const one = { data: 1 };
const two = { data: 2 };
const three = { data: 3 };
const four = { data: 4 };

const arr1 = [one, two, three, four];
const arr2 = [1, 2, 3, 4];
const arr3 = [{ data: 1 }, { data: 2 }, { data: 3 }, { data: 4 }];

Array.prototype.remove = function(elToRemoving) {
  const id = this.findIndex((el, id, arr) => {
    if (typeof el === 'object' && typeof elToRemoving === 'object') {
      return JSON.stringify(el) === JSON.stringify(elToRemoving);
    };
    return el === elToRemoving;
  });

  if (id === -1) {
    return -1;
  };

  return this.splice(id, 1);
};

arr1.remove(two);
arr2.remove(2);
arr3.remove(two);

Преимущество - удобство повторного использования, но может вызывать конфликты с другими библиотеками и, к примеру, если вызвать код for (i in [1,2,3]) то i будет на одной из итераций равно remove, что также может создать проблему, это и является недостатками. Альтернативным решением я могу предложить метод remove(array, element) объявленный выше (в объекте-родителе), передавать ему массив и удаляемый элемент, для удобства его можно вынести в отдельный файл и импортировать там где необходимо использовать