A rendszer sikeresen feltöltötte és hozzáadta a(z) OCC_2nd_fig.pdf mellékletet.Filippo Piccinini hozzáadva. Eltávolításához nyomja le a Backspace billentyűt.

Ugrás a tartalomra
A Gmail használata képernyőolvasóval
Keresés




Gmail
LEVÉLÍRÁS
Címkék
Beérkező levelek
Csillagozott
Fontos
Elküldött levelek
Piszkozatok (3)
Körök
Barátok
Család
Ismerősök
Követés
[Mailbox]
KOLESZ EOTVOS
MUNKA
Notes
Personal
Travel
VATERA
Továbbiak
Csevegés
Tamás Balassa
Ön most láthatatlan a hálózaton.
Láthatatlanság megszüntetése

Személyek keresése...
Nem dolgozik	András Maróy
Nem dolgozik	Gergely Munkácsy
Nem dolgozik	József Farkas (Google Dokumentumok)
Nem dolgozik	László Dobó
	Zoltán Ozsvár

  Megjelölés olvasottként  Továbbiak
1–50/1 251

Beszélgetések

Elsődleges
Közösségi
2 új
Promóciók
2 új
Frissítések
Fórumok

Molnár Csaba (2)
11:47Csatolt fájl	Nincs megcsillagozva
gyorsítás a vektor kereséshez

https://www.mathworks.com/matlabcentral/newsreader/view_thread/306676 Quoting Molnár Csaba <mcsaba
Filippo; én (2)
9:24Csatolt fájl	Nincs megcsillagozva
Documentation file for the release

2016-06-24 9:24 GMT+02:00 Filippo Piccinini <f.piccinini@unibo.it>: Abel and Tamas please, in
Peter Horvath
jún. 23.Csatolt fájl	Nincs megcsillagozva
createreport
MUNKA

Peter Horvath, Ph.D. Group Leader Synthetic and Systems Biology Unit Hungarian Academy of Sciences,
No-IP.com
jún. 23. 	Nincs megcsillagozva
June Newsletter + SAVE $4 On Any Service

Let Us Know What You Think! Take a quick survey and receive $4 off any service. No-IP.com Support
Peter Horvath
jún. 23. 	Nincs megcsillagozva
rad varnak a hallgatok
MUNKA

Peter Horvath, Ph.D. Group Leader Synthetic and Systems Biology Unit Hungarian Academy of Sciences,
Peter Horvath
jún. 23.Csatolt fájl	Nincs megcsillagozva
Next iteration
MUNKA

Attached. It is not that bad, we have to expand the results section and now reading it I dislike the
Jozsef; Tamás (2)
jún. 22. 	Nincs megcsillagozva
holnap

Szia Jozsi, Elozo latogatasod ota itt var rad a 2literes! :) BT 2016. június 22. 15:15 Jozsef Molnar
én; Ríz-Herczeg (2)
jún. 22. 	Nincs megcsillagozva
EIT nyilatkozat/szerzodes

Kedves Tamás! A küldött befogadó nyilatkozat elegendő. Köszönöm! -rhk- Ríz-Herczeg Krisztina +36 1
Ríz-Herczeg; én (10)
jún. 22.Csatolt fájl	Nincs megcsillagozva
PhD ELTE IK felvételi vizsga beosztás 2016 07 06 SZERDA

Ríz-Herczeg Krisztina +36 1 381 22 99 NEMZETKÖZI és TUDOMÁNYSZERVEZÉSI REFERENS ELTE INFORMATIKAI
Peter; én (3)
jún. 21. 	Nincs megcsillagozva
ACC bug
MUNKA

yes, I had to hack it. pls consider unstructured data. thanks, hp Peter Horvath, Ph.D. Group Leader
Peter Horvath
jún. 21. 	Nincs megcsillagozva
I am out of town. Re: ACC bug
MUNKA

Hi, I am working in satellite mode, answers might come with delay. In urgent case you reach me on: +
Filippo Piccinini
jún. 21. 	Nincs megcsillagozva
I: article

Da: h938454@gmail.com [h938454@gmail.com] per conto di Peter Horvath [horvath.peter@brc.mta.hu]
én; Battancs; Balázs (5)
jún. 20.Csatolt fájl	Nincs megcsillagozva
PhD szobeli

Kedves Tamas! Mint azt a Dekani Hivatal is megerositette (lasd alabb), a level tehat kiment. Azt
Filippo; Peter (2)
jún. 20.Csatolt fájl	Nincs megcsillagozva
Submission last parts
MUNKA

Dear All, Please find attached an early version of the ACC paper. This is only an info message that
Filippo Piccinini (4)
jún. 20.Csatolt fájl	Nincs megcsillagozva
Paragraph for find similar cells

Thank you Lassi, Meanwhile I wrote the other sections and now I can submit to Peter the entire
szkabel; Tamás (2)
jún. 19. 	Nincs megcsillagozva
Background AL

