2m                                                             CYTOSOL   \nPDHm                                                  MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nICL                                                             GLYOXYSOME   \nMAS                                                             GLYOXYSOME   \nPYRDC                                                              CYTOSOL   \nALDD2y                                                             CYTOSOL   \nALCD2X_copy1                                                       CYTOSOL   \nLactateDehydrogenase                                               CYTOSOL   \nMitochondrial complex I/NADH ubiquinone oxidore...                     NaN   \nMitochondrial complex III                           Mitochondrial_Membrane   \nMitochondrial complex IV                                               NaN   \n\n                                                         RIGHT_COMPARTMENT  \\\nREACTION                                                                     \nME1m                                                  MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nME2m                                                  MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nCSm                                                   MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nACONTm                                                MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nICDHxm                                                MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nAKGDm                                                 MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nSUCOASm                                               MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nSUCD1m                                               :MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nFUMm                                                  MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nMDHm                                                  MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nGAPD                                                               CYTOSOL   \nPGK                                                                CYTOSOL   \nTPI                                                                CYTOSOL   \nMDH                                                                CYTOSOL   \nPEP_Carboxylase                                                    CYTOSOL   \nPPCK                                                               CYTOSOL   \nFBA                                                                CYTOSOL   \nFBP                                                                CYTOSOL   \nTKT2                                                               CYTOSOL   \nRPE                                                                CYTOSOL   \nXylulokinase                                                       CYTOSOL   \nPYK_org                                                            CYTOSOL   \nPYK                                                                CYTOSOL   \nRPI                                                                CYTOSOL   \nTKT1                                                               CYTOSOL   \nTALA                                                               CYTOSOL   \nPGM                                                                CYTOSOL   \nENO                                                                CYTOSOL   \nGND                                                                CYTOSOL   \nPGL                                                                CYTOSOL   \nHEX1                                                               CYTOSOL   \nPGI                                                                CYTOSOL   \nG6PDH2r                                                            CYTOSOL   \nPFK                                                                CYTOSOL   \nPYRt2m                                                MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nPDHm                                                  MITOCHONDRIAL_MATRIX   \nICL                                                             GLYOXYSOME   \nMAS                                                             GLYOXYSOME   \nPYRDC                                                              CYTOSOL   \nALDD2y                                                             CYTOSOL   \nALCD2X_copy1                                                       CYTOSOL   \nLactateDehydrogenase                                               CYTOSOL   \nMitochondrial complex I/NADH ubiquinone oxidore...                     NaN   \nMitochondrial complex III                           Mitochondrial_Membrane   \nMitochondrial complex IV                                               NaN   \n\n                                                   ENZYME_LEVEL    DGZERO  \\\nREACTION                                                                    \nME1m                                                          0   4.56353   \nME2m                                                          0   5.21174   \nCSm                                                           1  -35.1166   \nACONTm                                                        1   7.62949   \nICDHxm                                                        1    -2.872   \nAKGDm                                                         1  -36.3549   \nSUCOASm                                                       1   1.92448   \nSUCD1m                                                        1  -380.023   \nFUMm                                                          1  -3.44873   \nMDHm                                                          1   29.9942   \nGAPD                                                          1   6.68673   \nPGK                                                           1  -18.4733   \nTPI                                                           1   5.48642   \nMDH                                                           0   29.9942   \nPEP_Carboxylase                                               0   28.2337   \nPPCK                                                          0   2.10596   \nFBA                                                           1   20.5096   \nFBP                                                           0   10.6728   \nTKT2                                                          0   10.0094   \nRPE                                                           0      3.37   \nXylulokinase                                                  0  -23.0181   \nPYK_org                                                       0  -27.5366   \nPYK                                                           1  -27.5366   \nRPI                                                           0   1.94759   \nTKT1                                                          0   3.79253   \nTALA                                                          0 -0.728767   \nPGM                                                           1   4.19953   \nENO                                                           1  -4.08222   \nGND                                                           0   -2.5528   \nPGL                                                           0   21.4202   \nHEX1                                                          1  -17.0578   \nPGI                                                           1   2.52401   \nG6PDH2r                                                       0   -2.9946   \nPFK                                                           1  -15.4549   \nPYRt2m                                                        1  -5.70769   \nPDHm                                                          1  -43.9219   \nICL                                                           0    8.9806   \nMAS                                                           0  -33.0524   \nPYRDC                                                         0  -26.5847   \nALDD2y                                                        0  -46.8416   \nALCD2X_copy1                                                  0  -21.3437   \nLactateDehydrogenase                                          0  -27.1344   \nMitochondrial complex I/NADH ubiquinone oxidore...            0  -118.696   \nMitochondrial complex III                                     0   54.7291   \nMitochondrial complex IV                                      0   -314.91   \n\n                                                   DGZERO StdDev  \\\nREACTION                                                           \nME1m                                                     7.60174   \nME2m                                                     7.61042   \nCSm                                                     0.930552   \nACONTm                                                  0.733847   \nICDHxm                                                   7.62095   \nAKGDm                                                    7.97121   \nSUCOASm                                                  1.48197   \nSUCD1m                                                    7.8098   \nFUMm                                                    0.607693   \nMDHm                                                    0.422376   \nGAPD                                                    0.895659   \nPGK                                                     0.889982   \nTPI                                                     0.753116   \nMDH                                                     0.422376   \nPEP_Carboxylase                                          7.64087   \nPPCK                                                     7.63913   \nFBA                                                      0.87227   \nFBP                                                     0.818386   \nTKT2                                                     2.08682   \nRPE                                                      1.16485   \nXylulokinase                                             2.29158   \nPYK_org                                                 0.939774   \nPYK                                                     0.939774   \nRPI                                                      1.16321   \nTKT1                                                     2.16133   \nTALA                                                     1.62106   \nPGM                                                      0.65542   \nENO                                                     0.734193   \nGND                                                      7.60864   \nPGL                                                      2.62825   \nHEX1                                                    0.715237   \nPGI                                                     0.596775   \nG6PDH2r                                                  2.11855   \nPFK                                                     0.886629   \nPYRt2m                                                         0   \nPDHm                                                     7.66459   \nICL                                                      1.66465   \nMAS                                                      2.32814   \nPYRDC                                                    7.65275   \nALDD2y                                                   1.53234   \nALCD2X_copy1                                            0.590246   \nLactateDehydrogenase                                    0.546575   \nMitochondrial complex I/NADH ubiquinone oxidore...       