<div class="jumbotron">
    <div class="row">
        <div class="col-md-6 ">
            <?php
                $query = "SELECT ppu FROM medicion";
                $resultados = mysqli_query($enlace, $query);
            ?>
            <select class="form-control">
                <option>PPU</option>
                <?php

                while ($resultado = mysqli_fetch_assoc($resultados)) {
                    echo "<option value=".$resultado['id'].">".$resultado['ppu']."</option>";
                } ?>
            </select>
        </div>
        <div class="col-md-6 ">
            <select class="form-control">
                <option>Normal select</option>
            </select>
        </div>
    </div>
</div>

<div class="jumbotron">
    <div class="row">
        <div class="col-md-6 ">
            <?php
                // aquí añadimos el DISTINCT
                $query = "SELECT DISTINCT ppu FROM medicion";
                $resultados = mysqli_query($enlace, $query);
            ?>
            <select class="form-control">
                <option>PPU</option>
                <?php

                while ($resultado = mysqli_fetch_assoc($resultados)) {
                    echo "<option value=".$resultado['id'].">".$resultado['ppu']."</option>";
                } ?>
            </select>
        </div>
        <div class="col-md-6 ">
            <select class="form-control">
                <option>Normal select</option>
            </select>
        </div>
    </div>
</div>

<div class="jumbotron">
    <div class="row">
        <div class="col-md-6 ">
            <?php
                // aquí añadimos el GROUP BY
                $query = "SELECT ppu FROM medicion GROUP BY ppu";
                $resultados = mysqli_query($enlace, $query);
            ?>
            <select class="form-control">
                <option>PPU</option>
                <?php

                while ($resultado = mysqli_fetch_assoc($resultados)) {
                    echo "<option value=".$resultado['id'].">".$resultado['ppu']."</option>";
                } ?>
            </select>
        </div>
        <div class="col-md-6 ">
            <select class="form-control">
                <option>Normal select</option>
            </select>
        </div>
    </div>
</div>