Sziasztok, Szerintem egyebkent a B verzioban nem feltetlenul pozitiv az, hogy gyors marad a remove
Peter Horvath (4)
jún. 19. 	Nincs megcsillagozva
gimnazista hallgatok
MUNKA

Sziasztok, Akkor holnap reggel jonnek a hallgatok a csatolt schedule szerint. Sajnos en Debrecenben
Krisztina Buzas
jún. 17. 	Nincs megcsillagozva
Fwd: Cikk

Továbbított levél Feladó: Peter Horvath <horvath.peter@brc.mta.hu> Dátum:
Peter Horvath
jún. 16.Csatolt fájl	Nincs megcsillagozva
Fwd: Fluidigm seminar invitation - June 21st
MUNKA

FYI Peter Horvath, Ph.D. Group Leader Synthetic and Systems Biology Unit Hungarian Academy of
Filippo Piccinini
jún. 16.Csatolt fájl	Nincs megcsillagozva
Material for Kristina

Hello Peter, I merged the sections on my shoulders with the section written by Tamas. I'm
Krisztián; Peter (2)
jún. 16. 	Nincs megcsillagozva
[biomag] a story
MUNKA

Dear All, I see the point of Krisztian. Please try to solve it yourself, if it wont be solved we will
Krisztina Buzas
jún. 15.Csatolt fájl	Nincs megcsillagozva
kézirathoz

Kedves Péter és Tamás, első körben írtam valamit, legyetek kedvesek nézzétek meg, mit gondoltok. Nem
Molnár; én (3)
jún. 15. 	Nincs megcsillagozva
Re: Csabi, csabi nem kellene itt nyitva hagynod a géped... így bárki írhat neked e-mail...

Semmi.. Ábel tanulja tőled a rosszat :D On Wed, Jun 15, 2016 at 4:38 PM, Tamás Balassa <
Filippo Piccinini
jún. 15.Csatolt fájl	Nincs megcsillagozva
Figure Active Learning

Figure Active Learning in a good quality //
Filippo; Peter; én (3)
jún. 15.Csatolt fájl	Nincs megcsillagozva
Submission of new sections
MUNKA

Filippo, heres my review, enjoy. 2016-06-15 10:58 GMT+02:00 Peter Horvath <horvath.peter@brc.mta.
Filippo Piccinini
jún. 14.Csatolt fájl	Nincs megcsillagozva
Figure "abundant"

Figure "abundant" // Dr.
Filippo Piccinini
jún. 14.Csatolt fájl	Nincs megcsillagozva
Images

Images // Dr. Filippo Piccinini, Ph.
Tamás; Buzas; Peter (6)
jún. 14.Csatolt fájl	Nincs megcsillagozva
Tablazat
MUNKA

OK akkor! szep napot! Peter Horvath, Ph.D. Group Leader Synthetic and Systems Biology Unit Hungarian
JIE; én (3)
jún. 14.Csatolt fájl	Nincs megcsillagozva
Test test test

Haha thanks! But the soup i bought is a total failure~~~~ Sent from my iPhone On 14 Jun 2016, at 11:
Alex; Bozóné; Tamás (5)
jún. 13. 	Nincs megcsillagozva
Nyári gyakorlat
MUNKA

Kedves Alex, Ideznem ugyintezonk szavait: Sajnos az SZBK nem tud ilyen nyilatkozatot aláírni, mert
Peter; Filippo; én (6)
jún. 13.Csatolt fájl	Nincs megcsillagozva
corrections
MUNKA

There You go! I have also a suggestion experienced from this latest correction: decide whether to use
Csizmazia Anikó
jún. 13.Csatolt fájl	Csillagozott
Új Nemzeti Kiválóság Program leendő doktoranduszoknak - ösztöndíjlehetőség!

Pályázati felhívás – Felsőoktatási Doktori Hallgatói, Doktorjelölti Kutatói Ösztöndíjra (ÚNKP-16-3)
Peter Horvath
jún. 12. 	Nincs megcsillagozva
Olypus -> Zeiss converter
MUNKA

Csabi, Megcsinaltam amit tudtam. A fileok a BIOMAG 1 (amin Tamas dolgozik) gepen vannak. d:\phorvath\
No-IP Notices
jún. 11. 	Nincs megcsillagozva
Please confirm your hostname now or it will be deleted

tamasbalassa.ddns.net is expiring soon No-IP.com Support tamasbalassa.ddns.net will expire in 7 days
Filippo Piccinini
jún. 11. 	Nincs megcsillagozva
Fwd: salsa party

Forwarded message From: Gergo Fekete <feketegergo@gmail.com> Date: 2016-
Filippo Piccinini (3)
jún. 10.Csatolt fájl	Nincs megcsillagozva
Selected cells info

Hello Tamas, please, can you send to Kristina the new Figure4 and the new Table with the info of the
Filippo; én (2)
jún. 10.Csatolt fájl	Nincs megcsillagozva
Figures ACC GUI