6.11392   \nMitochondrial complex III                                 565685   \nMitochondrial complex IV                             1.13137e+06   \n\n                                                   Same Compartment?  \\\nREACTION                                                               \nME1m                                                            True   \nME2m                                                            True   \nCSm                                                             True   \nACONTm                                                          True   \nICDHxm                                                          True   \nAKGDm                                                           True   \nSUCOASm                                                         True   \nSUCD1m                                                          True   \nFUMm                                                            True   \nMDHm                                                            True   \nGAPD                                                            True   \nPGK                                                             True   \nTPI                                                             True   \nMDH                                                             True   \nPEP_Carboxylase                                                 True   \nPPCK                                                            True   \nFBA                                                             True   \nFBP                                                             True   \nTKT2                                                            True   \nRPE                                                             True   \nXylulokinase                                                    True   \nPYK_org                                                         True   \nPYK                                                             True   \nRPI                                                             True   \nTKT1                                                            True   \nTALA                                                            True   \nPGM                                                             True   \nENO                                                             True   \nGND                                                             True   \nPGL                                                             True   \nHEX1                                                            True   \nPGI                                                             True   \nG6PDH2r                                                         True   \nPFK                                                             True   \nPYRt2m                                                         False   \nPDHm                                                            True   \nICL                                                             True   \nMAS                                                             True   \nPYRDC                                                           True   \nALDD2y                                                          True   \nALCD2X_copy1                                                    True   \nLactateDehydrogenase                                            True   \nMitochondrial complex I/NADH ubiquinone oxidore...             False   \nMitochondrial complex III                                       True   \nMitochondrial complex IV                                       False   \n\n                                                                                             Full Rxn  \nREACTION                                                                                               \nME1m                                                        (S)-MALATE + NAD+ = PYRUVATE + NADH + CO2  \nME2m                                                      (S)-MALATE + NADP+ = PYRUVATE + NADPH + CO2  \nCSm                                                   OXALOACETATE + ACETYL-COA + H2O = CITRATE + COA  \nACONTm                                                                           CITRATE = ISOCITRATE  \nICDHxm                                                ISOCITRATE + NAD+ = 2-OXOGLUTARATE + NADH + CO2  \nAKGDm                                               2-OXOGLUTARATE + COA + NAD+ = SUCCINYL-COA + C...  \nSUCOASm                                             SUCCINYL-COA + ADP + ORTHOPHOSPHATE = SUCCINAT...  \nSUCD1m                                              SUCCINATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX + OXYGEN + NADH...  \nFUMm                                                                      FUMARATE + H2O = (S)-MALATE  \nMDHm                                                          (S)-MALATE + NAD+ = OXALOACETATE + NADH  \nGAPD                                                D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE + ORTHOPHOSPHATE ...  \nPGK                                                 3-PHOSPHO-D-GLYCEROYL_PHOSPHATE + ADP = 3-PHOS...  \nTPI                                                 GLYCERONE_PHOSPHATE = D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSP...  \nMDH                                                           (S)-MALATE + NAD+ = OXALOACETATE + NADH  \nPEP_Carboxylase                                     OXALOACETATE + ORTHOPHOSPHATE = PHOSPHOENOLPYR...  \nPPCK                                                OXALOACETATE + ATP = PHOSPHOENOLPYRUVATE + ADP...  \nFBA                                                 D-FRUCTOSE_1,6-BISPHOSPHATE = GLYCERONE_PHOSPH...  \nFBP                                                 D-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE + ORTHOPHOSPHATE = H2O ...  \nTKT2                                                D-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE + D-GLYCERALDEHYDE-3-PH...  \nRPE                                                   D-XYLULOSE-5-PHOSPHATE = D-RIBULOSE-5-PHOSPHATE  \nXylulokinase                                          D-XYLULOSE + ATP = D-XYLULOSE-5-PHOSPHATE + ADP  \nPYK_org                                                    ADP + PHOSPHOENOLPYRUVATE = PYRUVATE + ATP  \nPYK                                                        ADP + PHOSPHOENOLPYRUVATE = PYRUVATE + ATP  \nRPI                                                     D-RIBOSE-5-PHOSPHATE = D-RIBULOSE-5-PHOSPHATE  \nTKT1                                                SEDOHEPTULOSE_7-PHOSPHATE + D-GLYCERALDEHYDE-3...  \nTALA                                                D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE + SEDOHEPTULOSE_7...  \nPGM                                                     3-PHOSPHO-D-GLYCERATE = 2-PHOSPHO-D-GLYCERATE  \nENO                                                 2-PHOSPHO-D-GLYCERATE = PHOSPHOENOLPYRUVATE + H2O  \nGND                                                 NADPH + D-RIBULOSE-5-PHOSPHATE + CO2 = NADP+ +...  \nPGL                                                 6-PHOSPHO-D-GLUCONATE = D-GLUCONO-1,5-LACTONE_...  \nHEX1                                                BETA-D-GLUCOSE + ATP = BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPH...  \nPGI                                                 BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE = D-FRUCTOSE_6-PHOS...  \nG6PDH2r                                             BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE + NADP+ = D-GLUCONO...  \nPFK                                                 D-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE + ATP = ADP + D-FRUCTOS...  \nPYRt2m                                                                            PYRUVATE = PYRUVATE  \nPDHm                                                  COA + NAD+ + PYRUVATE = ACETYL-COA + CO2 + NADH  \nICL                                                               ISOCITRATE = GLYOXYLATE + SUCCINATE  \nMAS                                                  ACETYL-COA + GLYOXYLATE + H2O = (S)-MALATE + COA  \nPYRDC                                                                   PYRUVATE = ACETALDEHYDE + CO2  \nALDD2y                                                   ACETALDEHYDE + NADP+ + H2O = ACETATE + NADPH  \nALCD2X_copy1                                                     ACETALDEHYDE + NADH = ETHANOL + NAD+  \nLactateDehydrogenase                                                 PYRUVATE + NADH = LACTATE + NAD+  \nMitochondrial complex I/NADH ubiquinone oxidore...  NADH:MITOCHONDRIAL_MATRIX + UBIQUINONE-6:MITOC...  \nMitochondrial complex III                           UBIQUINOL-6 + 2 FERRICYTOCHROME_C = UBIQUINONE...  \nMitochondrial complex IV                            4 FERROCYTOCHROME_C:MITOCHONDRIAL_MEMBRANE + O...  ",
