View difference between Paste ID: <a href="/LVMa79ch">LVMa79ch</a> and <a href="/JfacLhbk">JfacLhbk</a>

Kaip nurodomos failų grupės:
1		Kaip nurodomos failų grupės:
2		[] - 1 simbolio alternatyvos išvardintos
3		* - bet kas bet kokio ilgio
4		? - bet koks 1 simbolis
5
6		1A08
7		1A08_ligand* failuose kelios sulietos liekanos, netgi yra lyg ir baltymo GLU102 tas aprašymas ateina is originalaus pdb.
8		Aiškiausia palyginus ligand.png su tuo kas yra pdb puslapio paveiksluose. pdb net nenurodytas "ligand chemical component" lygtai ligandų nėra yra tik baltymo cheminė modifikacija.
9
10		1A1[BCE]
11		Tas pats nesutapimas. Originaliam faile įrašyti 3 kovalentiškai sujungti ligandai išimti kartu, bet kaip 3 a.r. liekanos/molekulės. O pdb puslapyje nurodo 0 ligandų 2 baltymo chemines modifikacijas kaip ligando dalis, o 3 ligando dalį - a.r. ignoruoja, supainioja su peptidu.
12
13		Manau visados geriausia būtų ligandą laikyti kaip 1 molekulę, o ne kaip "ligandinį tripeptidą", kas išeina iš dabartinės pdb struktūros, kad pdb duomenų bazės puslapyje išvis nenurodyti ligandai tik jų fragmentai kaip baltymo cheminė modifikacija. Tik vizualiai matosi, kad GLU102 (nr. 1A08 atv.) yra ligando dalis, o ne peptido.
14
15		1A30
16		Tripeptidinis ligandas įmaišytas į baltymo struktūrą kaip grandinė C. pdb puslapyje dėl to beveik nieko apie jį nėra. Kol kas buvo neišimtas, bet tiesiog kaip ligandą reikia išimti grandinę C. Taip peptidiniai ligandai visur įmaišyti.
17
18		1ADL
19		Gal ir gerai viskas, tik, kad čia labai įdomus ligando prisijungimas tarp fenolinio -OH ir r.r. -COOH grupių 2.7-3.6 angstremų atstumas.
20
21		1AJ6
22		ligand.png be stereochemijos likęs.
23		Tai ir apskritai visi(?) ligand.png pametę stereochemiją.
24
25		1ANF
26		Iš straipsnio pavadinimo matosi, kad ligandas yra maltozė. pdb faile originaliam ligandas yra 2xGLC sujungta kovalentiškai, o tai kaip ir gerai, bet pdb puslapyje apačioj ligandas jau yra gliukozė. Tai manau to 2xGLC reiktų vengti, bet gal ir gerai.
27		ligand.png vel be stereochemijos, na čia kitur net to neminėsiu, nes visur.
28
29		1B05
30		Tik, kad pdb puslapyje "ligand chemical component" yra uranas. Apskritai tas kartojasi masiškai, kad pdb puslapyje pametami ligandai kurie struktūroje yra įtraukti kaip baltymo grandinė. Straipsnio pavadinime: LYS-CYS-LYS. Bet tai failuose sutvarkyta.
31
32		1B32
33
34
35		1B3F
36		Čia vėl ligandas yra įdėtas kaip baltymo grandinė b. Be to dalis jo įdėta du kartus. Matomai nenustatė kaip tiksliai jungiasi. ligand.pdb failuose taip ir likę, kad dalis struktūros pakartota 2x, reiktų dalį nutrinti ar išvis šito neimti.
37
38		1B3G
39
40
41		1B3L
42
43
44		1B40
45
46
47		1B46
48
49
50		1B4Z
51
52
53		1B51
54
55
56		1B58
57
58
59		1B5J
60		Čia vis kartojasi tas pats baltymas OPPA su koku nors tripeptidu per visus pdb...
61
62		1BEF
63		Straipsnis atmestas struktūra pašalinta. Tokios nėra.
64
65		1BGQ
66
67
68		1BVI
69		Čia toks įdomus variantas kai prie tetramerinio baltymo prisijungia 5 ligandai.
70		Failuose paimtas 1 atvejis.
71
72	-	1CE5
72	+	1CE5
73		Sulfatas nuo pagrindinio ligando tik 3.5-3.9 A.
74
75		1DIH
76
77
78		1DRU
79
80
81		1DRV
82
83
84		1DRW
85
86
87		1E4W
88		Cl- 3.2-3.7 A nuo ligando.
89
90		1E7A
91		Čia prie 1 baltymo jungiasi 2 ligandai. O taip ir išimta vienam faile du ligandai.
92
93		1E7B
94		Čia vėl originaliam pdb 2 struktūros prie vienos 2 ligandai prie kitos 3. Taip ir nieko nedaryta, tik aplankas yra.
95
96		1E7C
97		Čia vėl nieko nedaryta. Ligandų yra 2 ir jie prisijungę 11 kartų. Gal dėl to.
98
99		1ELJ
100		Ligand.png nelabai išvaizdus, bet pdb puslapyje išvis teigia, kad ligandas yra gliukozė. Nėra ligando pdb su vandeniliais. Nors failų folderiuose visados labai įvairiai.
101
102		1FDQ
103
104
105		1FE3
106
107
108		1GZ9
109		Ligandas nuo kalcio jono ~6 A. Dar reiktų patikrinti straipsnyje iš kur tas kalcis.
110
111		1GZC
112		Tas pats kalcis.
113
114		1HIY
115
116
117		1HSG
118
119
120		1I82
121
122
123		1I8A
124
125
126		IJ84
127		ligand.png tiesiog klaidingas.
128
129		1JET
130
131
132		1JEU
133
134
135		1JEV
136		Su visais tais OPPA baltymais yra dar vienas įdomus dalykas, kad nėra jokios ertmės per kurią galėtų prisijungti ligandas. Ligandas yra pilnai baltymo viduje tartum kiaušinio trynys. Atvaizdavus baltymo paviršių ligando visiškai nesimato.
137
138		1K1I
139		Ir vėl ligand.png nesutampa su ligand.pdb.
140
141		1K1J
142		Ir vėl ligand.png nesutampa su ligand.pdb. Sulfatas 3.2-3.3 A prie ligando.
143
144		1K1L
145		Sulfatas 3.0-3.1 A prie ligando.
146
147		1K1M
148		Sulfatas 3.3 A prie ligando.
149
150		1K1N
151
152
153		1K7T
154
155
156		1K7U
157
158
159		1KDN
160		Čia AlF3 pridėta ir tas likęs ligandų pdb failuose. Ligandų pdb failuose dar yra magnio jonų. Tarp AlF3 ir ligando atstumas 2.4-2.9 A. Taip daryta, nes formuoja kompleksą pereinamosios būsenos analogą.
161
162		1KZN
163
164
165		1LID
166
167
168		1LZB
169		Blogas ligand.png
170
171		1NDC
172		Čia dar magnio jonas kartu jungiasi.
173
174		1NDP
175		Čia dar magnio jonas kartu jungiasi.
176
177		1NZL
178		Nieko nėra tik ligand.png ir tas visiškai blogas. Pažiūrėjus į pradinį pdb tai 2 ligando molekulės jungiasi viena šalia kitos.
179
180		1NZV
181		ligand.png visiškai blogas. Vėl 2 ligando molekulės jungiasi viena šalia kitos. Kaipo ligandas išimta pagalbinė medžiaga tetraetilenglikolis. Jis jungiasi kitoje baltymo pusėje.