Grazie mille perfetto ragazzo :D 2016-06-10 14:01 GMT+02:00 Filippo Piccinini <f.piccinini@unibo.
Peter; én (3)
jún. 10. 	Nincs megcsillagozva
Fwd: BK szemináriumok, az őszi szemeszter előzetese...
MUNKA

mostmar tudsz beleirni is! Peter Horvath, Ph.D. Group Leader Synthetic and Systems Biology Unit
Filippo Piccinini
jún. 9.Csatolt fájl	Nincs megcsillagozva
Figure 4 last version

// Dr. Filippo Piccinini, Ph.D
Filippo Piccinini
jún. 8. 	Nincs megcsillagozva
First video tutorial ready

Hello ACC Developers, I'm really extremely happy and I'm writing this email to bring my
Lassi; Filippo; én (8)
jún. 8.Csatolt fájl	Nincs megcsillagozva
Review of bug fix

Lets Skype now. You can also see the changes with TeamViewer. -- Lassi Paavolainen, PhD Postdoctoral
Filippo Piccinini
jún. 8.Csatolt fájl	Nincs megcsillagozva
Sections submission

Hi Peter, I'm submitting you three new sections: Section 2 Implementation Section 3.2 Phenotype
Peter; én (2)
jún. 8. 	Nincs megcsillagozva
Fwd: kezirat
MUNKA

Peter, volt itt Krisztina. Igazabol elmondta, hogy mi kell neki es Filippora jutott a feladat. Ki
Soccer Manager (4)
jún. 8. 	Nincs megcsillagozva
Warning! You are about to lose your club

Warning! You are about to lose your club Soccer Manager Worlds Hi Tamas, We notice you have not
Filippo; én (2)
jún. 7.Csatolt fájl	Nincs megcsillagozva
Only few suggestions

Show me your tette perfette. 2016-06-07 18:06 GMT+02:00 Filippo Piccinini <f.piccinini@unibo.it
h938454
jún. 7. 	Nincs megcsillagozva
h938454@gmail.com megosztotta naptárát önnel

Kedves tamasbalassa9@gmail.com! Értesítjük, hogy h938454@gmail.com hozzáférési jogosultságot adott
Filippo Piccinini
jún. 7. 	Nincs megcsillagozva
Piia is arrived: evening together

Hi Guys, Piia is just arrived!!!!!! I'm proposing to go out this night, after dinner, to drink
Peter Horvath
jún. 7.Csatolt fájl	Nincs megcsillagozva
Fwd: PhD hallgató-jelöltek bemutatkozása
MUNKA

Peter Horvath, Ph.D. Group Leader Synthetic and Systems Biology Unit Hungarian Academy of Sciences,
Filippo Piccinini
jún. 6.Csatolt fájl	Nincs megcsillagozva
Papers for Tamas

Hello Tamas, inside these papers you will find interesting citations and probably the names of the
Nagy .. én; Ríz-Herczeg (26)
jún. 6.Csatolt fájl	Nincs megcsillagozva
Balassa Tamás doktori eljárása ELTE IK
MUNKA

remek. köszönöm! Ríz-Herczeg Krisztina +36 1 381 22 99 NEMZETKÖZI és TUDOMÁNYSZERVEZÉSI REFERENS ELTE
Az összes nyomtatása Új ablakban
createreport
Beérkező levelek
x
MUNKA
x

Peter Horvath
Melléklet16:54 (20 órája)

címzett: saját magam
angol
magyar   Üzenet lefordítása
Kikapcsolás a következő nyelvhez: angol
Peter Horvath, Ph.D.
Group Leader
Synthetic and Systems Biology Unit
Hungarian Academy of Sciences, BRC, Szeged
w: www.brc.hu/sysbiol
t: +36 70 5120015

Finnish Distinguished Professor (FiDiPro) fellow
Institute for Molecular Medicine Finland (FIMM), Helsinki
t: +358 50 4480947

Mellékletek terület

Válasszon: Válasz vagy Továbbítás
Peter Horvath
Hozzáadás körökhöz

Részletek megjelenítése


function varargout = create_reportGUI(varargin)
% CREATE_REPORTGUI M-file for create_reportGUI.fig
%      CREATE_REPORTGUI, by itself, creates a new CREATE_REPORTGUI or raises the existing
%      singleton*.
%
%      H = CREATE_REPORTGUI returns the handle to a new CREATE_REPORTGUI or the handle to
%      the existing singleton*.
%
%      CREATE_REPORTGUI('CALLBACK',hObject,eventData,handles,...) calls the local
%      function named CALLBACK in CREATE_REPORTGUI.M with the given input arguments.
%
%      CREATE_REPORTGUI('Property','Value',...) creates a new CREATE_REPORTGUI or raises the
%      existing singleton*.  Starting from the left, property value pairs are
%      applied to the GUI before create_reportGUI_OpeningFcn gets called.  An
%      unrecognized property name or invalid value makes property application
%      stop.  All inputs are passed to create_reportGUI_OpeningFcn via varargin.
%
%      *See GUI Options on GUIDE's Tools menu.  Choose "GUI allows only one
%      instance to run (singleton)".
%
% See also: GUIDE, GUIDATA, GUIHANDLES