  1078.             "text/html": "<div>\n<style scoped>\n    .dataframe tbody tr th:only-of-type {\n        vertical-align: middle;\n    }\n\n    .dataframe tbody tr th {\n        vertical-align: top;\n    }\n\n    .dataframe thead th {\n        text-align: right;\n    }\n</style>\n<table border=\"1\" class=\"dataframe\">\n  <thead>\n    <tr style=\"text-align: right;\">\n      <th></th>\n      <th>LEFT</th>\n      <th>RIGHT</th>\n      <th>LEFT_COMPARTMENT</th>\n      <th>RIGHT_COMPARTMENT</th>\n      <th>ENZYME_LEVEL</th>\n      <th>DGZERO</th>\n      <th>DGZERO StdDev</th>\n      <th>Same Compartment?</th>\n      <th>Full Rxn</th>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>REACTION</th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n    </tr>\n  </thead>\n  <tbody>\n    <tr>\n      <th>ME1m</th>\n      <td>(S)-MALATE + NAD+</td>\n      <td>PYRUVATE + NADH + CO2</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>0</td>\n      <td>4.56353</td>\n      <td>7.60174</td>\n      <td>True</td>\n      <td>(S)-MALATE + NAD+ = PYRUVATE + NADH + CO2</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>ME2m</th>\n      <td>(S)-MALATE + NADP+</td>\n      <td>PYRUVATE + NADPH + CO2</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>0</td>\n      <td>5.21174</td>\n      <td>7.61042</td>\n      <td>True</td>\n      <td>(S)-MALATE + NADP+ = PYRUVATE + NADPH + CO2</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>CSm</th>\n      <td>OXALOACETATE + ACETYL-COA + H2O</td>\n      <td>CITRATE + COA</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>1</td>\n      <td>-35.1166</td>\n      <td>0.930552</td>\n      <td>True</td>\n      <td>OXALOACETATE + ACETYL-COA + H2O = CITRATE + COA</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>ACONTm</th>\n      <td>CITRATE</td>\n      <td>ISOCITRATE</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>1</td>\n      <td>7.62949</td>\n      <td>0.733847</td>\n      <td>True</td>\n      <td>CITRATE = ISOCITRATE</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>ICDHxm</th>\n      <td>ISOCITRATE + NAD+</td>\n      <td>2-OXOGLUTARATE + NADH + CO2</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>1</td>\n      <td>-2.872</td>\n      <td>7.62095</td>\n      <td>True</td>\n      <td>ISOCITRATE + NAD+ = 2-OXOGLUTARATE + NADH + CO2</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>AKGDm</th>\n      <td>2-OXOGLUTARATE + COA + NAD+</td>\n      <td>SUCCINYL-COA + CO2 + NADH</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>1</td>\n      <td>-36.3549</td>\n      <td>7.97121</td>\n      <td>True</td>\n      <td>2-OXOGLUTARATE + COA + NAD+ = SUCCINYL-COA + C...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>SUCOASm</th>\n      <td>SUCCINYL-COA + ADP + ORTHOPHOSPHATE</td>\n      <td>SUCCINATE + ATP + COA</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>1</td>\n      <td>1.92448</td>\n      <td>1.48197</td>\n      <td>True</td>\n      <td>SUCCINYL-COA + ADP + ORTHOPHOSPHATE = SUCCINAT...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>SUCD1m</th>\n      <td>SUCCINATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX + OXYGEN + NADH</td>\n      <td>FUMARATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX + 2 H2O + NAD+</td>\n      <td>:MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>:MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>1</td>\n      <td>-380.023</td>\n      <td>7.8098</td>\n      <td>True</td>\n      <td>SUCCINATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX + OXYGEN + NADH...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>FUMm</th>\n      <td>FUMARATE + H2O</td>\n      <td>(S)-MALATE</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>1</td>\n      <td>-3.44873</td>\n      <td>0.607693</td>\n      <td>True</td>\n      <td>FUMARATE + H2O = (S)-MALATE</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>MDHm</th>\n      <td>(S)-MALATE + NAD+</td>\n      <td>OXALOACETATE + NADH</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>1</td>\n      <td>29.9942</td>\n      <td>0.422376</td>\n      <td>True</td>\n      <td>(S)-MALATE + NAD+ = OXALOACETATE + NADH</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>GAPD</th>\n      <td>D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE + ORTHOPHOSPHATE ...</td>\n      <td>3-PHOSPHO-D-GLYCEROYL_PHOSPHATE + NADH</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>1</td>\n      <td>6.68673</td>\n      <td>0.895659</td>\n      <td>True</td>\n      <td>D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE + ORTHOPHOSPHATE ...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>PGK</th>\n      <td>3-PHOSPHO-D-GLYCEROYL_PHOSPHATE + ADP</td>\n      <td>3-PHOSPHO-D-GLYCERATE + ATP</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>1</td>\n      <td>-18.4733</td>\n      <td>0.889982</td>\n      <td>True</td>\n      <td>3-PHOSPHO-D-GLYCEROYL_PHOSPHATE + ADP = 3-PHOS...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>TPI</th>\n      <td>GLYCERONE_PHOSPHATE</td>\n      <td>D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>1</td>\n      <td>5.48642</td>\n      <td>0.753116</td>\n      <td>True</td>\n      <td>GLYCERONE_PHOSPHATE = D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSP...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>MDH</th>\n      <td>(S)-MALATE + NAD+</td>\n      <td>OXALOACETATE + NADH</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>0</td>\n      <td>29.9942</td>\n      <td>0.422376</td>\n      <td>True</td>\n      <td>(S)-MALATE + NAD+ = OXALOACETATE + NADH</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>PEP_Carboxylase</th>\n      <td>OXALOACETATE + ORTHOPHOSPHATE</td>\n      <td>PHOSPHOENOLPYRUVATE + CO2 + H2O</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>0</td>\n      <td>28.2337</td>\n      <td>7.64087</td>\n      <td>True</td>\n      <td>OXALOACETATE + ORTHOPHOSPHATE = PHOSPHOENOLPYR...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>PPCK</th>\n      <td>OXALOACETATE + ATP</td>\n      <td>PHOSPHOENOLPYRUVATE + ADP + CO2</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>0</td>\n      <td>2.10596</td>\n      <td>7.63913</td>\n      <td>True</td>\n      <td>OXALOACETATE + ATP = PHOSPHOENOLPYRUVATE + ADP...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>FBA</th>\n      <td>D-FRUCTOSE_1,6-BISPHOSPHATE</td>\n      <td>GLYCERONE_PHOSPHATE + D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSP...</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>1</td>\n      <td>20.5096</td>\n      <td>0.87227</td>\n      <td>True</td>\n      <td>D-FRUCTOSE_1,6-BISPHOSPHATE = GLYCERONE_PHOSPH...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>FBP</th>\n      <td>D-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE + ORTHOPHOSPHATE</td>\n      <td>H2O + D-FRUCTOSE_1,6-BISPHOSPHATE</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>0</td>\n      <td>10.6728</td>\n      <td>0.818386</td>\n      <td>True</td>\n      <td>D-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE + ORTHOPHOSPHATE = H2O ...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>TKT2</th>\n      <td>D-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE + D-GLYCERALDEHYDE-3-PH...</td>\n      <td>D-ERYTHROSE-4-PHOSPHATE + D-XYLULOSE-5-PHOSPHATE</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>0</td>\n      <td>10.0094</td>\n      <td>2.08682</td>\n      <td>True</td>\n      <td>D-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE + D-GLYCERALDEHYDE-3-PH...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>RPE</th>\n      <td>D-XYLULOSE-5-PHOSPHATE</td>\n      <td>D-RIBULOSE-5-PHOSPHATE</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>0</td>\n      <td>3.37</td>\n      <td>1.16485</td>\n      <td>True</td>\n      <td>D-XYLULOSE-5-PHOSPHATE = D-RIBULOSE-5-PHOSPHATE</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>Xylulokinase</th>\n      <td>D-XYLULOSE + ATP</td>\n      <td>D-XYLULOSE-5-PHOSPHATE + ADP</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>0</td>\n      <td>-23.0181</td>\n      <td>2.29158</td>\n      <td>True</td>\n      <td>D-XYLULOSE + ATP = D-XYLULOSE-5-PHOSPHATE + ADP</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>PYK_org</th>\n      <td>ADP + PHOSPHOENOLPYRUVATE</td>\n      <td>PYRUVATE + ATP</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>0</td>\n      <td>-27.5366</td>\n      <td>0.939774</td>\n      <td>True</td>\n      <td>ADP + PHOSPHOENOLPYRUVATE = PYRUVATE + ATP</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>PYK</th>\n      <td>ADP + PHOSPHOENOLPYRUVATE</td>\n      <td>PYRUVATE + ATP</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>1</td>\n      <td>-27.5366</td>\n      <td>0.939774</td>\n      <td>True</td>\n      <td>ADP + PHOSPHOENOLPYRUVATE = PYRUVATE + ATP</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>RPI</th>\n      <td>D-RIBOSE-5-PHOSPHATE</td>\n      <td>D-RIBULOSE-5-PHOSPHATE</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>0</td>\n      <td>1.94759</td>\n      <td>1.16321</td>\n      <td>True</td>\n      <td>D-RIBOSE-5-PHOSPHATE = D-RIBULOSE-5-PHOSPHATE</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>TKT1</th>\n      <td>SEDOHEPTULOSE_7-PHOSPHATE + D-GLYCERALDEHYDE-3...</td>\n      <td>D-RIBOSE-5-PHOSPHATE + D-XYLULOSE-5-PHOSPHATE</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>0</td>\n      <td>3.79253</td>\n      <td>2.16133</td>\n      <td>True</td>\n      <td>SEDOHEPTULOSE_7-PHOSPHATE + D-GLYCERALDEHYDE-3...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>TALA</th>\n      <td>D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE + SEDOHEPTULOSE_7...</td>\n      <td>D-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE + D-ERYTHROSE-4-PHOSPHATE</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>0</td>\n      <td>-0.728767</td>\n      <td>1.62106</td>\n      <td>True</td>\n      <td>D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE + SEDOHEPTULOSE_7...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>PGM</th>\n      <td>3-PHOSPHO-D-GLYCERATE</td>\n      <td>2-PHOSPHO-D-GLYCERATE</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>1</td>\n      <td>4.19953</td>\n      <td>0.65542</td>\n      <td>True</td>\n      <td>3-PHOSPHO-D-GLYCERATE = 2-PHOSPHO-D-GLYCERATE</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>ENO</th>\n      <td>2-PHOSPHO-D-GLYCERATE</td>\n      <td>PHOSPHOENOLPYRUVATE + H2O</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>1</td>\n      <td>-4.08222</td>\n      <td>0.734193</td>\n      <td>True</td>\n      <td>2-PHOSPHO-D-GLYCERATE = PHOSPHOENOLPYRUVATE + H2O</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>GND</th>\n      <td>NADPH + D-RIBULOSE-5-PHOSPHATE + CO2</td>\n      <td>NADP+ + 6-PHOSPHO-D-GLUCONATE</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>0</td>\n      <td>-2.5528</td>\n      <td>7.60864</td>\n      <td>True</td>\n      <td>NADPH + D-RIBULOSE-5-PHOSPHATE + CO2 = NADP+ +...