hmmsearch aRNH_profile.hmm prirep.ref > output.out

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├── angrep.ref
├── appendix
│   ├── angapp.ref
│   ├── athapp.ref
│   ├── bctapp.ref
│   ├── cbrapp.ref
│  ....
├── athrep.ref
├── bctrep.ref
├── cbrrep.ref
...

[No hits detected that satisfy reporting thresholds]