% Edit the above text to modify the response to help create_reportGUI

% Last Modified by GUIDE v2.5 19-Feb-2016 18:11:49

% Begin initialization code - DO NOT EDIT
gui_Singleton = 1;
gui_State = struct('gui_Name',       mfilename, ...
    'gui_Singleton',  gui_Singleton, ...
    'gui_OpeningFcn', @create_reportGUI_OpeningFcn, ...
    'gui_OutputFcn',  @create_reportGUI_OutputFcn, ...
    'gui_LayoutFcn',  [] , ...
    'gui_Callback',   []);
if nargin && ischar(varargin{1})
    gui_State.gui_Callback = str2func(varargin{1});
end

if nargout
    [varargout{1:nargout}] = gui_mainfcn(gui_State, varargin{:});
else
    gui_mainfcn(gui_State, varargin{:});
end
% End initialization code - DO NOT EDIT


% --- Executes just before create_reportGUI is made visible.
function create_reportGUI_OpeningFcn(hObject, eventdata, handles, varargin)
% This function has no output args, see OutputFcn.
% hObject    handle to figure
% eventdata  reserved - to be defined in a future version of MATLAB
% handles    structure with handles and user data (see GUIDATA)
% varargin   command line arguments to create_reportGUI (see VARARGIN)

% Choose default command line output for create_reportGUI
handles.output = hObject;

% Update handles structure
guidata(hObject, handles);

% UIWAIT makes create_reportGUI wait for user response (see UIRESUME)
% uiwait(handles.figure1);

global CommonHandles;

% fill in the lists

% plate names and select all
set(handles.listbox2, 'String', CommonHandles.PlatesNames);
set(handles.listbox2, 'Value', [1:length(CommonHandles.PlatesNames)]);

% Phenotype name list
for i=1:length(CommonHandles.Classes)
    phenotypeNames{i} = CommonHandles.Classes{i}.Name;
end

set(handles.listbox1, 'String', phenotypeNames);
set(handles.listbox3, 'String', phenotypeNames);
set(handles.listbox3, 'Value', [1:length(phenotypeNames)]);


% --- Outputs from this function are returned to the command line.
function varargout = create_reportGUI_OutputFcn(hObject, eventdata, handles)
% varargout  cell array for returning output args (see VARARGOUT);
% hObject    handle to figure
% eventdata  reserved - to be defined in a future version of MATLAB
% handles    structure with handles and user data (see GUIDATA)

% Get default command line output from handles structure
varargout{1} = handles.output;


% --- Executes on selection change in listbox1.
function listbox1_Callback(hObject, eventdata, handles)
% hObject    handle to listbox1 (see GCBO)
% eventdata  reserved - to be defined in a future version of MATLAB
% handles    structure with handles and user data (see GUIDATA)

% Hints: contents = get(hObject,'String') returns listbox1 contents as cell array
%        contents{get(hObject,'Value')} returns selected item from listbox1


% --- Executes during object creation, after setting all properties.
function listbox1_CreateFcn(hObject, eventdata, handles)
% hObject    handle to listbox1 (see GCBO)
% eventdata  reserved - to be defined in a future version of MATLAB
% handles    empty - handles not created until after all CreateFcns called

% Hint: listbox controls usually have a white background on Windows.
%       See ISPC and COMPUTER.
if ispc && isequal(get(hObject,'BackgroundColor'), get(0,'defaultUicontrolBackgroundColor'))
    set(hObject,'BackgroundColor','white');
end


% --- Executes on selection change in listbox2.
function listbox2_Callback(hObject, eventdata, handles)
% hObject    handle to listbox2 (see GCBO)
% eventdata  reserved - to be defined in a future version of MATLAB
% handles    structure with handles and user data (see GUIDATA)

% Hints: contents = get(hObject,'String') returns listbox2 contents as cell array
%        contents{get(hObject,'Value')} returns selected item from listbox2


% --- Executes during object creation, after setting all properties.
function listbox2_CreateFcn(hObject, eventdata, handles)
% hObject    handle to listbox2 (see GCBO)
% eventdata  reserved - to be defined in a future version of MATLAB
% handles    empty - handles not created until after all CreateFcns called

% Hint: listbox controls usually have a white background on Windows.
%       See ISPC and COMPUTER.
if ispc && isequal(get(hObject,'BackgroundColor'), get(0,'defaultUicontrolBackgroundColor'))
    set(hObject,'BackgroundColor','white');
end