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>PGL</th>\n      <td>6-PHOSPHO-D-GLUCONATE</td>\n      <td>D-GLUCONO-1,5-LACTONE_6-PHOSPHATE + H2O</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>0</td>\n      <td>21.4202</td>\n      <td>2.62825</td>\n      <td>True</td>\n      <td>6-PHOSPHO-D-GLUCONATE = D-GLUCONO-1,5-LACTONE_...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>HEX1</th>\n      <td>BETA-D-GLUCOSE + ATP</td>\n      <td>BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE + ADP</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>1</td>\n      <td>-17.0578</td>\n      <td>0.715237</td>\n      <td>True</td>\n      <td>BETA-D-GLUCOSE + ATP = BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPH...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>PGI</th>\n      <td>BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE</td>\n      <td>D-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>1</td>\n      <td>2.52401</td>\n      <td>0.596775</td>\n      <td>True</td>\n      <td>BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE = D-FRUCTOSE_6-PHOS...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>G6PDH2r</th>\n      <td>BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE + NADP+</td>\n      <td>D-GLUCONO-1,5-LACTONE_6-PHOSPHATE + NADPH</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>0</td>\n      <td>-2.9946</td>\n      <td>2.11855</td>\n      <td>True</td>\n      <td>BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE + NADP+ = D-GLUCONO...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>PFK</th>\n      <td>D-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE + ATP</td>\n      <td>ADP + D-FRUCTOSE_1,6-BISPHOSPHATE</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>1</td>\n      <td>-15.4549</td>\n      <td>0.886629</td>\n      <td>True</td>\n      <td>D-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE + ATP = ADP + D-FRUCTOS...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>PYRt2m</th>\n      <td>PYRUVATE</td>\n      <td>PYRUVATE</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>1</td>\n      <td>-5.70769</td>\n      <td>0</td>\n      <td>False</td>\n      <td>PYRUVATE = PYRUVATE</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>PDHm</th>\n      <td>COA + NAD+ + PYRUVATE</td>\n      <td>ACETYL-COA + CO2 + NADH</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>MITOCHONDRIAL_MATRIX</td>\n      <td>1</td>\n      <td>-43.9219</td>\n      <td>7.66459</td>\n      <td>True</td>\n      <td>COA + NAD+ + PYRUVATE = ACETYL-COA + CO2 + NADH</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>ICL</th>\n      <td>ISOCITRATE</td>\n      <td>GLYOXYLATE + SUCCINATE</td>\n      <td>GLYOXYSOME</td>\n      <td>GLYOXYSOME</td>\n      <td>0</td>\n      <td>8.9806</td>\n      <td>1.66465</td>\n      <td>True</td>\n      <td>ISOCITRATE = GLYOXYLATE + SUCCINATE</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>MAS</th>\n      <td>ACETYL-COA + GLYOXYLATE + H2O</td>\n      <td>(S)-MALATE + COA</td>\n      <td>GLYOXYSOME</td>\n      <td>GLYOXYSOME</td>\n      <td>0</td>\n      <td>-33.0524</td>\n      <td>2.32814</td>\n      <td>True</td>\n      <td>ACETYL-COA + GLYOXYLATE + H2O = (S)-MALATE + COA</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>PYRDC</th>\n      <td>PYRUVATE</td>\n      <td>ACETALDEHYDE + CO2</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>0</td>\n      <td>-26.5847</td>\n      <td>7.65275</td>\n      <td>True</td>\n      <td>PYRUVATE = ACETALDEHYDE + CO2</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>ALDD2y</th>\n      <td>ACETALDEHYDE + NADP+ + H2O</td>\n      <td>ACETATE + NADPH</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>0</td>\n      <td>-46.8416</td>\n      <td>1.53234</td>\n      <td>True</td>\n      <td>ACETALDEHYDE + NADP+ + H2O = ACETATE + NADPH</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>ALCD2X_copy1</th>\n      <td>ACETALDEHYDE + NADH</td>\n      <td>ETHANOL + NAD+</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>0</td>\n      <td>-21.3437</td>\n      <td>0.590246</td>\n      <td>True</td>\n      <td>ACETALDEHYDE + NADH = ETHANOL + NAD+</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>LactateDehydrogenase</th>\n      <td>PYRUVATE + NADH</td>\n      <td>LACTATE + NAD+</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>CYTOSOL</td>\n      <td>0</td>\n      <td>-27.1344</td>\n      <td>0.546575</td>\n      <td>True</td>\n      <td>PYRUVATE + NADH = LACTATE + NAD+</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>Mitochondrial complex I/NADH ubiquinone oxidoredectase</th>\n      <td>NADH:MITOCHONDRIAL_MATRIX + UBIQUINONE-6:MITOC...</td>\n      <td>NAD+:MITOCHONDRIAL_MATRIX + UBIQUINOL-6:MITOCH...</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>0</td>\n      <td>-118.696</td>\n      <td>6.11392</td>\n      <td>False</td>\n      <td>NADH:MITOCHONDRIAL_MATRIX + UBIQUINONE-6:MITOC...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>Mitochondrial complex III</th>\n      <td>UBIQUINOL-6 + 2 FERRICYTOCHROME_C</td>\n      <td>UBIQUINONE-6 + 2 FERROCYTOCHROME_C</td>\n      <td>Mitochondrial_Membrane</td>\n      <td>Mitochondrial_Membrane</td>\n      <td>0</td>\n      <td>54.7291</td>\n      <td>565685</td>\n      <td>True</td>\n      <td>UBIQUINOL-6 + 2 FERRICYTOCHROME_C = UBIQUINONE...</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>Mitochondrial complex IV</th>\n      <td>4 FERROCYTOCHROME_C:MITOCHONDRIAL_MEMBRANE + O...</td>\n      <td>4 FERRICYTOCHROME_C:MITOCHONDRIAL_MEMBRANE + 2...</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>NaN</td>\n      <td>0</td>\n      <td>-314.91</td>\n      <td>1.13137e+06</td>\n      <td>False</td>\n      <td>4 FERROCYTOCHROME_C:MITOCHONDRIAL_MEMBRANE + O...</td>\n    </tr>\n  </tbody>\n</table>\n</div>"
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 0.0   \nTPI                                   0.0                                0.0   \nFBA                                   0.0                                0.0   \nPYK                                   0.0                                0.0   \nPGM                                   0.0                                0.0   \nENO                                   0.0                                0.0   \nHEX1                                  0.0                                0.0   \nPGI                                   0.0                                0.0   \nPFK                                   0.0                                0.0   \nPYRt2m                                0.0                                0.0   \nPDHm                                  0.0                                0.0   \n\n          2-PHOSPHO-D-GLYCERATE:CYTOSOL  PYRUVATE:CYTOSOL  \\\nREACTION                                                    \nCSm                                 0.0               0.0   \nACONTm                              0.0               0.0   \nICDHxm                              0.0               0.0   \nAKGDm                               0.0               0.0   \nSUCOASm                             0.0               0.0   \nSUCD1m                              0.0               0.0   \nFUMm                                0.0               0.0   \nMDHm                                0.0               0.0   \nGAPD                                0.0               0.0   \nPGK                                 0.0               0.0   \nTPI                                 0.0               0.0   \nFBA                                 0.0               0.0   \nPYK                                 0.0               1.0   \nPGM                                 1.0               0.0   \nENO                                -1.0               0.0   \nHEX1                                0.0               0.0   \nPGI                                 0.0               0.0   \nPFK                                 0.0               0.0   \nPYRt2m                              0.0              -1.0   \nPDHm                                0.0               0.0   \n\n          D-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE:CYTOSOL  D-FRUCTOSE_1,6-BISPHOSPHATE:CYTOSOL  \\\nREACTION                                                                        \nCSm                                  0.0                                  0.0   \nACONTm                               0.0                                  0.0   \nICDHxm                               0.0                                  0.0   \nAKGDm                                0.0                                  0.0   \nSUCOASm                              0.0                                  0.0   \nSUCD1m                               0.0                                  0.0   \nFUMm                                 0.0                                  0.0   \nMDHm                                 0.0                                  0.0   \nGAPD                                 0.0                                  0.0   \nPGK                                  0.0                                  0.0   \nTPI                                  0.0                                  0.0   \nFBA                                  0.0                                 -1.0   \nPYK                                  0.0                                  0.0   \nPGM                                  0.0                                  0.0   \nENO                                  0.0                                  0.0   \nHEX1                                 0.0                                  0.0   \nPGI                                  1.0                                  0.0   \nPFK                                 -1.0                                  1.0   \nPYRt2m                               0.0                                  0.0   \nPDHm                                 0.0                                  0.0   \n\n          PHOSPHOENOLPYRUVATE:CYTOSOL  GLYCERONE_PHOSPHATE:CYTOSOL  \\\nREACTION                                                             \nCSm                               0.0                          0.0   \nACONTm                            0.0                          0.0   \nICDHxm                            0.0                          0.0   \nAKGDm                             0.0                          0.0   \nSUCOASm                           0.0                          0.0   \nSUCD1m                            0.0                          0.0   \nFUMm                              0.0                          0.0   \nMDHm                              