Пережимаем mkv в avi mencoder-ом

mencoder -ss 240 -endpos 30 -alang rus -ovc xvid -xvidencopts chroma_opt:fixed_quant=5:me_quality=6 -oac mp3lame -lameopts vbr=0:br=196 -ffourcc DIVX -o out.avi source.mkv

Пережмет первые 30 секунд 5-ой минуты файлика source.mkv
Если все устраивает, то удаляем из строки это "-ss 240 -endpos 30"