% --- Executes on button press in pushbutton1.
function pushbutton1_Callback(hObject, eventdata, handles)
% hObject    handle to pushbutton1 (see GCBO)
% eventdata  reserved - to be defined in a future version of MATLAB
% handles    structure with handles and user data (see GUIDATA)

%% here starts the show
global CommonHandles;

CommonHandles.Report.SelectedPlates = get(handles.listbox2, 'Value');

% reclassify if nescessary -> non ratio based statistics and reclassify
% enabled


colmax = CommonHandles.PlateTypeInfo{CommonHandles.WellType}.col;
rowmaxnum = CommonHandles.PlateTypeInfo{CommonHandles.WellType}.row;
wellcount = colmax*rowmaxnum;
rowmax = char(rowmaxnum+'A'-1);

counter = 0;
cellcounter = 0;
if ~isfield(CommonHandles.Report, 'ClassifiedPlates')
    CommonHandles.Report.ClassifiedPlates = [];
end;

waitBarHandle = waitbar(0,'Classifying cells...');

for plateidx = 1:length(CommonHandles.Report.SelectedPlates)

    % if not unstructured data
    if colmax > -1
        PredictionResult = zeros(colmax, rowmaxnum, length(CommonHandles.Classes));
        cellNumber = zeros(colmax, rowmaxnum);

        cellPrediction = cell(colmax, rowmaxnum);
        cellProps = cell(colmax, rowmaxnum);

        % single cell output for CL2M
        if get(handles.checkbox6, 'Value')
            % create a csv file
            singeCellFID = fopen([CommonHandles.DirName filesep char(CommonHandles.PlatesNames(CommonHandles.Report.SelectedPlates(plateidx))) filesep  CommonHandles.MetaDataFolder filesep char(CommonHandles.PlatesNames(CommonHandles.Report.SelectedPlates(plateidx))) '_singleCellData.csv'], 'w');

            % header
            fprintf(singeCellFID, 'PlateName, Row, Col, ImageName, ImageNumber, ObjectNumber, xPixelPos, yPixelPos, Class\n');

        end

        for col = 1:colmax
            for row = 'A':rowmax
                rownum = row - 'A' + 1;
                counter = counter + 1;
                % create base file names
                colString = sprintf('%02d', col);
                FileNamePrefix =  [CommonHandles.DirName filesep char(CommonHandles.PlatesNames(CommonHandles.Report.SelectedPlates(plateidx))) filesep  CommonHandles.ImageFolder filesep char(CommonHandles.PlatesNames(CommonHandles.Report.SelectedPlates(plateidx))) '*_' row colString '*'];
                % list them
                MetadataFiles = dir(FileNamePrefix);
                cellNumberThisWell = 0;
                cpCell = {};
                propCell = {};
                for i=1:size(MetadataFiles, 1)
                    [pathstr, fileNameexEx, ext] = fileparts(MetadataFiles(i).name);

                    [CommonHandles.SelectedMetaDataFileName,CommonHandles.SelectedMetaData] = readMetaData(CommonHandles, fileNameexEx, CommonHandles.Report.SelectedPlates(plateidx));

                    SelectedMetaData =  CommonHandles.SelectedMetaData;
                    %                     FileName =  [CommonHandles.DirName filesep char(CommonHandles.PlatesNames(CommonHandles.Report.SelectedPlates(plateidx))) filesep  CommonHandles.MetaDataFolder filesep MetadataFiles(i).name];
                    %                     %SelectedMetaData = load(FileName);
                    %                     SelectedMetaData = hdf5read([CommonHandles.DirName filesep char(CommonHandles.PlatesNames(CommonHandles.Report.SelectedPlates(plateidx))) filesep CommonHandles.MetaDataFolder filesep char(CommonHandles.PlatesNames(CommonHandles.Report.SelectedPlates(plateidx))) '.h5'], ['/' fileNameexEx '.tif']);

                    features = SelectedMetaData(:, 3:size(SelectedMetaData, 2));

                    if CommonHandles.SALT.initialized
                        CommonHandles.SALT.trainingData.instances = features;
                        if strcmp(CommonHandles.SelectedClassifier,'OneClassClassifier')
                            [out, ~ ,props] = svmpredict(ones(size(features,1),1), CommonHandles.SALT.trainingData.instances, CommonHandles.SALT.model);
                            out(out<0) = 2;
                        else
                            CommonHandles.SALT.trainingData.labels = ones(size(features, 1));
                            if size(features, 2) ~= 0
                                [out,props] = sacPredict(CommonHandles.SALT.model, CommonHandles.SALT.trainingData);
                            else
                                out = [];
                                props = [];
                            end
                        end
                    else
                        errordlg('Please initalize SALT/sac!');
                        return;
                    end;


                    % print single cell file for CL2M
                    if get(handles.checkbox6, 'Value')