0.0                          0.0   \nGAPD                              0.0                          0.0   \nPGK                               0.0                          0.0   \nTPI                               0.0                         -1.0   \nFBA                               0.0                          1.0   \nPYK                              -1.0                          0.0   \nPGM                               0.0                          0.0   \nENO                               1.0                          0.0   \nHEX1                              0.0                          0.0   \nPGI                               0.0                          0.0   \nPFK                               0.0                          0.0   \nPYRt2m                            0.0                          0.0   \nPDHm                              0.0                          0.0   \n\n          3-PHOSPHO-D-GLYCERATE:CYTOSOL  \\\nREACTION                                  \nCSm                                 0.0   \nACONTm                              0.0   \nICDHxm                              0.0   \nAKGDm                               0.0   \nSUCOASm                             0.0   \nSUCD1m                              0.0   \nFUMm                                0.0   \nMDHm                                0.0   \nGAPD                                0.0   \nPGK                                 1.0   \nTPI                                 0.0   \nFBA                                 0.0   \nPYK                                 0.0   \nPGM                                -1.0   \nENO                                 0.0   \nHEX1                                0.0   \nPGI                                 0.0   \nPFK                                 0.0   \nPYRt2m                              0.0   \nPDHm                                0.0   \n\n          3-PHOSPHO-D-GLYCEROYL_PHOSPHATE:CYTOSOL  \\\nREACTION                                            \nCSm                                           0.0   \nACONTm                                        0.0   \nICDHxm                                        0.0   \nAKGDm                                         0.0   \nSUCOASm                                       0.0   \nSUCD1m                                        0.0   \nFUMm                                          0.0   \nMDHm                                          0.0   \nGAPD                                          1.0   \nPGK                                          -1.0   \nTPI                                           0.0   \nFBA                                           0.0   \nPYK                                           0.0   \nPGM                                           0.0   \nENO                                           0.0   \nHEX1                                          0.0   \nPGI                                           0.0   \nPFK                                           0.0   \nPYRt2m                                        0.0   \nPDHm                                          0.0   \n\n          D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE:CYTOSOL  \\\nREACTION                                         \nCSm                                        0.0   \nACONTm                                     0.0   \nICDHxm                                     0.0   \nAKGDm                                      0.0   \nSUCOASm                                    0.0   \nSUCD1m                                     0.0   \nFUMm                                       0.0   \nMDHm                                       0.0   \nGAPD                                      -1.0   \nPGK                                        0.0   \nTPI                                        1.0   \nFBA                                        1.0   \nPYK                                        0.0   \nPGM                                        0.0   \nENO                                        0.0   \nHEX1                                       0.0   \nPGI                                        0.0   \nPFK                                        0.0   \nPYRt2m                                     0.0   \nPDHm                                       0.0   \n\n          SUCCINATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX  FUMARATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX  \\\nREACTION                                                                  \nCSm                                  0.0                            0.0   \nACONTm                               0.0                            0.0   \nICDHxm                               0.0                            0.0   \nAKGDm                                0.0                            0.0   \nSUCOASm                              1.0                            0.0   \nSUCD1m                              -1.0                            1.0   \nFUMm                                 0.0                           -1.0   \nMDHm                                 0.0                            0.0   \nGAPD                                 0.0                            0.0   \nPGK                                  0.0                            0.0   \nTPI                                  0.0                            0.0   \nFBA                                  0.0                            0.0   \nPYK                                  0.0                            0.0   \nPGM                                  0.0                            0.0   \nENO                                  0.0                            0.0   \nHEX1                                 0.0                            0.0   \nPGI                                  0.0                            0.0   \nPFK                                  0.0                            0.0   \nPYRt2m                               0.0                            0.0   \nPDHm                                 0.0                            0.0   \n\n          BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE:CYTOSOL  \\\nREACTION                                       \nCSm                                      0.0   \nACONTm                                   0.0   \nICDHxm                                   0.0   \nAKGDm                                    0.0   \nSUCOASm                                  0.0   \nSUCD1m                                   0.0   \nFUMm                                     0.0   \nMDHm                                     0.0   \nGAPD                                     0.0   \nPGK                                      0.0   \nTPI                                      0.0   \nFBA                                      0.0   \nPYK                                      0.0   \nPGM                                      0.0   \nENO                                      0.0   \nHEX1                                     1.0   \nPGI                                     -1.0   \nPFK                                      0.0   \nPYRt2m                                   0.0   \nPDHm                                     0.0   \n\n          2-OXOGLUTARATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX  PYRUVATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX  \\\nREACTION                                                                       \nCSm                                       0.0                            0.0   \nACONTm                                    0.0                            0.0   \nICDHxm                                    1.0                            0.0   \nAKGDm                                    -1.0                            0.0   \nSUCOASm                                   0.0                            0.0   \nSUCD1m                                    0.0                            0.0   \nFUMm                                      0.0                            0.0   \nMDHm                                      0.0                            0.0   \nGAPD                                      0.0                            0.0   \nPGK                                       0.0                            0.0   \nTPI                                       0.0                            0.0   \nFBA                                       0.0                            0.0   \nPYK                                       0.0                            0.0   \nPGM                                       0.0                            0.0   \nENO                                       0.0                            0.0   \nHEX1                                      0.0                            0.0   \nPGI                                       0.0                            0.0   \nPFK                                       0.0                            0.0   \nPYRt2m                                    0.0                            1.0   \nPDHm                                      0.0                           -1.0   \n\n          ISOCITRATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX  OXALOACETATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX  \\\nREACTION                                                                       \nCSm                                   0.0                               -1.0   \nACONTm                                1.0                                0.0   \nICDHxm                               -1.0                                0.0   \nAKGDm                                 0.0                                0.0   \nSUCOASm                               0.0                                0.0   \nSUCD1m                                0.0                                0.0   \nFUMm                                  0.0                                0.0   \nMDHm                                  0.0                                1.0   \nGAPD                                  0.0                                0.0   \nPGK                                   0.0                                0.0   \nTPI                                   0.0                                0.0   \nFBA                                   0.0                                0.0   \nPYK                                   0.0                                0.0   \nPGM                                   0.0                                0.0   \nENO                                   0.0                                0.0   \nHEX1                                  0.0                                0.0   \nPGI                                   0.0                                0.0   \nPFK                                   0.0                                0.0   \nPYRt2m                                0.0                                0.0   \nPDHm                                  0.0                                0.0   \n\n          ACETYL-COA:MITOCHONDRIAL_MATRIX  CITRATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX  \\\nREACTION                                                                  \nCSm                                  -1.0                           1.0   \nACONTm                                0.0                          -1.0   \nICDHxm                                0.0                           0.0   \nAKGDm                                 0.0                           0.0   \nSUCOASm                               0.0                           0.0   \nSUCD1m                                0.0                           0.0   \nFUMm                                  0.0                           0.0   \nMDHm                                  0.0                           0.0   \nGAPD                                  0.0                           0.0   \nPGK                                   0.0                           0.0   \nTPI                                   0.0                           0.0   \nFBA                                   0.0                           0.0   \nPYK                                   0.0                           0.0   \nPGM                                   0.0                           0.0   \nENO                                   0.0                           0.0   \nHEX1                                  0.0                           0.0   \nPGI                                   0.0                           0.0   \nPFK                                   0.0                           0.0   \nPYRt2m                                0.0                           0.0   \nPDHm                                  1.0                           0.0   \n\n          ATP:CYTOSOL  BETA-D-GLUCOSE:CYTOSOL  NADH:MITOCHONDRIAL_MATRIX  \\\nREACTION                                                                   \nCSm               0.0                     0.0                        0.0   \nACONTm            0.0                     0.0                        0.0   \nICDHxm            0.0                     0.0                        1.0   \nAKGDm             0.0                     0.0                        1.0   \nSUCOASm           0.0                     0.0                        0.0   \nSUCD1m            0.0                     0.0                       -1.0   \nFUMm              0.0                     0.0                        0.0   \nMDHm              0.0                     0.0                        1.0   \nGAPD              0.0                     0.0                        0.0   \nPGK               1.0                     0.0                        0.0   \nTPI               0.0                     0.0                        0.0   \nFBA               0.0                     0.0                        0.0   \nPYK               1.0                     0.0                        0.0   \nPGM               0.0                     0.0                        0.0   \nENO               0.0                     0.0                        0.0   \nHEX1             -1.0                    -1.0                        0.0   \nPGI               0.0                     0.0                        0.0   \nPFK              -1.0                     0.0                        0.0   \nPYRt2m            0.0                     0.0                        0.0   \nPDHm              0.0                     0.0                        1.0   \n\n          CO2:MITOCHONDRIAL_MATRIX  H2O:CYTOSOL  H2O:MITOCHONDRIAL_MATRIX  \\\nREACTION                                                                    \nCSm                            0.0            0                         0   \nACONTm                         0.0            0                         0   \nICDHxm                         1.0            0                         0   \nAKGDm                          1.0            0                         0   \nSUCOASm                        0.0            0                         0   \nSUCD1m                         0.0            0                         0   \nFUMm                           0.0            0                         0   \nMDHm                           0.0            0                         0   \nGAPD                           0.0            0                         0   \nPGK                            0.0            0                         0   \nTPI                            0.0            0                         0   \nFBA                            0.0            0                         0   \nPYK                            0.0            0                         0   \nPGM                            0.0            0                         0   \nENO                            0.0            0                         0   \nHEX1                           0.0            0                         0   \nPGI                            0.0            0                         0   \nPFK                            0.0            0                         0   \nPYRt2m                         0.0            0                         0   \nPDHm                           1.0            0                         0   \n\n          ADP:MITOCHONDRIAL_MATRIX  ORTHOPHOSPHATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX  \\\nREACTION                                                                  \nCSm                            0.0                                  0.0   \nACONTm                         0.0                                  0.0   \nICDHxm                         0.0                                  0.0   \nAKGDm                          0.0                                  0.0   \nSUCOASm                       -1.0                                 -1.0   \nSUCD1m                         0.0                                  0.0   \nFUMm                           0.0                                  0.0   \nMDHm                           0.0                                  0.0   \nGAPD                           0.0                                  0.0   \nPGK                            0.0                                  0.0   \nTPI                            0.0                                  0.0   \nFBA                            0.0                                  0.0   \nPYK                            0.0                                  0.0   \nPGM                            0.0                                  0.0   \nENO                            0.0                                  0.0   \nHEX1                           0.0                                  0.0   \nPGI                            0.0                                  0.0   \nPFK                            0.0                                  0.0   \nPYRt2m                         0.0                                  0.0   \nPDHm                           0.0                                  0.0   \n\n          NADH:CYTOSOL  COA:MITOCHONDRIAL_MATRIX  NAD+:CYTOSOL  \\\nREACTION                                                         \nCSm                0.0                       1.0           0.0   \nACONTm             0.0                       0.0           0.0   \nICDHxm             0.0                       0.0           0.0   \nAKGDm              0.0                      -1.0           0.0   \nSUCOASm            0.0                       1.0           0.0   \nSUCD1m             0.0                       0.0           0.0   \nFUMm               0.0                       0.0           0.0   \nMDHm               0.0                       0.0           0.0   \nGAPD               1.0                       0.0          -1.0   \nPGK                0.0                       0.0           0.0   \nTPI                0.0                       0.0           0.0   \nFBA                0.0                       0.0           0.0   \nPYK                0.0                       0.0           0.0   \nPGM                0.0                       0.0         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                    0.0                       -1.0   \nGAPD                        -1.0                        0.0   \nPGK                          0.0                        0.0   \nTPI                          0.0                        0.0   \nFBA                          0.0                        0.0   \nPYK                          0.0                        0.0   \nPGM                          0.0                        0.0   \nENO                          0.0                        0.0   \nHEX1                         0.0                        0.0   \nPGI                          0.0                        0.0   \nPFK                          0.0                        0.0   \nPYRt2m                       0.0                        0.0   \nPDHm                         0.0                       -1.0   \n\n          OXYGEN:MITOCHONDRIAL_MATRIX  ATP:MITOCHONDRIAL_MATRIX  ADP:CYTOSOL  \nREACTION                                                                      \nCSm                               0.0                       0.0          0.0  \nACONTm                            0.0                       0.0          0.0  \nICDHxm                            0.0                       0.0          0.0  \nAKGDm                             0.0                       0.0          0.0  \nSUCOASm                           0.0                       1.0          0.0  \nSUCD1m                           -1.0                       0.0          0.0  \nFUMm                              0.0                       0.0          0.0  \nMDHm                              0.0                       0.0          0.0  \nGAPD                              0.0                       0.0          0.0  \nPGK                               0.0                       0.0         -1.0  \nTPI                               0.0                       0.0          0.0  \nFBA                               0.0                       0.0          0.0  \nPYK                               0.0                       0.0         -1.0  \nPGM                               0.0                       0.0          0.0  \nENO                               0.0                       0.0          0.0  \nHEX1                              0.0                       0.0          1.0  \nPGI                               0.0                       0.0          0.0  \nPFK                               0.0                       0.0          1.0  \nPYRt2m                            0.0                       0.0          0.0  \nPDHm                              0.0                       0.0          0.0  ",