                        for cellIdx = 1:numel(out)
                            %Printing out to file PlateName, Row, Col, ImageName, ImageNumber, ObjectNumber, xPixelPos, yPixelPos, Class
                            fprintf(singeCellFID, '%s, %s, %d, %s, %d, %d, %f, %f, %d\n', ...
                                char(CommonHandles.PlatesNames(CommonHandles.Report.SelectedPlates(plateidx))), ...
                                row, ...
                                col, ...
                                fileNameexEx,...
                                i, ...
                                cellIdx, ...
                                SelectedMetaData(cellIdx, 1),...
                                SelectedMetaData(cellIdx, 2),...
                                out(cellIdx));
                        end

                    end

                    for ii=1:size(SelectedMetaData, 1)
                        if ~isempty(out)
                            PredictionResult(col, rownum, out(ii)) = PredictionResult(col, rownum, out(ii)) + 1;
                        end;
                    end;

                    cpCell{i,1} = out;
                    propCell{i,1} = props;
                    cellcounter = cellcounter + length(out);
                    cellNumberThisWell = cellNumberThisWell + length(out);
                end;

                cellPrediction{col,rownum} = cpCell;
                cellProps{col,rownum} = propCell;

                cellNumber(col, rownum) = cellNumberThisWell;
                donePercent = double(counter/(length(CommonHandles.Report.SelectedPlates) * wellcount));
                waitText = sprintf('Classifying cells...  %d%% done ( %d cells)', int16(donePercent * 100), cellcounter);
                waitbar(donePercent, waitBarHandle, waitText);
            end
        end

        % close singel cell file for CL2M
        if get(handles.checkbox6, 'Value')
            % close single cell file
            fclose(singeCellFID);

        end


        CommonHandles.Report.ClassResult(CommonHandles.Report.SelectedPlates(plateidx)) = {PredictionResult};
        CommonHandles.Report.ClassifiedPlates = union(CommonHandles.Report.ClassifiedPlates, CommonHandles.Report.SelectedPlates(plateidx));
        CommonHandles.Report.CellNumber(CommonHandles.Report.SelectedPlates(plateidx)) = {cellNumber};
        CommonHandles.Report.CellPrediction(CommonHandles.Report.SelectedPlates(plateidx)) = {cellPrediction};
        CommonHandles.Report.CellProps(CommonHandles.Report.SelectedPlates(plateidx)) = {cellProps};

        %save cell number
        % Todo: handle case when stat does not exist
        name = sprintf('stat%s%s_cellnumber.mat',filesep, char(CommonHandles.PlatesNames(CommonHandles.Report.SelectedPlates(plateidx))));
        save(name, 'cellNumber');
        name = sprintf('%s%s%s%s%s_cellnumber.mat', char(CommonHandles.PlatesNames(CommonHandles.Report.SelectedPlates(plateidx))), filesep, char(CommonHandles.MetaDataFolder),filesep, char(CommonHandles.PlatesNames(CommonHandles.Report.SelectedPlates(plateidx))));
        name = [CommonHandles.DirName filesep name];
        save(name, 'cellNumber');
        name = sprintf('%s%s%s%s%s_cellnumber.csv', char(CommonHandles.PlatesNames(CommonHandles.Report.SelectedPlates(plateidx))), filesep, char(CommonHandles.MetaDataFolder),filesep, char(CommonHandles.PlatesNames(CommonHandles.Report.SelectedPlates(plateidx))));
        name = [CommonHandles.DirName filesep name];
        dlmwrite(name, cellNumber, ';');
    else
        % unstructured data

        % all files in the current folder
        FileNamePrefix =  [CommonHandles.DirName filesep char(CommonHandles.PlatesNames(CommonHandles.Report.SelectedPlates(plateidx))) filesep  CommonHandles.ImageFolder filesep  'r01*' CommonHandles.ImageExtension];
        fileList = dir(FileNamePrefix);
        PredictionResult = zeros(numel(fileList), length(CommonHandles.Classes));

        % single cell output for CL2M
        if get(handles.checkbox6, 'Value')
            % create a csv file
            singeCellFID = fopen([CommonHandles.DirName filesep char(CommonHandles.PlatesNames(CommonHandles.Report.SelectedPlates(plateidx))) filesep  CommonHandles.MetaDataFolder filesep char(CommonHandles.PlatesNames(CommonHandles.Report.SelectedPlates(plateidx))) '_singleCellData.csv'], 'w');