  1086.             "text/html": "<div>\n<style scoped>\n    .dataframe tbody tr th:only-of-type {\n        vertical-align: middle;\n    }\n\n    .dataframe tbody tr th {\n        vertical-align: top;\n    }\n\n    .dataframe thead th {\n        text-align: right;\n    }\n</style>\n<table border=\"1\" class=\"dataframe\">\n  <thead>\n    <tr style=\"text-align: right;\">\n      <th></th>\n      <th>(S)-MALATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX</th>\n      <th>SUCCINYL-COA:MITOCHONDRIAL_MATRIX</th>\n      <th>2-PHOSPHO-D-GLYCERATE:CYTOSOL</th>\n      <th>PYRUVATE:CYTOSOL</th>\n      <th>D-FRUCTOSE_6-PHOSPHATE:CYTOSOL</th>\n      <th>D-FRUCTOSE_1,6-BISPHOSPHATE:CYTOSOL</th>\n      <th>PHOSPHOENOLPYRUVATE:CYTOSOL</th>\n      <th>GLYCERONE_PHOSPHATE:CYTOSOL</th>\n      <th>3-PHOSPHO-D-GLYCERATE:CYTOSOL</th>\n      <th>3-PHOSPHO-D-GLYCEROYL_PHOSPHATE:CYTOSOL</th>\n      <th>D-GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE:CYTOSOL</th>\n      <th>SUCCINATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX</th>\n      <th>FUMARATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX</th>\n      <th>BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE:CYTOSOL</th>\n      <th>2-OXOGLUTARATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX</th>\n      <th>PYRUVATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX</th>\n      <th>ISOCITRATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX</th>\n      <th>OXALOACETATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX</th>\n      <th>ACETYL-COA:MITOCHONDRIAL_MATRIX</th>\n      <th>CITRATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX</th>\n      <th>ATP:CYTOSOL</th>\n      <th>BETA-D-GLUCOSE:CYTOSOL</th>\n      <th>NADH:MITOCHONDRIAL_MATRIX</th>\n      <th>CO2:MITOCHONDRIAL_MATRIX</th>\n      <th>H2O:CYTOSOL</th>\n      <th>H2O:MITOCHONDRIAL_MATRIX</th>\n      <th>ADP:MITOCHONDRIAL_MATRIX</th>\n      <th>ORTHOPHOSPHATE:MITOCHONDRIAL_MATRIX</th>\n      <th>NADH:CYTOSOL</th>\n      <th>COA:MITOCHONDRIAL_MATRIX</th>\n      <th>NAD+:CYTOSOL</th>\n      <th>ORTHOPHOSPHATE:CYTOSOL</th>\n      <th>NAD+:MITOCHONDRIAL_MATRIX</th>\n      <th>OXYGEN:MITOCHONDRIAL_MATRIX</th>\n      <th>ATP:MITOCHONDRIAL_MATRIX</th>\n      <th>ADP:CYTOSOL</th>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>REACTION</th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n      <th></th>\n    </tr>\n  </thead>\n  <tbody>\n    <tr>\n      <th>CSm</th>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0</td>\n      <td>0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>ACONTm</th>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0</td>\n      <td>0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>ICDHxm</th>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0</td>\n      <td>0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>AKGDm</th>\n      <td>0.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0</td>\n      <td>0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>SUCOASm</th>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0</td>\n      <td>0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>SUCD1m</th>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0</td>\n      <td>0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>FUMm</th>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0</td>\n      <td>0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>MDHm</th>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0</td>\n      <td>0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>GAPD</th>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0</td>\n      <td>0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>PGK</th>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0</td>\n      <td>0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>TPI</th>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0</td>\n      <td>0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>FBA</th>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0</td>\n      <td>0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>PYK</th>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0</td>\n      <td>0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>PGM</th>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0</td>\n      <td>0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>ENO</th>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0</td>\n      <td>0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>HEX1</th>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0</td>\n      <td>0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>1.0</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>PGI</th>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0</td>\n      <td>0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>PFK</th>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0</td>\n      <td>0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>1.0</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>PYRt2m</th>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0</td>\n      <td>0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n    </tr>\n    <tr>\n      <th>PDHm</th>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>1.0</td>\n      <td>0</td>\n      <td>0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>-1.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n      <td>0.0</td>\n    </tr>\n  </tbody>\n</table>\n</div>"
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  1100.             "text/plain": "array([10.7271265 , 17.89891189, 15.31650625, 11.20640219, 18.77069648,\n       13.09995288, 12.87397651, 13.55269687, 15.1330066 , 16.23779835,\n       16.33338291, 16.63175862, 10.46207157, 12.86312937, 11.9408733 ,\n       17.92427395, 17.35636198, 10.44930748, 11.43382475, 16.88106601])"
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  1107.             "text/plain": "array([15.57013138, 14.00151547, 10.81945361, 11.00578319, 24.23250658,\n       24.23250658, 12.72854979, 16.30410056, 10.81945361, 13.64484052,\n       14.26387973, 16.30410056, 14.26387973, 11.00578319, 15.57013138,\n       12.72854979])"
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  1113.           "data": {
  1114.             "text/plain": "REACTION\nCSm        1.420710e+06\nACONTm     4.605706e-02\nICDHxm     3.185528e+00\nAKGDm      2.341333e+06\nSUCOASm    4.600726e-01\nSUCD1m     3.809967e+66\nFUMm       4.019990e+00\nMDHm       5.558462e-06\nGAPD       6.737062e-02\nPGK        1.724098e+03\nTPI        1.093368e-01\nFBA        2.550739e-04\nPYK        6.675328e+04\nPGM        1.837526e-01\nENO        5.190563e+00\nHEX1       9.739958e+02\nPGI        3.612341e-01\nPFK        5.101948e+02\nPYRt2m     1.000000e+01\nPDHm       4.956973e+07\nName: DGZERO, dtype: float64"
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  1123.       },
  1124.       "cell_type": "code",
  1125.       "source": "def derivatives(vcounts,fcounts,mu0,S, R, P, delta, Keq, E_Regulation):\n  nvar = vcounts.size\n  metabolites = np.append(vcounts,fcounts)\n  KQ_f = odds(metabolites,mu0,S, R, P, delta, Keq, 1);\n  Keq_inverse = np.power(Keq,-1);\n  KQ_r = odds(metabolites,mu0,-S, P, R, delta, Keq_inverse, -1);\n  deriv = S.T.dot((E_Regulation *(KQ_f - KQ_r)).T);\n  #deriv = S.T.dot(((KQ_f - KQ_r)).T);\n  deriv = deriv[0:nvar]\n  return(deriv.reshape(deriv.size,))",
  1126.       "execution_count": 11,
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  1133.       "cell_type": "code",
  1134.       "source": "def odds(log_counts,mu0,S, R, P, delta, K, direction = 1):\n  counts = np.exp(log_counts)\n  delta_counts = counts+delta;\n  log_delta = np.log(delta_counts);\n  Q_inv = np.exp(-direction*(R.dot(log_counts) + P.dot(log_delta)))\n  KQ = np.multiply(K,Q_inv);\n  return(KQ)",
  1135.       "execution_count": 12,
  1136.       "outputs": []
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  1142.       "cell_type": "code",
  1143.       "source": "def oddsDiff(vcounts,fcounts,mu0,S, R, P, delta,Keq,E_Regulation):\n  metabolites = np.append(vcounts,fcounts)\n  KQ_f = odds(metabolites,mu0,S, R, P, delta,Keq);\n  Keq_inverse = np.power(Keq,-1);\n  KQ_r = odds(metabolites,mu0,-S, P, R, delta,Keq_inverse,-1);\n  \n  #WARNING: Multiply regulation here, not on individual Keq values.\n  KQdiff =  E_Regulation * (KQ_f - KQ_r);\n  return(KQdiff)",
  1144.       "execution_count": 13,
  1145.       "outputs": []
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  1151.       "cell_type": "code",
  1152.       "source": "def calc_delta_S(vcounts, fcounts, P):\n    #WARNING To avoid negative numbers do not use log concs\n    metab = np.append(vcounts, fcounts)\n    target_metab = np.ones(vcounts.size) * np.log(0.001*Concentration2Count);\n    target_metab = np.append(target_metab, fcounts)\n    delta_S =  P.dot(metab) - P.dot(target_metab)\n    return(delta_S)",
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  1160.       "cell_type": "code",
  1161.       "source": "def calc_E_step(E, vcounts, fcounts):\n    newE = E -E/2\n    return(newE)",
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  1167.       "cell_type": "markdown",
  1168.       "source": "# Nonlinear Least Squares Optimization of Concentrations"
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  1174.       "cell_type": "code",
  1175.       "source": "from scipy.optimize import least_squares\n#r_log_counts = -10 + 10*np.random.rand(v_log_counts.size)\n#v_log_counts = r_log_counts\nprint('====== Without adjusting K ======')\n#display(v_log_counts)\nres_lsq = least_squares(derivatives, v_log_counts, method='lm',xtol=1e-20, args=(f_log_counts, mu0, S, R, P, delta, K, E_regulation))\ndisplay(res_lsq.x)\n\nrxn_flux = oddsDiff(res_lsq.x, f_log_counts, mu0, S, R, P, delta, K, E_regulation)\nprint(res_lsq.optimality)\nprint(res_lsq.x)\nprint(rxn_flux)",
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  1179.           "output_type": "stream",
  1180.           "text": "====== Without adjusting K ======\n",
  1181.           "name": "stdout"
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  1185.           "text": "/Users/d3k137/.pyenv/versions/anaconda3-4.3.0/lib/python3.6/site-packages/scipy/optimize/_lsq/least_squares.py:114: UserWarning: `xtol` is too low, setting to machine epsilon 2.220446049250313e-16.\n  warn(message.format(\"`xtol`\", EPS))\n/Users/d3k137/.pyenv/versions/anaconda3-4.3.0/lib/python3.6/site-packages/ipykernel_launcher.py:2: RuntimeWarning: overflow encountered in exp\n  \n/Users/d3k137/.pyenv/versions/anaconda3-4.3.0/lib/python3.6/site-packages/ipykernel_launcher.py:4: RuntimeWarning: divide by zero encountered in log\n  after removing the cwd from sys.path.\n/Users/d3k137/.pyenv/versions/anaconda3-4.3.0/lib/python3.6/site-packages/ipykernel_launcher.py:5: RuntimeWarning: overflow encountered in exp\n  \"\"\"\n",
  1186.           "name": "stderr"
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  1189.           "output_type": "display_data",
  1190.           "data": {
  1191.             "text/plain": "array([162.21272369,  40.81989804, -40.81890478, -57.5111222 ,\n        -2.51366733,  -6.04726425, -52.47518096,  -6.05394979,\n       -25.82162147, -17.1293806 , -20.87724273,  26.55808728,\n       174.12456266,  11.11453295,  33.37330173, -68.51165542,\n        53.07915913, 140.25384239, -58.0123993 ,  69.46015164])"
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  1193.           "metadata": {}
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  1195.         {
  1196.           "output_type": "stream",
  1197.           "text": "0.020782475857719994\n[162.21272369  40.81989804 -40.81890478 -57.5111222   -2.51366733\n  -6.04726425 -52.47518096  -6.05394979 -25.82162147 -17.1293806\n -20.87724273  26.55808728 174.12456266  11.11453295  33.37330173\n -68.51165542  53.07915913 140.25384239 -58.0123993   69.46015164]\n[599060.7599283  599060.7599283  599060.7599283  599060.7599283\n 599060.75992831 599060.7599283  599060.7599283  599060.75992831\n 599060.7599283  599060.7599283  299530.37996415 299530.37996415\n 599060.7599283  599060.7599283  599060.7599283  299530.37996415\n 299530.37996415 299530.37996415 599060.7599283  599060.7599283 ]\n",
  1198.           "name": "stdout"
  1199.         }
  1200.       ]
  1201.     },
  1202.     {
  1203.       "metadata": {},
  1204.       "cell_type": "markdown",
  1205.       "source": "If an equilibrium constant is too large, then the optimization will fail unless one starts in the vicinity of the minimum. One solution to this is to reduce the magnitude of the problematic equilibrium constant to a reasonable value, and then optimize. Then one can increase the size of the problematic equilibrium constant, re-optimize. Iterating through this procedure until the equilibrium constant is back to its original value, one can obtain an optimal solution in this way.\n\nAdjust equilibrium constants if they are too large:"
  1206.     },
  1207.     {
  1208.       "metadata": {
  1209.         "trusted": true
  1210.       },
  1211.       "cell_type": "code",
  1212.       "source": "K5 = K[5]\nK[5] = 1.0e+02\nattempts = 40\ni = 0\noptimality = 1.0e+01\nv_log_counts = v_log_counts0\nwhile((i < attempts) and (optimality > 1.0e-15) and (K[5] < 1.0e+66)):\n    K[5] = K[5]*1.0e+10\n    if(K[5] > 1.0e+66): \n        K[5] = K5\n    res_lsq = least_squares(derivatives, v_log_counts, method='lm', ftol=1.0e-3000, xtol=1.0e-200, args=(f_log_counts, mu0, S, R, P, delta, K, E_regulation))\n    v_log_counts = res_lsq.x\n    optimality = res_lsq.optimality\n    i = i + 1\n    rxn_flux = oddsDiff(res_lsq.x, f_log_counts, mu0, S, R, P, delta, K, E_regulation)\n    F = 0.5*np.sum(np.power(res_lsq.fun,2))\nprint(i)\nprint(K[5])\nprint(res_lsq.optimality)\nprint(rxn_flux)",
  1213.       "execution_count": 17,
  1214.       "outputs": [
  1215.         {
  1216.           "output_type": "stream",
  1217.           "text": "/Users/d3k137/.pyenv/versions/anaconda3-4.3.0/lib/python3.6/site-packages/scipy/optimize/_lsq/least_squares.py:111: UserWarning: `ftol` is too low, setting to machine epsilon 2.220446049250313e-16.\n  warn(message.format(\"`ftol`\", EPS))\n/Users/d3k137/.pyenv/versions/anaconda3-4.3.0/lib/python3.6/site-packages/scipy/optimize/_lsq/least_squares.py:114: UserWarning: `xtol` is too low, setting to machine epsilon 2.220446049250313e-16.\n  warn(message.format(\"`xtol`\", EPS))\n/Users/d3k137/.pyenv/versions/anaconda3-4.3.0/lib/python3.6/site-packages/ipykernel_launcher.py:4: RuntimeWarning: divide by zero encountered in log\n  after removing the cwd from sys.path.\n",
  1218.           "name": "stderr"
  1219.         },
  1220.         {
  1221.           "output_type": "stream",
  1222.           "text": "7\n3.809966807068541e+66\n0.013041353466981095\n[599060.7599283  599060.7599283  599060.7599283  599060.75992831\n 599060.7599283  599060.7599283  599060.7599283  599060.7599283\n 599060.7599283  599060.7599283  299530.37996415 299530.37996415\n 599060.7599283  599060.7599283  599060.7599283  299530.37996415\n 299530.37996415 299530.37996415 599060.7599283  599060.7599283 ]\n",
  1223.           "name": "stdout"
  1224.         }
  1225.       ]
  1226.     },
  1227.     {
  1228.       "metadata": {},
  1229.       "cell_type": "markdown",
  1230.       "source": "## Apply Regulation and Optimize"
  1231.     },
  1232.     {
  1233.       "metadata": {
  1234.         "trusted": true
  1235.       },
  1236.       "cell_type": "code",
  1237.       "source": "v_log_counts = res_lsq.x\napply_regulation = True;\nrxn_order = np.array([16, 17, 18, 12, 11, 9, 10, 14, 15, 13, 19, 20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8])\nrxn_order = rxn_order - 1\nenzymeRegulation = np.ones(K.size)\ni = 0\ndeltaS_value = 10\nwhile(i < 2*attempts and deltaS_value > 0):\n    res_lsq = least_squares(derivatives, v_log_counts, method='lm',args=(f_log_counts, mu0, S, R, P, delta, K, E_regulation))\n    v_log_counts = res_lsq.x\n    rxn_flux = oddsDiff(v_log_counts, f_log_counts, mu0, S, R, P, delta, K, E_regulation)\n    delta_S = calc_delta_S(v_log_counts,f_log_counts, P)\n    #print(res_lsq.optimality)\n    #print(rxn_flux)\n    metab_log_counts = np.append(v_log_counts, f_log_counts)\n    Pdotmetab = P*metab_log_counts\n    #print(np.exp(Pdotmetab[15,20:24])/Concentration2Count)\n    #print(np.exp(metab_log_counts[20:24])/Concentration2Count)\n    #print(metabolites_status.iloc[20:24])\n    \n    temp_index = np.where(delta_S[rxn_order] > 0)\n    rxn_index = rxn_order[temp_index]\n    if rxn_index.any():\n        index = rxn_index[0]\n        \n    \n    current_EnzActivity = E_regulation[index];\n             \n    newEnzReg = calc_E_step(current_EnzActivity, v_log_counts, f_log_counts)\n    E_regulation[index] = newEnzReg\n    deltaS_value = delta_S[index]\n    #print(delta_S)\n    #print(index+1, newEnzReg,delta_S[index])\n    #print('======Next======')\n    i = i+1\ndisplay(rxn_flux)\ndisplay(E_regulation)\ndisplay(delta_S)\ndisplay(deltaS_value)\ndisplay(np.exp(v_log_counts)/Concentration2Count)  ",
  1238.       "execution_count": 19,
  1239.       "outputs": [
  1240.         {
  1241.           "output_type": "display_data",
  1242.           "data": {
  1243.             "text/plain": "array([599060.7599283 , 599060.7599283 , 599060.7599283 , 599060.75992831,\n       599060.7599283 , 599060.7599283 , 599060.7599283 , 599060.7599283 ,\n       599060.7599283 , 599060.7599283 , 299530.37996415, 299530.37996415,\n       599060.7599283 , 599060.7599283 , 599060.7599283 , 299530.37996415,\n       299530.37996415, 299530.37996415, 599060.7599283 , 599060.7599283 ])"
  1244.           },
  1245.           "metadata": {}
  1246.         },
  1247.         {
  1248.           "output_type": "display_data",
  1249.           "data": {
  1250.             "text/plain": "array([1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1.,\n       1., 1., 1.])"
  1251.           },
  1252.           "metadata": {}
  1253.         },
  1254.         {
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  1285.       "source": "## Calculate Rate Constants\nEquation 9 from Cannon, et al, Prediction of Metabolite Concentrations, Rate Constants and Post-translational Regulation using Maximum Entropy-based Simulations with Application to Central Metabolism of Neurospora crassa,\" Processes 6, 63, DOI:10.3390/pr6060063."
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  1290.       "source": "Matlab code to translate:\nfunction [fwd_rate_constants] = calculate_rate_constants(log_counts, rxn_flux,KQ_inverse, R, E_Regulation)\n\n    KQ = KQ_inverse.^-1;\n    %Infer rate constants from reaction flux\n    %denominator = E_Regulation.* exp(-R*log_counts).*(1);\n    denominator = E_Regulation.* exp(-R*log_counts).*(1-KQ_inverse);\n    % A reaction near equilibrium is problematic because (1-KQ_inverse)->0\n    % By setting these reactions to be \n    % rate constant = 1/product_concs we are setting the rate to 1, which\n    % is the same as the thermodynamic rate = KQ.\n    one_idx = find(KQ_inverse > 0.9);\n    denominator(one_idx) = E_Regulation(one_idx).* exp(-R(one_idx,:)*log_counts);\n    rxn_flux(one_idx) = 1;\n    try\n        fwd_rate_constants = rxn_flux./denominator;\n    catch\n        x = x;\n    end\nend\n\n"
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  1297.       "source": "def calculate_rate_constants(log_counts, rxn_flux,KQ_inverse, R, E_Regulation):\n    KQ = np.power(KQ_inverse,-1)\n    #Infer rate constants from reaction flux\n    denominator = E_Regulation* np.exp(-R.dot(log_counts))*(1-KQ_inverse)\n    # A reaction near equilibrium is problematic because (1-KQ_inverse)->0\n    # By setting these reactions to be \n    # rate constant = 1/product_concs we are setting the rate to 1, which\n    # is the same as the thermodynamic rate = KQ.\n    one_idx = np.where(KQ_inverse > 0.9)\n    denominator[one_idx] = E_Regulation[one_idx]* np.exp(-R[one_idx,:].dot(log_counts));\n    rxn_flux[one_idx] = 1;\n    fwd_rate_constants = rxn_flux/denominator;\n    \n    return(fwd_rate_constants)",
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  1305.       "cell_type": "code",
  1306.       "source": "log_counts = np.append(v_log_counts,f_log_counts)\nKQ_inverse = odds(log_counts,mu0,S, R, P, delta, K, direction = -1)\nforward_rate_constants = calculate_rate_constants(log_counts, rxn_flux, KQ_inverse, R, E_regulation)\nreverse_rate_constants = forward_rate_constants/K\ndisplay(forward_rate_constants)",
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  1322.       "source": "## ODE Solvers: Python interface using libroadrunner to Sundials/CVODE"
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