            % header
            fprintf(singeCellFID, 'PlateName, ImageName, ObjectNumber, xPixelPos, yPixelPos, Class\n');

        end


        fid = fopen([CommonHandles.DirName filesep char(CommonHandles.PlatesNames(CommonHandles.Report.SelectedPlates(plateidx))) filesep  CommonHandles.MetaDataFolder filesep char(CommonHandles.PlatesNames(CommonHandles.Report.SelectedPlates(plateidx))) '.csv'], 'w');

        fprintf(fid, 'File name');

        for cl = 1:length(CommonHandles.Classes)
            fprintf(fid, ',%s', CommonHandles.Classes{cl}.Name);
        end

        fprintf(fid,'\n');
        counter = 0;
        for fIdx = 1:numel(fileList)
            counter = counter + 1;
            cellNumberThisWell = 0;
            [pathstr, fileNameexEx, ext] = fileparts(fileList(fIdx).name);
            [CommonHandles.SelectedMetaDataFileName,CommonHandles.SelectedMetaData] = readMetaData(CommonHandles, fileNameexEx, CommonHandles.Report.SelectedPlates(plateidx));
            SelectedMetaData =  CommonHandles.SelectedMetaData;
            features = [];
            for ii=1:size(SelectedMetaData, 1)
                features(ii, :) = SelectedMetaData(ii, 3:size(SelectedMetaData, 2));
            end;
            if CommonHandles.SALT.initialized
                CommonHandles.SALT.trainingData.instances = features;
                CommonHandles.SALT.trainingData.labels = ones(size(features, 1));
                %size(features, 1)
                if features(1 , 1) ~= 0
                    [out,props] = sacPredict(CommonHandles.SALT.model, CommonHandles.SALT.trainingData);
                else
                    out = [];
                    props = [];
                end;
            else
                errordlg('Please initalize SALT/sac!');
                return;
            end;
            for ii=1:size(SelectedMetaData, 1)
                if ~isempty(out)
                    PredictionResult(fIdx, out(ii)) = PredictionResult(fIdx, out(ii)) + 1;
                end;
            end;


                    % print single cell file for CL2M
                    if get(handles.checkbox6, 'Value')

                        for cellIdx = 1:numel(out)
                            %Printing out to file PlateName, Row, Col, ImageName, ImageNumber, ObjectNumber, xPixelPos, yPixelPos, Class
                            fprintf(singeCellFID, '%s, %s, %d, %f, %f, %d\n', ...
                                char(CommonHandles.PlatesNames(CommonHandles.Report.SelectedPlates(plateidx))), ...
                                fileNameexEx,...
                                cellIdx, ...
                                SelectedMetaData(cellIdx, 1),...
                                SelectedMetaData(cellIdx, 2),...
                                out(cellIdx));
                        end

                    end


            cellcounter = cellcounter + length(out);
            cellNumberThisWell = cellNumberThisWell + length(out);

            fprintf(fid, '%s', fileList(fIdx).name);

            for cl = 1:length(CommonHandles.Classes)
                fprintf(fid, ',%d', PredictionResult(fIdx, cl));
            end

            fprintf(fid,'\n');

            donePercent = double(counter/numel(fileList));
            waitText = sprintf('Plate %s/%s; Classifying cells...  %d%% done ( %d cells)', num2str(plateidx),  num2str(length(CommonHandles.Report.SelectedPlates)), int16(donePercent * 100), cellcounter);
            waitbar(donePercent, waitBarHandle, waitText);
        end;
        fclose(fid);

      % close singel cell file for CL2M
        if get(handles.checkbox6, 'Value')
            % close single cell file
            fclose(singeCellFID);

        end

    end
end
close(waitBarHandle);


% cumulative statistics
if colmax > -1
    CommonHandles.Report.FenotypesStat = get(handles.listbox1, 'Value');
    CommonHandles.Report.FenotypesNorm = get(handles.listbox3, 'Value');
    for plateidx = 1:length(CommonHandles.Report.SelectedPlates)
        PredictionResult = cell2mat(CommonHandles.Report.ClassResult(CommonHandles.Report.SelectedPlates(plateidx)));
        norm = sum(PredictionResult(:,:,CommonHandles.Report.FenotypesNorm), 3);
        cumul = sum(PredictionResult(:,:,CommonHandles.Report.FenotypesStat), 3);
        total = sum(PredictionResult(:,:,:), 3);
        hitmap = cumul ./ norm;
        idxlist = isnan(hitmap);
        idxlist = find(idxlist == 1);
        hitmap(idxlist) = 0;


        %% create acc file
        name = sprintf('%s%s%s%s%s.csv', char(CommonHandles.PlatesNames(CommonHandles.Report.SelectedPlates(plateidx))), filesep, char(CommonHandles.MetaDataFolder),filesep, char(CommonHandles.PlatesNames(CommonHandles.Report.SelectedPlates(plateidx))));
        name = [CommonHandles.DirName filesep name];
        fout = fopen(name, 'w');
        % header
        fprintf(fout, 'PlateName, Row, Col, ObjectNumber, MainHitrate');
        for cl = 1:length(CommonHandles.Classes)
            fprintf(fout, ',%s', CommonHandles.Classes{cl}.Name);
        end
        fprintf(fout,'\n');

        % data
        for i=1:size(norm, 1)
            for j=1:size(norm, 2)
                fprintf(fout, '%s, %s, %d, %d, %f', char(CommonHandles.PlatesNames(CommonHandles.Report.SelectedPlates(plateidx))), char(j+'A'-1), i, total(i, j), hitmap(i, j));
                for cl = 1:length(CommonHandles.Classes)
                    fprintf(fout, ',%d', PredictionResult(i, j, cl));
                end
                fprintf(fout,'\n');
            end;
        end;
        fclose(fout);

        %save statistics
        filename = sprintf('%s_cumul', char(CommonHandles.PlatesNames(CommonHandles.Report.SelectedPlates(plateidx))));
        for ft = 1:length(CommonHandles.Report.FenotypesStat)
            filename = sprintf('%s_%d', filename, CommonHandles.Report.FenotypesStat(ft));
        end;
        filename = sprintf('%s_v', filename);
        for ft = 1:length(CommonHandles.Report.FenotypesNorm)
            filename = sprintf('%s_%d', filename, CommonHandles.Report.FenotypesNorm(ft));
        end;
        name = sprintf('%s%s%s%s%s.mat', char(CommonHandles.PlatesNames(CommonHandles.Report.SelectedPlates(plateidx))), filesep, char(CommonHandles.MetaDataFolder), filesep, filename);
        name = [CommonHandles.DirName filesep name];
        save(name, 'hitmap');
        name = sprintf('%s%s%s%s%s.csv', char(CommonHandles.PlatesNames(CommonHandles.Report.SelectedPlates(plateidx))), filesep, char(CommonHandles.MetaDataFolder), filesep, filename);
        name = [CommonHandles.DirName filesep name];
        dlmwrite(name, hitmap, ';');

        %%% cumulative ratio based
        name = sprintf('stat%s%s.mat',filesep, char(CommonHandles.PlatesNames(CommonHandles.Report.SelectedPlates(plateidx))));
        save(name, 'hitmap');

        outName = [char(CommonHandles.DirName) filesep char(CommonHandles.PlatesNames(CommonHandles.Report.SelectedPlates(plateidx))) filesep char(CommonHandles.MetaDataFolder) filesep, filename '.pdf'];
        h1 = figure(1);
        try
            createPDFReport(outName, char(CommonHandles.PlatesNames(CommonHandles.Report.SelectedPlates(plateidx))), hitmap, norm, h1);
        catch
            errordlg('Please select the right plate size!');
            close(h1);
        end

    end

%     if license('test', 'matlab_report_gen')
%         report('platereport_cumul.rpt')
%     end
end

tempSplittedImageName = strsplit(CommonHandles.SelectedImageName,{filesep,'.'});
[CommonHandles.SelectedMetaDataFileName,CommonHandles.SelectedMetaData] = readMetaData(CommonHandles, char(tempSplittedImageName(end-1)), CommonHandles.SelectedPlate);

uiresume(gcbf);
close(gcbf);
% show is over... :)


% --- Executes on button press in pushbutton2.
function pushbutton2_Callback(hObject, eventdata, handles)
% hObject    handle to pushbutton2 (see GCBO)
% eventdata  reserved - to be defined in a future version of MATLAB
% handles    structure with handles and user data (see GUIDATA)

uiresume(gcbf);
close;

% --- Executes on selection change in listbox3.
function listbox3_Callback(hObject, eventdata, handles)
% hObject    handle to listbox3 (see GCBO)
% eventdata  reserved - to be defined in a future version of MATLAB
% handles    structure with handles and user data (see GUIDATA)

% Hints: contents = get(hObject,'String') returns listbox3 contents as cell array
%        contents{get(hObject,'Value')} returns selected item from listbox3


% --- Executes during object creation, after setting all properties.
function listbox3_CreateFcn(hObject, eventdata, handles)
% hObject    handle to listbox3 (see GCBO)
% eventdata  reserved - to be defined in a future version of MATLAB
% handles    empty - handles not created until after all CreateFcns called

% Hint: listbox controls usually have a white background on Windows.
%       See ISPC and COMPUTER.
if ispc && isequal(get(hObject,'BackgroundColor'), get(0,'defaultUicontrolBackgroundColor'))
    set(hObject,'BackgroundColor','white');
end


% --- Executes on button press in pushbutton3.
function pushbutton3_Callback(hObject, eventdata, handles)
% hObject    handle to pushbutton3 (see GCBO)
% eventdata  reserved - to be defined in a future version of MATLAB
% handles    structure with handles and user data (see GUIDATA)

% this function creates a hit report called hit_report_phenotypes_date_threshold.csv

% input threshold level


% --- Executes on button press in checkbox6.
function checkbox6_Callback(hObject, eventdata, handles)
% hObject    handle to checkbox6 (see GCBO)
% eventdata  reserved - to be defined in a future version of MATLAB
% handles    structure with handles and user data (see GUIDATA)

% Hint: get(hObject,'Value') returns toggle state of checkbox6
create_reportGUI.m
Társítás
create_reportGUI.m megjelenítése.